5月2日，毛泽东以第四军军委书记的名义，写报告给江西省委和中央，介绍了边界军事、政治方面斗争的胜利，提出了需要上级党组织帮助解决的问题。5月19日，江西省委将吉安地委转来的毛泽东的信件，上报给中央。这是中共中央收到直接来自井冈山根据地的第一个重要报告。在这以前，江西省委曾于4月25日向中央报告：“据吉安来人报告，毛泽东部确与朱德部汇合，现已乘虚重复占领宁冈，并向永新方向发展。”
5月4日，在宁冈砻市召开庆祝两军会师暨工农革命军第四军成立大会。大会执行主席陈毅首先讲话。他宣布：根据党的决定，全体部队改编为中国工农革命军第四军，军长是朱德同志，党代表是毛泽东同志……
第四军政治部主任是陈毅，王尔琢任参谋长。全军下辖3个师9个团。5月底，因枪械及人数不足，给养又发生较大困难，第四军取消师的番号，缩编为6个团，主力是4个团，即：南昌起义部队编为第二十八团，团长王尔琢，党代表何长工；宜章农军为第二十九团，团长胡少海，党代表龚楚；秋收起义部队为第三十一团，团长张子清，党代表何挺颖；原井冈山地区的工农革命军为第三十二团，团长袁文才，副团长王佐，党代表陈东日。三十团和三十三团为耒阳、郴州、永兴、资兴农军。后来这两个团于5月间在各县干部带领下返回湘南，就地坚持革命斗争。
此时，全国各地党领导的部队都还不称红军，井冈山和各地起义军大多称工农革命军。1928年5月25日，中共中央发布《中央通告第五十一号——军事工作大纲》，才明确提出：“为保障暴动的胜利与扩大，建立红军区为目前的要义”，正式规定：“在割据区域所建立之军队，可正式定名为红军，取消以前工农革命（军）的名义”。6月4日，中共中央又在给毛泽东、朱德并转前委诸同志信里，进一步明确指示第四军：“关于你们的军队，你们可以正式改称红军。”据此，中国工农革命军第四军改称为中国工农红军第四军，简称为红四军。
井冈山革命根据地的建立，特别是在毛泽东、朱德的队伍会师以后，其影响波及湖南、江西乃至湖北诸省。这就逐渐引起了敌人的不安，开始频繁地对井冈山根据地发动“进剿”和“会剿”，妄图将这支革命队伍扼杀在摇篮里。
在朱毛会师时，湘军第八军第一师占领了茶陵、酃县，赣军第二十七师占领了永新、吉安、遂川等地。4月下旬，赣军第二十七师的两个团从永新、遂川向井冈山根据地发动第二次“进剿”。
毛泽东主持召开第四军军委会议，决定采取“集中兵力，歼敌一路”的作战方针，集中力量击破战斗力较弱的赣军。月底，朱德和王尔琢按计划率领工农革命军第四军主力先在遂川五斗江击溃赣军一个团，接着乘胜追击，在永新城附近又击溃赣军另一个团的一个营，一举攻占永新县城，胜利地打破了国民党军队的第二次“进剿”。
在此期间，毛泽东和朱德总结了1927年秋季以来红军和赤卫队的作战经验，于1928年5月提出了“敌进我退，敌驻我扰，敌疲我打，敌退我追”的游击战争16字诀。最早见诸文字记载的“16字诀”，是1929年4月5日《红四军前委关于目前形势闽赣斗争情况和红军游击战术向中央之报告》。该报告说：“我们三年来从斗争中所得的战术，真是和古今中外的战术都不同。用我们的战术，群众斗争的发动是一天比一天扩大的，任何强大的敌人是奈何我们不得的。我们的战术就是游击的战术。大要说来是：‘分兵以发动群众，集中以应付敌人。’‘敌进我退，敌驻我扰，敌疲我打，敌退我追。’‘固定区域的割据，用波浪式的推进政策。强敌跟追，用盘旋式的打圈子政策’。‘很短的时间，很好的方法，发动很大的群众。’”
