病好后，他也像其他小说家一样，因为仕途失意而走入了写小说的行列。他断断续续开始写作《西游记》。这时他的收入就是每月从学府里领回的六斗米。嘉靖十八年（公元1539年）左右，时任南京国子监祭酒（国家最高学府的校长）的马汝骥派遣专人前往淮安，聘请他掌书记之职，他婉言谢绝。
在32岁至50岁这段时间，除了写《西游记》外，吴承恩还写过一些与达客贵人的应酬文章，还想过当隐士。有《斋居》诗表达他的心迹：“何似陶隐居？松风满虚阁。”他想当隐士，当神仙，也就顺手写神话小说。这时除《西游记》外，他还写有志怪小说《禹鼎志》。这段时间里值得一提的是，在嘉靖二十二年（公元1543年），承恩与兴化人李春芳开始交游。在嘉靖二十六年（公元1547年），李春芳中了状元而去。李春芳后来官居吏部尚书，在关键时候对吴承恩帮助很大。
嘉靖二十九年（公元1550年），吴承恩50岁时，终于当上了岁贡生。他先到北京呆了半年，想谋个一官半职。但看厌了吏部老爷们的脸色，他决定回家。这样，吏部就将他分在南京国子监当了个太学生。他有参与一班贵族文人中吃喝，但嘉靖三十五年（公元1556年），在倭寇骚扰到了南京时，大家作鸟兽散，吴承恩便回到淮安，在家里编出了他的词集《花草新编》。
不过据河南省新野县的一个新发现说，该县文史馆和检察院在收集整理民间文学资料时，发现了《清·康熙五十一年新野县志》和《清·乾隆十九年新野县志》，上面均记载，“吴承恩，贡生，安徽明淮安山阳人，明嘉靖三十年（公元1551年）接任新野县知县。”乾隆十九年（公元1754年）编纂的《新野县志》九卷中，有五卷记载了知县吴承恩在新野修建行台察院，尊经阁，增修儒学，表彰贞节，兴办水利等德政事迹。当地学者考证，吴离职的时间为嘉靖三十六年（公元1557年）以后。当地学者还考证说，新野在明朝时被誉为“猴艺之乡”（2003年10月新野县委通讯组《〈西游记〉作者吴承恩曾任过新野知县》）
嘉靖四十三年（公元1564年）春，吴承恩的昔日朋友、当时在北京做官的李春芳派人接父母进京奉养，官船过淮时，李家人拜访了吴承恩，从而让李春芳知道了吴承恩迄今还埋没乡里，怀才不遇。李春芳当即写信让吴承恩再次来京谒选。
在李春芳的帮助下，嘉靖四十五年（公元1566年）春，吴承恩终于走马浙江长兴县（现属浙江省湖州市，在太湖之南），当了该县县丞，八品，主管田赋粮马等事务。这一年，吴承恩已是66岁。
这么大岁数，如此大的才华，当如此小官，吴承恩的失意是明显的。不过失意明显，却也有满心欢意的一面，因为他的上司、县令是大散文家、后被誉为“明文第一”的归有光。归有光也是屡屡失利、在第九次会考时才考中进士的，在吴承恩上任的前一年当上了长兴县令。归有光与吴承恩两位大文学家共治一县，在历史上留下一段佳话。其中吴承恩的做为是，颁布了《长兴县编审告示》，规定按田户大小分摊赋税的负担，让大户豪门做粮长，轮流担任纳税大户，农民赋税大大减轻，从而止住了农民逃亡之风。归有光的做为是，他设计捕到了真正的强盗头目，将63名被错判成强盗的百姓平了反，并以仁治县，让百姓们从此安居乐业。两位大文学家，在史称的“难治之邑”、“盗贼之渊薮”、“劫掠成风”的县里革新除弊，让社会治安大为好转，乡间“夜不鸣犬”。两人的友谊也十分深厚，在现在的长兴县还可以看到归有光撰文、吴承恩书写的《圣井铭》碑和吴承恩为归有光重修的县衙书写的《梦鼎堂》碑。
