12月14日，第二十六路军1.7万余人在宁都宣布起义，带着两万多件武器，开入中央苏区。起义部队改编为红五军团，由季振同为军团总指挥，董振堂为副总指挥兼十三军军长，赵博生为军团参谋长兼十四军军长，黄中岳为十五军军长。
毛泽东以苏区中央局代理书记和中华苏维埃共和国主席的身分，负责指导红五军团的建设工作。在红五军团，同其他红军一样，建立政治委员制度，毛泽东找即将就任的红五军团政治委员萧劲光谈话。他说：“对这支部队，要努力按照红四军第九次党代表大会决议（古田会议决议）的精神办事，建立党的领导，加强政治思想工作。对起义的军官，愿留下的，欢迎，组织他们学习，进学校，搞干部教育；对要求走的军官，欢送，发给路费，来去自愿。”他又对即将就任红五军团十三军政治委员的何长工说：宁都起义部队相信日本士官生、留洋生和保定、黄埔军校的人，因此我们要搞些“假洋鬼子”去，否则压不住台。你有改造起义部队的经验，首先要把十三军搞好，这一炮打响了，就会影响十四军，鼓励十五军。经他批准，中革军委从红军中选派了一些有改造旧军队经验和出国留过学的干部刘伯坚、左权、宋任穷、朱良才、程子华、朱瑞、唐天际、赖传珠等到红五军团工作，并任命刘伯坚为红五军团政治部主任。
1938年毛泽东和萧劲光、王稼祥与参加宁都起义的部分同志在延安合影。毛泽东十分重视发展红五军团中原有的进步军官加入中国共产党，他批准董振堂入党。当董振堂得知被批准入党时，将三千多元私人积蓄全部交给党。军政委何长工把这件事报告给毛泽东。毛泽东说：不要全交嘛，寄些给家里，留一点自己用。董振堂坚持全交，说：“革命了，个人的一切都交给党，还要钱干什么？”毛泽东还找在宁都起义中起了积极作用的军官季振同、苏进、卢寿椿谈话，详细了解情况。批准他们三人入党。卢寿椿随后担任了红五军团第十五军第四十三师师长，苏进担任第十五军第四十四师师长。
毛泽东十分重视采取一般士兵容易接受的形式对红五军团官兵进行教育。他派文艺演出队到红五军团中去演出，并对演出队的负责人李伯钊、钱壮飞、胡底说：要稳定他们的政治情绪，他们过去是为军阀打仗，现在是要为苏维埃而奋斗。过去当白军，现在是当红军，要想尽各种办法向他们宣传过去是为谁牺牲，为谁送命。李伯钊等按照这个主题，编了一个《为谁牺牲》的戏，反映当时国民党军队士兵的悲惨遭遇，在红五军团各军演出后收到了很好效果。
宁都起义胜利和红五军团诞生，极大地增强了红军的力量，红一方面军由第一次反“围剿”时的4万多人发展到6万多人。
1931年12月15日，即宁都起义发生的第二天，原在上海而没有到任的中共苏区中央局书记周恩来在秘密交通护送下进入闽西苏区，同月底，到达瑞金。1932年1月上旬，中共苏区中央局会议在瑞金举行，着重讨论中共临时中央提出的要红军攻打江西中心城市的问题，周恩来在到瑞金时曾征求毛泽东对这个问题的意见。毛泽东根据国民党军队固守坚城和红军技术条件不具备等情况，说明红军不能去攻打中心城市。周恩来同意这个意见，致电临时中央，表示进攻中心城市有困难。临时中央复电：原议不变，攻打城市不能动摇；如果不能打下南昌，至少要在抚州、吉安、赣州中选择一个城市攻打。