中国共产党领导的军事斗争，长时期内是在敌强我弱的条件下进行的。这就要求共产党指挥军队作战重在斗智而不能单靠斗力。游击战争16字诀，正是从敌强我弱这一特点出发，趋利避害，避实击虚，灵活机动，达到保存自己，消灭敌人的目的，从而逐步改变敌我双方的力量对比。因此，毛泽东称它为“适应当时情况的带着朴素性质的游击战争基本原则”，是土地革命战争前期红军游击战争的基本指导原则，是形成红军全部作战原则的基础。它不仅对井冈山、赣南、闽西的游击战争起了重要的指导作用，而且得到党中央的赞同和推广，对其他革命根据地的红军作战也发生了重大的影响。
在这一军事原则的指导下，他们又接连打退国民党军队对井冈山革命根据地的两次“进剿”。一次是5月中旬。赣军5个团在第二十七师师长杨如轩率领下再占永新，向宁冈进攻，朱德、王尔琢率工农革命军第四军主力，采取调虎离山之计，在草市坳全歼赣军第七十九团，乘胜奔袭，在当天正午第二次收复永新城，杨如轩带伤逃回吉安。工农革命军缴获迫击炮7门、山炮2门、光洋20余担，粉碎了赣军对井冈山的第三次“进剿”。
另一次是6月下旬。这次国民党军队“进剿”的规模更大。他们改以第九师师长杨地生部为主力，杨如轩为前线总指挥，以5个团占领永新。湘军吴尚部也出动3个团向酃县、茶陵逼近，配合赣军的进攻。红四军以小部钳制湘军，集中主力打击赣军。在朱德和陈毅、王尔琢分别率领下，6月23日红四军在新、老七溪岭和龙源口歼灭赣军1个团、击溃2个团、缴枪千余支，第三次占领永新城，击破了赣军的第四次“进剿”。根据地军民兴高采烈，奔走相告：“不费红军三分力，打败江西两只羊（杨）”。这是井冈山根据地创建以来最大的一次胜利。此时，工农革命军第四军已按中共中央规定改称红军第四军，简称红四军，也称“朱毛红军”。朱毛红军被根据地的百姓看成是胜利的象征，也成了敌军官兵心惊胆战的代名词了。
龙源口大捷后，井冈山根据地扩大到宁冈、永新、莲花3个县，吉安、安福县各一小部分，遂川县北部、酃县东南部，割据区域的面积达7200多平方公里，共有50多万人。用毛泽东在《井冈山的斗争》里的话来说：“是为边界全盛时期。”
可以说，毛泽东率领秋收起义部队上井冈山，开创了我党第一个农村革命根据地。朱德、陈毅率南昌起义余部和湘南农军到井冈山与毛部会合，巩固和发展了第一个革命根据地，革命形势蓬勃发展，成为中国革命发展的一面旗帜。
二、巩固井冈山根据地
1、挽救“八月失败”危局
中共湖南省委对井冈山发出的指示，最初是比较符合实际的，他们在5月间给毛泽东、朱德等人的信中，强调目前应该积极的，更加深入湘赣边界的斗争，造成群众割据，“应以宁冈做军事大本营”，这些主张毛泽东表示赞同。他在6月16日以边界特委名义给湘、赣两省委转中共中央的信中亦阐述坚持以宁冈为大本营的湘赣边界武装割据的三条理由：“A、此间系罗霄山脉中段，地势极好，易守难攻。B、党在此间是由无组织民众比较有基础(赤卫队、赤色游击队组织)，弃之可惜。C、湘南、赣南只能影响一省并只及于上游，此间可影响两省并能及于下游。”这对井冈山根据地发展并进入全盛时期起了积极作用。
