虽然有这位令人振奋的友伴，弗洛伊德仍然迟疑了数年才接受婴儿的性欲观点，如果没有这个基本的观点，他的原欲理论仍会不完整。至少，弗里斯以及数位在他之前的探索者，已经开始对性生活的早期源头进行探究。早在1845年，在一本谈论妓院的小册子里，一位叫做阿道夫·帕泽的无名德国乡间医师，在某个注释里写下他的观察：“性欲驱力在很小的时候就显现出来，包括6岁、4岁，甚至3岁的儿童。”另外在1867年，一位比较为人所知的英国精神科医师亨利·莫兹利嘲弄一般的观点，强调“繁殖的本能”并不是在“青春期才变得明显”。他发现“在生命早期就已经时常显现，包括动物与儿童，而不需要意识任何实际目的，或者设计潜藏的盲目冲动。不管谁如此断言，”莫兹利严肃地补充，“他一定没有对小动物的嬉戏好好观察，或者以刻意疏离或伪善的方式面对他自己早期生活中明显的事件。”没有明确的证据说明弗洛伊德曾经读过帕泽的小册子，但他的确知道莫兹利的研究，并在19世纪90年代中叶开始考虑幼儿性欲这个观点。1899年，在《梦的解析》中，他仍然认为：“我们称颂儿童时期的快乐，因为那时还不知道性的欲望。”即使像弗洛伊德这样一位特立独行的研究者，都会说出那么迎合一般大众意见的话。但在同一本书里，在他第一次提到有关伊底帕斯情结的资料时，他已经明白表示，小孩子具有性欲的反应。到了《性学三论》，已经没有任何迟疑了，“婴儿性欲”是其中的第二论，可以被视为整个作品的中心思想。
但有时候弗洛伊德在《性学三论》里的论调，听起来仍然过于谨慎，他对上述想法的重要性仍然有点怀疑。因此在1914年第三版的序言里，他提醒读者不要过度期望：在这些讨论里并没有完整的性欲理论，他要说明的是，书中彼此相关的三论中的第一论，并不是在处理“正常”性欲生活的广泛延伸，而是较为局限的“性偏差”领域。但渐渐地，随着版本的改变，弗洛伊德发现《性学三论》可以用来抵抗针对精神分析理论反对者而生的策略用途。他把这本书当作某种试金石，区分出谁是可以真实接受他原欲理论的人，谁是不能像他一样把性欲当作最重要因素的人，以及那些因为这个令人不耻的想法而趋向谨慎的人。无论如何，任何《性学三论》的读者都给了许多不同的评论，比弗洛伊德原来准备的方向还丰富。他的“性书”引导其后许多的版本，开启了关于原欲驱力与其不同的发展，展现出多种远景，这本书成为另一本和“梦书”可以等量齐观的基本理论，虽然长度上不能相提，但重要性可以并论。在当时，弗洛伊德正是抱持这样的想法，在1908年写给亚伯拉罕的一封信中他说道：“对婴儿性欲的抗拒，强化了我的看法，即《性学三论》的价值成就可与《梦的解析》等量齐观。”
三论中的第一论，以其冷静的临床语调以及涵盖范围之广泛著名，文中以不带戏谑或哀叹的语气呈现出极丰富多样的与情欲有关的一些本质：雌雄同体、同性恋、恋童症、鸡奸、恋物癖、暴露狂、虐待与被虐狂、嗜粪症、恋尸癖等概念。在短短的数个讨论段落里，弗洛伊德的说法听起来既批判又传统，但平心而论他并不是在对这些现象进行审核检查。在细数这些他认为“最令人感到恶心的变态行为”之后，他客观地描述这些状况，有时甚至带点赞许。这些行为交织成为“一件心灵的作品”，这样的作品看起来虽然讨厌，我们却无法否认其“说明驱力现象的价值”。的确，“也许这些偏差的行为正是强烈爱欲最极致的表现”。
