一是现代化农业生产带来的各类污染；二是由于小城镇和农村聚居点的规划、基础设施建设和环境管理滞后造成的人居环境污染；三是乡镇企业和集约化养殖场布局不当、治理不够产生的工业污染。
随着现代化进程的加快，小城镇和农村聚居点规模迅速扩大。但在“新镇、新村、新房”建设中，规划和配套基础设施建设普遍未能跟上：大部分城镇只重视编制城镇总体建设规划，忽视了与土地、环境、产业发展等规划的有机联系，规划之间缺位或不协调，农村聚居点则缺少规划，使城镇和农村聚居点或者沿公路发展，形成马路和带状集镇，或者与工业区混杂。小城镇和农村聚居点的生活污染物则因为基础设施和管制的缺失一般直接排入周边环境中，造成严重的“脏乱差”现象。每年产生约1.2亿t的农村生活垃圾，几乎全部露天堆放。每年产生超过2500万t的农村生活污水几乎全部直排，使农村聚居点周围的环境质量严重恶化。浙江省环保局2002年进行的局部调查表明，农村聚居点的环境质量除了大气污染指标外，其余已经劣于城市。
尤其值得注意的是，在我国农村现代化进程较快的地区，这种基础设施建设和环境管理落后于经济和城镇化发展水平的现象并没有随着经济水平的提高而改善，其对人群健康的威胁正在与日俱增。
乡镇企业和集约化养殖场布局不当、治理不够，产生工业污染。
农村工业化是中国改革开放20年间经济增长的主要推动力，在县域经济发达的浙江、江苏等东部发达地区表现得尤为明显。受乡村自然经济的深刻影响，这种工业化实际上是一种以低技术含量的粗放经营为特征、以牺牲环境为代价的反积聚效应的工业化，村村点火、户户冒烟，不仅造成污染治理困难，还导致直接污染的危害。目前，我国乡镇企业废水COD和固体废物等主要污染物排放量已占工业污染物排放总量的50％以上，而且乡镇企业布局不合理，污染物处理率也明显低于工业污染物平均处理率。
与乡镇企业存在类似污染问题的是，近些年来在人口密集地区尤其发达地区蓬勃发展起来的集约化畜禽养殖。在污染排放强度上并不低于工业企业的集约化养殖场，其污染危害更加严重，不仅会带来地表水的有机污染、富营养化污染、大气的恶臭污染、甚至地下水污染，畜禽粪便中所含病原体也对人群健康造成了极大威胁。
另外，农村由于污水灌溉和堆置固体废弃物，大量承受了工业污染的转移，导致了土壤的重金属污染以及延伸的食品污染。我国污染面积由1978年的约4 000km2增加到2003年的3万km2，约占全国总灌溉面积的10％。全国因固体废弃物堆存被占用或毁损的农田为1 300km2。
农村环境污染已经给作为弱势产业的农业和弱势群体的农民带来了明显的负面影响：中国农村有近3亿人喝不上干净的水，其中超过60％是由于非自然因素导致的饮用水源水质不达标。中国农村人口中与环境污染密切相关的恶性肿瘤死亡率逐步上升，从1988年的0.0952‰上升到2000年的0.1126‰。对于基本排除在医疗保障制度之外的农民，这是极大的威胁。
1.农村环境污染的本质
由于重视程度不够，加之农村现代化以及农村环境污染的特点，导致目前的环境管理体系及农业技术推广体系难以应对污染问题；财政渠道的资金来源不够，导致污染治理不力；扶持措施不力，导致农村污染治理的市场化机制难以建立；治理模式不适，导致农村污染治理效率不高。
农村的环境保护长期受到忽视，环保政策、环保机构、环保人员以及环保基础设施均供给不足。在现代化进程中，农村环境污染问题凸显，一方面是由于发展方式不当，过于注重经济目标，因此在扩大集约化农业生产和发展乡镇企业之初基本不考虑环境约束，单位产值污染物排放量显著高于城市；另一方面是由于经济与社会未能协调发展，社会发展落后于经济增长，而农村包括管理体系、污染治理基础设施等在内的公共服务供给不足、供给制度缺失，导致农村极易“小污成大污”和“小污成大害”。
2.农村环境污染
由于重视程度不够，加之农村现代化的特点以及农村环境污染的特点，导致目前的环境管理体系及农业技术推广体系难以应对污染问题。
我国的农村现代化进程有两个明显的特点：一是工业优先增长和依托工业的现代化农业快速发展，二是居民在空间分布上迅速集中。工业优先增长和依托工业的现代化农业快速发展，使农村的产业结构从自然和谐型转变成自然危害型，农村原有的具有强大环境自净能力的自然循环被破坏，居民集中使得原本可以自然销纳的生活污染物因超出环境自净能力而成为危害。
