关于开会的方法，毛泽东提议，先用一周到十天研究文件，允许交头接耳、交换意见；要提倡开展批评与自我批评，火力不够，不能克“敌”制胜。9月30日，书记处举行会议(到会者有毛、刘、周、康、洛、任)，就检讨党史问题作了如下决定：(一)在彭德怀回到延安前，暂停开中央会议，待彭到后，再继续开，并可用续开续断的方式，准备在七大时再作结论。(二)从10月起的5个月内，组织在延高级干部和七大代表二三百人(七大代表已审查确定有问题者不参加)，讨论党史文件和联共党史，参加人员名单由刘(少奇)、康(生)、任(弼时)负责商定；讨论可用全体会议、小组会议或个别漫谈等方式，中央政治局负责领导这一讨论。(三)在讨论时期内，参加讨论者以一部或全部时间参加，一部则须以一半时间照顾日常工作或负责继续审查干部。(四)由康生负责拟定研究党史计划。5天后，即在10月5日的书记处会议上(到会者增加了朱德、彭真)，听取康生提出的参加党史学习人员名单和分组计划，决定增加五六十个比较纯洁有前途的干部(包括吸收青年妇女干部)参加；总学委仍以毛泽东为主任，刘少奇、康生为副主任，胡乔木为秘书，并在日内召集中央会议，请各小组正副组长参加，由毛泽东报告时局和学习问题。这次会议决定，学习时间暂定3个月，学习讨论历史从抗战后开始入门，然后再回到大革命、内战及抗战时期的问题；向政治局提议，在参加学习者中间可公开宣布允许讨论党的路线问题。
10月6日，政治局召开扩大会议。毛泽东首先通报了书记处会议关于整风检查暂停，高级干部先行学习的决定。在讲话中，毛泽东肯定了这次“九月会议”的收获，许多以前未注意的问题引起了注意。他回顾错误路线发展的历史，指出：过去错误路线有一个大宗派在实行篡党，至遵义会议受到打击。遵义会议后这个集团分化了，但至六中全会前仍有些同志未改变立场。六中全会在政治路线上是克服了他们的错误，但未作结论，组织问题也没有提出，目的是希望他们慢慢觉悟。但到1941年5月我作《改造我们的学习》报告，竟毫无影响。6月后编了党书(即《六大以来》——引者)。党书一出，许多同志解除武装，故可能开前年的“九月会议”。这时，大家才承认路线错误。这一改变是很困难的，因为现在的中央是以王明、博古时代为基础的。六大选出的中央委员还有五个人，只有少奇同志和我是受他们反对的，其他是拥护王明、博古路线的。要改造中央，就非经过各种步骤，使大家觉悟成熟不可。六中全会时可以改造，但那时条件不成熟，犯错误的同志还没认识自己的错误。1941年“九月会议”是改造的关键，否则我是不敢到中央党校去作整风报告的，审查干部也会很困难。另一关键是上月的会议与现在的学习。
毛泽东在讲话中再次强调，斗争的性质是两条路线的斗争，错误路线以米夫、王明、博古为首。整风学习的目的是打碎两个宗派，教条宗派是头，经验宗派是脚。教条宗派是经验宗派的灵魂，故克服前者，后者再加马列，事情就差不多了。这些宗派也可以说无组织系统，但有思想方法、政治路线为纲领。我们打碎的方法，是改造思想，以马列为武器，批判自己，批判别人。书记处提议，在整风期间，凡参加学习者，人人有批评自由；对任何人、任何文件、任何问题都可以批评。我们希望各人扩大自己头脑中的马列根据地，缩小宗派的地盘，以灵魂与人相见，把一切不可告人之隐都坦白出来，不要像《西游记》中的鲤鱼精，吃了唐僧的经，打一下，吐一字。只有内力、外力合作，整风才会有成效。
在毛泽东讲话后，康生报告学习计划。他说：现在参加学习的，总共约有700人，按单位或部门编组，每组约10人到15人左右，但太大的可设分组。小组长大多数都参加中央的会议。中央的同志编为第一组，起核心作用，即核心组，也可以自由参加其他小组。讨论某个专门问题时可以打破原来分组界限。接着，刘少奇、朱德、周恩来相继发言。
在这次会上，毛泽东还讲了两点意见。第一，团结问题。毛泽东强调，犯路线错误或犯个别错误的同志觉悟起来，弄清路线是非，是达到真正团结的基础。他说：我们讲以斗争求团结，有这样几个范畴：一是无产阶级与地主资产阶级求团结，必须坚决与他们反共反人民的政策进行斗争；二是无产阶级与农民、小资产阶级求团结，必须与他们的落后性、狭隘性、动摇性斗争；三是无产阶级本身的团结，也要与本阶级中的错误倾向作斗争才能达到；四是无产阶级先锋队内部的团结，要通过自我批评与思想斗争来实现。前年“九月会议”是中央现在能够团结的关键。整风是一个大的自我批评，就是以斗争求团结。毛泽东说，我们是要把党斗好，不是斗翻，只要不把党斗翻，言论一概自由。这样做的目的就是为了对付国民党。第二，党内斗争的方法，毛泽东赞同刘少奇的意见。他说：过去党内斗争有正确的与错误的两个传统。这次整风要避免党史上的错误斗争方法。过去党内斗争没有解决思想问题，直到前年“九月会议”整风才从思想方法上解决问题。这次整风继续贯彻以马列主义自我批评方法来惩前毖后，治病救人。毛泽东的这两条意见解除了一些同志的思想顾虑，使大家更加明确了中央整风的目的、要求、政策与方法。
