2005年是双方关系的一个分水岭。这一年，随着百度的上市和阿里巴巴对雅虎中国全部业务的收购，双方开始成为在搜索地盘上相互争斗的竞争对手。加上之前阿里巴巴旗下的3721搜索与百度的火拼，李彦宏和马云这两个互联网行业的明星CEO，已经成为在公开场合互不买账，在背地里互相较劲的竞争对手。
2010年8月，随着阿里巴巴与搜狐的合作，马云对进攻搜索领域更是雄心勃勃。
2011年3月28日在深圳举办的IT峰会上，马云在其发言中表示：如果有人“摇晃”百度，阿里巴巴不会组织“多国部队”进行轰炸，最多只会参与到“多国部队”之中。
李彦宏&马云：2005年最亮的两颗星
2005年，对百度和阿里巴巴的掌门人李彦宏和马云来说，都是意义非凡的，这一年，他俩成为互联网界乃至中国商界最出风头、最耀眼的两颗明星。这一年，与百度成功上市同样引人注目的一件事是，阿里巴巴收购雅虎中国全部资产，成功完成了“蛇吞象”的跨越。
与中国涌现的多数网络精英不同，马云在互联网技术上是外行，他曾经在杭州一所大学做英语教师，1995年作为英文翻译前往美国，在西雅图接触了互联网。正是在美国的经历促使他创办一家互联网公司。
1999年年初，马云在杭州创立了阿里巴巴网络技术有限公司，定位于做企业间的电子商务。马云和他的阿里巴巴专注于电子商务，历经6年之久，终于在2005年完成了阿里电子商务王国的布局。如今呈现在我们面前的是一个配置豪华的电子商务舰队。
除了阿里巴巴这艘B2B（企业间交易平台）主力战舰之外，马云还同时拥有了淘宝网（C2C个人交易平台）、支付宝（第三方支付平台）、雅虎中国（门户和搜索引擎）三艘精锐战舰。
2005年8月11日，当马云在北京中国大饭店宣布阿里巴巴跟雅虎联手之时，就注定了这一年无论对于他自己还是对于中国的互联网，都是具有里程碑意义的一年。马云收购雅虎中国，豪赌10亿美元决战搜索市场。这一桩被称为“蛇吞象”的“阿雅”联姻，让中国人切身感受到了中国互联网发展之神速和壮大。
仅仅过了一个月，2005年9月11日，在马云的邀请下，美国前总统克林顿出现在第五届西湖论剑上，更是掀起了普通老百姓对国内互联网业内盛事的一种狂热追捧。
因此，在这一年中，马云的意义已经远远超越了互联网本身。
这一年，马云让阿里巴巴成为为数不多的具有世界影响力的企业。
教师出身的马云在这一年可谓出尽了风头。
如果说2005年是中国互联网的第二春，那么百度无疑是这个春天里最灿烂的花束。这一年李彦宏掀起的互联网热潮不亚于马云。
就在马云与雅虎中国签署收购协议的前几天，8月5日，李彦宏带领百度在美国纳斯达克上市，首日挂牌，以破天荒的的涨幅创造了美国股市213年以来外国公司首日涨幅的最高纪录。
百度成为美国纳斯达克股市上最闪亮的一颗新星。
百度上市首日的表现让全世界的投资者和互联网界为之瞠目，以至于舆论纷纷将“神话”二字冠在百度之前。在这个神话诞生后，之前“中国的Google”的叫法已经不再时髦，这也是“神话”主角李彦宏最愿意看到的结果。百度的成功上市，堪称中国拥有自主知识产权的民族品牌在国际资本市场的一次精彩亮相，使海外投资者对中国市场的关注再度升温，是带动IT产业新一轮投资热潮的标志性事件。
这一年，李彦宏被评“CCTV2005中国经济年度人物”。在央视颁奖典礼上，CCTV对李彦宏和百度如此评价，“众里寻她千百度，一个海外取经人最终在故土搜索到宝藏；再写新经济传奇，一个中国企业家让世界为他的创新买单；一个新生代中国商界精英，用他的故事告诉我们：专注，才能更好地生存。”
这一年，李彦宏和马云都可谓收获颇丰，在各自公司不断发展壮大的同时，两人的财富也在与日俱增。
2005年胡润财富排行榜上李彦宏以49亿元排在第18位，而马云以30亿元排在第36位。
一个体现了晋商了精明和谨慎，一个体现了浙商的豪迈与顽强，李彦宏和马云面对市场前景逐渐清晰的中国互联网业，都跃跃欲试，准备建造各自的企业帝国。
3721状告百度
3721科技有限公司创办于1998年，是一家中文上网服务网站，在国内互联网界享有良好口碑。
2003年，创始人周鸿祎以亿美元将其卖给雅虎。
