受命之君天命之所予也，故号为天子者，宜视天如父，事天以孝道也；号为诸侯者，宜谨视所侯(恭侯)，奉天子也；号为大夫者，宜厚其忠信，敦其礼义，使其善大于匹夫之义，足以化(教化)之也；士者，事(务服于人)也；民者，瞑(蒙蒙无知)也。(《深察名号》)人君号称天子，是天的儿子，应对天尽孝道；诸侯意即敬侯王命，应事奉天子；大夫即大于匹夫，在道德上比匹夫要高，应尽教化之职；士就是供事之人，为知己者死；民就是昧于礼义，故需要教育。这五种称号都各有意义，欲考察其称不称职，谁是谁非，只需看看实迹与名号相不相符：“欲审曲直莫若引绳，欲审是非莫若引名。”(同前)故他亦强调“挚名责实，不得虚言”(《考功名》)。于是将儒与名家结合起来了。
孟子王张性善，荀子主张性恶，董仲舒调和之。认为性分三品，有“圣人之性”，纯善；有“斗宵(小人)之性”，纯恶。这二者都不是人性的代表。又有“中民之性”，这才是人性的代表，才是普遍的人性(《实性》)。他说，普遍的人性有善有恶，也可善可恶。天有阴阳，人性禀天，故亦有善恶“天两有阴阳之施，人亦两有仁贪之性。”(《深察名号》)人禀阳而为性，是善质；又禀阴而为情，是恶质(王充《论衡·本性》引)。人性的善恶，全在后天的教化。他形象地比喻说：“性比于禾，善比于米。米出禾中，而禾未可全为米也；善出性中，而性未可全为善也。善与米，人之所以继天而成于外，非在天所为之内也。”人性待教育而为善，犹禾谷待浇灌而出米也。他又比喻说：“卵待覆(孵)而为雏，茧待缫而为丝。” (《深察名号》)都强调后天人为的作用。于是结束了人性善恶之争，将儒学内部分歧统一起来了。
董仲舒的学说，就是以儒学为主体，以儒学为外壳，融合和容纳了诸子百家思想于一炉的新儒学体系。他在哲学原理上多得阴阳五行之助，在政治思想上则主要是儒学与黄老刑名之合，也就是所谓霸道(刑名)与王道(仁义)之合。汉宣帝对太子说：“汉家自有制度，本以霸王道杂之。耐何独任德教，用周政乎？”(《汉书·元帝纪》)所谓制度，即指汉武帝罢黜百家，独尊董仲舒改造过的儒术。可见汉家的治国方略，是从董仲舒建立新儒学体系，并使之获得独尊之后形成的。其意义是非常深远的。董仲舒“抑黜百家”，不是简单地否定百家，而是充分地吸收和挖取对方的精华，使百家失去存在的价值；董仲舒“推明孔氏”，是取百家之长以完善儒学，使儒学达到善兼美具的境地。于是，百家不禁自熄，儒学不尊独盛。儒学经他这一番改造，形成了必兴必盛的必然趋势。
2.精通五经，善说《春秋》
董仲舒深明五经，在着述之中，博引诗书，深谙易理，广论礼乐，尤长于《春秋》。
董仲舒治经，主大义微言，从宏观上揭示和发挥六经奥旨。在董仲舒眼里，六经再也不是上古旧史，历史陈迹，而是具有丰富思想内容，也具有完美表达形式的经典了。他说：君子知道在位者不能用强权和暴力来压服民心，因此用“六艺”来教养他们。“诗书序(顺也，驯化)其志，礼乐纯(净化)其美，易春秋明(开发)其知(智)”(《玉杯》)。即用《诗》《书》来驯化人们的心志，这属于德育的领域；用《礼》《乐》来美化人们的行为，这属于美育的领域；用《易》《春秋》来开发人们的智力，这属于智育的领域，六艺共同完成对一个人德育。
