第一，对“太极”的不同理解。朱熹认为“无极”是“太极”的形容，借“无极”以说明“理”的无形，“无极而太极”即为“无形而有理”。他说：“周子所谓‘无极’，正以其无方所无形状，以为在无物之前而未尝不立于有物之后，以为在阴阳之外而未尝不行乎阴阳之中，以为通贯全体，无乎不在，则又初无声臭影响之可言也。”(同上)经朱熹的这番解释，“太极”(即“理”)就成了没有任何规定性的最高抽象了。陆九渊则认为“太极”即“理”，毋需用“无极”来形容。他说：“盖‘极’者，‘中’也，言‘无极’则是犹言‘无中’也，是奚可哉”
(《象山全集》卷二《与朱元晦》之一)认为朱熹“无极而太极”之论乃“叠床上之床，架屋下之屋”，完全是多余的。(同上，《与朱元晦》
之二)
第二，对“阴阳”的不同理解。陆九渊以“无极”为多余，同他反对把“理气”，“道器”等关系分为形而上，形而下的关系是相联系的。
他说：“《易》之《大传》曰：‘形而上者谓之道。’又曰：‘一阴一阳之谓道。’一阴一阳，已是形而上者，况太极乎”(同上)这就把“阴阳”与“太极”都看成是形而上之“道”。这个批评动摇了朱熹形而上与形而下的区分。朱熹写信辩解说：
至于《大传》既日“形而上者谓之道”矣，而又日“一阴一阳之谓道”，此岂真以阴阳为形而上者哉！正所以见一阴一阳虽属形器，然其所以一阴而一阳者，乃道体之所为也。故语道体之至极，则谓之太极；语太极之流行，则谓之道。虽有二名，初无两体。(《答陆子静》，《朱文公文集》卷三十六)
这就是说，“一阴一阳之谓道”，并不是说“阴阳”是“道”，是形而上，而是“所以阴阳”者，是“道体”所为。在这里，朱熹坚持了“道”(“太极”)为形而上，“阴阳”(“气”，“器”)为形而下的观点。
朱陆之所以有此分歧，是由于陆九渊的思想体系里，没有关于宇宙形成的思想，没有“气”的范畴，因此他不能把“阴阳”理解为“气”的表现，而只能是“道”的表现；而朱熹则有比较完备的宇宙形成思想，其中“气”为一个环节，他认为“气也者，形而下之器也，生物之具也。”
(《答黄道夫》，同上，卷五十八)“阴阳，气也，五行，阴阳七者滚合，便是生物底材料。”(《朱子语类》卷九十四)由“理”(“太极”，“道”)派生出“气”，再由“气”组成事物，所以，他把“阴阳”理解为“形而下之器”。在朱熹的思想体系中，就有形而上的“理”(“道”
世界和形而下的“气”(“器”)世界的区分。陆九渊认为，朱熹的弊病就在于把“道”与“器”，“理”与“气”对立起来，而他认为“道”与“器”，“理”与“气”是统一的，都是形而上者，它们都统一于“心”的世界。陆九渊对朱熹的批评，确实揭露了道学客观唯心主义的内在矛盾。但他用“心即理”的观点来统一这个矛盾，以“心”为万物的本原，又使自己的主观唯心主义陷入了新的矛盾。陆九渊对朱熹的批评，对其形而上，形而下二元化倾向的揭露，确实动摇了道学客观唯心主义的基础。如列宁所说：“当一个唯心主义者批判另一个唯心主义者的唯心主义基础时，常常是有利于唯物主义的。”(《列宁全集》第55卷，人民出版社，1990年第2版，第243页)陆既揭露了朱在道器，理气关系上所陷入的矛盾，而陆本身又无法解决这个矛盾，那末，“道在器中”，“道不离物”的唯物主义就是解决这个矛盾的必然出路。这就是永嘉学派所做的工作。
