遵照会议的决定，张闻天根据毛泽东的发言内容起草了《中央关于反对敌人五次“围剿”的总结的决议》，经政治局通过后印发各支部。决议指出，“军事上的单纯防御路线，是我们不能粉碎敌人五次‘围剿’的主要原因”；同时充分肯定了毛泽东在历次反“围剿”战役中总结的符合中国革命战争规律的积极防御的战略、战术原则。
遵义会议后不久，在常委中重新进行分工，由张闻天替代博古负总责，以毛泽东为周恩来在军事指挥上的帮助者。
遵义会议在中国革命最危急的关头，依据民主集中制的原则，独立自主地解决了党中央的组织问题，结束了王明“左”倾教条主义在中央长达四年之久的统治，确立了毛泽东在党中央和红军中的领导地位，“走自己的路”，从而挽救了党，挽救了红军。
毛泽东在身处逆境的情况下，经历了长时间被孤立的痛苦磨练，他深切地领悟到团结大多数的极端重要性。长征路上，他在中央领导层中一个一个地做工作，让正确的意见为大多数人所接受，这才实现了遵义会议的巨大转折。贺子珍说：遵义会议后，毛泽东对我感叹地讲：“办什么事都要有个大多数啊！”
她比别人更清楚地察觉到：“毛泽东在遵义会议以后，有很大的变化，他更加沉着、练达，思想更加缜密、周到，特别是更善于团结人了。”遵义会议后的新的中央，改变“左”倾宗派主义的干部政策，对犯了错误的人既严肃批评，又热情团结。同时，对以前受到错误打击的人进行平反。江华回忆说，“毛主席有发言权了，我们这些受错误路线打击的人，也逐渐得了‘赦免’。”罗明回忆道：“遵义会议后，毛泽东同志指示要起用受王明路线打击的干部。总政治部地方工作部通知刘晓任红一军团政治部地方工作部长，我任红三军团政治部地方工作部长。”
被诬陷为江西“罗明路线”代表的邓小平，在遵义会议前已被任命为中共中央秘书长。对被诬陷为“罗明路线”在军队中的代表而被开除党籍，判刑五年的萧劲光，遵义会议刚开完，周恩来就向他宣布：“会议认为，你的问题过去搞错了，取消了对你的处分，决定恢复你的党籍、军籍，中央还考虑要重新安排你的工作。”
二、大规模的运动战
1、四渡赤水和强渡金沙江
遵义会议期间，蒋介石对红军的围追堵截又作了新的部署，调集40万兵力，企图将中央红军3.5万多人围歼于乌江西北地区，红军周围的局势变得更加严峻了。
在这种情况下，中革军委决定，部队从1月19日开始逐次向北转移，在川黔交界处的赤水、土城地区集中。20日，中革军委下达《渡江作战计划》，决定在宜宾、泸州之间北渡长江，进入川西北，同红四方面军会合，创立新的根据地。
红军分三路在27日全部推进到赤水河以东地区，不料遇到川军郭勋祺的追击。如果不打掉这股尾追敌军，红军将难以北渡长江。因此，毛泽东在向土城镇行军途中，同朱德、周恩来、刘伯承等商议，认为道路两边是山谷地带，如果追兵孤军深入，红军可以在土城以东的青杠坡利用有利地形，集中优势兵力，围歼川军郭勋祺师。
这场战斗是由毛泽东提议而经红军总部决定的，以红三、五军团为作战主力于28日凌晨打响。川军遭到重大打击，红军也付出不少代价。经过连续几个小时激战，没有取得较大战果。后来从抓获俘虏的番号中发现，原来的情报有误，敌军不是4个团六千多人，而是6个团1万多人。对川军的战斗力也估计不足，它的增援部队又即将开到，战局逐渐对红军不利。红军立刻由陈赓、宋任穷率领军委纵队干部团上前增援。在朱德亲临前沿阵地指挥下，干部团猛打猛冲，终于打退了川军的进攻，稳住了阵地。毛泽东在山头上看到这种情景，称赞道：“陈赓行，可以当军长。”接着，原已北上进攻赤水县城的红一军团赶回参战，把阵地巩固了下来。这就是土城战斗。
