训令中也有不正确的内容，主要是：“没收地主阶级的一切土地财产，没收富农的土地及多余的耕牛、农具、房屋，分配给过去分田不够的及尚未分到田的工人、贫农、中农，富农则分与较坏的劳动份地。”这实际上就是“地主不分田”、“富农分坏田”。
第二天，苏区中央局做出《关于查田运动的决议》，特地指出：“党和苏维埃政权过去对于土地问题解决的不正确路线（如‘抽多补少，抽肥补瘦’，‘小地主的土地不没收’等），在许多区域中土地问题还没有得到彻底的解决。”这就给查田运动预先定下了调子。在这种情况下，毛泽东的处境自然是艰难的。
为了具体指导查田运动的进行，6月17日至22日，毛泽东在叶坪主持召开瑞金、会昌、于都、长汀等8县的区以上苏维埃负责人查田运动大会。6月25日至7月1日，又在叶坪召开8县贫农团代表大会。接着，江西、粤赣、福建等省也分别召开所属各县的查田运动大会，深入动员，并做出行动部署。
在8县查田运动大会上，毛泽东作了《查田运动的群众工作》的报告，具体阐述了这次运动的策略和方法。
对划分阶级，他采取十分慎重的态度，强调了两个区分：一个是严格区分中农和富农，另一个是也要区分富农和地主。他说：“富农与地主有分别。富农自己劳动，地主自己不劳动，所以对地主取消灭的政策，对富农则取削弱的政策。因此消灭富农的倾向是错误的，同时不应该把富农成分当做地主待遇。”他更着重地指出：“联合中农是土地革命中最中心的策略。中农的向背，关系土地革命的成败。所以要反复向群众说明这个策略，说明侵犯中农利益的〔是〕绝对不许可的。为了联合中农、不侵犯中农起见，要提出‘富裕中农’来说明他，要着重说明富农与中农交界地方，使富裕中农稳定起来。”提出“富裕中农”这个问题，是具有深远意义的创见，说明毛泽东对中国农村阶级状况的认识更加细致和切实了。以后，他对这个问题的分析不断发展，对正确处理中国土地革命这个异常复杂的问题起着极其重要的指导作用。
在查阶级的工作方法上，他很有针对性地讲到四个问题：“一、查田运动是查阶级，不是按亩查田。按亩查田，要引起群众恐慌，是绝对错误的。二、查阶级是查地主富农阶级，查剥削者，查他们隐藏在农民中间而实在不是农民的人，查这些少数人。决不是查中农、贫农、工人的阶级，因此不得挨家挨户去查，挨家挨户去查要引起群众恐慌，是绝对错误的。三、查阶级之前，一定要经过宣传的阶段，即讲阶级的阶段。不经过公开的普遍的讲阶级就动手去查，要引起群众恐慌，是绝对错误的。四、查阶级要发动工会、贫农团的会员及其他群众多数人去查，要群众查了随时报告贫农团与查田委员会。不应该只是少数人去查，少数人去查要引起群众恐慌，是绝对错误的。”
对通过阶级的问题，他也采取很慎重的态度。指出：“通过阶级就是决定阶级成分，是对这个人决定生死的时候，故要十分谨慎。一定要是查清楚了的才能提出去通过。”“如有疑问的，移到下次讨论，此次不要通过。”“如果过去有通过错了的，如把中农当富农，富农当地主，地主当富农，应该推翻原案。要在群众大会上说明过去错误了，现在改正的理由，取得群众的满意。”“如果将错就错，不肯改正，那是完全不对的。”
7、8月间，查田运动已在中央苏区内全面展开，土地分配状况得到了改善。但在运动发展中也出现一些偏向，主要是侵犯中农利益和把富农当地主对待。不少地方把富农的家产全部没收了。有的地方把革命前五六年甚至十几年请过长工的人，或者只请过一两年长工的富裕中农也放在富农一类。瑞金城区的查田，一开始就按家按亩去查，查得中农恐慌起来，竟有中农跑到苏维埃政府请求把自己的成分改为贫农，说：“中农危险得很，挨上去就是富农，改为贫农咧，隔富农就远了一点。”
针对实际工作中出现的这些偏向，毛泽东在8月间发表了《查田运动的初步总结》。他肯定了查田运动取得的成绩，同时指出：“侵犯中农的倾向是最严重的危险”，是“‘左’的机会主义倾向”。他也谈道：不少地方把富农当地主来对待，“这一错误的来源，是由于抹煞富农的劳动力”。“对富农的不正确观念，也无疑要影响到中农上去。”
毛泽东在赣南、闽西八个县贫农团代表会议上讲话和《怎样分析阶级》一文。在查田运动中发生的许多问题，有些是以往的文件中缺乏具体规定或规定得不明晰，有些是工作人员对已有规定的解释不正确或在执行上发生错误。王观澜回忆道：“起初只从表面生活来看，从政治势力来看。随着斗争的深入，才开始从剥削关系、剥削数量来分析。”为着解决这个问题，10月间，临时中央政府批准毛泽东6月下旬所写的《怎样分析农村阶级》，并通过他主持制定的《关于土地斗争中一些问题的决定》，同时予以公布。
