会上有人提出把毛泽东召回后方，专负中央政府工作责任，由周恩来负战争领导的总责。周恩来承认前方确有以准备为中心的观念，有等待倾向，但指出后方对毛泽东的批评过分，不同意把毛泽东调回后方，认为“泽东积年的经验多偏于作战，他的兴趣亦在主持战争”，一如在前方则可吸引他贡献不少意见，对战争有帮助”。他提出可供选择的两种方案：“一种是由我负主持战争全责，泽东仍留前方助理；另一种是泽东负指挥战争全责，我负监督行动方针的执行。”朱德、王稼祥也不同意毛泽东离开红军领导岗位。多数与会者认为毛泽东“承认与了解错误不够，如他主持战争，在政治与行动上容易发生错误”。毛泽东因既然不能取得中央局的全权信任，坚决不赞成由他“负指挥战争全责”。会议最后通过周恩来提议中的毛泽东“仍留前方助理”的意见，同时批准毛泽东“暂时请病假，必要时到前方”。
会后，毛泽东准备到长汀福音医院疗养。他对王稼祥说：算了吧，我们是少数，还是服从多数吧！对向他送别的周恩来表示：前方军事急需，何时电召便何时来。
正当宁都会议期间，临时中央常委会在10月6日开会讨论苏区中央局的问题。博古批评道：“分散工作的观点，我是坚决反对的。在这里泽东又表现他一贯的观念，同时伍豪不能将自己正确路线与自己的权威与之作坚决斗争，而表示没有办法，又暴露一次调和以至投降的弱点。泽东的观点是保守、退却。”同时还强调：“我以为应该做坚决的斗争，但不一定指出泽东名字，而与他的倾向在党内作积极的斗争，这因为要估计到泽东在苏区红军中的威信。”张闻天表示：“泽东可调回后方做苏维埃工作。会议决定，立即去电苏区中央局。
苏区中央局接到临时中央这个指示电时，宁都会议已经结束，毛泽东已离开前线回后方。留在宁都的中央局委员继续开会，根据临时中央来电，决定毛泽东回后方主持临时中央政府工作，红一方面军总政治委员一职由周恩来代理。10月26日，临时中央又正式任命周恩来兼任红一方面军总政治委员。
第二年6月上旬，在宁都再次召开中央局会议时，毛泽东对前次宁都会议提出批评、但博古作的结论中重申那次会议是正确的，说没有第一次宁都会议，就没有第四次反“围剿”的胜利。1936年9月中旬中共中央政治局会议上，毛泽东再次讲到宁都会议，说撤掉军职“是缺席裁判，并且不通知”，这完全是一种“高慢的宗派主义”。
宁都会议解除了毛泽东在红军中的领导职务，迫使他暂时离开红军。这不仅是对毛泽东的打击，而且最后导致了第五次反“围剿”的失败和中央革命根据地的丧失。
毛泽东在10月中旬抵达长汀福音医院养病，在院长傅连暲安排下住进老古井医院休养所——一栋两层的花园小楼房里。他一到医院，就去探视在这里分娩的妻子贺子珍。在休养所里，还住着正在养病的周以栗、陈正人，他们也受到“左”倾教条主义领导人的打击。三个人几乎每天都在一起聚谈，毛泽东毫不隐讳自己对许多问题的看法。据贺子珍回忆，毛泽东当时说：
“教条主义真害死人！他们不做实际工作，不接触工人、农民，却要指手画脚，到处发号施令。同国民党打仗，怎样才能取胜？农民为什么会革命？他们懂吗？”
他还同在福音医院治伤而即将出院的福建省委代理书记罗明长谈了一次，特别强调要在上杭、永定、龙岩等老根据地发展游击战争，以牵制和打击国民党军队主力的进攻。