当晚，毛泽东提议召集中央政治局几个领导人开会。会议根据各路国民党军队正奔集而来进行围堵的新情况，判明原定在这里北渡长江的计划已不能实现，决定迅速撤出战斗，渡赤水河西进。这次战斗打得并不好。博古那时曾说：看起来，狭隘经验论者指挥也不成。
中革军委根据会议决定，于1月29日3时发布中央红军《一渡赤水河的行动部署》。中央红军除少数部队阻击敌军外，主力分三路纵队一渡赤水，进入川南古蔺、叙永地区。这时，川军潘文华部36个团已部署在长江南岸的赤水、古蔺、叙永一带，防止红军从这里北渡长江。毛泽东和军委领导人认为在这种情况下，不应恋战，立刻指挥各军团避实就虚，摆脱川军，进入云南省威信县扎西地区。
2月8日，毛泽东随中央军委纵队于2月8日进驻扎西镇，出席在这里举行的中央政治局扩大会议。毛泽东在会上总结了土城战斗失利的三条教训：“一、敌情没有摸准，原来以为四个团，实际是六个团，而且还有后续部队；二、轻敌，对刘湘的模范师的战斗力估计太低了；三、分散了兵力，不该让一军团北上。我们要吸取这一仗的教训，今后力戒之！”他提出回师东进、再渡赤水，重占遵义的主张。他的理由是：应该利用敌人错觉，寻找有利战机，集中优势兵力，发扬红军运动战的特长，主动地消灭敌人。为此必须整编部队，实行轻装，精简机构，充实连队。
当川军潘文华部和滇军孙渡部从南北两个方向进逼扎西时，中央红军突然掉头东进，再渡赤水河。中央发布《告全体红军指战员书》，指出：为了有把握求得胜利，“红军必须经常地转移作战地区，有时向东，有时向西，有时走大路，有时走小路，有时走老路，有时走新路，而唯一的目的是为了在有利条件下求得作战的胜利。”
2月15日，军委发布了《二渡赤水河的行动计划》。中央红军在2月20日前后第二次渡过赤水河，神速东返，矛头直指敌军中的薄弱部分——黔军王家烈部，使战役态势迅速向有利于我而不利于敌的方向转化。
中央红军重返黔北，又出乎蒋介石的意料。蒋介石急令黔军确保遵义，又令薛岳增援黔军。这样，在遵义的激战便难以避免。
中央红军重返黔北以后，毛泽东决心打一次大仗。根据敌情变化，他果断地决定：以红五军团的三十七团在官渡河、良村、双龙场一带阻止四川追敌；以红一、三军团及干部团夺取桐梓、娄山关，重占遵义。
红三十七团巧施妙计，声东击西，逐步把川军3个旅9个团引向温水方向，达6天之久。在红三十七团北线阻敌的同时，红一、三军团与干部团胜利地进行了遵义战役。这次战役，先后击溃和歼灭国民党军队2个师又8个团，俘敌约3000人，取得了长征以来最大的一次胜利。
毛泽东闻报极为高兴，就在我中央红军全部攻占娄山关不久，便一口气登上娄山关。这时，天空突然露出了笑脸，他远眺如血残阳映照着巍峨的群山，俯瞰依然飘着硝烟的战场，不由浮想联翩，心潮澎湃，诗兴大发，正酝酿着一首名词《忆秦峨·娄山关》：
西风烈，
长空雁叫霜晨月。
霜晨月，
马蹄声碎，
喇叭声咽。
雄关漫道真如铁，
而今迈步从头越。
从头越，
苍山如海，
残阳如血。
中央红军二渡赤水和遵义大捷，是蒋介石布置川、黔、滇围攻中最大的一次失败。他哀叹：这是“国军追击以来的奇耻大辱。”接着，当蒋介石重新调整部署、指挥军队向遵义一带合围，中央红军又由遵义向西开进。3月10日，毛泽东在苟坝出席中央政治局扩大会议，讨论林彪、聂荣臻提出的进攻打鼓新场（现金沙县）的建议。