治理是成功的，但治理却触动豪门大户的既得利益。长兴县志载：“黄童白叟，歌咏于田野；朱履紫绶，谗构于朝廷。”之后，吴承恩竟被捕坐了冤狱。长兴县志载：
“隆庆二年（1568年），正月里大风扬沙走石，白昼晦冥，大旱，太湖涸”。那年“赤地千里”、“嗷嗷待哺”、“饥民死者塞道”。这年归有光依例进京朝觐，职位由上级湖州知府委派“摄令”或“署印”暂时代理。归有光与吴承恩在长兴县实行的是粮长制，即由大户轮流担任承担重头赋税的粮长，这样既可以减轻百姓的赋税，也让大户得以“轮休”，赋税也控制在了大户们承受得了的范围之内。这年大灾，如按粮长制，粮税仍是可以完成的。但署印来后，自恃权大官大，不顾有的大户去年、前年已担任过粮长交过重税，照样逼他们今年也交粮税。这样的做法引起抵制。署印发现不好，又下令再回到归有光、吴承恩的粮长制上来。这样，他被大户抓住把柄告到湖州府。同时，这个署印也有贪污行为。在被豪门大户投诉后，他吓得自己去湖州府投案自首。这样，吴承恩也受牵连下狱。极重名节且已年迈的吴承恩在狱中十分忧愤，写出一诗：“风尘客里暗青袍，笔研微闲弄小舠，只用文章供一笑，不知山水是何曹。身贫原宪初非病，政拙阳城自有劳，会结吾庐沧海上，钓竿轻掣紫金鳌。”诗中用孔子弟子原宪不求财宝甘于贫困和唐代通州刺史阳城不肯征赋而宁愿考评“下下”的两个典故来自励，也自嘲自己已堕入世俗，只能写点小文供人笑玩，却无力归隐山林。
吴承恩在长兴时结识了长兴籍才子、明代诗坛“后七子”之一的徐中行。徐当过河南汝宁知府和刑部主事，当时因母丧回家守制。看到朋友落难，徐中行挺身而出。得徐中行和时任吏部尚书的李春芳的帮助，吴承恩终于无罪出了狱，到湖北蕲州（今湖北省黄冈市蕲春县）的荆王府当纪善，官阶仍是八品，职责是“纪善掌讽导礼法，开谕古谊，及国家恩义大节，以诏王善”、“凡宗室年十岁以上，入宗学，教授与纪善为之师”（《明史》75卷），即负责掌管王府的礼仪教育，作小王子的老师。
隆庆四年（公元1570年），在前后当了两年小官吏后，他再度辞官回到了淮安。这一年，他68岁，离他去世还有14年。他要用晚年最后的时间再度做为一番。
因为是从王府回来的，他在故乡的社会地位就高了好多。当时的淮安知府陈文烛、邵元哲很是尊重他。这时他的亲人多去世，吴承恩就将姐姐吴承嘉的孙子邱度带在身边教导。邱度在万历四年（公元1576年）中举，第二年成进士，在吴承恩去世后还收集吴承恩的遗稿编成《射阳先生存稿》，请陈知府作序，刊印出来，使吴承恩的作品得以传世。这当然已是后话。而这时的吴承恩则全力修改完善一百回的《西游记》，最终得以成功。
吴承恩所写的短篇小说集《禹鼎志》现已失传，只能看到一篇自序；吴承恩书法也很好，还有许多诗文，但大多也散失，只有一小部分诗文编入了《射阳先生存稿》四卷，包括诗一卷，散文三卷，卷末附小诗38首。现代学者据此整理出版了《吴承恩诗文集》。
吴承恩娶妻叶氏，生子吴凤毛。叶氏于嘉靖四年至七年即公元1525—1528年前后嫁到吴家，成为吴承恩的第一夫人。淮安叶氏为当地望族。吴另有妾牛氏。其子吴凤毛，幼年时与其父挚友、状元沈坤之女定下娃娃亲，但凤毛尚未成年就夭折了。
吴承恩墓位于淮安（现淮安市楚州区）城东南的马甸乡二堡村，1974年12月，吴承恩及其父吴锐之墓同时被盗。调查人员在现场发现吴承恩为其父亲所写的《先府宾墓志铭》。1981年8月，淮安市人民政府组织专人寻访吴承恩墓地，在马甸乡找到了吴承恩棺材前档板，上刻有吴承恩最后的官衔“荆府纪善”，还找到吴承恩和他两个夫人的头骨，由此确定了吴承恩的墓地。后将以吴墓为中心的三亩地征下，建为吴承恩墓园。