但是，湖南省委在6月19日的信中却提出：“以后四军须集中力量向湘南发展，与湘南工农暴动相一致，进而造成湘南割据，实现中央所指示的割据赣边及湘粤大道计划。”同月26日，湖南省委又致信边界特委：“省委决定四军攻永新敌军后，立即向湘南发展，留袁文才同志一营守山”，“泽东同志须随军出发，省委派杨开明同志为特委书记”。并又致信四军军委：“希望毫不犹豫的立即执行。”规定成立四军前敌委员会，指挥四军和湘南党务及群众工作，以毛泽东为书记；派杜修经为省委巡视员，帮助前委工作。
湖南省委这个指示，使毛泽东十分为难。3月间，他已有过奉湘南特委之命进军湘南而使井冈山根据地遭受“三月失败”的惨痛教训。现在，统治阶级正处在暂时稳定时期，湘南的国民党兵力又比江西强得多，向湘南进军显然十分不利。在这种情况下，对上级的指示“不从则迹近违抗，从则明知失败，真是不好处”。但他这时已对事情看得很清楚了，决心力持异议。
6月30日，毛泽东在永新县城主持召开中共湘赣边界特委、红四军军委和永新县委联席会议进行讨论，杜修经、袁德胜也参加了。会议坚持从实际出发，“决定四军仍应继续在湘赣边界各县作深入群众工作，建设巩固的根据地。有此根据地，再向湘、赣推进，则红军所到之处其割据方巩固，不易为敌人消灭。”
参加井冈山斗争的部分同志1938年在延安合影。会后，毛泽东在7月4日代表中共湘赣边界特委、红四军军委给湖南省委写了报告，陈述做出这个决定的六条理由，一、红四军正根据中央和湖南省委批准的计划，建设以宁冈为大本营的根据地，洗刷“近于流寇”的“遗毒”，永新、宁冈二县群众已普遍起来，不宜轻率变动。二、“湘省敌人非常强硬，实厚力强，不似赣敌易攻”。“故为避免硬战计，此时不宜向湘省冲击，反转更深入了敌人的重围，恐招全军覆灭之祸。”三、“宁冈能成为军事大本营者，即在山势既大且险，路通两省，胜固可以守，败亦可以跑”，“实在可以与敌人作长期的斗争，若此刻轻易脱离宁冈，‘虎落平阳被犬欺’，四军非常危险”。四、过去全国暴动，各地曾蓬勃一时，一旦敌人反攻，则如水洗河，一败涂地。这都是因为“不求基础巩固，只求声势浩大”的缘故。因此，我们全力在永新、宁冈工作，建设罗霄山脉中段的政权，求得巩固的基础，这“绝非保守观念”。五、湘南各县经济破产，土豪打尽。四军此刻到湘南去，经济困难绝不可能解决。六、“作兵增到五百，欲冲往湘南去，则军心瓦解，不去又不可能，此亦最大困难问题之一”。这六条不能冒进湘南的理由，总结了以往全国暴动的经验教训，对情况分析得实实在在，把道理讲得十分透彻。
最后，毛泽东恳切地写道：“上项意见，请省委重新讨论，根据目前情形，予以新的决定，是为至祷！”
7月中旬，湘赣两省国民党军队向井冈山发动第一次“会剿”，红四军分两路反击。湖南省委巡视员不顾永新联席会议的决定，一味坚持要执行省委的命令，乘红二十八、二十九团占领湖南酃县、毛泽东等远在江西永新的机会，附和红二十九团（成分主要是湖南宜章县的农民）不习惯过山上的艰苦生活，想回家乡的情绪，把大队拉向湘南，军委做工作也阻止不住。毛泽东在永新从陈毅信中得到这个消息，非常着急，立刻给陈毅等回信，派茶陵县委书记江华带队火速送去。这封信要求红军大部队按永新联席会议决议行事，断然停止去湘南的行动，因为“敌人太强大，去了必然失败”。干部会讨论了毛泽东的信，第二天往回走。但到了湘赣交界的沔渡时，第二十九团官兵硬是不过河，有的撂下枪，声言不回湘南就不干了。在这种情况下，第二十八团也被迫跟着南下。
