在召开人民代表会议的基础上，人民代表会议选举产生政府，而毛泽东极其重视全国各界民主人士的参与，使他们不仅行使了一份当家作主的权利，同时又能更好地参与国家的建设。他在给叶剑英、陈毅、彭德怀等大区和省的领导人的电报和信函中，一再强调要组成中共占比重较多数，同时团结各民主人士在内的地方政权。他和周恩来还把一些地方政权的人员名单拿与各民主党派的领导人协商，以征询他们的意见，这样，不仅有一批民主人士担任了中央政权领导职务，而且一大批非中共人士也担任了地方政权的重要职务。
1949年12月2日，在中央人民政府委员会第四次会议上，毛泽东还批准了全国各大行政区人民政府和军政委员会主席的任命，他们分别是：东北人民政府主席高岗；华东军政委员会主席饶漱石；中南军政委员会主席林彪；西北军政委员会主席彭德怀；西南军政委员会主席刘伯承；华北地区则直属中央领导。大行政区人民政府委员会或军政委员会是该区所辖省(市)高一级的地方政权机关，并为中央人民政府政务院工作的代表机关，领导所属各省市、县地方人民政府的工作。同时，任命傅作义为绥远军政委员会主席，董其武、马明方、邓宝珊、杨勇、张云逸分别被任命为绥远、陕西、甘肃、贵州、广西省人民政府主席，乌兰夫为内蒙古自治区人民政府主席，聂荣臻、陈毅、贾拓夫、陈锡联分别被任命为北京、上海、西安、重庆市市长。
1950年1月6日，政务院第十四次会议通过了《省人民政府组织通则》、《市人民政府组织通则》、《县人民政府组织通则》。同年12月8日，政务院第六十二次会议又通过了《区人民政府及区公所组织通则》、《乡(行政村)人民政府组织通则》。这些通则，对省、市、县、区、乡各级地方政权的隶属关系、组成、职权、机构作了详尽而明确的规定，为各级地方政权的建立制定了法规，促进了各级地方政权的建立和完善。
1951年4月，中央人民政府政务院发出了《关于人民民主政权建设工作的指示》和《关于十万人口以上的城市召开区人民代表会议的指示》。
到1951年10月，全国28个省、8个相当于省的行署、154个市和2068个县中，有27个省、8个行署、146个市和2038个县召开了人民代表会议，其中有17个省、69个市、186个县的人民代表会议代行人民代表大会的职权，通过民主选举的办法产生了省、市、县人民政府的主席、副主席，市长、副市长和县长、副县长，以及人民政府的委员。在东北、华北等老解放区，人民直接选举的会议代表增到百分之八、九十，推派和特邀的代表降到百分之一、二十。到1952年底，所有的省、市、县、区、乡都召开了人民代表会议，省、市、县人民代表会议代行人民代表大会职权的已分别增到19个、85个和436个，绝大部分乡的人民政府委员会已由乡人民代表会议选举产生。
在毛泽东关于人民民主专政思想的引领下，以及在毛泽东作出的具体政策的指导下，经过新中国建立初期三年的努力，中国从中央到地方的各级政权全部建立，并逐渐得到完善和加强。国家的基本制度——人民代表会议制，在全国范围内从上到下地建立起来，成为人民行使自己当家做主的权利和实行民主建设的最好形式。各级人民代表会议的召开和全国各级地方政权的建立，巩固了新中国的政权，加强了我国的人民民主专政制度，扩大和巩固了人民民主统一战线，有力地保证了建国初期各项社会改革任务和恢复国民经济任务的胜利完成，为有计划的经济建设和社会主义改造创造了条件，也为进一步实现人民代表大会制度和加强国家政权建设积累了有益的经验。
3实行民族区域自治
民族区域自治制度是战国的基本政治制度，早在解放战争时期已经建立了第一个自治政府。
1947年5月1日，内蒙古自治政府宣告成立，乌兰夫担任自治政府的第一任主席。5月19日，毛泽东、朱德在给内蒙古人民代表大会发去了贺电。
随着解放战争的全面进行，1949年在中华人民共和国即将成立前夕，中国共产党采取何种途径解决国内民族问题，并作为一种制度长期保持下来，这一问题一直是毛泽东思考的问题。他亲自找到当时主管统一战线工作的李维汉，征询他的意见。李维汉遵照毛泽东的指示，认真研究了国际国内的经验，并考察了中国民主革命时期解决民族问题的实际情况，在听取了各方面，尤其是少数民族代表人物的意见之后，认为中国只有实行民族区域自治制度，建立集中统一的共和国，并提出民族独立和联邦制都不适合中国的国情。
