世宗初政，最值得重视的一项新举措，就是建立了“密折”制。实际上，这不是他的发明创造。康熙五十一年（1712），圣祖即已提出“密奏”的办法：要求朝廷内外大臣在各自向皇帝的“请安”折内，附奏机密要事，主要是揭发所见官员的种种不法之事，以及民情、政情的动向等。密奏之事，只给他一人看，其他任何人不得知晓。圣祖的本意，是针对那些贪官污吏而行此办法，并使各级官员处于相互监督之下，使权力统归于皇帝之手。世宗把圣祖实行的“密奏”办法进一步具体化，把它作为一项制度加以推行。他规定：在京的满汉大臣、外省的督抚提镇等中央与地方官员，均行“密折”制度，尤其是在京的科道监察官员每人每天上一道“密折”，一折只说一件事，不论事之大小，都要据实写明，即或无事可言，在折内亦必声明无事可奏的原因。所言正确，他就采纳施行，说得不甚妥当，他就把折子“留中”，不批转朝臣，不使任何人知晓。如涉嫌报复，诬陷好人，他也能分辨清楚。密折内容，不许与他人商量再写，如泄露给他人，知情者即可举报。至于能当面揭发，或弹劾权臣，或更革弊端，不妨仍以奏章公开明言。这一密折制度，使群臣相互监督，相互揭发，更有科道等专职监察官员进行公开督察，朝廷内外官员的一言一行，不论是明的，或是暗的，都在他们的视野监视之下。每个官员都对世宗负责，也就是说，他们都在世宗的掌握之中，其权力都集中在世宗之手，达到了集权于皇帝的目的。
历代统治集团内部的权力之争，争夺储君之位是一个重要方面。世宗即位前亲身经历了诸兄弟争当太子的激烈斗争，感受到了这一斗争所带来的危险和损害。父亲晚年为此伤透了脑筋，引发诸多烦恼，不再明立太子，迟至去世前才宣布。这启发了世宗，为避免他在位时再发生太子之争，威胁君权，他决定改革传统的作法，不明立太子，而是由他秘密选立，到他死时再公布。雍正元年八月，他向群臣宣布了建储的新规定：由他暗定储君，亲写名字，藏于匣内，放在乾清宫“正大光明”匾额的后边。他还另密写同一名字，密封于一匣内，随时携带，以保证在他突发重大变故时，仍能按他的意愿，使他所选定的储君能够顺利即位。自此，这一制度一直延续到清亡。秘密建储，以及密折制，无疑提高了世宗的绝对权威，他也取得了对臣下与皇储的完全控制权，保持了统治集团内部的高度统一。
世宗即位时，面临最严重的威胁，是在统治集团内部存在一个政治派别：以他的八弟允禩和九弟允禟为首的政治集团，联合朝廷中部分大臣和皇室成员，形成一股实力雄厚的政治势力，处于同世宗相对立的地位。这股政治势力，是在圣祖晚年诸皇子为争夺太子之位的明争暗斗中逐步形成的。
圣祖一生有子35人，除早殇及夭折，长大成人的，只有23子。但圣祖早在康熙十四年（1675年），他才22岁，在只生有两个儿子时，就确定皇后所生的嫡长子（按齿序，排行第二）允礽为皇太子。是年，允礽才满周岁，就被隆重地推上了嗣君的宝座。一晃三十多年过去了，允礽的诸弟相继出生，陆续成年。圣祖的身体状况良好，还不到60岁，尚不见衰老的迹象。在这长期的等待中，父子之间、兄弟之间，尤其是太子与诸子之间，早年那种和谐的关系渐被打破，随之而来的矛盾日益尖锐，各集团之间的纷争也拉开了帷幕。