吴承恩故居则在淮安楚州区河下古镇打铜巷，1982年在纪念吴承恩逝世四百周年时重修。故居占地9876平方米，建筑面积1842平方米，共有四个院落、二十六间房屋及庭院、后花园，故居中有通过吴承恩头骨复原的吴承恩的像。这个复原像是中国刑警学院赵成文教授于2003年复原的。
《西游记》是吴承恩所写
一、吴承恩具备写《西游记》的条件。
由上节所述吴承恩的生平即可佐证。吴承恩“幼年即好奇闻”，爱听神异故事，爱读野言稗史。这已有记载。吴承恩的诗文好，这不仅有记载，从他写的诗和留传下来文章已可读到。吴承恩会写小说，已由他写的志怪小说集《禹鼎志》证实。
当然，写小说不仅要有才华，有才华者不一定去写小说。写小说者当有“失意”所在，当有失意后对社会制度的深刻批判。无此批判，便无深刻的可传世的小说。失意和对社会的深刻认识和批判，吴承恩所具备的。
二、说吴承恩是《西游记》的作者，证据也是确凿的。
第一，鲁迅先生采信的《天启淮安府志》写作年代离吴承恩去世不到40年。此志的记录当是明证。
第二，白话小说不登大雅之堂，写一个文人的生平和为他的文集作序，可能不会写到他写了某白话小说。但他的家乡人一定知道，他的朋友圈子一定知道。所以鲁迅先生先采用府志，之后用吴承恩家乡的知名学者吴玉搢、阮葵生、丁晏的说法佐证，也是有道理的。胡适先生认为鲁迅先生这个考证有道理，也是有道理的。
第三，推论总归还是推论，推论要想成立，一定要有实物来证。没有实物佐证的推断只能是推断，不能成定论。1954年，在吴承恩当过县丞的长兴县一家农户的墙洞里，发现了旷世名作《西游记》的手稿，据考证，当年吴承恩在任内曾修改其著，他还遍历长兴130多所寺庙及洞山、黄龙洞（宫），将溶洞、钟乳石景观等融入《西游记》中的山川庙宇（2005年11月15日《中国文化报》，作者陈彬斌语）。长兴发现的吴承思的《西游记》的手稿，当以实物佐证了鲁迅和胡适先生的正确。长兴县长盛不衰的《西游记》文化和对吴承恩的研究成果，也是吴承恩是《西游记》作者的有力佐证。
第四，中国社会科学院文学研究所研究员、明清小说研究的大家刘世德在2005年5月15日有关于《吴承恩与〈西游记〉》的演讲，在讲座上他谈到用方言来研吴承恩是否是《西游记》的作者时说，原来北京大学的副校长，中文系的教授，著名的语言学家魏建功，是江苏淮安人。他在20世纪50年代发表过一篇短文章，从方言上证明作者是淮安人，就是吴承恩。还有一位语言学家叫颜景常，也是音韵学家，他从《西游记》里边所引用的诗怎么押韵来进行研究，和元代元人杂剧里的押韵，和三言二拍——尤其是三言，里边那是南方方言——的押韵作比较，最后归纳出这个押韵的人用的苏北淮安一带的语言、语音。他们两位是个语言学家，又是当地人，这个语言学上的论据就很充分了。