2、中央政治局整风会议的第二阶段
根据10月5日书记处会议精神，10月14日，毛泽东在西北局高干会(将原定的有学习小组长参加的中央会议的范围扩大了)报告时局与学习问题，第一次在比较大的范围公开点名批评王明路线。毛泽东在过去政治局会议发言的基础上，对抗战时期王明路线的特点作了初步概括。这就是：(1)以速胜论反对持久战；(2)以一切经过统一战线反对独立自主；(3)军事上反对游击战主张运动战；(4)在组织上闹独立性不服从中央，闹宗派主义。这是一条投降主义路线。这条路线在1938年时曾危害过党，全党各地差不多都受了影响，直到六中全会才在政治上克服了。毛泽东还揭露说，王明最近两年，一面养病，一面还做破坏活动，向一些同志讲怪话，批评中央不对。我们要有对付党可能发生破裂的准备。
自此以后，中央政治局的整风会议暂停了一个多月。从11月13日起复会，中央领导层的整风便进入了第二个阶段。
在11月13日的会上，毛泽东首先讲话。他严厉地批评了王明宗派，指出：现在的中央并不是六大选的，而是四中全会、五中全会选的。王明宗派控制了中央码头。王明宗派中最主要的人物，在政治上以“左”倾为外衣，用“国际”旗号，用马列招牌，欺骗了党十多年，现在要揭破这个大欺骗。遵义会议为什么不能提出路线问题？就是要分化他们这个宗派。这是我打祝家庄实行内部分化的一幕。当时仅仅反对军事上的机会主义，实际上解决了政治路线问题。因为领导军队的权拿过来了便是解决政治路线。如果当时提出政治路线，三人团便会分化。在前年“九月会议”前没有在党内讲王明路线错误，也是大多数人还不觉悟，等待一些同志是需要的。毛泽东还进一步评论了一些中央领导同志的功过，列举了大革命后期以来党史上一系列重大事件和重要关头时各中央领导同志的基本表现，认为有的是一贯犯错误的，有的只有个别错误；有的是不断犯错误又改正错误，有的则长期坚持错误；有的功大过小，有的有功有过，有的有过无功。
在这个讲话中，毛泽东还讲了一些原则意见。如他强调整风与审干要经过分析与综合才能得出正确结论。他说：马列主义原则在方法上就是分析与综合。过去许多同志喜欢做结论而不会分析，其实综合是分析的结果，分析是综合的手段，对一切事物都要分析。有许多同志在工作中是老练的，但在马列主义方面是幼稚的，这是犯错误的一个认识原因。他要求犯错误的同志宁可把问题看得严重些，不要光是解释，这样才能认识错误，前途才光明。
毛泽东讲完后，由博古作第二遍检查。他首先表示，在教条宗派中，除王明外，他是第一名；在内战时期，他在国内是第一名；抗战时的投降主义，以王明为首，他是执行者和赞助者。然后，他检讨教条宗派形成的历史和个人的错误。博古个人检查和别人插话，以及大家讨论提意见，共花了两天时间。
在博古于13日作检查之后，罗迈与张闻天分别在14日、21日作个人检查，还有其他同志也作了整风检查。他们在政治局会议上检查后，还与博古一起在高干大会上讲了4天。
11月27日，周恩来在会上发言，分“自我反省”和“历史检讨”两大部分，并以“历史检讨”为主线，从大革命后期的“五大”讲起，一直讲到当时。
由于在参加会议的领导人中，周恩来参与党中央核心领导的时间最长，资格最老，了解的情况最多。因此，这个历史回顾实际上成了1927年以来的党史报告。
王明没有参加政治局会议。11月29日由李富春代表中央与他谈话，告诉他即将召开党的七大，中央正组织七大代表和各级干部700人学习讨论党的历史问题。同时，中央政治局也在开会，讨论六大以来党的路线问题，特别是教条主义宗派的错误，包括他王明的错误问题，希望他认真做出检讨。12月1日，由孟庆澍代笔，王明本人签名，给毛泽东并中央政治局诸位同志写了一封信。他表示：“现在因病不能参加会议和学习，很觉难过。”“中央所讨论的关于我的主要的是哪些问题，我还不知道。等我得到中央的正式通知后，我将尽可能的加以检讨”。他写道：“关于过去毛主席和中央书记处同志指示我的错误和缺点问题，虽然我现在没有精力详加检讨和说明，但我认为有向此次政治局会议作原则上的明确承认之必要。”