弗洛伊德罗列这些范例的理由，是要将令人迷惑的性欲愉悦种类，转变为有秩序的可理解对象。他把这些病例分成两类——正常性对象的错乱以及正常性目的的错乱，并且把他们放在可以被接受的人类活动类型之中。如同以往，他认为神经官能症患者由于性生活的失调，因而表现出异乎寻常的行为。我们可以再一次看到，弗洛伊德企图从临床的材料中发展出更广泛的一般心理学基础，并且得到令人折服的清晰解释。精神分析发现“神经官能症的展现，可以说和健康状况息息相关”。弗洛伊德有点存心故意地，引用德国精神医学家莫比尔斯的话：某种程度上“我们都有点歇斯底里”。所有人在本质上都有些变态，神经官能症患者的症状被当作变态类型的负面例子，只不过比一般“正常人”更夸张地展现了这方面的共同特质。神经官能症的“症状，是病人的性活动”。对弗洛伊德来说，神经官能症不是古怪或者异类的疾病，而是不完全发展下的共同结果，也可以说，是对儿童时期的冲突无法驾驭的结果。神经官能症，是患者返回到当初冲突情境的一种状态，简单说，他要处理的是一个未完成的心灵课题。借由这个观点，弗洛伊德抵达最敏感的主题——婴儿性欲。
精神分析是一种发展的心理学，其自身也在过程中经历了可观的发展。弗洛伊德并没有对心理成长做最终的评估，包括其中的阶段以及主要的冲突。这些要到19世纪20年代初，才由杰出的年轻分析家如卡尔·亚伯拉罕帮忙整理。在《性学三论》的第一版里，弗洛伊德只对人类作为动物的性欲历史做介绍——并没有增加关于性欲组织发展的章节，这样的铺陈一直延续到1915年。不过在第一版中，弗洛伊德还是提到了“性欲带”的观点。这些就是身体的部位——诸如口腔、肛门以及生殖器，在发展的过程中成为性满足的焦点所在。1905年，他也提出了他所谓的“组成驱力”。从一开始弗洛伊德理论的一个重点就是：性欲不是一种简单而单一的生物力量，在出生或者青春期的时候就一次完全地形成它该有的样貌。
根据他对婴儿性欲的说法，弗洛伊德在儿童早期与青春期的发展骚动中，画出一段沉寂数年的相对潜伏期。虽然弗洛伊德没有把这个观点当作是其发现的主要部分，但他觉得指出婴儿期的性欲激情，仍然是其讨论的关键部分。其他文献中偶尔写着“早熟的性活动”例如“勃起、手淫，甚至假性交的活动”，他发现这些活动都被描述成“只是出于好奇，或者早熟的堕落的例子”。他骄傲地发现，在他之前没有人清楚地认识到“儿童时期中无所不在的性驱力”，他因此又写了三论中的第二论来补足这个忽略。
弗洛伊德把这个普遍被忽略的幼儿性活动现象，归因于假道学和社会礼仪的限制，但原因不止这些。从5岁到青春期之间的潜伏期中，儿童在这段期间发展的熏点是智力与道德，而儿童前期的性欲感受，又被推到不被注意的位置。更甚者，无法推翻的健忘症像是厚重的毯子，把幼儿早期的活动掩盖了。性欲生活始于青春期这个被普遍接受的观点，正好被自我欺骗的健忘症所支持。但以特有的方式，弗洛伊德将他的科学好奇指向最毫无疑问的事情，长久以来每个人都感觉到这普遍的健忘症，但没有人做进一步的调查。他强调，这个令人不解的忘性所掩盖的，是儿童的性欲经验，并和日后在青年生活里所激发的感觉相互连结。
弗洛伊德并不是荒谬地认为儿童期的性欲可能以和成人相同的方式表现出来。儿童的生理以及心理状态，都无法允许这种可能性。相反地，婴儿的性欲情绪与欲望以多种形式出现，并非每一种都被认为是情欲的表现：吸吮拇指与其他表现自体情欲的方式，忍耐排便、手足竞争以及自慰等等。最后一种玩弄自己的方式，是当小男孩或小女孩开始注意到自己的生殖器时。“小孩子会运用身体上的性欲区域当中命定在未来会成为最重要的部位。有些部分一开始并不是主要部位，且没有办法承担最原始的冲动。”弗洛伊德所说的，当然是指阴茎或者阴道：“在未来将是主要性器的性欲带出现的性欲活动，那是稍晚之后‘正常’性生活的起源。”放在“正常”两边的引号是雄辩的：实际上身体的任何部位，任何可以被接受的物体，都可以是性满足的对象。早期生活中反常发展的情形，例如诱惑或者强暴，将会激起弗洛伊德刻意以柔美称呼，所谓儿童的“多元型态的性变异”倾向，但其具有的变异“气质”是天生的。一般人所谓的“正常”性行为，实际上是一段长期的，通常会是中断的朝圣旅程的结果，它指向的目标，大部分的人从来没有机会——许多人也只有很少的机会——可以达到，性欲驱力的成熟型态实际上是一种困难的成就。
