郭沫若在这一时期，对自己的古史研究进行了自我批判。在《十批判书》、《青铜时代》中，他反复强调要“以一个史学家的立场来阐明各家学说的真相”，而不是“以一个宣教师的态度企图传播任何教条”。他说：“我们要还他个本来面目”，“是什么还他个什么，这是史学家的态度，也是科学家的态度。”华岗在《中国历史的翻案》中认为，“致用”与“求真”的关系问题，“为中国历史学中十分重要，而又尚少系统研究的问题”。强调为了改造现在和争取将来，必须熟悉过去，“但我们所需要的是真实的过去，即真实的历史，而不是伪造和歪曲的历史。”他认为：“历史本身就是一种科学，而科学必须实事求是，不能容许人们说谎行骗。假如认为为了‘训练’与‘教育’的目的，可以歪曲历史事实，或者在某种程度上修改事实或增减事实，那就是离开了科学的立场，否定了客观真理，而一切离开科学立场与否定客观真理的想法和做法，都是有害和错误的道路。”针对所谓“矫枉过正”的说法，郭沫若指出：“我认为答复歪曲就只有平正一途，我们不能因为世间上有一种歪曲流行，而另外还他一个相反的歪曲。矫枉不宜过正，矫枉而过正，那便有悖于实事求是的精神。”华岗也指出，马克思主义史学要建设“货真价实的信史，亦即是科学的中国史”，“用不着矫枉过正，更用不着重新涂抹，而是要还元出对象的本来面目，这是翻案工作与建设信史的必要前提。”
在求真与科学性问题上，马克思主义史家在早期，虽一般来说也注意史料的运用，但更偏重于理论、方法，认为理论、方法是最根本的，研究方法实重于史料问题。这一时期，他们更突出了史料的重要性问题，并强调理论、方法与材料的统一。他们认识到，历史研究不能光是高谈方法论，而是应当“走进中国历史资料的宝库，去用历史资料来考验方法论”。郭沫若在《古代研究的自我批判》中指出：“无论作任何研究，材料的检讨是最必要的基础阶段。材料不够固然大成问题，而材料的真伪或时代性如未规定清楚，那比缺乏材料还要更加危险。”认为研究中国古代，最感棘手的是仅有的一些材料却都是真伪难分，时代混沌，“不能作为真正的科学研究的素材”。而有关文献上的辨伪工作，自乾嘉学派以至最近的古史辨派，却做得“相当透彻”。鉴于新史家“对于史料的征引，首先便没有经过严密的批判”，他指出：如果我们新史家“对于旧文献的批判根本没有做到，不仅‘古史辨’派的阶段没有达到，甚至有时比康有为、阎百诗都要落后，这样怎么能够扬弃旧史学呢？”吕振羽也提出：“我们须努力树立新史学的考据学，对已有材料进行系统的考证。”在史料与方法相互关系上，他们认识到理论、方法固然重要，但必须有坚实的史料作基础。如果没有史料，“即使我们有最正确的历史方法，则方法永远还是方法，因为方法的本身，并不就是历史，也不会自动的变成历史。历史方法之于具体史料，正犹如解剖刀之于尸体，它只是一种工具而已。”他们认识到，“要使历史学走上科学的阶梯，必须使史料与方法合而为一。即用科学方法，进行史料之搜集、整理与批判；又用史料，进行对科学方法之衡量与考验。使方法化于史料之内，史料融解于方法之中。”这些表述，显示出其对史学求真认识的深化与发展，体现了其朝革命性和科学性相统一方向的努力。在追求历史本质之真方面，他们也逐步纠正原先偏重“一般规律”而轻“特殊性”的公式化、教条倾向，而由前者转向后者，更注重于探讨中国社会自身的特点。