1月9日，临时中央又做出决议认定：“过去正确的不占取大城市的策略，现在是不同了”，要“利用目前顺利的政治与军事的条件，占取一二个重要的中心城市，以开始革命在一省数省的首先胜利。”这次苏区中央局会议就是讨论选择攻打抚州、吉安还是赣州的问题。会上，许多人认为抚州及其周围有朱绍良部10个师，吉安及其周围有陈诚的5个师，在3个城市的比较中只有赣州守军较少，并且同周围其他军队的联系不密切。
这样，会议就转到讨论如何打赣州的问题。毛泽东仍不同意打赣州，在发言中提出：赣州是赣南的政治经济中心，是闽粤两省的咽喉，是敌军必守的坚城；它三面环水、城墙高筑、易守难攻，前年三月红四军曾围攻赣州三天，没有结果，只得撤围；现在赣州南北都屯集着国民党重兵，以红军现有力量和技术装备很可能久攻不克，还是以不打为好。即使要打，也只能采取围城打援的战术。但中央局多数成员根据临时中央的指示，主张打赣州，毛泽东又一次成为少数。他再建议可否听听前线指挥员的意见。项英说：在第一次苏维埃代表大会时，我问过彭德怀可不可以打下赣州？彭德怀回答：“赣州守军马（崑）旅估计有六千人，地方靖卫团两千人，共八千人，如有时间，蒋介石又不来增援，是可以打下的。”会议按照多数人意见，决定打赣州。这是苏区中央局执行中央“进攻路线”的第一个军事行动。
1月10日，中革军委发布攻取赣州的训令，任命彭德怀为前敌总指挥，中革军委政治部主任王稼祥等赴前线督战。有人在途中还谈道：打开赣州再和毛泽东算账。
1月中旬，毛泽东在瑞金叶坪主持召开苏区中央局主要成员会议，报告三次反“围剿”的情况和九一八事变后的全国形势。他谈道，日本帝国主义大举侵华势必引起全国的抗日高潮，国内阶级关系必将发生变化。中央代表团有的成员却指责说：“日本占领东北主要是为了进攻苏联，不作此估计就是右倾机会主义”，“我们必须提出武装保卫苏联”，否则“就是典型的右倾机会主义”。批评的来势很猛，毛泽东沉默，一言不发，使会议记录员无法再往下记，会议在中途更换主持人。毛泽东的处境越来越困难了。
会后不久，毛泽东就向苏区中央局请病假休养。中央局同意他的请求，苏维埃临时中央政府的工作暂由项英负责。1月下旬，毛泽东带着警卫班到瑞金城郊的东华山古庙休养。但两件大事仍一直萦绕在他的心中，一件是日本军国主义在继续扩大对中国国土的践踏，一件是几万红军攻打赣州的安危。
上东华山后没有几天，毛泽东就从报上看到1月28日日本军队突然进攻上海和上海军民奋起抗战的消息。他抱病为中华苏维埃共和国临时中央政府起草了《对日战争宣言》，写道：“日本帝国主义，自去年‘九一八’以武力强占中国东北三省后，继续用海陆空军占领上海嘉定各地，侵扰沿海沿长江各埠，用飞机大炮屠杀中国人民，焚烧中国房屋，在东北及浙沪等地，被损害的不可数计，这种屠杀与摧残，现在仍在继续发展。”宣言指出：“中华苏维埃共和国临时中央政府特正式宣布对日战争，领导全中国工农红军和广大被压迫民众，以民族革命战争，驱逐日本帝国主义出中国，反对一切帝国主义瓜分中国，以求中华民族彻底的解放和独立。这篇宣言仍没有提“武装保卫苏联”的口号，所以拖到4月15日才得以在《红色中华》报上发表。
毛泽东同警卫员在瑞金合影。上东华山后，他更关心的是红军攻打赣州的作战情况。3月上旬的一天早晨，细雨蒙蒙，项英骑马从瑞金赶到东华山，告诉毛泽东赣州前线战事失利，红军已处在腹背受敌的境地，并把前线发来的急电交给他。中革军委的急电请毛泽东暂停休养，赶赴前线参加决策。毛泽东立刻带着警卫班下山，冒着风雨赶回瑞金，复电前线指挥部，提议大胆起用起义才两个月、原来被作为预备队的红五军团，以解红三军团之围。当晚，他又从瑞金出发，日夜兼程，赶到赣县江口前线指挥部。朱德告诉毛泽东：按照你的意见，已把预备队红五军团拉上来，在红四军支援下，使红三军团脱出险境。