《怎样分析农村阶级》明晰地提出了如何分析地主、富农、中农、贫农、工人的原则，作为划分农村阶级成分的标准。这个文件，不仅对中央苏区的土地改革工作起了指导作用，在全国解放战争期间又经中共中央重新印发，成为当时土地改革工作的指导文件。
《关于土地斗争中一些问题的决定》是10月10日由临时中央政府通过的，对当时土地斗争中遇到的二十个实际问题做出具体的规定和解释。例如，自己劳动还是自己不劳动或只有附带劳动，是区别富农和地主的主要标准。《决定》中写道：“在普通情形下，全家有一人每年有三分之一时间从事主要的劳动，叫做有劳动。全家有一人每年从事主要劳动的时间不满三分之一，或每年虽有三分之一时间从事劳动但非主要的劳动，均叫做有附带劳动。”
又如，关于富裕中农的问题，《决定》写道：“富裕中农是中农的一部分，对别人有轻微的剥削。其剥削收入的分量，以不超过其全家一年总收入的百分之十五为限度。在某些情形下，剥削收入虽超过全家一年总收入百分之十五，但不超过百分之三十，而群众不加反对者，仍以富裕中农论。在苏维埃政权下，富裕中农的利益，应与一般中农得到同等保护。”
这两个文件，具有原则上的明晰性和实际工作中的可操作性。这正是毛泽东在工作作风上的重要特征。对它的意义，王观澜评论道：“这样打击面就可缩小，拥护的人就多了，可以团结百分之九十五以上的人。地主、富农则下降到百分之五左右。这是一个很重要的问题。”
毛泽东、项英等签署发出的临时中央政府公布《关于土地斗争中一些问题的决定》的命令中写道：“凡在1933年10月10日以前各地处置之阶级成分有不合本决定者，应即依据本决定予以变更。”这以后，实际工作发生了很大转变。胜利县原来划定的地主、富农有2116家。10月间根据两个文件进行复查后，有1300多家改为中农和贫农。会昌县乌径区，由富农改划为中农的有35家，改划为贫农的有4家，由地主改划为富农的有18家。于都县段屋区由地主、富农改划为中农和贫农的有40家。
四、踏上长征路
1、挨整受批
1933年下半年，蒋介石在德、意、美等军事顾问参与策划下，经过半年准备，对中央红军和革命根据地发动第五次大规模军事“围剿”。他吸取前几次“围剿”失败的教训，强调要实行“三分军事，七分政治”的方针：在根据地周围地区实行保甲制度和“连坐法”，对根据地实行更严密的经济封锁，在军事上采取“堡垒主义”和逐步推进的新战术。他调集100多万军队，自任总司令。先以50万兵力，分北路、南路、西路从三面围攻中央苏区。9月下旬，它的主力北路军开始发动进攻，28日进占黎川。
这时，中央苏区红军主力已发展到8万多人，同国民党军队的兵力对比是一比六。尽管形势严峻，然而比起第三次反“围剿”时的一比十和第四次反“围剿”时的一比十几来，还是要好一些。如果红军能够采取正确的符合实际情况的战略策略，仍有可能打破这次“围剿”。
但中共临时中央却准备以冒险主义的进攻路线来打破这次“围剿”。5月12日，临时中央决定增补博古、项英为中革军委委员，规定中革军委主席朱德在前方时由项英代理主席职务，实际上由临时中央总负责人博古控制军事指挥权。6月13日，临时中央提出将中央红军主力分离作战的方针，实行“两个拳头打人”。博古并不懂得军事，完全依靠于9月底到达中央苏区的由共产国际派来的德国人李德（原名奥托·布劳恩）负责指挥作战。他们放弃过去几次反“围剿”战争中行之有效的积极防御方针，提出要进行“中国两条道路的决战”，在黎川失守后又命令红军主力北上“御敌于国门之外”，实行所谓“不让敌人蹂躏一寸苏区”土地的方针。
由于国民党军队在数量上占着绝对优势，并且包括了蒋介石许多装备精良的嫡系主力部队，同他们硬拼显然是十分不利的。红军主力在硝石、资溪桥和浒湾连续多次强攻失利，陷于被动地位。
博古、李德在失利面前，不但没有从战略决策上进行检查，反而归罪于战场上的指挥员，说要找出“罗明路线在军队中的代表”。他们追查萧劲光在黎川失守中的责任，说他是退却逃跑，主张处以极刑。幸而毛泽东、王稼祥等人据理力争，才保住了萧劲光的命。不久，他便被调到红军大学任战术教员。