不仅如此，农村的各类环境污染也呈现出与城市污染迥异的特点。以农业生产导致的面源污染为例，其具有3个明显的特点：一是排放主体的分散性和隐蔽性。与点源污染的集中性相反，面源污染具有分散性的特征，它随流域内土地利用状况、地形地貌、水文特征、气候等不同而具有空间异质性和时间上的不均匀性。二是随机性和不确定性。例如，农作物的生产会受到自然的影响（天气等），因为降雨量的大小和密度、温度、湿度的变化会直接影响化学制品（农药、化肥等）对水体的污染情况。三是不易监测性。这是指对面源污染的管理存在成本过高，只能对受害地监测，很难监控排污源等情况。
我国的环境管理体系是建立在城市和重要点源污染防治上的，对农村污染及其特点重视不够，加之农村环境治理体系的发展滞后于农村现代化进程，导致在解决农村环境问题上不仅力量薄弱而且适用性不强。目前，我国的农村环境管理体系呈现以下特点：环境立法缺位、农村环境管理机构匮乏、环境保护职责权限分割并与污染的性质不匹配、基本没有形成环境监测和统计工作体系。我国目前的诸多环境法规，如《环境保护法》、《水污染防治法》等，对农村环境管理和污染治理的具体困难考虑不够。例如，目前对污染物排放实行的总量控制制度只对点源污染的控制有效，对解决面源污染问题的意义不大；对规模普遍较小、分布较为分散的乡镇企业的污染排放监控，也由于成本过高而难以实现。
另外，农业技术的选择缺乏环境政策制约机制，农业技术推广体系几乎失效：20世纪80年代中期开始的农业技术服务体系改革是以减少农技推广经费和鼓励自我创收为特点的。由于得不到足够的财政拨款，农技推广系统不得不从事与业务无关的经营活动以获取收入，包括卖化肥和农药等。由于激励政策不当，一些推广人员对指导农民提高农药和化肥使用效率缺乏积极性，导致化肥、农药不合理施用情况一直在加剧。
3.农村污染治理
农村的3类环境污染，套用解决城市污染和规模以上工业企业污染的主要手段——末端治理都存在技术、经济障碍。除了面源污染难以收集污染物外，其他类污染用末端治理常会出现既治不起也治不净的情况。规模以上工业企业的污染治理由于其污染排放的集中性、污染物相对的单一性和企业经营相对的大规模等特点，末端治理方法在多数情况下是适用的甚至是最佳的。而农村的生活污染、乡镇企业污染以及集约化畜禽养殖场污染，采用末端治理则会因为污染治理设施建设和运行的“最小经济规模限制”“低处理率限制”以及“高折旧率限制”而不可行。
农村环境污染我们应采取的对策是，重视农村环境保护基本制度和基础体系建设；推行农村环境管理和污染治理的“自上而下”的筹资机制和“自下而上”的决策机制；多方配合扶持建立乡镇企业和农村聚居点污染治理的市场化机制；在工农业生产中大力倡导循环经济发展模式，注重技术路线创新。
农村现代化进程中的环境污染问题是典型的发展不当和发展不足带来的问题。解决此问题必须看到一个重要约束——在未来相当长的时期里，我国城乡分割的二元社会结构可能仍将继续存在，仍然会有相当多的人以小规模的农业经营为生。此约束决定了农村污染治理可采取的措施是有限的。它们首先必须确保农民受益并有利于改善农民的生活，任何激进的、外部输入性的、单纯管制性的政策都有可能面临失败。许多新兴工业化国家如韩国等的经验也说明这种问题必须在不影响经济增长、社会发展目标和发展速度的情况下统筹解决，即兼顾“生产发展、生活改善、生态良好”。这与中央提出的新农村建设“生产发展、生活宽裕、乡风文明、村容整洁、管理民主”目标的思路是一致的。
4.农村环境基本制度
基本制度包括有关法规、标准、管理制度及其支撑体系。除了最新制定的《固体废物污染环境防治法》中专门提到了农村环境问题，其余有关法规均没有针对性强的条文，这个缺陷应在法规修订中弥补，以促进有关政府部门加强这方面工作和为基层职能部门提供法律依据。另外，必须抓紧制订《全国农业生态环境保护条例》，并制订和完善无公害农产品及农药、化肥使用规程等相关标准、规定，以规范农药、化肥的使用，推广符合生态要求的施肥和施药技术。
在管理制度建设中，应抓好3个重点：一是制度推行，二是机构和能力建设，三是计划和规划制定。
首先是逐步推行建设前环境影响评价、“环保三同时”和排污收费等环境管理制度。推行环境目标责任制度要真正做到县长、乡长等行政一把手对管辖范围内的环境质量负责，乡镇企业法人对本企业影响范围内的环境质量负责。并将“环保三同时”制度应用于新农村建设、农村生活垃圾和污水收集处理系统建设等。
其次是加强环境保护的机构和能力建设，完善农村环境管理基础体系建设，逐步实现城乡环境保护监督管理一体化。