水环境是一个大系统，农村水体污染防治必须着眼于大系统，必须按区域或流域进行综合防治，以防为主，防治并举。要在科学规划的基础上，加强宣传和监管力度，从源头上消除水体污染，从根本上治理水体污染。
1.生态家园建设
科学规划、合理布局，大力实施生态家园富民工程和“211”生态建设工程，推动环境优美乡镇、生态村和生态示范户创建，切实让农民在生态经济发展中得到更多实惠，让农村水环境在开发建设过程中得到有效保护。
2.严把“绿色门槛”
从源头上防控水源污染，消除结构性隐患，促进各类园区建设，引导更多的项目退城入园、退村入园，坚决遏制重污染项目向农村转移与蔓延。同时，通过调整工业布局，促进村镇的规划和建设。
3.饮用水源保护
结合流域区划、水资源开发利用规划以及经济社会发展规划，根据水资源的可再生能力和自然环境的可承受能力，科学合理地开发和保护水资源，既满足当代和本区域对水资源的需求，又不损害后代以及其他区域对水资源的需求。促进经济、社会和生态的协调发展，实现水资源可持续利用，保障经济社会的可持续发展。农村尤其要加快饮用水源的综合防治。要合理划分水功能区，落实防护措施。督促水源利用企业依法开展水资源可持续利用评价，合理选址，尽量降低污染风险和影响，确保重点流域饮用水源安全。