当时，出现过一个对红军打破“围剿”很有利的机会：曾在上海奋起“一·二八”抗日作战的国民党军第十九路军将领蔡廷锴、陈铭枢、蒋光鼐和国民党内反蒋势力李济深等，发动了福建事变，11月在福建成立中华共和国人民革命政府，提出了“打倒日本帝国主义，收复东北失地”，“打倒卖国残民的南京政府”等口号。在这以前他们派代表同红军谈判合作，双方草签了抗日反蒋的初步协定。福建事变发生后，蒋介石不得不从“围剿”中央苏区的前线抽调九个师转入福建，讨伐十九路军。
毛泽东向中共中央建议：以红军主力冲破国民党军队的围攻线，“突进到以浙江为中心的苏浙皖赣地区去，纵横驰骋于杭州、苏州、南京、芜湖、南昌、福州之间，将战略防御转变为战略进攻，威胁敌之根本重地，向广大无堡垒地带寻求作战。用这种方法，就能迫使进攻江西南部福建西部地区之敌回援其根本重地，粉碎其向江西根据地的进攻，并援助福建人民政府”。
但是，博古和李德继续把福建人民革命政府这些中间派力量看成“最危险的敌人”，又害怕红军主力向苏浙皖赣地区突进会造成中央苏区的丢失，拒绝采纳毛泽东的这个建议。结果，孤立无援的福建人民革命政府在蒋介石的军事进攻和政治分化下很快失败，红军也因错失时机而无法打破“围剿”。
1934年1月中旬，中共中央在瑞金召开六届五中全会，毛泽东没有参加这次会议，在会上被选为中共中央政治局委员。这次会议继续认定第五次反“围剿”斗争“即是争取苏维埃中国完全胜利的斗争”，号召全党“集中火力反对主要危险的右倾机会主义”，把毛泽东在土地问题上的一系列主张指责为“富农路线”。会议期间，周恩来向博古表示：以张闻天代替毛泽东担任人民委员会主席一事“似无此必要”。但是博古等人坚持原议。
1月22日起，召开第二次全国苏维埃代表大会。在大会选出的第二届中央执行委员会第一次会议上，毛泽东继续当选为中央执行委员会主席。会议还通过中共中央提议的改由张闻天代替毛泽东担任人民委员会主席的职务。
3月15日，第二届人民委员会发布第一号训令，提出：“在继续开展查田运动中，必须坚决反对拿‘算阶级’来代替查阶级，拿百分数的计算代替阶级斗争。”提出：“必须打击以纠正过去‘左”的倾向为借口，而停止查田运动的右倾机会主义。”“右倾机会主义是目前的主要危险。”这些，显然都是针对毛泽东的主张来说的。训令还规定：“在暴动后查田运动前已经决定的地主与富农，不论有何证据不得翻案，已翻案者作为无效。”这就使查田运动中的“左”的错误又进一步发展起来，扩大了打击面，增加中央苏区内的社会混乱。
与此同时，博古等继续批“邓、毛、谢、古”，追查所谓“小组织派别活动”。博古对江西省委负责人说：“毛泽覃、谢维俊还与毛泽东通信，他们心里还不满，这是派别活动。”这使许多人有了顾忌，不敢接近毛泽东。为了不牵连或少牵连别人，毛泽东也很少再和别人谈话。
这时，他的亲属都因受株连而遭到打击。长期管文件的贺子珍，改当收发。毛泽覃一直挨批，被撤职，要追查他的“反党活动”，并以开除党籍相威胁。贺子珍的哥哥贺敏学，被免去红二十四师代理师长职务，到红军大学学习。贺子珍的妹妹、毛泽覃的爱人贺怡，被撤掉瑞金县委组织部副部长的职务，到中央党校接受批判。贺怡想不通，有时到贺子珍家里来诉苦，说到伤心处，不禁泪下。静静地听着的毛泽东伤感地说：“他们整你们，是因为我。你们是受了我的牵累呀！”
毛泽东后来对外国朋友说起过他这段异常艰难的处境：“他们迷信国际路线，迷信打大城市，迷信外国的政治、军事、组织、文化的那一套政策。我们反对那一套过‘左’的政策。我们有一些马克思主义，可是我们被孤立。我这个菩萨，过去还灵，后头就不灵了。他们把我这个木菩萨浸到粪坑里，再拿出来，搞得臭得很。那时候，不但一个人也不上门，连一个鬼也不上门。我的任务是吃饭、睡觉和拉屎。还好，我的脑袋没有被砍掉。”
在这种逆境中，毛泽东抓紧时间，认真阅读马列主义着作，总结革命经验。他在1957年曾感慨地同曾志谈起过：“我没有吃过洋面包，没有去过苏联，也没有留学别的国家。我提出建立以井冈山根据地为中心的罗霄山脉中段红色政权，实行红色割据的论断，开展‘十六字’诀的游击战和采取迂回打圈战术，一些吃过洋面包的人不信任，认为山沟子里出不了马克思主义。一九三二年（秋）开始，我没有工作，就从漳州以及其他地方搜集来的书籍中，把有关马恩列斯的书通通找了出来，不全不够的就向一些同志借。我就埋头读马列着作，差不多整天看，读了这本，又看那本，有时还交替着看，扎扎实实下功夫，硬是读了两年书。”“后来写成的《矛盾论》、《实践论》，就是在这两年读马列着作中形成的。”