规定对逃兵的惩处：兵士潜逃，应严密查拿，一个月仍无下落，追究家属；地方官查缉不力，分别参处等等。袁世凯说，这样规定的好处是：“以便稽考”，“显示体恤之心，隐寓防维之意”，“庶兵少逃亡，技皆娴熟，不至虚耗训练之日力，不至空糜国家之饷糈”。
这就是中国近代征兵制度的开创性文件，在新式的征兵制下，士兵转变成现代的军人，颁布了优待军属的行政法规，使军人的地位大大提高。这样，士兵免除了后顾之忧，可以专心地致力于国防，同时以行政手段避免逃兵的出现，保证职业军人的队伍稳定。
按照新的征兵条件，1902年2月，袁世凯派王士珍等人到直隶的正定、冀州、赵州等地，会同地方官，招募了6000名壮丁，集中在保定训练，编为10营，称“新练军”。
制定了现代征兵制度之后，他又让幕僚按照欧美各国的征兵制度，制定了常备军的营制饷章，把军人分成常备兵、续备兵、后备兵三种。现役军人为常备兵，服役3年，发给全饷。3年后退伍回家，列为续备兵，月支饷银1两，平时在家各就其业，每年10月操练一次，以一个月为度，操练时发给全饷。再3年列为后备兵，月饷5钱银子，每隔一年操练一次，4年期满，退为平民，停止月饷。
战时征调续备兵、后备兵入伍。这种把兵员分为现役和预备役，改造成新的多层次结构的西方近代军制规范，在中国属于首创。
袁世凯参考德、日的陆军编制，建立了现代多兵种、便于协同作战的军队编制：以2镇(相当于师)为1军，每镇辖步队2协(旅)、马队1标(团)、炮队1标、工程队1营、辎重队1营。营下为队(连)，队下为排，排下为棚(班)。全镇兵员12512名。
1902年6月，袁世凯上奏：“直隶为畿辅重地，筹饷练兵，固期多多益善”。由于筹饷困难，他准备逐渐增加兵员，先把招募的6000人练成常备军一镇，秋后或明年看情况再添练一镇。以后“按年添练，逐渐扩充，小则增一标一协，大则增一镇一军”。
袁世凯确实是孜孜不倦地扩充军队。当年，北洋常备军左镇首先练成。袁世凯在直隶编练的这支新军后来改称北洋常备军，就是这支军队后来发展成影响中国政局几十年的军阀系统——北洋军。
袁世凯还建立起现代军队的指挥系统。他认为中国军队诸多弊病中，号令歧异，指挥不灵是致命的弱点。1902年6月，袁世凯参考西方的体制，在保定创设军政司，作为部队的指挥机构，他自兼督办。下辖兵备、参谋、教练3处：兵备处属于后勤、政工部门，负责考功、执法、筹备粮油、医务；参谋处是军队的指挥机构，负责谋略、调派、测绘；教练处负责官兵培训，管理学务、校兵，三处的总办分别是刘永庆、段祺瑞、冯国璋。这个新式军事机构，为全国首创，后来成为各省新军领导机关的典范。
袁世凯在建立新军的同时还非常重视培养军事人才。他不遗余力地创建了各种军校，军队的教官他一般都委派心腹，从全国军队中招收学员，毕业后再回到各地军队中。
在庚子之役中，当时全国最大的军校——李鸿章创办的天津武备学堂被摧毁，在小站建立的武卫右军随营学校难以满足不断扩充的新军对人才的需要。因此，袁世凯陆续创办了将弁学堂、北洋武备学堂、参谋学堂、测绘学堂、陆军小学堂、速成学堂、宪兵学堂、北洋军官学堂以及讲武堂、军医、马医、军械、经理学堂等军校。这些军校涵盖了后勤、指挥、军事理论等不同学科。
袁世凯对军校的建立，军官的培养非常重视，逐年开办新军校，招收一批批新学员。
其中最有影响的有武备学堂，该学堂培养初级军官，先后由冯国璋、段祺瑞兼任督办，这是当时全国规模最大的军校。从该校毕业，后来成为北洋军重要将领的有：孙传芳、齐燮元、孙岳等人。
保定军官学堂，1906年创立，教授高等军事科学理论，这个学校产生了许多近代史上的着名人物，如蒋介石、张治中等。