在这封信中，他承认1941年9月底10月初时，同毛泽东讲的关于国共关系和中央抗战路线问题的那些意见都是错误的。“现在我再一次地向中央声明：我完全放弃我自己的那些意见”，“一切问题以党的领袖毛主席和中央大多数同志的意见为决定”；“我很感谢毛主席和中央各位同志提出我的这些错误和缺点，使我有可能和我的这些错误和缺点作斗争。”他还表示：“在毛主席和中央各位同志的领导和教育之下，我愿意做一个毛主席的小学生，重新学起，改造自己的思想意识，纠正自己的教条宗派主义错误，克服自己的弱点。”
在讨论“两个宗派”问题后，中央总学委于12月初发出了关于学习《反对统一战线中的机会主义》文件的通知。这个文件摘录了季米特洛夫等共产国际负责同志的几段文字，旨在认识统一战线与投降主义的严格区别及反对统战工作中的右倾投降错误的必要性，提高贯彻执行毛泽东关于民族统一战线的思想的自觉性。12月下旬，中央书记处进一步发出了关于研究王明、博古宗派机会主义错误的指示(这是第一次以中央文件名义发出这样的指示)，要求各中央分局在所属地区组织一百到二百人左右的高级干部学习两条路线的有关文件和《反对统一战线中的机会主义》的辑录，把整风引向深入的高级阶段，为将来七大讨论历史决议作准备。
同时，中央政治局还发出指示，对王明抗战时期的路线错误作了进一步概括，将前述毛泽东在西北局高干会上讲的四点明确化了。通知要求在一般干部中目前不要传达这些内容，但应使党员和干部明白，自遵义会议以来，以毛泽东同志为首的中央领导路线是完全正确的，一切对于这个路线的诬蔑都是错误的，“全党同志均应团结在以毛泽东同志为首的中央的周围，为中央的路线而奋斗”。这样，关于抗战时期党的路线问题的学习和讨论，以及对王明投降主义路线错误的批判，实际上已在全党高级干部范围内逐渐展开了。
3、中央政治局整风会议的第三阶段
中央政治局整风会议的第二阶段结束后，其第三阶段则转入对整风进行总结和对党的历史问题做出正确结论，同时也开始纠正前一阶段整风过程中的一些缺点。这对于整风运动取得圆满成功是一个关键性的步骤。
当时出版的整风文献和编印的历史文献集。政治局整风会议在1943年底到1944年初暂停了一段。根据学习计划，安排一千多名干部到1944年4月底前集中学习七本书，即“左派幼稚病”、“两个策略”、《共产党宣言》、《社会主义从空想到科学的发展》、《联共党史》和《两条路线》上下两册。其中1/3干部要读完7本，多数干部只读《两条路线》即可，文化理论水平低的以读党内的正面文件为主。在学习过程中，请中央领导人作辅导报告。中央要求参加学习的干部认识到，中国22年来无产阶级领导的人民大众的反帝反封建的革命运动是轰轰烈烈的，只有在某些关节时，某些领导人犯了错误，使革命受到损失；要把各个时期的历史关节与轰轰烈烈的革命运动作普遍的宣传。
1944年开春后，中央的整风会议继续进行。2月24日，中央书记处会议讨论党的历史问题，统一了对五个问题的认识：(1)王明博古错误应视为党内问题；(2)临时中央与五中全会因有“国际”承认，应承认是合法的，但必须指出合法手续不完备；(3)学习路线时，对于历史上的思想问题要弄清楚，对结论必须力求宽大，目前是应该强调团结，以便团结一切同志共同工作；(4)在学习路线时，须指出六大基本方针是正确的，六大是起了进步作用的；(5)对四中全会到遵义会议时期，也不采取一切否定的态度，凡做得对的，也应承认它。
根据书记处会议精神，3月3日至4日，周恩来到延安中央党校作了《关于党的“六大”的研究》报告，回答干部学习中争论的一些重要问题，对六大的历史功过做出了科学的评价。3月5日，毛泽东在政治局扩大会议上讲了书记处会议精神，对上述党中央的几个问题作了阐释。他说：(一)党内党外问题。在去年党的路线学习中，有部分同志对王明、博古同志发生怀疑是党外问题，现在确定是党内问题。
(二)合法与非法问题。毛泽东同志说，过去有的同志认为临时中央和五中全会是非法的，现在查到“国际”来电批准过，在当时上海处于严重白色恐怖下，有在上海的“国际”代表机关批准。五中全会也经过“国际”批准。根据这一点，是合法的。但应指出，其法律手续不完备，临时中央到中央苏区后应该报告，没有报告是不好的。至于四中全会，经过“国际”与中央的承认，这在形式上是合法的，但政治路线内容是不好的。