到了清末，科举制度弊端尽显，人们除了"读书做官"别无他想。科举制度禁锢思想，脱离实际，致使人们不顾廉耻，舞弊案频频发生，人心涣散。到了同治年间竟发生考生毁及考场大门，殴伤弹压御史，"故群以此任为畏途"。最后不得不派一总兵官把守大门口，只准出不准进，士子出闱二兵执鞭前导，代其开路……"而场内尤不肃如故"。"秋闱尤甚，至中秋日，或闱中至群轰饮于明远楼，且弦歌竟夜。""风檐之下，煮茗清谈……实为自来未有。"原本神圣的殿堂尊严荣耀尽失。随着国力衰败、政局日非，科举制度也走到了尽头。时人有《道情》一文说及科举末路："读书人，最不齐，烂时文，烂如泥。国家本为求才计，谁知道变作了欺人技。三句承题，两句破句，摆尾摇头，便道是圣门高第。可知道"三通""四史"是何等文章?汉祖唐宗是哪朝皇帝?案上放高头讲章，店里买新科利器，读得来肩背高低，口角嘘唏。甘蔗渣儿嚼了又嚼，有何滋味!辜负光阴，白白昏迷一世。就教他骗得高官，也算是百姓朝廷晦气。"
光绪三十一年（1905）七月，清廷宣布"自丙午科为始，所有乡会试一律停止"。科举制度就此灭亡。