再次，军机大臣地位祟高，但无如六部等官员的实权。他们的职责是：“掌书谕旨，综军国之要，以赞上治机务，常日直禁庭以待召见”，即使巡幸外地，亦如内廷。具体规定每天寅时（3～5时），军机大臣入直，办事完毕，由内奏事太监“传旨令散”。每天皇帝召见没有定时，或一次，或数次。召见时，皇帝“赐坐”，将“未奉御批”的各处奏折进呈，等候皇帝钦批，“承旨”毕，即退出。凡皇帝的“明旨”，由军机大臣拟写，下发到内阁；凡不宜公开的“密谕”，经由军机大臣“封交”兵部，视事之缓急，或“马上飞递”，或四百里、五百里、六百里不等，传送到各地。军机大臣的职责概括起来就是“承旨”，说得通俗些，不过是上传下达，当面替皇帝起草文件，或记录皇帝的指令，再向有关部门传达。这些工作，实际是充当了皇帝的侍从秘书。军机章京有满汉人，负责缮写谕旨、记载档案、查核奏议。满人抄写满文，汉人抄写汉文。这也是文墨秘书性质。军机大臣和军机章京身处权力的核心，却无任何决策权，不能作任何决定，一切听命于皇帝，完成皇帝交办之事。
最后，特别要强调的是，军机大臣的工作具有高度机密性。军机处不似一般的衙署，它需要保密，并时刻同皇帝保持直接联系，军机大臣要留在离皇帝最近的地方，以便随时而快速地应召入官。因此，军机处便设在隆宗门内，靠近内廷，既与外廷隔绝，以杜绝人来人往泄密，又以离皇帝居处甚近，而召见便捷。“军机为枢密重地，非有特召，不许擅人”。如敢私人，或私自会见军机处官员，随时纠劾论处。军机大臣办公的地点，亦随皇帝的行止而定。如皇帝驻跸圆明园，其军机处则设在园内左如意门内；如在西苑，军机处则设在西苑门内。如皇帝出京远行巡视，途中暂驻处，称为“行在”，或抵达目的地，其暂居处又称“行宫”，军机大臣皆随往，在行宫门“直房”，或设蒙古包为其办公处。不管在何处“入直”，都属皇帝的禁区。军机处没有固定衙署，具有机动性，只有在京城，才有较稳定的办公地点。从皇帝召见军机大臣议事，更见其机密性。世宗每次议机要大事，只“独见”一名军机大臣，其他军机大臣不得参与。因为每个人的记性有强弱，理解能力深浅不一，文字表达能力也有高低之分，只召一人“承旨”，其中也有力所不能，转述世宗口谕，或据世宗指令撰拟圣旨未必尽合本意。至乾隆初年，始由“独见”变为军机诸大臣“同进见”，依靠合作，才避免“独见”的弊端。
军机处的高度机密性，还体现在对其印信管理极严。军机处初无印信，至雍正十年（1732）三月，世宗命铸军机处印信，交由内阁大学士办理。据此，内阁大学士提出：“办理军机处密行事件，所需钤封印信”的印文拟为“办理军机印信”，由礼部负责铸造银质印信，贮于“办理军机处，派员管理。”启用印信事，应行文各省及西北两路军营周知。世宗予以批准。印信贮存处，前引《清世宗实录》所载，“贮办理军机处”，自行收贮。有的书则说“藏于内府”，还有的说，藏于“内奏事处”。大抵初定由军机处自贮，为防止私用印信，加强管理，遂改贮他处。其管理办法，《清实录》仅载“派员管理”，参之其他记载，则见其详。用印时，“皆立时请印出，大臣监视。用毕随即缴还，盖防偷换弊也。”有的记载更详：用印时，由当日值班的军机章京持镌有“军机处”三字的金字牌赴“内奏事处请印”，然后又凭此金牌向领班军机大臣请开启印匣的钥匙，在他们的共同监视下，打开印匣用印毕，金牌交给领班章京，开印的钥匙仍交领班大臣保管，印信当即送回原处。印信分程序管理，相互制约，相互监督，无论职位多高、权重多大的官员，都无法私自动用。管理极严，于此可见一斑。