红四军这两个团到湘南后，攻打郴州先胜后败，第二十九团士兵便不听指挥，自行散回家乡。一个原来有相当战斗力的一千多人的团只余下200多人，编入第二十八团。第二十八团随即撤到桂东。
此时，毛泽东正在永新领导军民以游击战术牵制国民党军队11个团将近1个月。8月中旬，他又抵制了中共湖南省委代表送来的要求红四军向湘东发展的《补充指示》。接着，得知红四军大队在湘南失败，他立刻决定以第三十一团第一营和第三十二团留守井冈山，自己率领第三十一团第三营到湘南迎回第二十八团。
国民党军队乘红四军主力远离的机会发动猛攻，侵占边界各县城和平原地区，焚烧房屋，屠杀人民，使湘赣边界遭受严重摧残。杨克敏在不久后写的一个综合报告中说：“这个时期要算是边界极倒霉的时期，割据的区域，只有井冈一块地方，宁冈也丧失了，山上是我们的势力，山下则为敌人的势力，土豪劣绅乘机报复，残杀焚烧，逼债收租，一时闹得乌烟瘴气。恰恰那时割禾了，我们分了田的地方，到此时农民要收获的时候，忽然失败了，分了的田都不能算数，真是无可奈何。当时有一句口号：‘农民分田，地主割谷’，真是太不值得。我们别的军事上政治上的失败都不算事，只有分了田而农民收不到谷，才是真真的大失败呢！”这次红四军主力去湘南失掉一个团和在湘赣边界被敌军摧残的惨痛教训，史称“八月失败”。
毛泽东率第三十一团第三营日夜兼程南下，于8月23日在湘南桂东同大队会合。他以无产阶级革命家的大度，除批评杜修经外谁也不责怪，并做了多方面的工作。他见到军委书记陈毅时说：“打仗就如下棋，下错一着马上就得输，取得教训就行了。”第二十八团在受到挫折后，情绪低落，见到毛泽东率队来接十分高兴，有的人说这是“第二次会师”。接着在桂东县城举行前委扩大会议，决定红四军主力返回井冈山。即使受到毛泽东批评的杜修经，在给中共中央的汇报中也十分钦佩地说：在红四军负责同志中间，“坚决的有计划把握精神的要算是润之同志”。
在返回井冈山途中，毛泽东得知有的红军战士因为饥饿，吃了农民地里的苞米，就通知部队集合，就地进行群众纪律教育。他亲自在一块竹牌上写道：因为我军肚子饿了，为了充饥，把你的苞米吃光了，违犯了纪律，现把两元钱（光洋）埋在土里，请收下。
留守井冈山的何挺颖、朱云卿等，指挥红军第三十一团第一营凭借黄洋界天险抵抗国民党军队4个团的猛烈进攻，后来用仅有的一门迫击炮，打中敌军冲锋密集区。敌军指挥官以为红四军主力已回井冈山，立刻命令部队撤退。毛泽东听到这个喜讯，挥毫写下《西江月·井冈山》一词。
井冈山黄洋界哨口。井冈山根据地虽然在8月间遭受严重损失，但朱毛红军返回后，红四军主力第二十八团和第三十一团损失不大，“在一个失败之后，政策方面较前进步，单独军事行动、打硬仗、忽略地方武装冒进观念等，皆渐次改变。”回师后，部队稍有休息，各种组织有切实的整顿，军队训练也有进步。毛泽东、朱德随即率领红军大队开展恢复井冈山根据地的工作，取得三战皆捷的胜利：9月13日，红四军主力攻克遂川县城；10月1日，在茅坪附近的坳头垅伏击成功，歼敌一个营，并乘胜收复井冈山根据地的中心区域——宁冈县城；接着，红四军主力又在龙源口歼敌一个营，第4次占领永新县城。这样，湘赣两省国民党军队对井冈山根据地第二次“会剿”被打破了，还收复了被敌人占领的根据地。
在这段时间内，原国民党第八军吴尚部毕占云营长率120多人起义，原国民党军向成杰部营长张威也率一连多人投入红军。他们分别改编为红四军特务营和独立营。