武承嗣、三思营求为太子，数使人说太后曰：“自古天子未有以异姓为嗣者。”太后意未决。狄仁杰每从容言于太后曰：“文皇帝栉风沐雨，亲冒锋镝，以定天下，传之子孙。太帝以二子托陛下。陛下今乃欲移之他族，无乃非天意乎！且姑侄之与母子孰亲？陛下立子，则千秋万岁后，配食太庙，承继无穷；立侄，则未闻侄为天子而祔姑于庙者也。”太后曰：“此朕家事，卿勿预知。”仁杰曰：“王者为四海为家，四海之内，孰非臣妾，何者不为陛下家事！君为元首，臣为股肱，义同一体，况臣备位宰相，岂得不预知乎！”又劝太后召还庐陵王。王方庆、王及善亦劝之。太后意稍寤。他日，又谓仁杰曰：“朕梦大鹦鹉两翅皆折，何也？”对曰：“武者，陛下之姓，两翼，二子也。陛下起二子，则两翼振矣。”太后由是无立承嗣、三思之意。
孙万荣之围幽州也，移檄朝廷曰：“何不归我庐陵王？”吉顼与张易之、昌宗皆为控鹤监供奉，易之兄弟亲狎之。顼从容说二人曰：“公兄弟贵宠如此，非以德业取之也，天下侧目切齿多矣。不有大功于天下，何以自全？窃为公忧之！”二人惧，涕泣问计。顼曰：“天下士庶未忘唐德，咸复思庐陵王。主上春秋高，大业须有所付；武氏诸王非所属意。公何不从容劝主上立庐陵王以系苍生之望！如此，岂徒免祸，亦可以长保富贵矣。”二人以为然，承间屡为太后言之。太后知谋出于顼，乃召问之，顼复为太后具陈利害，太后意乃定。
三月，己巳，托言庐陵王有疾，遣职方员外郎瑕丘徐彦伯召庐陵王及其妃、诸子诣行在疗疾。戊子，庐陵王至神都。
夏，四月，庚寅朔，太后祀太庙。
辛丑，以娄师德充陇右诸军大使，仍检校营田事。
六月，甲午，命淮阳王武延秀下突厥，纳默啜女为妃；豹韬卫大将军阎知微摄春官尚书，右武卫郎将杨齐庄摄司宾卿，赍金帛巨亿以送之。延秀，承嗣之子也。
凤阁舍人襄阳张柬之谏曰：“自古未有中国亲王娶夷狄女者。”由是忤旨，出为合州刺史。
秋，七月，凤阁侍郎、同平章事杜景俭罢为秋官尚书。
八月，戊子，武延秀至黑沙南庭。突厥默啜谓阎知微等曰：“我欲以女嫁李氏，安用武氏儿邪！此岂天子之子乎！我突厥世受李氏恩，闻李氏尽灭，唯两儿在，我今将兵辅立之。”乃拘延秀于别所，以知微为南面可汗，言欲使之主唐民也。遂发兵袭静难、平狄、清夷等军，静难军使慕容玄崱以兵五千降之。虏势大振，进寇妫、檀等州。前从阎知微入突厥者，默啜皆赐之五品、三品之服，太后悉夺之。
默啜移书数朝廷曰：“与我蒸谷种，种之不生，一也。金银器皆行滥，非真物，二也。我与使者绯紫皆夺之，三也。缯帛皆疏恶，四也。我可汗女当嫁天子儿，武氏小姓，门户不敌，罔冒为昏，五也。我为此起兵，欲取河北耳。”
监察御史裴怀古从阎知微入突厥，默啜欲官之，不受。囚，将杀之，逃归；抵晋阳，形容羸瘁。突骑噪聚，以为间谍，欲取其首以求功。有果毅尝为人所枉，怀古按直之，大呼曰：“裴御史也！”救之，得全。至都，引见，迁祠部员外郎。
时诸州闻突厥入寇，方秋，争发民修城。卫州刺史太平敬晖谓僚属曰：吾闻金汤非粟不守，奈何舍收获而事城郭乎？悉罢之，使归田，百姓大悦。
甲午，鸾台侍郎、同平章事王方庆罢为麟台监。
太子太保魏宣王武承嗣，恨不得为太子，意怏怏，戊戌，病薨。
庚子，以春官尚书武三思检校内史，狄仁杰兼纳言。
太后命宰相各举尚书郎一人，仁杰举其子司府丞光嗣，拜地官员外郎，已而称职。太后喜曰：“卿足继祁奚矣！”
通事舍人河南元行冲，博学多通，仁杰重之。行冲数规谏仁杰，且曰：“凡为家者必有储蓄脯醢以适口，参术以攻疾。仆窃计明公之门，珍味多矣，行冲请备药物之末。”仁杰笑曰：“吾药笼中物，何可一日无也！”行冲名澹，以字行。
以司属卿武重规为天兵中道大总管，右武卫将军沙吒忠义为天兵西道总管，幽州都督下邽张仁愿为天兵东道总管，将兵三十万以讨突厥默啜；又以左羽林卫大将军阎敬容为天兵西道后军总管，将兵十五万为后援。
癸丑，默啜寇飞狐，乙卯，陷定州，杀刺史孙彦高及吏民数千人。
九月，甲子，以夏官尚书武攸宁同凤阁鸾台三品。
改突厥默啜为斩啜。