如翦伯赞指出：原理原则是从无数具体的历史事实中抽象出来的，“要找出历史发展的原理原则，还是要记得‘历史事实’”，认为只有从“把握特殊性与一般性的统一”这个观点才能正确理解历史本身之具体内容。吕著《简明中国通史》，主张将具体的材料奉献给读者，“力避原理原则式的说明”。范文澜的《中国通史简编》，也强调要了解“历史的共同性与特殊性”，如当时延安《解放日报》所评论的那样，“它里面没有空洞的议论”，而是将“观点和方法论溶化在丰富的史实的叙述”中。正是由于马克思主义史家朝革命性和科学性相统一方向的努力，这一时期出现了如吕振羽《中国政治思想史》、《简明中国通史》、翦伯赞《中国史纲》、范文澜《中国通史简编》等一批标志性的著作。这些著作无论就理论的先进性还是具体的研究而言，都代表了当时马克思主义史学达到的水平，较好地体现了革命性与科学性相统一的原则，并站在当时中国史界的前列。应当说，马克思主义史学在40年代以后有了很大的发展，同时也使中国史学走上了比较科学的轨道。
事实上，在为了发挥史学的功能，而不惜强古就今的问题上，他们也有一定的认识，引起了一定的警惕。针对一些研究者“以古喻今”，以机械类比的方式将古人思想现代化的做法，华岗认为，如果让两三千年前的人物怀了20世纪的思想，那么则是“一种时代错误”。指出这种“借他人的酒杯来浇自己的块垒的办法，同样有歪曲历史真实的危险”。如果只是为了现实政治的需要，“用格义比附的方式”来“类比目前的新事物”，不仅达不到为现实服务的目的，而且“从根本上丧失了科学历史的态度和精神”。侯外庐在《中国古代社会史·自序》中说：“科学重证据，证据不足或不当，没有不陷于闭门造车之臆度的。”“今文家常犯的毛病就是‘托古’、‘影古射今’，而实事求是的研究，则要远乎此道，尤其治古代史，不能一丝一毫来眩染，所谓差之毫厘，谬以千里。”均表明其对此问题已引起了一定的警惕。但是言归言，认识与实践之间并不统一。
但是，毋庸讳言，在这一时期马克思主义史学发展的过程中，也出现了一种严重的不良倾向，那就是影射与历史类比的问题。如范文澜在40年代出版的《中国通史简编》中，就存在着这种“简单地借古人古事来类比今人今事”的弊病。如书中借吴、蜀联合拒魏来类比抗日民族统一战线，借孙权来类比国民党反动派破坏统一战线，以至“把孙权描写成几乎是全部黑暗的人物”。又如武则天利用特务镇压她的政敌，本是统治阶级内部的争权夺利，而书中“借武则天来斥责特务统治，着重写了特务的残暴，而且把宫廷私事也写了出来，意在增加对特务统治者的鄙视”。范文澜后来承认这些都是“不合当时的历史事实的”。在其所著《中国近代史》中，论述鸦片战争时，又以道光帝的“求降难”来类比国民党反动派的投降活动。在《汉奸刽子手曾国藩的一生》中，由于当时蒋介石把他推崇成“圣人”，范文称曾国藩是百年来“一切出卖民族的汉奸与屠杀人民的刽子手的开山祖”，“是屠杀同胞的内战能手，一切思想行动都以反革命的内战为中心”，又称此后“凡是反革命的内战能手，也定是卖国能手，曾国藩给这些能手启示了实例”云云。以抗战时期流行的术语来描述曾国藩，以此影射类比蒋介石，揭露其发动内战的罪恶。文中甚至直接发挥说：“现在中国也还有这种杀人放火的匪帮，这就是那些内战内行、外战外行的亚种法西斯分子，但是他们不也在师曾国藩的故智，反而宣传中国共产党为杀人放火的‘共匪’、‘赤匪’、‘奸匪’吗？”这就更不是在论史，而是在漫论时事政治。