军机处经历了不断发展，以至完善的过程。如前已述，当初是为应对西北青海用兵的特殊需要而设，其职责是专办军务，以办事迅速而机密收到了巨大效果。以前，办一件事，经各部门周转，至上层还经内阁、议政王大臣会议等商酌，最后才到达皇帝，已迁延许多时日。其中如扯皮、推诿、拖沓等官场陋习，已习以为常，办事效率低，各部门经手，也谈不上保密，无法保证皇帝的意旨得到迅速落实。自军机处设立，所得效果是世宗始料不及的。他看到，任用军机大臣，摆脱了朝廷中各官僚机构的牵制，更重要的是，他发号施令可以直接下达到任何地方任何部门，从而把国家机要大权牢牢地控制在自己手里，他可以随意运用权力而不受阻滞。因此，世宗将军机处专办军务逐渐扩大到国家政务，发挥它在国家政治生活中的指导作用。至高宗即位，不但没有撤销这一特殊设置，还在不断加强，进一步完善，遂成为清代一项重要制度，把中国两千余年的封建专制制度发展到了顶峰。直到清逊国前夕，才在全国改制浪潮的推动下，被迫撤销，一劳永逸地结束了它的历史使命。要认识清代封建专制的特点，以及它对中国封建专制政体的发展，不可不研究军机处在清代国家政治生活中的地位与作用。
在军机处设立之前，国家权力分散到中央各个部门，不能高度地集中于皇帝之手。自明太祖时，设立通政司，凡内外章奏，“皆须于其司挂号后，始能达人九重（皇帝）”，这给宰相专权创造了便利条件。因为宰相选用私人亲信专主通政司，凡地方到中央各部门官员的一举一动，尤其参劾、举报等机密事，宰相控制通政司，“无不先知”，还没等皇帝知道，很快就泄漏出去，致使许多大臣因而受到处罚。尽管如此，仍不能根除这一弊端，根源就在于体制的欠缺，是无法根除的。及至设军机处，才把国家权力高度集中起来。在中央，各部、院、寺、监，以及九门提督、内务府；在地方，各省总督、巡抚、学政、提督、总兵官、盐政榷使、将军、参赞、办事大臣，直至周边属国，“有事无不总汇”于军机处。来自各个方面的章奏，改为“以折代本”，送“奏事处”，再径达军机处拟旨，直接由世宗亲笔批发。甚至内阁翰林院撰拟皇帝旨意，有不恰当或不符合要求，未能准确表述皇帝的本意，也将下到军机处“审定”。属于一般例行陈奏，不属机密，“用疏”送通政司，再下达到内阁拟旨。很清楚，自明初以来所重内阁，在经历了近三百年的演变，至此，其权转移至军机处，而内阁大学士必充军机大臣始得参与政事。所以，清代“军机大臣之任，最为繁重。”
军机处创设后，就使中央体制及其运行机制发生了重大的变化。原先经由内阁及有关部承旨、承办的事，改为由世宗亲书谕旨或口授、军机大臣承旨撰拟，直接“廷寄”各地。原为朝廷权力中枢的内阁，自此变成有名无实的机构，大学士位阶崇高，却无事可干。同时，也把清初独创的“议政王大臣会议”置于无用之地，无大政可议，有其名而无其实，实际已被变为“虚衔，并无应办之事，殊属有名无实。”迟至乾隆五十六年（1791），这个存在了一百五十余年的议政王大臣会议终被撤销。
在削弱乃至排除内阁与议政王大臣会议参与国家政务的决策权后，皆“总汇”于军机处，而军机处则牢牢地控制在世宗之手，如“人之使臂，臂之使指”，一切权力皆由世宗自操，军机处官员真正成了他的办事人员，惟世宗之命是从，如世宗所说：“生杀之权，操之自朕。”世宗建立了君主独裁的政治体制，把封建专制推向了顶峰。比较明清两代的内阁与军机处，很明显，明时内阁，权属于阁臣，对君权尚有很强的约束力；军机处虽为政府权力的“总汇”，其权属君主，故对君权没有任何约束力，相反，军机大臣处于层层制约与皇帝的严格监视之下，无不小心谨慎，奉公守法。历代曾屡屡出现的权臣专政、外戚专权、宦官干政等难以克服的政治弊端，自世宗设军机处以后，自行根绝。仅此一点，其父圣祖也稍显逊色。圣祖时，犹有鳌拜、明珠、索额图等人擅权，稍作威福，虽未酿成大祸，也暴露了历代通常所见的弊端。世宗设军机处，建立了君主高度专制的运行机制，保证了中央集权，实行了政治上与思想上的“一元化”统治，特别是最高层的统治集团维持了长期的稳定与统一，避免了由此而引起的政治动乱和社会骚动，给百姓带来了持久的休养生息，推动着社会向繁荣的方向前进。因此，在当时的历史条件下，世宗创设军机处所带来的始料不到的后果，不无积极意义。