默啜使阎知微招谕赵州，知微与虏连手蹋《万岁乐》于城下。将军陈令英在城上谓曰：“尚书位任非轻，乃为虏蹋歌，独无惭乎！知微微吟曰：不得已，《万岁乐》。”
戊辰，默啜围赵州，长史唐般若翻城应之。刺史高睿与妻秦氏仰药诈死，虏舆之诣默啜，默啜以金师子带、紫袍示之曰：“降则拜官，不降则死！”睿顾其妻，妻曰：“酬报国恩，正在今日！”遂俱闭目不言。经再宿，虏知不可屈，乃杀之。虏退，唐般若族诛；赠睿冬官尚书，谥曰节。睿，飃之孙也。
皇嗣固请逊位于庐陵王，太后许之。壬申，立庐陵王哲为皇太子，复名显。赦天下。
甲戌，命太子为河北道元帅以讨突厥。先是，募人月馀不满千人，及闻太子为帅，应募者云集，未几，数盈五万。
戊寅，以狄仁杰为河北道行军副元帅，右丞宋玄爽为长史，右台中丞崔献为司马，左台中丞吉顼为监军使。时太子不行，命仁杰知元帅事，太后亲送之。
蓝田令薛讷，仁贵之子也，太后擢为左威卫将军、安东道经略。将行，言于太后曰：“太子虽立，外议犹疑未定；苟此命不易，丑虏不足平也。”太后深然之。王及善请太子赴外朝以慰人心，从之。以天官侍郎苏味道为凤阁侍郎、同平章事。味道前后在相位数岁，依阿取容，尝谓人曰：“处事不宜明白，但摸棱持两端可矣。”时人谓之“苏摸棱”。
癸未，突厥默啜尽杀所掠赵、定等州男女万馀人，自五回道去，所过，杀掠不可胜纪。沙吒忠义等但引兵蹑之，不敢逼。狄仁杰将兵十万追之，无所及。默啜还漠北，拥兵四十万，据地万里，西北诸夷皆附之，甚有轻中国之心。
冬，十月，制：都下屯兵，命河内王武懿宗、九江王武攸归领之。
癸卯，以狄仁杰为河北道安抚大使。时河北人为突厥所驱逼者，虏退，惧诛，往往亡匿。仁杰上疏，以为：“朝廷议者皆罪契丹、突厥所胁从之人，言其迹虽不同，心则无别。诚以山东近缘军机调发伤重，家道悉破，或至逃亡。重以官典侵渔，因事而起，枷杖之下，痛切肌肤，事迫情危，不循礼义。愁苦之地，不乐其生，有利则归，且图赊死，此乃君子之愧辱，小人之常行也。又，诸城入伪，或待天兵，将士求功，皆云攻得，臣忧滥赏，亦恐非辜。以经与贼同，是为恶地，至有污辱妻子，劫掠货财，兵士信知不仁，簪笏未能以免，乃是贼平之后，为恶更深。且贼务招携，秋毫不犯，今之归正，即是平人，翻被破伤，岂不悲痛！夫人犹水也，壅之则为泉，疏之则为川，通塞随流，岂有常性！今负罪之伍，必不在家，露宿草行，潜窜山泽，赦之则出，不赦则狂，山东群盗，缘兹聚结。臣以边尘暂起，不足为忧，中土不安，此为大事。罪之则众情恐惧，恕之则反侧自安。伏愿曲赦河北诸州，一无所问。”制从之。仁杰于是抚慰百姓，得突厥所驱掠者，悉递还本贯。散粮运以赈贫乏，修邮驿以济旋师。恐诸将及使者妄求供顿，乃自食蔬粝，禁其下无得侵扰百姓，犯者必斩。河北遂安。
以夏官侍郎姚元崇、秘书少监李峤并同平章事。
突厥默啜离赵州，乃纵阎知微使还。太后命磔于天津桥南，使百官共射之，既乃其肉，剉其骨，夷其三族，疏亲有先未相识而同死者。
褒公段瓒，志玄之子也，先没于突厥。突厥在赵州，瓒邀杨齐庄与之俱逃，齐庄畏怯，不敢发。瓒先归，太后赏之。齐庄寻至，敕河内王武懿宗鞫之；懿宗以为齐庄意怀犹豫，遂与阎知微同诛。既射之如蝟，气殜殜未死，乃决其腹，割心，投于地，犹趌□然跃不止。
擢田归道为夏官侍郎，甚见亲委。
蜀州每岁遣兵五百人戍姚州，路险远，死亡者多。蜀州刺史张柬之上言，以为：“姚州本哀牢之国，荒外绝域，山高水深。国家开以为州，未尝得其盐布之税，甲兵之用，而空竭府库，驱率平人，受役蛮夷，肝脑涂地，臣窃为国家惜之。请废姚州以隶巂州，岁时朝觐，同之蕃国。泸南诸镇亦皆废省，于泸北置关，百姓非奉使，无得交通往来。”疏奏，不纳。
圣历二年己亥，公元六九九年正月，丁卯朔，告朔于通天宫。
壬戌，以皇嗣为相王，领太子右卫率。
甲子，置控鹤临丞、主簿等官，率皆嬖宠之人，颇用才能文学之士以参之。以司卫卿张易之为控鹤监，银青光禄大夫张昌宗、左台中丞吉顼、殿中监田归道、夏官侍郎李迥秀、凤阁舍人薛稷、正谏大夫临汾员半千皆为控鹤监内供奉。稷，元超之从子也。半千以古无此官，且所聚多轻薄之士，上疏请罢之；由是忤旨，左迁水部郎中。