王霸义利之辩-朱陈历史观之争。从淳熙十一年(公元年)开始，陈亮和朱熹之间开展了一场关于王霸和义利问题的争论。
朱熹以天理人欲论历史，又与其“道统”说联系起来，认为夏商周三代之帝王能承接“尧舜禹相传之密旨”，所以“惟有天理而无人欲”
(《寄陈同甫书》，《朱文公文集》卷三十六)；三代以后，天理失传，汉唐之君“无一念不出于人欲”，历史走向黑暗，“汉唐之君或不能无暗合之时，而其全体却只在利欲上”(同上)，其所行只是霸道，而不是王道；“此其所以尧舜三代自尧舜三代，汉祖唐宗自汉祖唐宗，终不能合而为一也”(同上)。朱熹此论，就把历史分割成截然不同的两段。对这种割断历史的观点，陈亮明确表示反对。他在给朱熹的信中说：“近世诸儒，遂谓三代专以天理行，汉唐专以人欲行，其间有与天理暗合者，是以亦能久长。信斯言也，千五百年之间，天地亦是架漏过时，而人心亦是牵补度日，万物何以阜藩，而道何以常存乎”
(《又甲辰秋书》，《陈亮集》卷二十八)他认为，刘邦，李世民的事功，“其德义真足以君天下”，因而“未有异于汤武也”(同上，卷三)，与三代的王道可以相接。他说：“谓之杂霸者，其道固本于王也”(《又甲辰秋书》，同上，卷二十八)；而王道中也夹杂着霸道，如行王道的三代也有征伐和谋位，如“禹，启始以天下为一家而自我之。有扈氏不以为是也，启大战而后胜之。汤放桀于南巢而为商，武王伐纣取之而为周。武庚挟管，蔡之隙，求复故业，周公违众议举兵而后胜之。”(《又乙已春书》之一，同上)可见王道正是通过霸道来实现的。
后来的王霸纷争，是从三代的王道而来的。行霸道时，也并非没有仁政，如管仲助齐争霸，也是王道的需要，孔子还称“如其仁，如其仁”。
所以霸道本于王道，王霸并用。
朱陈由王霸之争进而涉及义利问题。朱熹认为，三代的王道内本天理，而汉唐的霸道，“心乃利欲之心，迹乃利欲之迹”；因此在朱颂王道，斥霸道时，必然崇义继利，义利不两立。陈亮认为，义要体现在利上。他所说的利，并非一己私利，而是泛指“生民之利”。利和功一样，也是三代圣人所讲求的。他说：“秘书以为三代以前都无利欲，都无要富贵底人。今《诗》《书》载得如此净洁，只此是正大本子。
亮以为才有人心便有许多不净洁。‘革’道止于革面，亦有不尽概圣人之心者。圣贤建立于前，后嗣承庇于后，又经孔子一洗，故得如此净洁。”(《又乙已秋书》，同上)这里说的利欲，是本于人心，是“生民”的自然需要。而后世儒者所读的经典，是经过“孔子一洗”，从而把三代讲求生民的利欲洗净了，从而使义理与利欲对立了起来。针对朱熹所说的汉唐“无一念不出于人欲”的观点，陈亮认为，应当“大其眼以观之，平其心以参酌之”，“于驳杂中有以得其真心故也。波流进，利欲万端，宛转于其中而能察其真心之所在者”(《又乙已春书》之二，同上)；从汉高祖，唐太宗的“真心”看，“无一念不在斯民”，因此，体现了三代的义理。因此，义理就在利欲中，利体现了义，人欲体现了天理。所以陈亮认为：“王霸可以杂用，则天理入欲可以并行。”(《又丙午秋书》，同上)
