帝以天下垦田多不以实自占，又户口、年纪互有增减，乃诏下州郡检核。于是刺史、太守多为诈巧，苟以度田为名，聚民田中，并度庐屋、里落，民遮道啼呼；或优饶豪右，侵刻赢弱。时诸郡各遣使奏事，帝见陈留吏牍上有书，视之云：“颍川、弘农可问，河南、南阳不可问。”帝诘吏由趣，吏不肯服，抵言“于长奉街上得之”，帝怒。时东海公阳年十二，在幄后言曰：“吏受郡敕，当欲以垦田相方耳。”帝曰：“即如此，何故言河南、南阳不可问？”对曰：“河南帝城，多近臣；南阳帝乡，多近亲；田宅逾制，不可为准。”帝令虎贲将诘问吏，吏乃实首服，如东海公对。上由是益奇爱阳。遣谒者考实二千石长吏阿枉不平者。
冬，十一月，甲戌，大司徒歙坐前为汝南太守，度田不实，赃罪千馀万，下狱。歙世授《尚书》，八世为博士，诸生守阙为歙求哀者千馀人，至有自髡剔者。平原礼震年十七，求代歙死。帝竟不赦，歙死狱中。
十二月，庚午，以关内侯戴涉为大司徒。卢芳自匈奴复入居高柳。是岁，骠骑大将军杜茂坐使军吏杀人，免。使扬武将军马成代茂，缮治障塞，十里一候，以备匈奴。使骑都尉张堪领杜茂营，击破匈奴于高柳。拜堪渔阳太守。堪视事八年，匈奴不敢犯塞，劝民耕稼，以致殷富。百姓歌曰：“桑无附枝，麦穗两歧。张君为政，乐不可支！”
安平侯盖延薨。
交趾麊泠县雒将女子征侧，甚雄勇，交趾太守苏定以法绳之，征侧忿怨。
建武十六年庚子，公元四零年春，二月，征侧与其妹征贰反，九真、日南、合浦蛮俚皆应之，凡略六十五城，自立为王，都麊泠。交趾刺史及诸太守仅得自守。
三月，辛丑晦，日有食之。秋，九月，河南尹张伋及诸郡守十馀人皆坐度田不实，下狱死。后上从容谓虎贲中郎将马援曰：“吾甚恨前杀守、相多也！”对曰：“死得其罪，何多之有！但死者既往，不可复生也！”上大笑。
郡国群盗处处并起，郡县追讨，到则解散，去复屯结，青、徐、幽、冀四州尤甚。冬，十月，遣使者下郡国，听群盗自相纠擿，五人共斩一人者，除其罪；吏虽逗留回避故纵者，皆勿问，听以禽讨为效。其牧守令长坐界内有盗贼而不收捕者，又以畏忄聏捐城委守者，皆不以为负，但取获贼多少为殿最，唯蔽匿者乃罪之。于是更相追捕，贼并解散，徙其魁帅于它郡，赋田受禀，使安生业。自是牛马放牧不收，邑门不闭。
卢芳与闵堪使使请降，帝立芳为代王，堪为代相，赐缯二万匹，因使和集匈奴。芳上疏谢，自陈思望阙庭；诏报芳朝明年正月。初，匈奴闻汉购求芳，贪得财帛，故遣芳还降。既而芳以自归为功，不称匈奴所遣，单于复耻言其计，故赏遂不行。由是大恨，入寇尤深。
马援奏宜如旧铸五铢钱，上从之；天下赖其便。
卢芳入朝，南及昌平，有诏止，令更朝明岁。
建武十七年辛丑，公元四一年春，正月，赵孝公良薨。初，怀县大姓李子春二孙杀人，怀令赵熹穷治其奸，二孙自杀，收系子春。京师贵戚为请者数十，熹终不听。及良病，上临视之，问所欲言，良曰：“素与李子春厚，今犯罪，怀令赵熹欲杀之，愿乞其命。”帝曰：“吏奉法律，不可枉也。更道它所欲。”良无复言。既薨，上追思良，乃贳出子春。迁熹为平原太守。二月，乙未晦，日有食之。
夏，四月，乙卯，上行幸章陵；五月，乙卯，还宫。六月，癸巳，临淮怀公衡薨。
妖贼李广攻没皖城，遣虎贲中郎将马援、骠骑将军段志讨之。秋，九月，破皖城，斩李广。
郭后宠衰，数怀怨怼，上怒之。冬，十月，辛巳，废皇后郭氏，立贵人阴氏为皇后。诏曰：“异常之事，非国休福，不得上寿称庆。”郅惲言于帝曰：“臣闻夫妇之好，父不能得之于子，况臣能得之于君乎！是臣所不敢言。虽然，愿陛下念其可否之计，无令天下有议社稷而已。”帝曰：“惲善恕己量主，知我必不有所左右而轻天下也！”帝进郭后子右翊公辅为中山王，以常山郡益中山国，郭后为中山太后，其馀九国公皆为王。