争斗的目标，自然是争当太子。毕竟允礽为太子，地位优越，追随的人多，故其实力雄厚。以他的外祖父大学士、领侍卫内大臣索额图为首，坚决捍卫外孙允礽的太子地位。反太子的一派，是以大学士明珠为代表，他是皇长子允褆的舅父，因允褆为庶出，虽排行为长子也不得立为太子。明珠不甘心，就联合一批重臣，为允褆争夺太子之位。后被圣祖发觉，明珠及其同伙都遭到罢斥。康熙三十七年（1698），圣祖大封诸子，如长子允褆、四子胤稹、八子允禩、九子允禟、十子允我、十三子允祥、十四子允禵等，或封郡王，或封贝勒。他们变得有权势，就同太子进行较量，力图把太子打下去。圣祖为各种流言所迷惑，对太子允礽不免生疑。索额图结党以助太子夺皇位的图谋被圣祖察觉，遂于康熙四十二年（1703）将索额图逮捕，后将其处死。至四十七年，圣祖对太子允礽完全失望含泪废弃，予以拘禁。争当太子的第一个回合告终。
太子被废，其位空缺，诸皇子各怀奢望，斗争更趋激烈。允褆与允禩结为一党，他们谋害废太子允礽的图谋被揭露，圣祖下令，革去允褆的王爵，终身拘禁，同时也革去允禩的贝勒爵。允禵为其辩护，圣祖震怒，拔刀几欲杀他！又一个回合的斗争暂告结束。
圣祖为诸子争当太子非常伤感，比较各子，又想到允礽的许多好处。经查，以前所告允礽的种种劣迹多有不实，即于第二年三月，宣布复立允礽为太子。不料允礽对自己当了40年的太子已不耐烦，急于当皇帝，忘记了父亲的一再告诫，有意交结朝中大臣，向圣祖施加影响，使圣祖尽快把皇帝的宝座让给他来坐！父子之间再起风波。圣祖再度挥泪于康熙五十一年（1712）九月宣布废除允礽的太子名位。受牵连的诸大臣都受到严处。从此，圣祖直到去世前，再也不谈立太子之事。
在诸皇子角逐太子时，独得大利的是四子胤稹。开始，他也参与了反太子的明争暗斗，与诸兄弟关系密切。但是，当圣祖第一次废允礽时，他的长兄及几个弟弟都因结党而受到谴责或处罚，他就不再同他们共谋，而与十三弟允祥结好，举止极谨慎，静观事态的变化。在此后的政治风波中，他几乎不受牵连。允禩、允禟、允禵、允我等结为同党，还在继续活动。实际上，胤稹一派势力虽弱，仍在暗中与允禩一派较量。不过，做得更隐蔽，不动声色罢了。
圣祖临终留下遗言，把他的皇位传给了胤稹。这使允禩、允禟等竞争者大感意外，愤愤不平，心中的积怨，溢于言表。于是，流言四起，传出胤稹夺位的议论。此件大事，实属清官之谜。长久以来，许多学者为此作了一系列考证，断言胤稹的舅舅隆科多与他合谋夺了帝位。凡此说法，事出有因，查无实据，大抵是因袭了允禩集团的不服气而散布的流言。不管怎么说，自康熙后期持续近20年的储位之争，总算有了一个结果。胤稹如愿以偿，与他一起争夺储位的诸兄弟都以失败告终。
但是，斗争并没有止息。允禊集团还存在，他们内心的不满和积怨，很可能成为引发政治“火山”爆发的导火索。精明过人的世宗，从正式即位前后就已感受到了允禊集团的威胁。因为他们都是皇子，带有极大的危险性，比起圣祖当年对付异姓鳌拜集团，更复杂，也更艰巨。世宗没有别的选择，惟有彻底消除这个集团，才能真正建立起他的君主专制，维护国家安定的局面。
世宗一得到父亲的遗命，便迅速行动，立即接管政权。他居丧的第二天，命八弟允禊、十三弟允祥、大学士马齐、理藩院尚书舅父隆科多四人为“总理事务”大臣，处理日常国事，规定“所有启奏诸事”，均交四大臣；凡有世宗谕旨，“必经由四大臣传出，并令记档。”世宗撇开内阁、议政王大臣会议，任命四大臣组成最高权力的核心，总理朝政，直接对他一人负责，保证国家权力高度集中，防止“异己”趁治丧之机生乱。世宗最嫉恨允禊，但也深知他最有心计，在诸兄弟中享有很高威望，如没有他参与，朝政就难以正常运转。世宗重用他，实际是安抚并稳住他。允禊心里也很明白世宗的用意，所以，当其妻的亲属向他祝贺担此重任时，其妻却说：“有何喜可贺，恐不能保其首领耳！”