朱陈王霸义利之辩，最后归之于在现实社会中如何立身处世，如何做人之争。朱熹要求陈亮“继去义利双行，王霸并用之说，而从事于惩忿窒欲，迁善改过之事，粹然以醇儒之道自律。”(同上)“奉告老兄，且莫相撺掇，留闲汉在山里咬菜根，与人无相干涉，了却几卷残书，与村秀才子寻数墨，亦是一事”(同上)。对这种“独善其身”，以“醇儒自律”的成人之道，陈亮很不以为然。陈亮认为，儒者应该以天下为己任，关心天下国家大事，做“大有为”的“英雄豪杰”，以恢复为终身大业，“穷天地造化之初，考古今沿革之变，以推极皇帝王伯之道”(《上孝宗皇帝第一书》，《陈亮集》卷一)，是为今日“陈国家立国之本末而开大有为之略，论天下形势之消长而决大有力之机”
(《上孝宗皇帝第二书》，同上)。他在给朱高的信中说：研穷义理之精微，辨析古今之同异，原心于秒忽，较礼于分寸，以积累为功，以涵养为止，啐面盎背，则亮于诸儒诚有愧焉。至于堂堂之阵，正正之旗，风雨云雷交发而并至，龙蛇虎豹变见而出没，推倒一世智勇，开拓万古之心胸，如世俗所谓粗块大裔，饱有余而文不足者，自谓差有一日之长。(《又甲辰秋书》，同上，二十八)陈亮的这种为人处世之道，表明了他对天下国家大事的积极态度和忧国忧民的心胸；而朱熹的为人处世之道，表明了他对解决现实的社会矛盾失去信心，退而讲求个人的道德修养，态度比较消极。
朱陈之间王霸义利之辩历时数年，往返书信十余封，各自阐述观点，但终于未能取得一致看法。如叶适所说：“朱元晦意有不与，而不能夺也。”(《龙川文集序》，《水心文集》卷十二以上所述，只是当时几个最着名的争论，其他的争论还有，如朱陆之间围绕《王荆公祠堂记》而进行的关于王安石和熙宁新法的争论，朱熹和陈傅良之间的争论等，不一一介绍了。这些争论，无疑有助于各派学术的深入发展，也是学术繁荣的一个重要标志。
3.书院盛行
南宋的诸多思想家，同时也是教育家。他们聚徒讲学，从者甚众，各派的学术思想从而得到广泛传播。而聚徒讲学的场所，主要是各地的书院。因此，在南宋书院盛极一时。这些书院，是大学和州，县学的官学系统以外由私人办的(个别书院是民办官助的)。当时有名的书院，有如下一些。岳麓书院。位于荆湖南路潭州(今长沙湘江西岸之岳麓山。前身为唐代僧人讲所。北宋开宝九年(公元976年)由潭州太守朱洞创建书院。宋真宗赐书“岳麓书院”匾额。
南宋初金兵南侵，毁于兵火。孝宗乾道元年(公元1165年)湖南安抚使知潭州刘珙重建，聘请张斌主持教事，一时群英骤至，人文荟萃，从学者广及东南各路，人数达千人之众，为岳麓书院史上前所未有。
岳麓书院因而成为道学湖湘学派的活动基地。湖湘学派的着名学者彭龟年，吴猎，赵方等，都曾就学于岳麓书院，为张栻之高弟。乾道三年(公元1167年)朱熹从福建崇安千里跋涉至潭州，访张栻于岳麓书院，研讨道学之义理，史称岳麓朱张会讲。光宗绍熙四年(公元1193年)朱熹任湖南安抚使知潭州，兴学岳麓，为书院聘请读书职事，学录，重订学规，亲自执教，督课，乃至谋画更建书院(更建完成在朱离任后)，使书院再次兴盛。岳麓书院具有强烈的爱国主义传统，“南轩先生岳麓之教，身后不衰。宋之亡也，岳麓诸生乘城共守。
及破，死者无算。”(《宋元学案》卷五十《南轩学案》
“长沙之陷，岳麓诸生荷戈登碑，死者什九。”(同上，《丽泽诸儒学案》)
此外，张栻在潭州建有城南书院，也很有名。
