第四，即使占领中途岛，也会在补给和防御敌人反攻等方面面临严重问题。中途岛除了远离日本本土之外，面积很小，一旦遭到来自海上和空中的突袭，驻在岛上的飞机将不能疏散，损失将会很大。为了预防这种攻击，日本必须实施大规模的空中巡逻。这就得要动用大量飞机和耗费大量汽油。长此以往，补给和运输问题恐非日本力所能及。
第五，联合舰队认为，占领中途岛将有效地威胁夏威夷，沉重打击美国的作战意志，从而为早日结束战争铺平道路。军令部这种看法过于乐观。军令部认为，纵使中途岛落人日军之手，向夏威夷进军仍是极端冒险之举，同时也威胁不到美国大陆，所以，对美国士气的影响也是微不足道的。
总之，三代代表军令部告诉山本五十六的代表，战争爆发还不到半年，日本一下子就能打到夏威夷群岛的大门口中途岛，这个赌注太大了。
相反，他认为军令部的计划比较可行。新喀里多尼亚，斐济，萨摩亚等地虽离日本较远，但距美国基地也远。因而可使美国丧失维护中途岛时可能得到的有利条件。南太平洋的新喀里多尼亚等岛屿比中途岛大得多，更有军事价值。至于诱出美国舰队进行决战的问题，军令部认为，进攻斐济群岛以及萨摩亚群岛等地，比进攻中途岛更有可能达此目的。因为这些地方一旦失陷，美、澳之间的交通线就会受到致命威胁。这才是美国非救不可之地，更有可能诱使太平洋舰队出动。
吵架持续了3天，双方都不肯让步。4月5日，军令部第一部长福留少将亲自参与会谈，他一上来，不分青红皂白，对联合舰队的中途岛作战计划提出指责，并讥讽渡边只知蛮干。渡边知道自己势单力薄，没有办法，他激愤地撇下军令部人员，到隔壁房间直接通过电话向联合舰队司令部汇报争执的情况。
山本默默地听着，感到自己的权威受到了挑战，这是他决不允许的。在日本海军中，山本不仅具有指挥才干，而且具有大胆甚至冒险决策的能力。像许多日本人一样，山本有着浓厚的樱花情结，宁愿在很短的时间内凋谢，也要开放得非常灿烂。不少人把他叫做赌徒，偷袭瓦胡岛的珍珠港可以说是他进行的一次赌博，那一次他赌赢了，为日本赢得了巨大荣誉。珍珠港的胜利不仅使他名声大噪，而且使他对自己运筹战争的能力更加坚信不移。
山本听完渡边的汇报后，面无表情，以命令口吻说道：“告诉那帮混蛋，如果我的作战计划不被接受，我将辞去联合舰队司令一职。”
有山本在背后撑腰，渡边立即变得信心十足。他回到座位后，尽量刚平和的语气，但却毫不妥协地告诉福留：“归根结底，我们太平洋的整个战略的成败取决于能否摧毁美国的舰队尤其是航空母舰特种部队。海军军令部主张切断美澳之间的供应线。为了实现这一目的，它力求把某些地区置于日本控制之下，但最直接而最有效实现这一目的的方法，在于摧毁敌之航空母舰部队，没有这个部队，则敌人的供应线便无论如何也不能保持。我们相信按拟议的计划进攻中途岛，我们有把握把敌之航空母舰部队吸引出来并在决战中加以摧毁。万一敌人避免我方的挑战，我仍然可以把我方的防御周边毫无阻碍地推进到中途岛和西阿留申群岛。”
渡边最后加重语气，一字一顿地说：“山本长官对军令部的做法很不理解，表示如果军令部不通过中途岛作战计划，他将辞去联合舰队司令的职务。”
山本要辞职，这是军令部最怕的一招。在珍珠港的大胜利之后，山本大将已经成了仅次于天皇的偶像。一旦国民得知是由于军令部的反对而导致山本辞职，在座的这班人恐怕都会背上卖国的嫌疑，而且永远也洗刷不掉。毕竟在山本巨大的光环下，他们都是微不足道的人物。