罗明出院后，在长汀主持召开中共福建省委会议，传达毛泽东的意见，得到大家的赞同，省委立刻决定派罗明为特派员到杭、永、岩一带进一步开展游击战争。他到那里后，根据当地的实际情况，向省委写了《对工作的几点意见》，提出红军应向敌人力量薄弱的地区发展，以巩固和扩大闽西根据地；对扩大红军要有计划有步骤地进行，不能一味削弱地方武装去“猛烈扩大红军”等。这在后来被认为是所谓“罗明路线”的“铁证”。
当临时中央总负责人博古等从上海进入中央苏区时，途经上杭，罗明去迎接他。博古就责问罗明：“你是省委代理书记，不领导全省工作，来杭、永、岩干什么？”罗明回答：“是按照毛泽东同志的指示并经省委研究决定，来这里开展游击战争的。”博古问罗明对当前斗争有什么意见，罗明谈到要和各党派、各军队联合起来共同抗日。他还没有讲完，博古便不耐烦地说：“吃饭了，不谈了。”博古到长汀时，有人提议去看一下正在疗养的毛泽东。博古又说：毛泽东有什么可看的。所有这些都预示着毛泽东的处境将更加困难。
三、身处逆境为党分忧
1、重新主持临时中央政府工作
进入1933年，当湘鄂西和鄂豫皖两个苏区的红军主力相继退出原有根据地后，蒋介石便集中50万兵力开始对中央苏区进行第四次“围剿”，同时进一步加紧经济封锁。他们把这两手同时并用：军事“围剿”是“杀死政策”，经济封锁是“饿死政策”，中央苏区军民面临着打破敌人军事“围剿”和经济封锁两大任务。打破军事“围剿”，由在前方的周恩来、朱德指挥，打破经济封锁这副艰难的担子便主要地落到毛泽东的肩上。
这时，中央苏区内部的状况已发生一个重要变动。1月下旬，在中共临时中央负总责的博古等因为在国民党统治下的上海已难以立足，转移到中央苏区的中心——瑞金，直接领导中央苏区的工作。
2月中旬，被撂在长汀休养了四个月的毛泽东，接到召他回瑞金主持临时中央政府工作的命令。他带着贺子珍、孩子及警卫员一同回到瑞金，住在临时中央政府所在地叶坪村，但把他调回来工作其实是有条件的。中央档案馆保存着临时中央或苏区中央局在上年11月留下的一份残缺的电报，里面写道：“我们可以同意现在召回泽东同志与公开批评他的错误观点，批评方法应该说服教育，并继续吸引他参加领导机关的工作，不然，在目前将削弱我们的地位。”可见，他是在得不到信任的困难条件下重新出来工作的。
毛泽东一出来主持临时中央政府的工作，首先抓的是要使人民委员会的机构正常运转起来，解决各部的散乱问题，以实现打破国民党当局军事“围剿”和经济封锁的任务。2月26日，中华苏维埃临时中央政府人民委员会举行第三十五次常会，决定：
1931年11月27日，毛泽东(站立者)在中华苏维埃共和国中央执行委员会第一次会议上讲话。“一、议决对国民党军阀向苏区与红军的大举进攻大烧大抢及经济封锁（尤其是断绝食盐）的残暴政策，呈请中央执行委员会通电全国，号召全国工农群众，坚决反对，一致的来粉碎敌人的进攻，推翻帝国主义国民党的统治，只有这样才能将敌人烧杀抢劫及经济封锁的野蛮残暴政策归于消灭。
二、议决拟请中央执行委员会批准向富农募捐，以充实粉碎敌人四次进攻的战费。
……
七、为加强中央各部的工作，议决责成各部迅速召集各部会议，以检阅过去工作，讨论今后行政实施方针，并健全各部组织。”
会后，毛泽东、项英等发布临时中央政府为打破敌人对苏区的经济封锁告群众书，号召苏区民众，在中央政府领导下，用一切力量帮助前方红军粉碎国民党军队的大举进攻，同时加紧春耕，设法输出本地土产、输入油盐洋布，并集股组织消费合作社，有组织地进行买卖，来打破国民党的经济封锁。