白鹿洞书院。在江西庐山五老峰下。原为唐代文人李渤隐居处。南唐升元四年(公元940年)建“白鹿洞国庠”，以李善道为洞主，掌教授。北宋咸平五年(公元1002年)改称书院。与岳麓，石鼓，应天(睢阳)并称四大书院。就学者常数十百人。后渐衰落。南宋淳熙六年(公元1179年)，朱熹知南康军，重加修茸，疏请敕额赐书，为订学规，陆续添置学田，从学者日众。朱熹所订《白鹿洞书院揭示》(亦称学规)，以“父子有亲，君臣有义，夫妇有别，长幼有序，朋友有信”为“五教之目”；“博学之，慎思之，明辨之，笃行之”为“为学之序”；“言忠信，行笃敬，惩忿窒欲，迁善改过”为“修身之要”；“正其谊(义)不谋其利，明其道不计其功”为“处事之要”；“己所不欲，勿施于人，行有不得，反求诸己”为“接物之要”。并附一长跋，以“讲明义理，以修其身，然后推己及人”为学之根本。后儒讲学，以此为准则。淳熙八年(公元1181年)二月，陆九渊访朱熹。朱与陆俱至白鹿洞书院，请升讲席，陆九渊以“君子喻于义，小人喻于利”为题发论，朱熹以为切中学者隐微深瘤之病，请陆九渊书讲义于简而受藏之。这也是当时讲学的一件大事。
石鼓书院。位于荆湖南路衡州(今湖南衡阳)石鼓山。始建于唐李宽。北宋至道年间，赐“石鼓书院”敕额。景佑三年(公元年)，州县兴学，书院遂废。南宋淳熙十二年(公元1185年)，知衡州潘时因旧址复建，其后宋若水等加以扩建，聘永嘉学者戴溪(字肖望)为山长，为置田二千二百多亩，岁收米二百多斜，以为书院经费。
从学者甚众，直至宋末不废。丽泽书院。在婺州(即金华)城中，为吕祖谦，祖俭兄弟讲学之所。有中原文献之传，博四方师友之所讲，兼取融洽。如本郡唐仲友门人傅寅有《禹贡图》，吕祖俭称其“集先儒之大成”，延之丽泽书院，列坐诸生，揭其图，使申言之，诸生不以门户之见耻受教。(《宋元学案》卷六十《说斋学案》)由此可见丽泽书院的教学风格。
要州东阳(今浙江省东阳县)有郭氏大户，郭钦止(张九成门人创石洞书院，钦止从兄良臣，良显创西园书院，良臣子郭溥创南湖书院。三书院聘朱熹，吕祖谦，叶适，薛叔似等着名学者，教授子弟，附近学子从学甚众。东阳另一大户吴文炳，亦创安田书院，先后聘兰溪徐畸，永嘉石天民，金华唐仲友等学者主教事。东阳书院学兴，起了移风易俗的作用。“东阳旧俗，以气力为雄，带刀束棍裹行道上，失意辄相仇杀；庭讼，视胜者歌舞贺之尔。“兴学后，”用儒学，又知世所尊贵学之上者，其有原本善士，千里外礼致，讬以子弟，不专请乡州先生也。嫁女取一时名人，饰遣具，从夫子所向，不以族姓当对分毫拣择为近呢恩爱也。人急难求假，必随其力以应，未尝控避。其敬贤知义有耻，拔为高明，不见卑陋。“(《郭处士墓志铭》，《水心文集》卷十三)
在当时，朱熹居于福建建阳之寒泉精舍，武夷精舍(武夷书院，紫阳书院)，考亭精舍等处，皆为讲学之所；陆九渊中年后讲学于贵溪象山书院，其弟子杨简，袁燮等讲学于明州(今浙江宁波)之慈湖东山石坡书院；陈傅良讲学于瑞安(今浙江瑞安)城南书院。此外，衙州开化县汪国观于淳熙年间，建书院于包山，初名听雨轩，聘朱熹，吕祖谦等讲学其中，庆元年间宁宗赐名“包山书院”；婺州永康县寿山固厚峰下石洞，朱熹，陈亮，吕祖谦曾讲学于此，时人称“三贤”，后人于此建“五峰书院”。一时书院众多，讲学之风大盛。