智育、美育诸方面的教育和塑造功能，在造就人才上，不可或缺，故他说：“六学皆大而各有长”，各自从不同方面，不同层次，共同完成人材的塑造工作。董仲舒进而归纳六经特点说：
诗道志，故长于质(朴实)；礼制节(仪节)，故长于文(文采)；乐咏德，故长于讽(讽谕)；书着(记)功，故长于事(叙事)；易本天地，故长于数(变化规律)；春秋正是非，故长于治人。(《玉杯》）
司马迁曾从董仲舒问学，于《太史公自叙》中转述这段话说：
“《易》着天地、阴阳、四时、五行，故长于变；《礼》经纪(规范)人伦，故长于行；《书》记先王之事，故长于政；《诗》记山川、溪谷、禽兽、草木、牝牡、雌雄，故长于风；乐乐所以立，故长于和(和畅)；《春秋》辨是非，故长于治人。是故礼以节人，乐以发和，书以道事，诗以达意，易以道化，春秋以道义。”辞句互有出入，但意思相近。在董仲舒看来，《易经》讲天地变化，阴阳转化，四时交替，五行运行，故以变化之理为主；《礼经》讲人伦纲纪，礼仪节度，故以行为准则为主；《书经》记先王成功经验，故以政事为主；《诗经》咏山川溪谷，禽兽草木，和男女情爱，故长于风情和借喻；《乐经》歌唱美德之完成，故以和畅为主；《春秋》辨明是非名份，故以治人之道为主。六经的文字不过古史陈迹，但六经的大义却具有经天地、纬人伦的功用，是圣人之心所寓，是圣人之灵所寄。如果说对六经特点的概括和揭示并不始于董仲舒，如《庄子·天下篇》即有“诗以道志，书以道事，礼以道行，乐以发和，易以道阴阳，春秋以道名分”。《荀子·儒效篇》亦有“诗言是其志，书言是其事，礼言是其行，乐言是其和，春秋言是其微”等等，但将六经的社会功能提高到人伦、教化、政治之本的地位，却始自董仲舒。
六经之中，董仲舒又极其推重《春秋》。《孝经纬》记孔子曰：“吾志在《春秋》，行在《孝经》。”《春秋》是孔子政治理想的寄托。董仲舒也如是说，一则认为：“《春秋》，义之大者也。”一则认为：“《春秋》，礼仪之大宗也。”
(《太史公自叙》)为了从中发掘出“治国平天下”的理想蓝图，董仲舒于是对《春秋》(特别是《公羊传》)进行了深入的钻研。首先，董仲舒揭示《春秋》的宗旨是辨是非，正名分。认为孔子带着政治目的作《春秋》，《春秋》是孔子仁义道德和政治思想的集中体现。
他说：“《春秋》应天作新王之事。”(《三代改制质文》)“新王”即一个全新的符合名份的王，这是针对当时名不符实的周王而言的。《春秋》所记上起鲁隐公元年，下讫鲁哀公十四年，共242年，这期间天子虚位，诸侯专征，大夫擅权，陪臣执国命，弑君三十六，亡国五十二，完全是一派衰世景象。一句话就是名份不正，是非不分。孔子修《春秋》时，以“王道”(仁义，又称“王心”)为准绳，于属辞比事之间，小心翼翼地表达出对当时违礼现象的批评和讥讽，“别嫌疑，明是非，定犹豫，善善恶恶，贤贤贱不肖”(《太史公自叙》)，使混淆了的是非区别开来，使颠倒了的名份纠正过来。用这一褒一贬的手法，在一部衰世的历史中塑造出一个崭新的以王道治天下的太平蓝图。他说孔子在作《春秋》时，门弟子曾对他截取最衰乱的历史颇感困惑，孔子曰：“吾因其行事(陈迹)而加乎王心(仁义)焉。以为见之空言，不如行事博深切明。”(《俞序》)相同的话还见于《太史公自序》。“因其行事加乎王心”，这与孟子引述孔子曰“其事则齐桓晋文，其文则史，其义则丘窃取之也”，是一脉相承的。孔子以布衣的身份运用王道来“贬天子、退诸侯、讨大夫”，无王者之位而行王者之权，孟子说：
