孔子说：“鲁、卫两国的政事，真是兄弟一般的情况。”这个时候，卫君出公辄的父亲蒯聩不能继位，流亡在外，这件事诸侯屡次加以指责。而孔子的弟子很多都在卫国做官，卫君辄也想要孔子来佐理政事。子路就问孔子说：“卫君想要老师去帮他掌理政事。老师打算先做什么？”孔子说：“那我必定要先端正名分吧！”子路说：“有这回事吗？老师太迂阔不切实际了！有什么好正的？”孔子说：“你真是鲁莽啊，仲由！要知道名分不正，说出来的话就不顺当；说话不顺当，政事就没法成功；政事不成功，礼乐教化就不能推行；教化不能推行，刑法就无法适中；刑罚不适中，那老百姓就不知道该怎么做才好。所以，君子定下的名分，一定是可以顺当说出口；说出了的话，一定可以行得通。君子对他说出来的话，要做到没有一点的苟且随便才行。”
又过一年，冉有为季氏率领军队和齐国在郎亭（在今山东鱼台县东北）地方作战，把齐兵打败了。季康子对冉求说：“你对军事作战的事，是学来的呢？还是天生就懂的呢？”冉有说：“是向孔子学的。”季康子说：“孔子究竟是怎么样的一个人呢？”冉有回答说：“想用他，要有光明正大的名分；即使向百姓公开宣布，或明告于鬼神，都要是没有遗憾的。如果是像我目前所到的这种情况，就是把千社（《索隐》：二十五家为社）这么大的地方给他，我们的老师也不会接受的。”季康子说：“我想召请他回来，可以吗？”冉有回答说：“如果真想召请他回来，就要信任他，不可让小人阻碍他，那是可以的。”这时卫大夫孔文子想攻打卫文公的后人太叔疾，向孔子问计。孔子推说不知道，随即招呼备车就离开了。说道：“鸟是选择树林子来栖息的，树林子哪能选择鸟儿呢？”文子无奈。正好季康子赶走了公华、公宾、公林这几个人，备妥了周到的礼节来迎接孔子，孔子就回到了鲁国。
孔子离开鲁国，一共经过了十四年的时间才又回到鲁国。
鲁哀公问孔子为政的道理，孔子回答说：“为政最重要的是选任好的臣子。”季康子也问孔子为政的道理，孔子说：“举用正直的人来矫治邪曲的人，这样就能使邪曲的人也变为正直的了。”（《论语·颜渊》篇作孔子答樊迟问知之语）季康子忧虑国内的盗贼多，孔子告诉他说：“如果你自己能不贪，就是给予奖赏，人们也不会去偷窃的。”然而鲁国终究是不能用孔子，孔子也不求出来做官。
在孔子的时代，周朝王室已经衰微，而礼乐的制度教化也废弛了，诗书典籍零散残缺。于是孔子探循三代以来的礼制遗规，理定书传的篇次，上起唐尧虞舜之间，下到秦穆公止，依照事类秩序加以编排。他说：“夏代的礼制，我还能讲述个大概来，只是夏的后代杞国已经不足取证了；殷代的礼制，我还能讲述个大概来，也只可惜殷的后代宋国已经不足取证了。要是杞、宋两国保有足够的文献的话，那我就能拿来印证了。”孔子考察了殷、夏以来礼制增损的情形后，说道：“以后就是经过百代，那变革的情形也是可以推知的。因承袭不移的是礼的精神本体，增损改变的是礼的文采仪节。周礼是参照了夏、殷两代而制订的，他的内容文采是那样的盛美啊！我是遵行周礼的。”所以《书传》、《礼记》是出于孔子的。
孔子对鲁国的大乐官说：“音乐演奏的过程是可以知道的。刚开始的时候，要八音五声齐全配合，接着乐音慢慢放开之后，要清浊高下和谐一致，又要宫商分明节奏清爽，更要首尾贯串声气不断，这样直到整首乐曲的演奏完成。”又说：“我从卫国回到鲁国之后，才把诗乐订正了，使雅诗、颂诗都能配入到原来应有的乐部。”
