由某些先天性缺陷及器质性疾病所致，到18岁甚至更晚时期仍未见月经初潮，称为原发性闭经。这与一般生理的青春发育延迟是有本质区别的。
女性的月经周期与性征发育受人体的下丘脑—垂体—卵巢—子宫这一轴性机构控制。凡影响这个轴线上任何一个环节的疾病，都会导致原发性闭经。其中常见的有因细胞核内染色体缺陷引起的先天性卵巢发育不全症，这是一种重要的遗传性性畸形，又称特纳氏综合征。其典型表现为女性性征发育不全；身体矮小；颈短；颈项两侧有松弛皮瓣呈蹼状，称“颈蹼”；肘部外翻；后发际（即发缘线）很低；眼距宽；两乳头间距宽。采用性激素人工周期替代治疗可以促进第二性征发育，也可诱发月经来潮，但对卵巢发育无作用。这类女性迄今尚无生育之望。
另外，子宫及阴道的先天性发育异常，如处女膜闭锁、阴道闭锁、宫颈闭锁、无子宫或实体子宫等也可导致原发性闭经。但其中若功能性子宫内膜完全，而仅因处女膜闭锁、宫颈闭锁等而闭经者，称为假性闭经。这些女孩不是没有月经，而是因存在各种“闭锁”而使月经的“出路”受阻，造成经血潴留，并有周期性腹痛症状，但智力、体态（包括第二性征）发育良好。通过妇科仔细检查可及时发现，然后用手术方法把“闭锁”打开。
在造成原发性闭经的垂体病变中，常见的有垂体性侏儒症，其特征为个头异常矮小，一般只有3～4岁孩童那样高，性发育保持在幼稚状态。这种病人诊断比较容易。发生在青春期前的垂体肿瘤也可以伴原发性闭经，此类病人上述异常表现不太典型，诊断也没有那样容易，常需经脑部的特殊检查才能确诊。此外，发生在青春期前的肾上腺皮质增生及肾上腺皮质肿瘤也可导致原发性闭经。有的还有男性化的表现，如多毛、肌肉发达等男性体态，甚至还可以有外生殖器的畸形。
女孩子发生闭经，还应想到患子宫内膜结核的可能。除了检查肺或其他部位的结核外，应当检查盆腔有无结核病灶存在。还有青春期前后的严重营养不良，也可导致原发性闭经的发生。