周恩来回忆说：“从遵义一出发，遇到敌人一个师守在打鼓新场那个地方，大家开会都说要打，硬要去攻那个堡垒。只毛主席一个人说不能打，打又是啃硬的，损失了更不应该，我们应该在运动战中去消灭敌人嘛。但别人一致通过要打，毛主席那样高的威信还是不听，他也只好服从。但毛主席回去一想，还是不放心，觉得这样不对，半夜里提马灯又到我那里来，叫我把命令暂时晚一点发，还是想一想。我接受了毛主席的意见，一早再开会议，把大家说服了。”
会后，中革军委给各军团发出《关于我军不进攻新场的指令》的电报，避免了一次将要发生的重大损失。毛泽东从这件事中得到一条教训：作战不能再像过去那么多人来集体讨论，还是成立一个几个人的小组。经他提议，中央决定成立毛泽东、周恩来、王稼祥组成的新三人团，全权指挥作战，以周恩来为团长。
这时，由于红军的行动忽东忽西，飘忽不定，迂回曲折，穿插于国民党重兵之间，使蒋介石无法摸清红军的战略意图，只得分散兵力，四面防境；为了进一步迷惑对方，调动国民党军队西移，红军在3月16日下午至17日中午分别从茅台附近三个渡口第三次渡过赤水河，向西进入川南古蔺地区，并派一个团伪装主力继续向西北挺进，主力却在附近山沟丛林里隐蔽集结。
蒋介石得到飞机侦察的情报，果然误以为红军又要北渡长江，急忙调集各军迅速奔集川南古蔺地区。20日，蒋介石还得意地声称：“剿匪成功，在此一举。”
在达到调动国民党各路军队大举西向的目的后，红军决定立刻掉头再次东渡赤水河，返回贵州。20日下午，党中央和总政治部向各军团发出指示：“这次东渡，事前不得下达，以保秘密。”
这时，贵州境内的国民党兵力已十分空虚。红军主力在3月21日晚至22日晨神速地第四次渡过赤水河。“四渡赤水”，充分显示出中央红军在遵义会议后一反以前的情况，好像忽然获得了新的生命和活力。它是毛泽东在军事指挥中的“得意之笔”。红军第四次渡过赤水河，完全出乎蒋介石的意料之外。他们随即挥师南下，大踏步越过遵义仁怀大道。31日南渡乌江，跳出国民党军队的合围圈。中央红军在毛泽东的精心指挥下，成功地跳出了国民党军队的包围圈，将前锋直道贵阳。当时担任红军总参谋长的刘伯承回忆道：
“这时候，蒋介石正亲自在贵阳督战，慌忙调云南军阀部队来‘保驾’，又令薛岳和湖南部队东往余庆、石阡等地布防，防止我军东进与二、六军团会师。在部署这次行动时，毛主席就曾说；‘只要能将滇军调出来，就是胜利。’果然，敌人完全按照毛主席的指挥行动了。于是，我军以一军团包围贵阳东南的龙里城，虚张声势，迷惑敌入。其余主力穿过湘黔公路，直插云南，与驰援贵阳的滇军背道而行。这次，毛主席又成功地运用了声东击西的灵活的战术，‘示形’于贵阳之东，造成敌人的过失，我军得以争取时机突然西去。
一过公路，甩开了敌人，部队就像插上了翅膀，放开大步，一天就走一百二十里。途中，连克定番（今惠水）、广顺、兴义等县城，并渡过了北盘江。四月下旬，我分三路进军云南：一路就是留在乌江北牵制敌人的别动支队九军团，他们打败了敌人五个团的围追，入滇时，占领宣威，后来经过会泽，渡金沙江；另两路是红军主力，攻克瞮益、马龙、寻甸、嵩明等地，直逼昆明。这时，滇军主力全部东调，云南后方空虚，我军入滇，吓得龙云胆战心惊，忙将各地民团集中昆明守城，我军却虚晃一枪，即向西北方向金沙江边挺进。”