弗洛伊德在三论的最后一论谈到青春期以至青年期，这是个巨大的挑战。此时期强化了性欲的认同，凸显埋藏许久的伊底帕斯依附关系，并建立了生殖器在获得性满足上的主要地位。这个最后出现的优先位置，并没有让生殖器在性生活中有独占的地位。“性欲带”在早期得到了满足会持续提供快乐的感觉，即使是用来支持与增强“最终乐趣”的“前期快感”之后会减少。对弗洛伊德来说，把最终乐趣建构为一个青春期才出现的新经验是没有太大意义的。即便弗洛伊德对儿童时期的显著意义，始终坚持他那一直为人诟病的、诊断式的权威观点，他并没有低估年轻男女在成人生活中第一次相遇的经验。如他某次曾说过的，成人通常都会为他们自己寻找辩护的理由，心理学家因此必须成为早期生活实情的代言人，并为至今仍被过度轻视的真相翻案。
《性学三论》的第一版，只是一本八十几页的小书，就像一本宣传小册子，却如同手榴弹一样结实且具有爆炸性。到了1925年的第六版，在弗洛伊德有生之年的最后一个版本，它已经增加到120页。但仍有些秘密并没有在这本书中解开：包括对于快感的定义，以及驱力和性激动的本质。纵使如此，不少问题在弗洛伊德的综合讨论之后已经清楚了许多。把性欲感受的起源推回到生命的早期阶段，让弗洛伊德可以解释——从完全自然且心理学式的角度来看，如羞耻感和恶心厌恶这类强大的情绪约束、对一般品位与道德的标准，或者文化活动，比如艺术与科学研究，所造成的影响，这当然包括精神分析。它同时也显示成人爱情根底里赤裸裸的纠结，这些全部都在弗洛伊德的世界里连结起来：即使玩笑和审美活动，及其产生的“前期快感”，都因此刻上性驱力以及发展过程的烙印。
弗洛伊德对原欲观念定义的宽松使他成为心理学的自由派，既然全人类分享相同的性欲生活，所有的男人女人在文化的制约下都是兄弟姊妹，性观念的激进者以他们所谓的“生殖器意识型态”责难弗洛伊德，因为他把成人异性恋的性交活动，配上温柔可爱的伴侣以及少量的前戏，就当作是全人类应该共同渴望的理想。虽然如此，却因为弗洛伊德没有把这个理想画面配上一夫一妻制，他的意识型态在他的年代看起来极为颠覆，即使他对于这些变态活动抱持未加谴责、中立的态度，也没有减低他的“颠覆力”。弗洛伊德相信这些因为对早期性欲对象的执著，而无法进一步发展的“变态”问题，不论是恋物癖或者同性恋，都不是过错，不是罪恶，也不是疾病，不是疯癫的形态或者堕落的症状。这是个看起来非常前卫且不体面的观点，简单来说，是个非常反布尔乔亚的观点。
然而我们必须承认，弗洛伊德不是泛性主义者。他以毫不客气的方式回拒了这种称号，并非因为他是个对原欲观念单向的奉承者，而是，他认为那些诋毁者都错了。在1920年《性学三论》的第四版序言里，他以相当严厉的口吻提醒他的读者，是德国哲学家叔本华这位反抗者和局外人，而非弗洛伊德，在不久前“所曾经强调过的，人类的目标和行动都被性欲冲动所决定”是文化的历史事实——那些坚持精神分析“以性的观点解释了所有问题”的批评者，常常太过轻率地遗忘的事实。“希望那些鄙视精神分析的人，从优越的位置意识到精神分析所扩展的性欲理论，和神圣的柏拉图所说的爱欲观，有多么接近。”如果需要，弗洛伊德，这位实证主义者以及固守原则的反形而上学者，并不介意把哲学家拿来当作思想的先祖。