为了消除这一举动可能带来的消极政治影响，孝庄又选择蒙古科尔沁多罗贝勒之女博尔济锦氏进宫为妃。但福临对这位蒙古包里出来的漂亮姑娘同样不感兴趣，反而如痴如醉地恋上了同父异母弟博穆博果尔的福晋董鄂氏。董鄂氏隶属满洲正白旗，父亲鄂硕，任内大臣，封三等伯（位同一品）。董鄂氏不但通诗文，而且性格温顺，仪表端庄，举止言语，很有凤采。顺治十年应秀女之选（清制：满族女子到应聘之年必须造册上报内务府，三年一选以充实后宫或指配皇弟皇子）许配给皇太极末子博穆博果尔。博穆博果尔经常从军出征，董鄂氏出入宫苑侍侯后妃，与福临相识并坠人情网。孝庄察觉了这一危险苗子，立即采取措施，宣布停止命妇人侍的旧例，以“严上下之体，杜绝嫌疑”，同时赶紧给儿子完婚，博尔济锦氏成为第二任皇后。
但这一切并不能阻止福临对董鄂氏的迷恋。为了获得更多接近董鄂氏的机会，顺治十二年（1655年）二月，福临封博穆博果尔为和硕襄亲王，以示优宠。后来博穆博果尔得悉其中内情，愤怒地训斥董鄂氏。这事被福临知道，他打了弟弟一耳光，博穆博果尔羞愤自杀——此事发生在顺治十三年（1656年）七月。这个事情也是猜测，没有任何史料加以佐证。
宫中发生了这种事情，传扬出去自然是不光彩的，孝庄悄悄地处理了这件事：博穆博果尔按亲王体例发丧，二十七天丧服期满，董鄂氏被接人宫中，封为贤妃，一个月后，又按儿子的意愿，晋封她为皇贵妃。
皇贵妃在后宫的地位仅次于皇后，不过福临对董鄂氏的感情，已到了无以复加的地步。他认为董鄂氏有德有才，正是理想的皇后人选，因此准备二次废后。假如福临再度废后，改立董鄂氏，蒙古女人失去中宫主子之位，势必影响满蒙关系，倾动大清帝国的立国之基，孝庄毫不犹豫地对儿子的举动进行了抑制。结果，母子间出现隔阂，顺治皇帝甚至公然下令抠去太庙匾额上的蒙古文字，而那位生活在感情荒漠中的蒙古皇后，对于安排自己命运的同族婆婆并无丝毫感激，相反把不幸和怨恨，统统归集到太后身上，连太后病倒，也不去问候一声。对于这一切，孝庄都忍受了。宽容理解是她的原则。这种微妙紧张的母子婆媳关系维持了五六年，幸而她有多年的政治经验和坚毅的性格，清帝国的基业才不致因后宫的倾动而发生动摇。
孝庄这种苦心，福临与皇后恐怕都不理解，倒是通达人情的董鄂氏能够体谅孝庄的苦衷，她主动周旋于皇后与皇帝之间，缓和调节双方矛盾，有时起到孝庄所难以达到的作用。唯其如此，孝庄有什么事总是找董鄂氏商量，有什么话总是找这个儿媳妇说，以至于到后来，婆婆对儿媳几乎到了不能离开的地步。
顺治十四年（1657年）十月，董鄂氏产下一子，四个月后不幸夭折，丧子的悲伤使她郁郁成疾，宫廷矛盾的精神重负使她原来有病的身体更加虚损赢弱。顺治十七年（1660年）八月，董鄂氏病故。皇帝遭此打击，精神颓落，恹恹无生趣，未出半年，患痘症而逝。
福临死前留下遗嘱，8岁的皇三子玄烨人继皇统，改元康熙。为了避免摄政王专权的悲剧重演，皇帝有意撇开皇室亲王，安排了四位忠于皇室的满洲老臣索尼、遏必隆、苏克萨哈和鳌拜辅政。当时安徽有位叫周南的秀才千里迢迢赶到北京，请求皇太后垂帘听政，孝庄严词拒绝了。因为清建国之初曾总结历史上外戚干政导致亡国的教训，规定后妃不得临朝干政，孝庄当时虽有足够的声望与资历临朝，但此例一开，将来或许贻息后代。因此她坚持了大臣输政的体制，把朝政托付给四大臣，自己则倾力调教小孙子，培养他治国安邦的才能，以便他亲政后能担当起统御庞大帝国的重任。没有想到顺治所择非人，口是心非的鳌拜很快暴露出专横暴戾的本性，欺负皇帝年幼无知，广植党羽，排斥异己，把揽朝政，俨然是摄政王再出。
鳌拜出身戎伍，对于顺治朝吸收汉文化变更礼制的做法很不适应，一朝权在手，便把令来行，凡事都要循祖制、复旧章，并且公然打破顺治四年不再圈地的禁令，借旗地交换之机，扩大圈地，使大批农民流离失所。鳌拜这种倒行逆施的行为，引起朝野上下的不满，但大部分人慑于鳌拜淫威，不敢作声。辅政大臣中，索尼年老畏缩，遏必隆软弱，依附鳌拜，唯一敢于与鳌拜顶着干的苏克萨哈资历浅，一直处于受压地位。