进入云南后，红军的主要任务是：抓紧“滇军主力全部东调，云南后方空虚”的机会，以最快的速度抢渡天险金沙江，把一直紧紧尾追堵截的国民党军队远远抛在后面。
毛泽东当年指挥红军渡金沙江时住过的山洞。红军进入云南东部平原后，出现一个很大的困难：“由于没有地图，对云南的地形道路很陌生，靠一份全省略图，地点路线都很不准确。全军都不知道金沙江渡口的位置在哪里，仅靠询问向导探索前进。用这种侦察方法，至多只能查明两三天的行程，往往要走不少弯路。”4月28日，先遣分队在通往昆明的公路上，截获一辆汽车，车上有龙云送给薛岳的云南省十万分之一的地图，毛泽东知道后十分高兴。他说：“我们正为没有云南详图而犯愁的时候，敌人就送上门来了，真是解了燃眉之急！”“从一定意义上说，这一战绩比在战场上缴获的武器还重要，可谓巧获呀！”
当晚，毛泽东同中共中央、中革军委负责人立刻开会，研究抢渡金沙江的行动部署。他说：遵义会议后，我军大胆穿插，机动作战，把蒋介石的尾追部队甩在侧后，获得了北渡金沙江的有利时机。云南境内的地形条件，不像湖南、贵州有良好的山区可以利用，我军不宜在昆明东北平川地带同敌人进行大的战斗。我军应该趁沿江敌军空虚，尾追国民党军距我们还有三四天行程，迅速争取渡金沙江的先机。
中革军委一面派先锋团直逼昆明，迫使云南当局调兵固守昆明，削弱金沙江的防务，一面率主力迅速北上到金沙江南岸，准备过江。
金沙江，是长江的上游，两岸崇山峻岭，水流湍急，吼声如雷，素称天险。毛泽东和中革军委决定：在洪门渡、龙街渡、皎平渡三个渡口抢渡金沙江，毛泽东等随中央纵队从皎平渡渡江。从5月3日至9日，中央红军主力全部渡过金沙江。国民党追兵在薛岳率领下赶到金沙江边时，已在红军过江后的第七天，船只已经烧毁，只能隔江兴叹。这样，红军就摆脱了几十万国民党军队的紧追堵截，取得了战略转移中的决定性胜利。
2、批评林彪
渡过金沙江后，红军得到几天的休整时间。5月12日，毛泽东在四川会理城郊出席中共中央政治局扩大会议。会议主要讨论：一是总结遵义会议以来的战略方针；二是确定中央红军的当前任务，以统一领导核心和高级将领的认识。
这次会议是必要的，并且是必需的。参加过会议的聂荣臻曾回忆道：“四渡赤水以后到会理会议期间，在中央红军领导层中泛起一股小小的风波。算是遵义会议后一股小小的余波。遵义会议之后，教条宗派主义者们并不服气，暗中还有不少活动。忽然流传说毛泽东的指挥也不行了，要求撤换领导，林彪便是带头倡议的一个。”林彪当时向中革军委写了一封信。信的大意是：毛、朱、周随军主持大计，请彭德怀任前敌总指挥，迅速北进与四方面军会合。
这次会议讨论是很热烈的，有总结，有批评。毛泽东在会上发言指出，面对强大敌军的围追堵截，我们中央红军“四渡赤水”，采取了灵活机动的战略战术，打痛了敌军，调动了敌军，把敌军甩在了后面。针对林彪所谓“走弓背路”、“会把部队拖垮”的错误意见，毛主席批评说：“你是个娃娃，你懂得什么！？”并且还说，“这个时期直接跟敌人顶不行，多走点路还是有好处的。”周恩来、朱德等人发言支持毛泽东，称赞他在危急的情况下，采取兜大圈子、机动作战的方针，这样才摆脱了敌军的重兵围剿。会议一致认为：大家都有义务维护遵义会议确定的政治和军事领导的团结，反对抵触情绪。