毛泽东认真思考了李维汉的意见，并结合中国特殊的国情，亲自确定民族区域自治政策为中国解决民族问题的基本国策。在他主持制定的《共同纲领》中明确规定：“各少数民族聚居的地区，应实行民族的区域自治，按照民族聚居的人口多少和区域大小，分别建立各种民族自治机关。”
1949年10月5日，中共中央根据毛泽东的正确决策，在关于少数民族问题给二野前委的指示指出：“关于各少数民族的自决权”问题，今后不应再去强调，同时，新华社正式发出通知：根据《共同纲领》有关民族政策的规定，在今后宣传工作中，不再使用“民族自决权”。
中华人民共和国成立后，除内蒙古已成立自治区外，在全国范围内掀起了一个全面推行区域自治的浪潮，其中最突出的表现就是西藏民族自治运动的开展。
1950年6月，毛泽东在全国政协一届二次会议期间和新疆省人民政府主席鲍尔汉亲切交谈。西藏地区自古以来情况就比较复杂，西藏地方政教合一的封建制度极其黑暗和残酷，国外分裂势力的影响也很突出。西藏自治区的建立，经历了曲折复杂的斗争过程，而毛泽东则为西藏民族自治运动提供了鲜明的指针，他团结西藏人民，结交西藏朋友，制定符合西藏实际的成功政策。
1949年2月1日至3日，在中共中央所在地西柏坡毛泽东同斯大林的特使米高扬进行了连续三天的谈话。在这次谈话中，毛泽东谈到了西藏问题。他认为西藏问题也并不难解决，只是不能太快，不能过于鲁莽，因为交阻困难，大军不便行动，给养供给麻烦较多；民族问题，尤其是受宗教控制的地区，解决它需要时间，需要稳步前进，不应操之过急。
在新中国建立初期，毛泽东以战略家的眼光，清楚地认识到了解决西藏问题的复杂性和艰巨性，并考虑到了这是一个长期的问题。
当1949年人民解放军凯歌行进之时，1949年8月6日，毛泽东给中共中央西北局第一书记、中国人民解放军第一野战军司令员兼政治委员彭德怀发去一封电报，指示他们在解放兰州和大西北的战斗中，要十分注意保护，并尊重班禅和甘肃、青海境内的西藏人，以为解决西藏问题的准备。
在毛泽东的指示下，甘肃、青海两省党政军机关派人并组织当地宗教界人士到塔尔寺，向留驻塔尔寺的班禅行辕官员，转达了毛泽东对班禅大师的关怀，并宣传共产党关于宗教信仰自由的政策以及征询他们对解放西藏的意见。
毛泽东不仅从政策上关怀藏族人民，而且直接鼓励藏族人民团结一致，进行解放运动。1949年11月23日，毛泽东在收到班禅额尔尼在新中国成立之时发出的贺电之后亲自复电，指出：“西藏人民是爱祖国而反对外国侵略的，他们不愿意国民党反动政府的政策，而愿意成为统一的富强的各民族平等合作的新中国大家庭的一分子。中央人民政府和中国人民解放军必须满足西藏人民的这个愿望。”毛泽东对藏族人民的客观和正确的评价，是对西藏人民维护祖国统一的斗争和要求民族解放的意愿所给予的高度概括，极大地鼓舞了西藏人民争取胜利的士气，并坚定了对中国共产党领导的信心。
新中国成立之后，毛泽东顾全大局，下令解放军进军西藏。经过多主努力，1951年5月23日中央人民政府和西藏地方政府《关于和平解放西藏办法的协议》(简称《十七条协议》)在北京隆重签字，西藏获得了和平解放。
在协议正式签订以后，毛泽东又接见了中央人民政府驻西藏代表张经武，嘱咐他要注意工作方法，并做好高层统战工作，同时他还亲自写信给达赖喇嘛说：西藏地方政府在你亲政以后，开始改变以往的态度，响应中央人民政府和平解放西藏的号召，派遣以阿沛·阿旺晋美先生为首的全权代表来到北京举行谈判。你的这项举措是完全正确的。”“我希望你和你领导的西藏地方政府认真地实行关于和平解放西藏办法的协议，尽力协助人民解放军和平开进西藏地区。”
这封信充分地表达了毛泽东对实现西藏和平繁荣的深切希望。毛泽东为了西藏和平解放这一激动时刻的到来，付出了许多艰辛的努力，同时又不忘殷切地关怀西藏人民，突出表现在当西藏和谈代表到达北京时，毛泽东对他们的热情和真诚态度，使他们感动不已。首席全权代表阿沛·阿旺晋美在毛泽东诞辰八十五周年时面对记者的采访，说了这样一席话：