讨论珍珠港作战计划时的一幕重演了，山本以辞职相要挟，迫使军令部屈从了他那表面上客客气气的讹诈。
海军军令部最终原则上同意了山本五十六的东进作战计划。但是他们并不甘心，于是，军令部抓住作战计划的一些枝节问题不放，对作战计划很多具体问题提出质疑。本来，山本五十六预定进攻中途岛的日期在6月初。但军令部执意要他推迟3个星期，理由是有更多的准备时间。双方在诸如此类的问题上争来争去，直到4月中旬还没有定下来。
正在这时，4月18日，发生了一件震动日本朝野的事件，使军令部最终同意山本的中途岛作战计划。
轰炸东京计划出笼
珍珠港事件后不久，罗斯福总统就说过，他要尽快轰炸日本本土，对日本人卑鄙的偷袭还以颜色。不过，这么远的距离去轰炸谈何容易，看来也只能想想而已。但是，有一天，美国海军总司令金上将的一位作战参谋突发奇想：如果让陆军的远程轰炸机从航空母舰上起飞，不就缩短了与日本的距离吗？日本人压根儿不会想到会有这种怪招。
这个想法引起了金上将和陆军航空兵的兴趣。于是，3月初，24组陆军机组人员集中到佛罗里达州的埃格林机场，练习在152米长的跑道上起飞B-25型双引擎轰炸机的技术。他们的指挥官是个出类拔苹的人物，既是航空学家，又是几次打破飞行纪录的勇敢的飞行员。第一个以12小时横贯美国的是他，第一个飞出别人不可能完成的动作一外圈筋斗的是他，第一个做到盲目着陆的还是他。此人就是美国航空界有名的詹姆士·杜立德中校。
4月1日，最后筛选出的16个机组悄悄抵达加利福尼亚州的阿拉米达基地，登上了“大黄蜂”号航空母舰。次日早饭后，杜立德把他们集中到饭厅，开口宣布：“各位，你们有人还不知道要去干什么，有人一直在猜测我们要干什么。那么听着，我们是去轰炸日本。13架飞机炸东京，另外3架分别轰炸名古屋、大阪和神户。海军会把我们送到尽可能靠近日本的地方，我们将从甲板上起飞，而不是你们熟悉的陆上跑道。有没有人想退出，现在讲还来得及。”
杜立德满意地看到，没有一个人怯阵。
上午，在2艘巡洋舰、4艘驱逐舰和1艘油轮的护送下，“大黄蜂”号驶过了金门桥。启程时有成千上万的人看热闹，要不了多久，他们就会知道一个惊人的消息。
几天后的4月8日，另一支舰队从珍珠港起航。为首的是威廉·哈尔西海军中将率领的“企业”号航空母舰，护航的也是2艘巡洋舰、4艘驱逐舰和1艘油轮。他们是去与来自美国本土的“大黄蜂”号会合，然后一同前往执行轰炸日本的任务。
日本人对此一无所知，直到两天后，联合舰队的无线申情报人员才截获了这支美国舰队与珍珠港的来往电报。他们推测，如果美国舰队继续西进，那八成是来轰炸东京的。日本人以其特有的精确进行了推算：舰载飞机航程有限，美国舰队必须驶到离东京400海里以内的海面才能起飞。否则，飞机就无法返回。而日本的警戒网一直延伸到离海岸700海里的地方。所以，在美国舰载机起飞之前，日本有充分的时间去攻击敌舰。
这个估计很准确，只有一点差错，美国人用的不是海军的舰载机，而是陆军的远程轰炸机，它们预定的起飞点距离目标约500海里。
4月16日，两支美国舰队会合，组成第16特混舰队，直接向东京方向驶去。各机组人员自信一定能给日本人一个奇袭，但是，3天后这种信心动摇了。因为收到了东京电台的一则广播：“英国路透社报道，美军3架轰炸机轰炸了东京。这种谎言可笑至极。日本国民对这种愚蠢的宣传毫不在意，正沐浴在和煦的阳光和芬芳的樱花中，享受无限美好的春光。”虽说是宣传，但日本军方显然已经注意到危险的来临。