中央红军这次攻打赣州历时33天，城未攻下，伤亡达三千多人。毛泽东到前线指挥部后，经过调查，提议苏区中央局在前线召开会议，讨论打赣州的经验教训和红军下一步的行动方针。3月中旬，苏区中央局扩大会议在赣县江口举行。毛泽东在会上指出攻打赣州是错误的，主张红军主力向敌人力量比较薄弱、党和群众基础较好、地势有利的赣东北发展。他这种主张，是要转入外线的进攻作战，以“出击求巩固”。但另一些人仍认为，红军攻打赣州是依据中央和中央局的决议，在政治上是正确的；胜败乃兵家常事，现在虽从赣州撤围，并不是不再打赣州了；红军还是要执行中央的“进攻路线”，要夺取中心城市的，主张红军开到湖南去。
会议否决了毛泽东的意见，也没有把部队开到湖南去，决定红军主力“夹赣江而下”，向北发展，相机夺取赣江流域的中心城市或较大城市；以红一、红五军团组成中路军，以红三军团、红十六军等组成西路军，分别作战，毛泽东以临时中央政府主席和中革军委委员身分率中路军北上。
二、被迫离职休养
1、直取龙岩、漳州
那时，福建是国民党军事力量的薄弱环节，除张贞的第四十九师外都是地方保安部队。闽西的红十二军刚占领了上杭、武平两县，守城的地方部队被击溃后退往广东。毛泽东依据闽西敌情发生的变化，主张中路军改变行动方向，转向闽西。他在率领红一军团北上宁都集中的途中，向军团领导人林彪和聂荣臻阐述中路军向闽西发展的主张，并得到他们的赞同。林、聂在3月21日向中革军委报告：“行动问题，我们完全同意毛主席意见。日前粤方开始派兵入闽赣讨赤情形下，更应采毛主席意见。”红一军团随即进抵闽西长汀待命。
3月27日和28日，周恩来在瑞金主持召开苏区中央局会议讨论这个问题，决定将中路军改称东路军，同意由毛泽东以中央政府主席身分率领东路军攻打闽西的龙岩，并向东南方向发展。这对毛泽东是一个很大的支持。
会后，毛泽东赶到长汀。他向红一军团团以上干部作东征动员时，指出：我们的新任务，是经闽西向闽南方向发展。应该看到我们中央根据地沿赣江向北没有多少发展余地，国民党“剿共”的大本营就设在南昌。如果向西发展，有赣江梗阻，大部队往返不方便。如向南发展，必然会和广东部队的主力顶牛。只有向东发展最为有利，一来有闽西老根据地作依托，二来闽南还有广阔的发展余地，是一个最好的发展方向。因此，中央局决定由我带领东路军，打到外线去，打到闽南去，发展根据地，扩大红军的政治影响，并获得物资补给。
在长汀进一步了解福建境内情况后，毛泽东在30日又致电苏区中央局书记周恩来，提出一个大胆的设想：远离根据地，“直下漳州”。
对攻打漳州，有些人很有顾虑：惧怕红军主力远离根据地后整个根据地被占。周恩来接到毛泽东的电报后，立刻从瑞金赶到长汀，在4月1日召开会议。毛泽东在会上阐述了这次战役的政治意义。他还说明：“中央红军进攻漳州的任务是消灭张贞师，收缴军事物资，帮助当地开展游击战争。任务完成后，就回师中央苏区，并不是要长期占领漳州。”会议又听取中共福建省委关于漳州地区情况的报告，随即批准了龙岩、漳州战役计划。
为了组织好这次战役，毛泽东在会后带警卫排星夜从汀江坐船赶往上杭。警卫员吴吉清回忆道：