2005年马云并购雅虎中国，将拥有大量中小企业客户的3721也收入囊中。因而，3721与百度的冲突，变成了阿里巴巴同百度的交恶。
2007年，3721状告百度在线网络技术（北京）有限公司和北京百度网讯科技有限公司进行不正当竞争。
3721要求百度立即停止妨碍3721软件正常运行的不正当行为，在媒体公开澄清事实，赔礼道歉，并赔偿损失260.4万元。
在诉讼案中，3721认为，百度公司在其软件中采用了不正当的技术措施，目的在于恶意阻碍用户下载使用3721的软件以及相关服务，使用户误认为3721的产品性能存在问题，破坏了的市场声誉，给3721造成了巨大经济损失。
3721认为，尤其恶劣的是，3721和百度此前已经就IE地址栏搜索服务中的不正当竞争问题产生过争议，并经法院进行了判决。百度不但无视法院判决，不执行该行业惯例，继续在IE地址栏搜索服务中对3721实施不正当竞争行为，并且变本加厉，将不正当竞争行为扩展到工具条搜索服务和上网辅助功能服务。
3721要求百度公开澄清事实并赔礼道歉以弥补3721在经济上和名誉上的损失。
事实上，百度和3721之间的斗争在业界早已不是什么新闻。
早在2003年，百度曾对3721提起过诉讼。
2003年12月23日，百度诉3721侵犯着作权和不正当竞争案，百度新闻发言人毕胜表示，他每天都会接到上百封用户反馈邮件，反映和投诉百度搜霸无法使用。百度随后进行了检查，最终却发现是3721的网络实名插件在搞破坏。“它会自动去找有没有百度的东西，如果有的话，就会自动删除掉。”
在经历了3个多月的审理后，北京市朝阳区人民法院作出了一审判决3721的行为为不正当竞争行为，判决其停止侵权。
时隔4年，3721以同样的“不正当竞争”理由一举把百度的两家公司-百度在线网络技术北京有限公司、北京百度网讯科技有限公司，告上北京市第一中级人民法院。要求百度立即停止侵权行为，公开赔礼道歉，并赔偿经济损失。
事实上，经常使用两家软件的用户抱怨，3721软件的确是排斥百度软件的下载、安装以及正常使用，但是，百度的软件也排斥3721软件的下载、安装以及正常使用。也就是说，两者都在技术采用了相应的措施来排除对方的软件。
两家彼此间的较量并不是一天两天的事。延续到2007年的3721诉讼百度案只不过表现的是两家矛盾的白热化，呈现的是“一山不容二虎”的状况。
作为3721的新东家-阿里巴巴公司副总裁金建行表示，3721的起诉行为发生在公司收购雅虎中国之前，与阿里巴巴无关。但整合了雅虎中国后的阿里巴巴与百度在中国搜索市场的竞争是不可避免的。
3721状告百度已经引发了阿里巴巴与百度间的明争暗斗。
“易搜”争雄百度
雅虎一直纠结于是做门户还是做搜索引擎，不过，雅虎在搜索上下的功夫可不少。雅虎花重金打造的自主研发的YST技术，拥有国际顶尖水平的搜索技术。雅虎公司曾斥资26亿美金先后收购5家国际知名的搜索服务商：
Inktomi（MSN，Amazon，的搜索服务提供商）、Overture（全球最大的搜索广告商务提供商）、Fast、Alta Vista、Kelkoo（欧洲第一大竞价网站）。
雅虎也觊觎中国巨大的搜索引擎市场，为了实现本土化战略，2004年3月，雅虎收购3721，周鸿祎出任雅虎中国区总裁，全面打理雅虎中国在中国区域的事务。基于雅虎先进的搜索技术，同年，周鸿祎成立了独立的搜索门户网站“一搜网”（com)，这标志着雅虎的中国战略全面展开。
2005年8月，雅虎中国易主，马云取代了周鸿祎的地位。阿里巴巴并购雅虎中国后的第一件事就是促进雅虎中国的“变身运动”。马云对外高喊出的口号就是：“雅虎就是搜索，搜索就是雅虎”，并公开高调表示雅虎中国要稳坐中国搜索市场的“头把交椅”。2005年11月，在收购后的第三个月，马云将曾经的门户网站-雅虎中国的首页变成单一的搜索页面。
以后，马云在搜索领域展开了疯狂的“军备竞赛”。为了搜索，雅虎前后花掉了数十亿美元，将搜索技术无限期无偿地供给雅虎中国搜索，在美国雅虎还特意成立了由30多位顶尖华人科学家组建的搜索技术研发团队。马云甚至集合了5000台服务器来备战“搜索大战”，“军备竞赛”趋于疯狂。