次日，陆军飞行员在甲板上集中，参加一个特别的仪式。杜立德把日本过去授给美国人的勋章交给飞行员们，要他们把勋章还给日本人。飞行员们把勋章系在炸弹上，并用粉笔写上“我要火烧东京！”“请尝尝炸弹的滋味！”等讥讽的话。
玩笑开够了，杜立德宣布次日起飞，因为第16特混舰队将比原计划提前一天到达预定的起飞点。杜立德告诉大家，他将第一个起飞，预计傍晚时飞到东京。“你们在我之后两小时或三小时起飞，把我炸起的火焰当做指示灯。”
最后大家都提到了一个以前尽量回避的问题。如果在日本迫降的话该怎么办？“这就由大家自己决定了，反正我不想当俘虏。”杜立德接着说：“我先让机组人员跳伞，然后全速俯冲，哪个目标最上算就朝哪个目标冲去。我今年46岁了，已经活得心满意足了。”
次日清晨3点钟，载着预定轰炸东京的飞机的军舰在离东京还有700海里的时候，突然遇到日军潜艇。“企业”号上的雷达首先测到两艘潜艇跟踪。几分钟后，水平线上闪了闪亮光。第16特混舰队改变了航向，各舰都响起了“动员”警报。半个小时后警报解除，舰队重又朝向西面行驶，好像什么也没有发生过。
气候很坏，军舰颠簸的很厉害。天快亮的时候，3架搜索机从“企业”号起飞，侦察前方海域。一个飞行员透过灰沉沉的雾气发现了一艘日本的小型巡逻艇。他调转机头来到“企业”号上空，投下一个通信筒，内写：“发现日军的水面舰只，距离很近，估计敌人也发现了我们。”
过了不到一个小时，“大黄蜂”号上的观察哨也发现了一艘小型巡逻艇。让所有人感到震惊的是：这艘巡逻艇已经开始用明码发报说，在距东京700海里处发现3艘敌人航空母舰。
已经无秘密可保了，必须提前动手，否则整个计划就会泡汤。舰队指挥官哈尔西立即发布命令：“立即起飞，祝杜立德中校及全体出击人员幸运，上帝保佑你们。”
“大黄蜂”号舰桥上，杜立德一一与身边人员握手告别，转身奔下舷梯大喊：“行啦！伙计们，到时候了！”汽笛鸣响，喇叭中传出：“陆军飞行员注意，请立即登机！”
只有飞行员最清楚这个突然的变故意味着什么。一切部是作了精确计划的，连每加仑汽油都是算好了的。现在却突然增加了150海里的航程，而且还不得不改在白天轰炸。这将何等严重地影响他们成功的机会，以及生还的机会。尽管如此，飞行员们仍登上飞机，义无反顾地执行任务。
飞机一架接一架升空，当最后一架离舰后，哈尔西立即下令全舰队返航。出于安全考虑，杜立德他们执行完任务，不再飞返航空母舰，而是径直飞到中国大陆的机场，目的是尽量减少第16特混舰队滞留危险区域的时间。
这一天是4月18日。说来凑巧，就在最后几架美军飞机离开“大黄蜂”号，朝东京扑去之际，东京正在进行防空演习。
二、日军确定登陆日
中途岛位于太平洋中部，西距东京2250海里，东南距珍珠港1135海里，由东岛和沙岛两个环礁组成。沙岛面积稍大，东西长约3000米，南北宽约2500米，地势平坦，北部有一个港口。东岛有沙冬的一半大，呈三角形，建有飞机场。