当时军校云集在保定，保定是近代最大的军事教育基地，成为近代中国陆军的摇篮，这些军校多由冯国璋、段祺瑞兼督办，这为北洋系两员大将培植自己的势力提供了条件。
这些军校带有浓厚的小站精神教育的色彩，灌输效忠袁世凯的思想。
除了创办军校，袁世凯还派遣学习军事的留学生。他从各军校的毕业生中择优派往日本留学。这些人后来大都成了北洋军的骨干，如孙传芳、傅良佐、曲同丰、徐树铮、吴光新等。
由于袁世凯注重军事教育，因此培养了许多掌握了先进军事知识的军官，这些军官使北洋军整体素质得到提升，同时，那些进入各省军队的毕业生也使袁世凯得以扩大在全国军队中的影响力。
经过几年的建军工作，到1905年，北洋军已经非常可观了，北洋军扩大到6个镇(师)，有官兵7万多人，在北洋6镇中，第1镇是八旗兵，统制官是满族人铁良，其余5镇的统制官都是袁世凯的心腹，统领(旅长)、统带(团长)都是小站系人员。
同时，北洋军的建成开创了中国近代陆军史的新纪元，北洋军是中国第一支真正意义上的近代陆军，北洋军的体系和编制已经非常接近于当时军事强国的水平。
北洋军的装备是当时最先进的德、日造的新式武器；所有的操列、阵法、冲锋、进攻等各项军事技术，都是外国教官负责训练；北洋军中的中下层军官都受过系统的军事教育，熟练地掌握绘图、测量、行军、修械、水陆工程等先进的军事知识，具备了出色的指挥能力，当时北洋军训练水平高、待遇好，北洋军呈现出军纪严明、蓬勃向上的精神面貌。
袁世凯之所以能迅速建立起强大的北洋军，得利于他直隶总督兼北洋大臣所能调动的巨大的财富，胡思敬在《大盗窃国记》一书中说：
“为创办新军，各省增派练兵经费几千余万皆汇归北洋，顺直善后捐余200余万，又创办永平七属盐捐，又夺盛宣怀京汉铁路交唐绍仪，累岁无报销，天津财币山积，任意开支，司农不敢问……”
袁世凯在其直隶任内发展经济，聚集了大量的财富，但袁世凯的个人财产并不庞大，他离任时并没有留下大笔款项，他为直隶创造的巨额财富花费在各个方面了。对此，袁世凯之后出任过直隶总督的陈夔龙在《梦蕉亭杂记》一书中写道：“直隶为各省领袖，屏蔽京师，自五口通商，特设北洋大臣，以直督兼任，形势较他行省为要，体制亦较他省为肃，李文忠公(李鸿章)历任20余年，殁后存款不下千余万，继任某制军，藉以为练兵之用，不三年支销殆尽。复奏请由各省合筹练兵经费，岁约数百万。竭天下之膏脂，供一己之挥霍，而宝藏竭矣！”
为扩充军队而又避免满族亲责疑忌，袁世凯想出一个鬼花招，建议清政府设立练兵处，极力推荐奕匡总理其务，自己甘愿退居其次。清政府为统一军权于中央，立即接受，1903年12月在兵部之外成立了练兵处，任命奕匡为总理练兵事务大臣，袁为会办大臣，铁良为襄办大臣。表面看来练兵处的大权由满族人掌握，但练兵处的总提调是徐世昌，军令司正使为段祺瑞，军政司正使为刘永庆，军学司正使为王士珍，别使有冯国璋、陆建章等，他们都是袁派进去的小站嫡系，实际上军权操在他的手里。
练兵处成立后，全国训练新军的制度始归统一，各省设立督练公所。它所拟定的营制调章、募兵章程、募兵条件以及军事学堂章程，基本上都是袁世凯训练北洋军的一套办法。
在20世纪初，中国经济依然以农业经济为主，在洋务运动中建立了一些现代工业，但是大都是军工企业。
当时清政府被迫签订了许多丧权辱国的条约，在列强的侵略和条约中，丧失了大量财富，导致财源匮乏。
因此在慈禧的新政中，其中一项重要内容就是在全国建立民族工业。
而在各省中，直隶的成绩是最出色的。
袁世凯提倡实业的三条指导思想是：
一、直隶土地贫瘠人民贫穷，必须在农工各项事业上积极发展，否则难以开辟财源而发展经济。
二、开辟财源，财政收入增多，可使国家富强。