这种做法在翦伯赞的一些论著也比较明显和突出。这一时期他撰写了《论西晋的豪门政治》、《孙皓的末日》以及《桃花扇底看南朝》、《贪污列传序》、《论明代的阉宦及阉党政治》等南明史的系列论文，其中影射现实的部分比比皆是。在《论西晋的豪门政治》中，为了影射蒋宋孔陈四大家族，称西晋的豪族“不仅是大地主，又是官僚资本家”。为了影射蒋介石打内战，甚至说“西晋的豪族，他们几乎是在内战中诞生，在内战中成长，在内战中灭亡”，并说他们“是‘内战的内行，外战的外行’”等等。尤其是《桃花扇底看南朝》一文，通过评论清代孔尚任的历史剧《桃花扇》，对当时在清兵压境、国势危急的情况下，南明福王政权君臣上下不发愤图存，依然欢歌醉舞，倾轧排挤，夺利争权，及阉党余孽祸国殃民的丑行作了揭露，以此透视、抨击了重庆的国民党政权，可说是其影射史学的代表作之一。以上只是几个典型的例子。事实上，这种影射和类比的做法，在当时的马克思主义史家和一些进步的史家中都十分流行。如邓拓、吴晗等史家都有类似情况。吴晗在《朱元璋传》中，出于对当时蒋介石反动统治集团的痛恨，即以朱元璋影射蒋介石等等，不一而足。
关于这一时期出现的影射类比的做法，一般将其归之于在国民党反动统治时期，在蒋介石的独裁统治下，由于缺乏言论、出版自由，因此只能用隐晦的语言、借古说今的方法，来影射针砭时事，以达到揭露反动统治者的目的。诚然，这种做法与当时的客观环境有关。如翦伯赞所说，历史上影射作品的产生，是与政治上的高压和暴力分不开的。但是，“暴力抓住了作家的头发，但并不能抓住作家的心灵”，而思维是最善于找到自己的出路的，“你不准他谈政治，他就谈恋爱；你不准他谈人间，他就谈天上；你不准他谈现在，他就谈过去；反正他总要找条出路。”在这种特殊的历史条件下，以此方式与国民党的书报检查制度进行斗争，是可以理解的，也是无可厚非的。但深入分析的话，仅将其归之于客观环境，恐也并不尽然。如果说，仅仅是国统区的学者采取了这种方法，那倒完全可以解释，而问题是，当时在延安解放区的学者如范文澜等，他们所处的环境与国统区不同，却同样采取了这种方法，因此，就不能简单地归之于客观环境与特殊的历史条件。如果联系在建国以后，这种影射类比的方法并没有随着时代的改变而消失，不仅在新的历史条件下依然被沿用，乃至愈演愈烈的现象，就更清楚地说明，实际上这种做法更与主观上的认识相关。这一问题，从根本上来说，是对史学致用与现实关系问题的认识偏差引起的。
认真地考察一下上述借古论今、影射类比的做法，实际上是在用现实需要来改铸客观的历史。虽说这种做法在当时确也起到了政治作用，但其对学术的损害同样是不容忽视的。如果说，前期的马克思主义史家在强调史学为革命事业服务时，已经存在着某种偏差的话，那么，这一时期以历史类比、影射来为现实斗争需要服务的做法，就更背离了学术研究的原则，并使历史研究陷入了两难的地步。如吴晗后来自己所说：“虽然一方面不得不肯定历史上朱元璋应有的地位，另一方面却又指桑骂槐，给历史上较为突出的封建帝王朱元璋以过分的斥责。不完全切合实际的评价。”这些“借古说今”的类比，只是一种激励革命情绪的政治宣传，而不是严格意义上的学术研究。它不仅不能加强历史研究的革命性，反而降低了马克思主义历史科学的科学性。从根本上来说，它既损害了历史学的科学性，也是与现实目的相背离的，并造成了对马克思主义史学本身的损害，从历史科学的要求来说，是不可取的。