康熙六年（1667年），玄烨14岁，按例亲政。但鳌拜不但没有收敛，反而变本加厉。苏克萨哈因为受鳌拜压制，乘皇帝亲政之机，上奏辞职。请求去守先帝陵寝，“俾如线余息，得以生全”。实际上是向皇帝抗议鳌拜的专横。鳌拜也清楚苏哈萨克的用意，他和同党一起，捏造苏哈萨克二十四条大罪，将苏拘捕入狱，要处以极刑。苏哈萨克从监狱里送出申诉，皇帝获悉，坚决不同意，鳌拜竞“攘臂帝前，强奏累日”，最后，将苏哈萨克处以绞刑，株连九族，家产没官。鳌拜的存在已成为皇帝权威的一个威胁，但鳌拜羽翼已成，措置稍有不当，可能就会激成巨变。如何解决这个问题呢？此时的孝庄对这些问题已有了相当经验。她悄悄关照性急的孙子，要他隐忍一切，同时不露痕迹地布置起来。也不知从哪一天开始，皇宫里出现了一批少年，专门练布库（满语：摔跤），说是皇帝喜欢这种布库戏。对于一个十四五岁的少年来说，这是完全可以理解的，所以谁也没有多想什么。就在大家对宫廷布库戏习以为常的时候；康熙八年（1669年）五月的一天，鳌拜进宫晋见，在路两旁耍着玩的小孩突然一拥而上，七手八脚把他擒住了，等到鳌拜缓过神来，纵有过人膂力，都已无济于事了。魔头落网，党羽流散，威胁皇权的鳌拜集团，就这样未动一刀一枪，连根拔除了。皇帝夺回了权力。
顺治皇帝临终时，原属意亲王岳乐，防止像多尔衮事件再次发生。但是孝庄看中了玄烨，通过皇帝信赖的传教士汤若望说项，才改立玄烨，所以说玄烨是孝庄一手扶立的。
玄烨8岁即位，10岁时生母佟佳氏亡故，照看他的是祖母孝庄太皇太后，所以祖孙二人感情十分融洽。孝庄不但关心他的起居，而且对他的言语举动，都立下规矩，严格要求，稍有逾越，则严厉批评，不稍宽纵与假贷。在她的教导下，玄烨健康成长，一个未来杰出帝王的特质和才具，在少年时代打下了根基。鳌拜集团铲除后，孝庄放手让玄烨理政，让他在实践中得到锻炼，又一再提醒他要谨慎用人、安勿忘危、勤修武备等。对于祖母的教诲玄烨非常尊重，重大事情无不先一征求意见，然后施行。在他们的携手努力下，清王朝从动乱走向稳定，经济从萧条走向繁荣，为平定三藩、统一台湾和边疆用兵等大规模战争奠定了物质基础。清王朝在康熙朝形成第一个黄金时代，其中包含了孝庄的一份功劳和心血。
孝庄生活俭朴，不事奢华，平定三藩时，把宫廷节省下的银两捐出犒赏出征士兵。每逢荒年歉岁，她总是把宫中积蓄拿出来赈济，全力配合、支持孙子的事业。
她的表率行为，更使皇帝增加十二分敬意。康熙二十一年（1682年）春，皇帝出巡盛京，沿途几乎每天派人驰书问候起居，报告自己行踪，并且把自己在河里捕抓的鲢鱼、鲫鱼脂封，派人送京给老祖母尝鲜；康熙二十二年（1683年）秋，康熙陪祖母巡幸五台山，一到上坡地方，皇帝每每下轿，亲自为祖母扶辇保护。孝庄与皇帝这种亲密和谐的关系，反映了她的为人，与200年后同样经历三朝、对中国政治产生重大影响的慈禧太后是截然不同的。
康熙二十六年（1687年）孝庄终因年事已高病倒。康熙皇帝见祖母病重，心急如焚，他昼夜守在慈宁官里，衣不解带，睡不安寝，所有的药品及食物亲自调理，送至祖母唇边。祖母安睡时，他也不肯离去，隔着幔帐静候，席地而坐，一听到皇太后的声息，立即上前到榻前，凡是祖母所需，亲手奉上。在孝庄病重的一个多月里，康熙一刻不离开祖母的病榻，而孝庄疼爱孙儿，常劝其回官内休息，但康熙皇帝都不肯离开。见祖母的病情越来越重，康熙每日至佛堂祷告，他在佛前许愿，如果能让祖母身体康复，自己情愿用自己的寿命换祖母的阳寿。其情其景，催人泪下。
然而自然规律是无法抗拒的，该月廿五日，孝庄走完了她的人生旅程，以75岁的高寿安然离开了人世。康熙皇帝给祖母上了尊崇的谥号——孝庄仁宣诚宪恭懿至德纯徽翊天启圣文皇后。
综观孝庄文皇后的一生，她历经三朝，辅佐了两位年幼的皇帝建功立业。为清朝立国和江山巩固立下卓越功勋，她是一位伟大的女性，更是一位伟大的母亲。