记得那天我们五个谈判代表和工作人员到中南海时，毛主席已在住处门前等我们了。他和我们热情握手后，把我们让到房中，亲切地说：“你们一路风尘，辛苦了。”我们说，来京路上，我们受到各地负责人的热情欢迎和照顾，看到各族人民空前团结的盛况，路过重庆时，邓小平等西南军政委员会首长接见了我们，还转达了毛主席对西藏人民的关怀和对我们的问候。一到北京，周总理代表毛主席亲自到车站迎接，这使我们深受教育。
毛主席听后笑着说：“为了祖国团结统一，我们跋山涉水，不远万里来到祖国的首都，你们是应当受到欢迎的。”接着，毛主席又通过翻译一一询问我们每人的名字、年龄、在地方政府中的职务，问我们由大高原到北京后身体适应不适应，生活习惯不习惯。……为了教育我们，毛主席耐心地向我们解释党的民族政策。
他说：“藏族是勤劳勇敢的民族，具有悠久的历史和文化，是我们祖国大家庭的重要成员。我们共产党要帮助所有少数民族发展政治、经济和文化事业，还要帮助发展人口，对藏族人民也是这样，你们怕什么呢？你们不用担心民族衰亡。”
毛主席对藏族人民寄予殷切的期望，指示藏族人民要为祖国做出贡献。毛主席用松赞干布和文成公主的故事，勉励我们为加强汉、藏人民的团结做出贡献。毛主席这些感人至深的话语，一直是激励我前进的力量。
1951年5月24日，毛泽东为庆祝西藏和平解放协议签订举行宴会。达赖喇嘛曾热情地颂扬毛泽东“他对中国人民的贡献是巨大的，他是中国各族人民真正爱戴和拥护的领袖。”
1952年5月23日，是《关于和平解放西藏办法的协议》签定一周年纪念日。班禅怀着无比感激的心情致电毛泽东，表达感激和敬佩之情。同日，达赖喇嘛也致电毛泽东，向毛泽东致敬并庆祝《关于和平解放西藏办法的协议》签订一周年。
当日，毛泽东复电给达赖和班禅表示慰勉，电报说：感谢你们五月二十三日的来电。值此西藏和平解放周年节日，你们来电表示愿为逐步彻底实现《关于和平解放西藏办法的协议》而努力，极为欣慰。我庆祝你们和全体西藏人民更加亲密团结起来，与全国各兄弟民族人民，同心协力，建设我们伟大的祖国和繁荣幸福的新西藏，并庆祝你们的成功和健康。
1952年12月4日，毛泽东阅悉班禅在西藏的工作汇报后，致电班禅，电文中说：“感谢你对人民解放军驻藏部队的帮助，并庆贺你在爱国团结工作上的成就。”从毛泽东所发的一系列电文中，可看出一位伟大政治家的战略眼光，同时又有平易可亲的领导气质。
西藏和平解放后，毛泽东就做出了关于在西藏工作方针的指示，指出要用一切努力和适当的办法，争取达赖及其上层集团的大多数，孤立少数坏分子，达到不流血地在多年内逐步改革西藏经济、政治的目的。
在毛泽东确立的以反帝爱国统一战线为主的方针的指引下，西藏党、政、军共同开展了统一战线工作，藏汉关系得到了空前的改善，民族大团结的景象呈现在世人面前。在毛泽东党中央和西藏人民的共同努力下，虽然其间经过一系列曲折斗争，1965年西藏自治区终于成立了。
新中国建立初期，不仅在为有条件实行民族区域自治的地区而努力，同时还在民族杂居区及未具备实行民族区域自治条件的民族聚居区建立了民族民主联合政府，在毛泽东和党中央的正确领导下，50年代，中国全面实施了民族区域自治，1950年5至9月，甘肃省率先建立了天祝藏族自治县、肃北蒙古族自治县和东乡族自治县；同年11月24日，四川省建立了中国第一个自治州——甘孜藏族自治州；1951年5月12日，云南省建立了中国第一个彝族自治县——峨山彝族自治县。尤其值得一提的是，中国人口最少的民族之一鄂伦春族，于1951年10月1日，在内蒙古呼伦贝尔盟建立了鄂伦春自治旗，当时全旗只有778人，其中鄂伦春族为724人，是中国人口最少的县(旗)。处在原始社会末期的游猎民族，破天荒地第一次享有了平等自治的权利，这一创举，就世界范围来说也是罕见的。
到1952年底，仅西南地区就建立了各级民族民主联合政府163个，其行政地位相当于专区级、县级、区级和乡级。在西北新、青、甘、陕各省民族杂居区也普遍建立了民族民主联合政府，新疆、青海、甘肃、宁夏四省建立了民族民主联合政府。经过毛泽东、党中央和各族人民的共同努力和奋斗，少数民族地区先后建立了民族自治区，其中五大区与蒙、疆、壮、回、藏，中国的民族区域自治制度也逐渐建立起来。少数民族的民主权利得到了保障，巩固了国家的统一，各民族走向共同繁荣。