甲申，帝幸章陵，修园庙，祠旧宅，观田庐，置酒作乐，赏赐。时宗室诸母因酣悦相与语曰：“文叔少时谨信，与人不款曲，唯直柔耳，今乃能如此！”帝闻之，大笑曰：“吾治天下，亦欲以柔道行之。”十二月，还自章陵。
是岁，莎车王贤复遣使奉献，请都护；帝赐贤西域都护印绶及车旗、黄金、锦绣。敦煌太守裴遵上言：“夷狄不可假以大权；又令诸国失望。”诏书收还都护印绶，更赐贤以汉大将军印绶；其使不肯易，遵迫夺之。贤由是始恨，而犹诈称大都护，移书诸国，诸国悉服属焉。
匈奴、鲜卑、赤山乌桓数连兵入塞，杀略吏民；诏拜襄贲令祭肜为辽东太守。肜有勇力，虏每犯塞，常为士卒锋，数破走之。肜，遵之从弟也。
征侧等寇乱连年，诏长沙、合浦、交趾具车船，修道桥，通障豨，储粮谷，拜马援为伏波将军，以扶乐侯刘隆为副，南击交趾。
建武十八年壬寅，公元四二年二月，蜀郡守将史歆反，攻太守张穆，穆逾城走；宕渠杨伟等起兵以应歆。帝遣吴汉等将万馀人讨之。
甲寅，上行幸长安；三月，幸蒲坂，祠后土。
马援缘海而进，随山刊道千馀里，至浪泊上，与征侧等战，大破之，追至禁豨，贼遂散走。
夏，四月，甲戌，车驾还宫。
戊申，上行幸河内；戊子，还宫。
五月，旱。
卢芳自昌平还，内自疑惧，遂复反，与闵堪相攻连月，匈奴遣数百骑迎芳出塞。芳留匈奴中十馀年，病死。
吴汉发广汉、巴、蜀三郡兵，围成都百馀日，秋，七月，拔之，斩史歆等。汉乃乘桴沿江下巴郡，杨伟等惶恐解散。汉诛其渠帅，徙其党与数百家于南郡、长沙而还。
冬，十月，庚辰，上幸宜城；还，祠章陵；十二月，还宫。
是岁，罢州牧，置刺史。
五宫中郎将线纯与太仆朱浮奏议：“礼，为人子，事大宗，降其私亲。当除今亲庙四，以先帝四庙代之。”大司徒涉等奏“立元、成、哀、平四庙。”上自以昭穆次第，当为元帝后。
建武十九年癸卯，公元四三年春，正月，庚子，追尊宣帝曰中宗。始祠昭帝、元帝于太庙，成帝、哀帝、平帝于长安，舂陵节侯以下于章陵；其长安、章陵，皆太守、令、长侍祠。
马援斩征侧、征贰。
妖贼单臣、傅镇等相聚入原武城，自称将军。诏太中大夫臧宫将兵围之，数攻不下，士卒死伤。帝召公卿、诸侯王问方略，皆曰：“宜重其购赏。”东海王阳独曰：“妖巫相劫，势无久立，其中必有悔欲亡者，但外围急，不得走耳。宜小挺缓，令得逃亡，逃亡，则一亭长足以禽矣。”帝然之，即敕宫彻围缓贼，贼众分散。夏四月，拔原武，斩臣、镇等。
马援进击征侧馀党都阳等，至居风，降之；峤南悉平。援与越人申明旧制以约束之，自后骆越奉行马将军故事。
闰月，戊申，进赵、齐、鲁三公爵皆为王。
郭后既废，太子彊意不自安。郅惲说太子曰：“久处疑位，上违孝道，下近危殆，不如辞位以奉养母氏。”太子从之，数因左右及诸王陈其恳诚，愿备藩国。上不忍，迟回者数岁。六月，戊申，诏曰：“春秋》之义，立子以贵。东海王阳，皇后之子，宜承大统。皇太子彊，崇执谦退，愿备藩国，父子之情，重久违之。其以彊为东海王，立阳为皇太子，改名庄。”
袁宏论曰：夫建太子，所以重宗统，一民心也，非有大恶于天下，不可移也。世祖中兴汉业，宜遵正道以为后法。今太子之德未亏于外，内宠既多，嫡子迁位，可谓失矣。然东海归藩，谦恭之心弥亮；明帝承统，友于之情愈笃。虽长幼易位，兴废不同，父子兄弟，至性无间。夫以三代之道处之，亦何以过乎！