第五，本文开头的诸多说法，均为推论。在本节的明证面前，推论显出了他们的无力。如说吴承恩有“只用文章供一笑，不知山水是何曹”的诗句，因此有吴承恩不游山玩水，写不出《西游记》的山山水水来的推断。但我们知道，上述诗句是吴承恩在狱中写的诗，此诗的意思不是讲自己不喜山水，而是讲自己已无法再隐入山水中。再如，有人说吴承恩没有那么多时间写《西游记》、吴承恩的文笔写不了《西游记》；但我们知道，吴承恩在长兴县就开始写，在荆王府两年也在写作，在去世前有14年时间可以写作，对一百回的小说而言，这时间够是不够？史载，吴承恩善谐剧，写过志怪小说《禹鼎志》，这算不算有写作能力？吴承恩在《禹鼎志》序中说自况：“余幼年即好奇闻。在童子社学时，每偷市野言稗史，惧为父师呵夺，私求隐处读之。比长好益甚，闻益奇。”这是不是可以证明他正因为对野史稗闻有长久的兴趣，所以有了写《西游记》的素材？至于说没有书载吴承恩学过佛、道，宝应文人朱应登将自己一半的藏书给他，里面就没有佛、道的书？何况学佛学道一定要从师从书的么？淮阴师范学院蔡铁鹰教授考证说，吴承恩在荆王府做纪善时，就与一位喜爱道家神仙方术的王爷交好，《西游记》主要部分也是在荆王府的两年里写好的。他认为也是这位王爷出钱拿到南京去刊印的。还有人说明代反对推崇道家，而吴承恩的《西游记》对道和佛都不尊重。其实《西游记》的主旨是抑道崇佛的，正应了明代的反对道家。如此等等，不需一一去细说的。
附：2005年5月15日刘世德研究员关于《吴承恩与〈西游记〉》演讲的节录（九个证据证明《西游记》是吴承恩所写）：
《西游记》“到底作者是不是他（吴承恩），我们必须要有正面的直接的证据来证明，下面我就举九点来说。第一个证据，明朝末年天启年间的《淮安府志》卷十九，有一个“淮贤书目”，就是淮安这一带的前辈学人他们所写的书的目录，吴承恩的名下有《西游记》三个字，这是最直接的证据。这个证据首先是鲁迅发现的。鲁迅之前没有人认为《西游记》的作者是吴承恩，第二个是胡适，他们两个人共同考证的。第二个证据，康熙年间的《淮安府志》卷十二有一个艺文志，跟天启年间的《淮安府志》的记载完全相同。第三个证据，吴玉搢的《山阳志遗》卷四说他不知道吴承恩有杂记，他的杂记是什么书，等到看到“淮贤文目”里面说《西游记》是吴承恩先生所写，于是就相信了，而且书里边都有我们故乡的方言，是淮安人所写的，没有疑问。第四个证据，是阮葵生的《茶余客话》，卷二十一有一条叫“吴承恩《西游记》”，意思和吴玉搢《山阳志遗》完全一样。第五个证据，有个叫丁晏的人写了本《石亭记事续编》，里边说吴承恩是嘉靖时候的岁贡生，他所写的著作里边有《西游记》。第六个证据，焦循《剧说》，陆以湉《冷庐杂识》、平步青《霞外捃屑》里都有类似记载。第七，从音韵学的角度来证明。刚才我已经介绍过颜景常的例子了。第八，从方言的角度来证明是淮安土话的，我来介绍两个例子。一个例子在《西游记》第二十六回，有这么一句话，“你却要好生服侍我师傅……衣裳禳了，与他浆洗浆洗”人民文学出版社《西游记》的注解中，说“禳”字解释为脏，但是淮安人认为不对，说这个字是软的意思，如“这条扁担太禳，担不起”。旧时在淮安穿衣服要上浆，上浆就硬了，穿的时间久了就软了，要重新浆洗，重新洗就是上浆，穿着才挺括，这个是淮安的土话。证明作者是淮安人。这个意思在淮安以南淮扬土语区中使用较多，调查方言的人甚至认为离开淮安北面三十里以外就不这么讲了，就是这三十里之内是这么讲的，更确定了吴承恩是这个地方的人。第二个例子，是个“海”字。在淮安话里有别的解释，七十二回有这么一句，“一个个汗流粉腻透衣裳，兴懒情疏方叫海”。这个“海”字在淮安的土话里是罢休、完结的意思。这是个很典型的词，我不晓得在座各位的故乡有没有把一件事结束了、罢休了叫做“海”。这是淮安话，《西游记》中出现，也证明作者是淮安人。