在临时中央政府各部工作开始正常运转起来后，毛泽东立刻抓紧督促检查，健全各种工作制度，要求各部制定工作计划，每月向人民委员会报告工作。如：责成教育部即日颁发各级教育部的组织纲要，健全教育行政系统，责成土地部立即检查各地的春耕运动情形，责成国民经济部即日起草组织纲要及目前工作方针等。这样，政府各部日益发挥起各自的职能作用。
这段时间内，周恩来、朱德在前线，顶住了临时中央和苏区中央局一再命令他们强攻南丰的压力，率领红一方面军在黄陂和草台冈先后打了两次成功的大兵团伏击战，共歼灭国民党军队近3个师2.8万余人，其中包括陈诚的精锐部队，取得了粉碎国民党军队第四次“围剿”的巨大胜利。
国民党军队第四次“围剿”被粉碎后，局势本可以向有利的方向发展。但是博古等中共临时中央成员却置这些于不顾，他们到中央苏区的第一件事，就是在“进攻路线”的旗号下开展声势浩大的批判所谓“罗明路线”。项庄舞剑，意在沛公。反“罗明路线”实际是反毛泽东，因为罗明不执行“进攻路线”，而在贯彻毛泽东的指示。他们抓住罗明1月下旬向省委写的《对工作的几点意见》，在2月15日由苏区中央局做出《关于闽粤赣省委的决定》（1931年11月间，闽粤赣特委改为临时省委，不久由罗明任书记。第二年二三月间，福建党代会上成立福建省委，罗明任省委代理书记。此处所说闽粤赣省委实际上是福建省委。）指责省委内“小部分同志中，显然形成了以罗明同志为首的机会主义路线”，决定“在党内立刻开展反对以罗明同志为代表的机会主义路线的斗争”，并撤销他的省委代理书记职务。接着，又撤销谭震林的省军区司令员、张鼎丞省苏维埃主席等职务。随后，博古等在江西、在军队中都开展了反对“罗明路线”的斗争。
在江西反“罗明路线”，主要是针对邓小平、谢维俊、毛泽覃、古柏，他们中的几个中心县委书记，在“赣南会议”上就曾公开同中央代表团争论，不同意对毛泽东的批评。以后，他们又依据实际情况，在军事上主张“诱敌深入”来消灭敌人，不赞成把敌军挡在根据地大门外硬拼；在工作上主张对根据地的中心区和边缘区应当有所区别；在土地分配上仍然坚持“抽多补少，抽肥补瘦”的原则等。从而被认定是“江西罗明路线”的代表人物，被指责为“对革命悲观失望的右倾机会主义的逃跑退却路线”，“对于四中全会后的新的中央领导表示极端不信任”。在军队中，他们把萧劲光当作“罗明路线”代表来批判，而且不断升级，想给他处以极刑。
当时，毛泽东已被排斥在党和红军的领导之外，只负责中央政府的工作。从临时中央准备第五次反“围剿”开始，他就不同意“两个拳头打人”的战法，判断东北路敌军进攻目标可能指向黎川一带，及时向中央建议：“采取‘诱敌深入’的办法，将敌军引进建宁、泰宁一带山区根据地，集中红军主力在运动中消灭敌人。”但是，临时中央没有采纳这个正确意见，却不顾敌强我弱的实际情况，执意坚持“御敌于国门之外”，命令闽赣军区司令兼政委萧劲光去黎川组织军队和地方游击队坚决守住。