中途岛面积虽不大，向其特殊的地理位置决定了它战略地位的重要性。所以颇受美日双方的重视。岛上的美军飞机可以警戒半径为600海里的区域，港口可用作美军航空母舰编队机动作战的补给和前进基地。鉴于其攻防两用的特殊性，中途岛顺其自然地成为美国在中部太平洋理想的战略前沿阵地。而对日军来说，占领了中途岛，就意味着可以把中部太平洋的防御圈大大向东推进，并可充分利用岛上的海空基地，有效地监视和警戒夏威夷群岛的美国太平洋舰队的行动，另一方面，占领中途岛，还可以在美国中部太平洋防御圈上打开一个大大的缺口，从而威胁夏威夷群岛，并以此为攻战夏威夷的跳板。
阿留申群岛位于日本干岛群岛的东北方，一系列小岛由西向东和美国阿拉斯加半岛。阿留申群岛东部的乌纳拉斯卡岛的荷兰港，是美国在北太平洋的重要海空军基地。西部的阿图岛可以设置水上航空基地，附近小岛可以建立大型岸基飞机场。阿图岛东面的基斯卡岛有适于建立潜艇基地和水上航空基地的港湾。基斯卡岛东面的阿达克岛海湾可容纳大型舰队。日军判断，美军将在这些岛屿上兴建一系列海空军基地，从而危及日本本土。因此，日军准备在进攻中途岛的同时，攻占阿图岛、基斯卡岛和阿达克岛，一方面牵制美军在中途岛作战兵力，另一方面建立北太平洋警戒基地。
早在1942年1月，日本海军联合舰队便设想第二阶段作战的主要任务是攻占中途岛。由于当时陆、海军之间的战略分歧以及联合舰队主力忙于南方和印度洋方面的作战，无暇顾及这-没想。从2月开始，美国航空母舰舰队频繁进行机动侵扰，特别是4月美机空袭东京等地的事件，充分暴露了日本在太平洋的防御弱点，从而促使陆海军在攻占中途岛的问题上迅速达成一致。1942年5月5日，日本大本营陆海军部就攻占中途岛和阿留申群岛西部的作战达成协议，规定：陆海军协同“攻占中途岛，封堵敌国舰队自该方面的机动，并推进我方的作战基地，……海军在以有力部队支援和掩护攻占中途岛的同时，捕捉歼灭前来反击的敌舰队”。此外，陆海军协调一致共同攻占并破坏阿留申群岛西部要地，给敌人自该地机动及空中进攻造成沉重障碍。
1942年5月26日，联合舰队最后确定了具体作战计划，其中包括3项独立但相互支援的作战行动：占领西阿留申群岛；占领中途岛；舰队决战。战役目的是为日本海军航空兵获取前进基地，继续向中太平洋和西南太平洋扩张，同时诱歼美国太平洋舰队。为此，联合舰队计划投入日本海军的几乎全部主力，并将这些兵力编为6个战术编队：
先遣部队，由第6（潜艇）舰队司令小松辉久中将指挥，下辖轻型巡洋舰1艘、潜艇15艘。任务是先行侦察中途岛的美军情况及天气状况，并在战斗打响前到达中途岛至夏威夷之间组成潜艇警戒线，用来攻击支援中途岛的美国舰队。并予在疯狂攻击。
第1机动部队，由第1航空母舰舰队司令南云忠一中将指挥，辖重型航空母舰4艘、战列舰2艘、重型巡洋舰2艘、轻型巡洋舰1艘、驱逐舰12艘，以及各类舰载飞机261架。其任务是在登陆作战之前空袭中途岛的美军机场及各种设施，消灭岛上美军航空兵，支援并掩护登陆作战，同时搜寻歼灭可能对登陆造成威胁的美国舰队。
攻占中途岛部队，由第2（重巡洋舰）舰队司令近藤信竹中将指挥，辖轻型航空母舰1艘，战列舰2艘、重巡洋舰8艘、轻巡洋舰2艘、驱逐舰21艘、水上飞机母舰2艘、运输舰船15艘，以及若干扫雷舰、猎潜艇等舰船，各类舰载飞机56架。另搭载中途岛登陆部队5800人。其任务是在第1机动部队消灭中途岛的美军航空兵后，及时地输送并掩护登陆部队占领中途岛，同时准备在中途岛附近海面截击来犯的美国舰队。