“这时候，我们的心情都一样，望着这滚滚的江面和乌云密布的夜空，有谁不为主席的安全着急呢？”“只听他很风趣地一字一板地对老船工说：‘老人家！我们顺流而下，正用得着大风大浪。当年，诸葛亮费了多大的劲，才借来了东风啊！今天，我们不必登上七星坛，风就来了，这还不是个便宜事儿？您就放心大胆地开船好罗！’”“夜空里，突然间飞来两响刺耳的枪声。”“紧接着，西岸大山的悬崖之上，也打过两声冷枪，好像在回答对方的问讯。看着这个情景，我们都知道进入了被红军打散的敌军残部的封锁线了，便立刻掏出驳壳枪来，把身子贴伏在船沿上，做着应付一切意外的战斗准备。并且在船上仅有的这一小块地方，给主席和随行的陆定一同志做好了掩护。可是，主席非常镇静，他让我们把枪收起来，然后才不慌不忙地低声说：‘敌人打冷枪是搜索情况，我们只装作没听见。这样就是胜利。不要忘记，我们今晚只唱‘借东风’，不唱‘草船借箭’。留着这伙残敌，让我们的赤卫队去收拾好了！’”“就这样，我们说说笑笑地到了上杭。”
毛泽东一到上杭，经过调查，又致电周恩来：“敌一部既入闽，我直捣漳泉部队必须更迅速更集中，否则敌占先着，我军将进退维谷。五军团全部必须立即出发，取直径急行军……于十四到龙岩。”“中央局、军委宜移长汀。”
4月10日拂晓，毛泽东和林彪、聂荣臻指挥红一军团乘敌不备，向龙岩发起进攻，消灭守军张贞部近两个团，在下午攻占龙岩城。第二天，他致电周恩来，报告在龙岩取胜的原因，说明将在这里休整两天，待主力会合后，“即直下漳州”。并指出：“目前粤敌是对江西取攻势，对福建取守势。但我军入漳，必能诱动该敌。”
根据中革军委的紧急命令，红五军团昼夜兼程，在14日如期到达龙岩，同红一军团会合。毛泽东立刻以红五军团第十三军驻守龙岩，负责保障从龙岩到漳州的供应线，第三军随红一军团南下进攻漳州。
毛泽东为什么断定可以“直下漳州”？漳州虽是闽南重镇，地处九龙江的入海口，交通便利，贸易发达，但地势平坦，没有城墙，易攻难守。张贞部第四十九师两个旅和一些地方部队约1万人，孤立无援，主要依托漳州西北的天宝山一带外围丘陵地区进行防御。
红军经过实地调查，在4月19日拂晓，对漳州外围守军发起进攻，迅速突破守军主要阵地，向纵深方向扩展。张贞见屏障尽失，大势已去，连夜烧毁军械库，弃城而逃。20日，战斗胜利结束，红军占领漳州城。
漳州战役中，红军歼灭国民党军第四十九师大部，俘虏副旅长以下官兵1674人，缴获各种枪2100余支、各种炮六门、子弹13万发、炮弹4900发、无线电台1部，还缴得飞机两架，其中一架能飞，红军曾用它飞到厦门上空散发传单。这一次胜利影响很大。毛泽东给周恩来的电报中说：“南靖一线，张贞大部消灭，达到剪除粤敌一翼之目的。这不仅对巩固闽西发展闽南游击战争、援助东江红军有帮助，且因漳州海口之占领，影响时局甚大，有调动粤军求得战争之可能。”
进入漳州城的第二天，毛泽东主持召开东路军师长、师政委以上干部会议，布置入城后的任务，主要是：收集战利品；搜查反革命分子；向群众宣传共产党政策，分发谷物给群众，扩大红军政治影响；向地主豪绅筹款；严格执行入城纪律，维持革命秩序。22日下午，他又向东路军总部、红三军、红四军的连以上干部作报告。他风趣地说：“有人说我们红军只会关上门打狗，怀疑我们在白区能不能打仗，可是你们看，我们在白区不是打得蛮好嘛！”