“《春秋》，天子之事”；董仲舒说：“孔子立新王之道”(《王杯》)；《白虎通·穷通》说：“仲尼制《春秋》之义，着素王之法”；王充《论衡·超奇》说：“孔子之《春秋》，素王之业也。”皆一意也。但以董仲舒论议最透辟，分析最入理。由于孔子于《春秋》之中“上探三王之道，下正人伦之纪”(《大史公自序》)，“人道涞而王道备”(《俞序》)，是非明而名份正，凡作人的纲纪，为政的大法，莫不悉备于其中，有了《春秋》的表率作用，就可以是正名份，重整秩序，因此他说：“拨乱世而反诸正，莫近于《春秋》。”从前那些“杀君亡国奔走不得保社稷，其所以然，是皆不明于道，不览于《春秋》也。”董仲舒引述子夏的话曰：
“有国家者，不可不学《春秋》，不学《春秋》，则无以见前后旁侧之危，则不知国之大柄，君之重任也。故或胁穷失国，掩杀于位，一朝至尔。荀能述《春秋》之法，致行其道，岂徒免祸哉？乃尧舜之德也！”(《俞序》)在司马迁《自叙》中，还有董仲舒对这段话的阐发，他说：有国家的人不可以不知《春秋》，否则前有谗慝而不能见，后有乱贼而弗知；为人臣者不可不知《春秋》，否则处理大事不知其义，遇到变故不知其权(灵活性)；为人君父如果不通《春秋》之义，必然蒙受首恶之名；为人臣子如果不知《春秋》之义，就必然陷入篡权弑上的死罪之中。
其原因都是由于不知道正义原则、办事准绳之故。《春秋》就是一部用具体实例来教育人们该怎样作、不该怎样作的伟大的教科书，是行动的指南，办事的法宝。故曰：“《春秋》者，礼义之大宗”；“拨乱世反清正，莫善于《春秋》！”
其次，董仲舒对《春秋》义例进行了梳理。义例即着书条例，又叫“大义”。主要有“三世”、“三统”、“六科”、“十指”等。
先谈三世：《楚庄王》曰：“《春秋》分十二世以为三等，有见、有闻、有传闻。有见三世(即昭定哀)，有闻四世(文宣成襄)，有传闻五世一(隐桓庄闵僖)。”不过董氏三世说与后来何休“张三世”(据乱世、升平世、太平世)不一样，没有非常异议可怪之事，而仅仅是不同历史时期，约当于古代史、近代史、现代史而已。他说孔子在修《春秋》时对三世历史的详略取舍各不相同：“于所见微(隐微)其辞，于所闻痛其祸，于所传闻杀(减)其恩。”(同上)这就是“《春秋》无达辞”的根本原因。
次谈三统：即夏殷周三统，这是董仲舒引阴阳五行入《春秋》的产物。夏人尚黑，以寅月(夏历正月)为岁首；商人尚白，以丑月(夏历十二月)为岁首；周人尚赤，以子月(夏历十一月)为岁首。《春秋》说“春王正月”，春是夏历，王正月是周历，可见《春秋》历兼周夏二统。不过，《春秋》贬亡国，对夏的后裔之国杞取贬黜的态度；孔子是宋国大夫之后，对于殷人后裔之国来取参考态度；孔子以王道正是非，故尊崇王室。“故《春秋》应天作新王之事，时正黑统，王鲁尚黑，细夏、亲周、故(参考)宋”。(《三代改制质文》）
再谈六科、十指：《正贯篇》归纳有“六者之科”、“六者之旨”，《十指篇》则规纳为“十指”。六科六旨是“春秋大义之所本”，是着作的大条例；十指是“事之所系”，是记事的小条例。“六科”大略即“援天端”、“志得失”、“论罪源”、“定尊卑”、“载贤方”、“别幽隐”。