银河历60000年前，堕落的奥特曼贝利亚试图染指宇宙能量之源——等离子火花，向奥特之星——光之国发起突袭。贝利亚击败了光之国的所有奥特战士，如愿拔出了奥特能量之源——等离子火花。随着光源渐渐熄灭，曾经的光之国度沦入无尽的严寒与黑暗之中。危机关头，迪迦、盖亚、戴拿、阿古茹等几位奥特曼联合启动「超级时空漩涡」，将贝利亚卷入其中。在强大的能量波动下，等离子火花能量核四分五裂，散落于宇宙深处……我们的故事从宇宙尽头的伊贝罗星球开始……
M78星云中心，奥特之星——光之国，奥特曼的故乡发生剧变，堕落的奥特曼贝利亚试图染指宇宙能量之源——等离子火花，不惜与邪恶的雷布拉德星人精神体达成契约，利用究极魔器至尊战斗仪操纵怪兽军团，向奥特之星？光之国发起复仇侵袭。最终，凭借至尊战斗仪的恐怖威力，贝利亚击败了奥特之星的所有奥特战士，如愿拔出了奥特能量之源——等离子火炬。光源渐渐熄灭，曾经的光之国度沦入无尽的严寒与黑暗之中，奥特之星上的一切都进入永恒的冰封期。
等离子火花熄灭的瞬间，千钧一发之际，传奇英雄诺亚?奥特曼启动了「巴拉兹之盾」，在光之国的上空制造出「超级时空漩涡」。迪迦、盖亚等几位奥特战士毅然出手，用最后的能量阵锁定贝利亚，最终与贝利亚一起被卷入「超级时空漩涡」，不知所踪。
宇宙的尽头，绯露星云的某处，「超级时空漩涡」的虫洞终端忽然出现。受到极度的能量冲击后，等离子火炬中的火花凝为固体，爆裂成无数块超级能量晶核，散落绯露星系各地。此时，在绯露星系边际的伊贝罗行星，曾经繁盛一时的伊贝罗文明正濒临着彻底灭绝的命运。为了摧毁宇宙文明，雷布拉德星人的精神体操纵着太古方舟入侵行星上空，发动了「方舟战争」。无数怪兽从方舟母巢之中蜂涌而出，伊贝罗古文明灰飞烟灭。幸存的伊贝罗星人虽然殊死抵抗，无奈实力悬殊，只得退守高山，无助地向浩瀚苍穹祈求。奇迹发生，四位巨大的光之战士精神体从天降临，一举挫败了怪兽军团的总攻。这些光之战士正是寻找等离子火种的四位奥特曼——戴拿、盖亚、迪迦和阿古茹。
为了维护宇宙正义，他们与伊贝罗星人达成同盟，联手将怪兽军团逐个消灭，最终攻上了太古方舟。雷布拉德星人不甘失败，悍然操纵太古方舟直撞伊贝罗行星的地心。最终贯穿地壳，引起剧烈爆炸，方舟也不知所踪。经历了漫长的战斗，四位奥特战士耗尽了能量，他们的精神体被封入行星各处遗迹的巨大石像之中，进入了漫长的休眠期，再也没有人知道他们的确切下落。几经浩劫之后，伊贝罗行星被强辐射的暗能量覆盖，不再适合生存，幸存的伊贝罗星人进行公决，最终决定放弃行星表层的故土，全体迁移到行星上空的浮空岛屿上生活，从此开启了后伊贝罗文明。少部分伊贝罗人则选择留守，在险恶的生存环境中守护着伊贝罗帝国昔日的荣光。
经过几代人的努力，后伊贝罗文明渐渐复苏。新伊贝罗人在浮空岛上建立了新的都市——光耀城。为了对付层出不穷的星际侵袭事件，他们组建了专属团体——CEU协会，专门负责不明生物事件的处理与解决。
另一方面，在遥远的宇宙尽头，堕落者贝利亚因为正义火种的失踪而狂躁不安，但由于体质变异，他的堕落精神体无法直接进入绯露星云。凭附其身的雷布拉德星人精神体告诉他——穿越时空的方法只有一个，派人重新启动湮没在伊贝罗行星地壳之下的「太古方舟」，利用方舟的「虚空之刃」在太空中制造出时空裂痕。届时，他将亲自率领怪兽军团侵入绯露星云，直到彻底毁灭最后的正义火种……