实际上，当时的红军主力部队已随红三军团到福建去了，闽赣省委和省政府奉中央之命在敌军进攻前两天已撤出黎川。萧劲光到时，黎川只是一座空城，能指挥的只有一个70人的教导队和一些地方游击队。而进攻黎川的敌军恰是蒋介石的周浑元三个师，先头部队占领了黎川外围阵地，又派别动队插到黎川的后面。在敌我力量异常悬殊，后路将被全部切断的情况下，萧劲光才带着70余人的教导队撤出，退到黎川城外60里的溪口，避免了遭敌包围消灭的命运。博古、李德等震惊于黎川一城之失，命令红军主力准备在硝石与黎川之间的资溪桥地区同国民党军决战，但国民党军重点坚守阵地，红军连攻4日不克。接着，博古、李德又命令再打浒湾，使红军又受重大损失。连连失败和损失，宣告了军事冒险主义方针的破产。
博古、李德没有从战略决策上去找问题，而是委过于具体的指挥员，寻找“罗明路线”在军队中的代表。他们不敢归罪于指挥浒湾战斗的主要指挥员，而是拿萧劲光问罪，只是由于彭德怀主动承担责任而作罢。可是他们并不就此罢休，转而追查萧劲光在黎川失守中的责任，说是退却逃跑，捏造罪名，出《铁拳》专号，“反对萧劲光机会主义”，下令撤了萧劲光的职，调往前总审查，并准备给他处以极刑。据李德在《中国纪事》中所写，这个矛头是对着毛泽东的。他写道：“博古警告我，不要在革命军事委员会谈及这个问题。毛泽东对这个问题反应很敏感，因为从根本上说，他同罗明和萧劲光执行的是同一条路线。”
毛泽东坚决反对把黎川失守这件事全部归罪于萧劲光，更不同意对他处以极刑。中革军委政治部主任王稼祥也不同意这种做法，拒绝在文件上签字。萧劲光回忆说：“公审以前，周恩来同志征求毛泽东同志的意见，毛泽东同志坚决不同意，说这件事不能怪萧劲光。那时，毛泽东虽然没有发言权，但威望很高，影响很大。”尽管他们组织法庭审判萧劲光没有处以极刑，但仍然判处五年徒刑，开除党籍、军籍，并且把他关押起来。
萧劲光被关押后，毛泽东派贺子珍前往探视。贺子珍向萧劲光转达毛泽东的话：黎川失守是整个指挥部署问题，“你应该撤退，做的对”。
经过毛泽东、王稼祥等人与博古、李德的坚决斗争，萧劲光被关了一个月后，周恩来等就把他安置在红军大学当战术教员。
直到长征中的遵义会议后，周恩来向萧劲光宣布：“你的问题过去搞错了，处分都不算数，恢复党籍、军籍，中央准备安排你的工作。”后来，萧劲光在80年代回忆说：“我得以解放，能活到今天，是毛主席同‘左’倾机会主义者坚决斗争的结果。”
博古在中共七大上曾说道：“苏区反对罗明路线，实际是反对毛主席在苏区的正确路线和作风，这个斗争扩大到整个中央苏区和周围的各个苏区，有福建的罗明路线，江西的罗明路线，闽赣的罗明路线，湘赣的罗明路线等等。这时的情形可以说：‘教条有功，钦差弹冠相庆；正确有罪，左倾遍于国中。’”
毛泽东于1936年9月在中共中央政治局会议上，也讲到这个问题：“对干部问题，我只讲到一个问题，如罗明路线，究竟是怎样了，到现在还没有明显指出。他只是工作上的问题，不是路线问题。再还有些做了一件好事，还要说他是做了一件坏事。如罗明路线在江西，更是说得过火，如对邓子恢、张鼎丞、曾山等同志的问题。对萧劲光问题，还有很多，后来发现七个书记撤职。这些都说明过去对干部问题是有错误的。那时，有些人无形中说什么毛派，也是不对的。
反对罗明路线的矛头实际上指向毛泽东，这是许多人都看得清楚的。那么，为什么没有公开地点名批判毛泽东？临时中央不是不想这样做，而是因为毛泽东在国内外都有很大影响，共产国际执委会有过一个电报干预这件事：“对毛泽东必须采取尽量忍让的态度和运用同志式的影响，使他完全有可能在党中央或中央局领导下做负责工作。”这才使他有可能继续主持临时中央政府的工作，但他境况的艰难是可想而知的。