古代留传下来的诗原有三千多篇，到了孔子，把重选的去掉，选取可以用来配合礼义教化的部分。所取诗篇，最早的是追述殷始祖契、周始祖后稷的诗；其次，是歌颂殷、周两代盛世的诗；再次，是讽刺周幽王、厉王政治缺失的诗。而一切都要以男女夫妇的家庭伦常为起点，所以说：《关睢》这一乐章是《国风》的第一篇；《鹿鸣》是《小雅》的第一篇；《文王》是《大雅》的第一篇；《清庙》是《颂诗》的第一篇。三百零五篇诗，孔子都把它入乐歌唱，以求合乎古代韶乐（虞舜乐）、武乐（武王乐）以及朝廷雅乐、庙堂颂乐的声情精神。先王礼乐教化的遗规，到此才稍复旧观而有可称述。王道完备了，六艺也齐全了。
孔子晚年喜欢《易》，他阐述了《彖辞》、《系辞》、《象辞》、《说卦》、《文言》等。他读《易》很勤，以致把编书简的皮绳都弄断了三次。还说过：“再让我多活几年，这样的话，我对《易》的研究就可以文辞义理兼备充实了。”
孔子用《诗》、《书》、《礼》、《乐》做教材来教人，就学的门生大约有三千人，而精通六艺的有七十二人。像颜浊邹一般很受到孔子教诲却没有正式入籍的学生，为数也很不少。
孔子教导学生有四个项目：《诗》、《书》、《礼》、《乐》等典籍文献，生活上的身体力行，为人处事的忠诚尽心，待人接物的信实不欺。孔子戒绝了常人的四种毛病：不揣测、不武断、不固执、不自以为是。所特别谨慎的事是：祭祀前的斋戒、战争、疾病。很少轻易谈及的是利、命和仁（此句异说不止一种，今从何氏《集解》暂译）。孔子教人，如果不是心求通而未通的，是不去启发他；举述给他个道理，却不能触类旁通推演出相似道理的，就不再对他反复费辞了。
孔子在自己的乡里，容貌恭敬温厚，好似不大会讲话的样子。他在宗庙祭祀和朝廷议政时，却言辞明晰通达，只不过态度还是恭谨小心罢了。在朝中与上大夫交谈，态度中正自然，与下大夫交谈，就显得和乐轻松了。
孔子进国君的宫门时，低头弯腰以示恭敬；然后急行而前，态度恭谨有礼。国君命他接待贵客，容色庄重认真。国君有命召见，不等车驾备好就尽快出发前往。鱼不新鲜，肉已发味，或切割不合规矩的都不吃。不适当的位子，不就座。在有丧事的人旁边吃饭，从没有吃饱过的。在这一天里哭过，就不唱歌。见到穿麻戴孝的人、瞎子，即使是个小孩子，必然改变面容表示同情。
孔子说：“只要是有心向学，即使在三个人同行之中，必有可做我老师的。”又说：“德行的不修明，学业的不讲求，听到正当的道理不能随之力行，对于不好的行为不能马上革除，这些都是我忧虑的。”孔子听人唱歌，要是唱得好，就请人再唱，然后自己跟着唱起来。
孔子不谈论关于怪异、暴力、悖乱以及鬼神的一些事情。
子贡说：“老师所传授《诗》、《书》、《礼》、《乐》等方面的文辞知识，我们还得以知道；至于老师有关性命天道的深微见解我们就不得知道了。”颜渊赞叹地说：“老师的道术，我越仰慕它久了，越觉得崇高无比！越是钻研探究，越觉得它坚实深厚！看着它是在前面，忽然间却又在后面了。老师有条理有步骤地善于诱导人：用典籍文章来丰富我的知识，用礼仪道德来规范我的言行，使我想停止学习都不可能。即使是用尽了我所有的才力，而老师的道术却依然高高地立在我的面前。虽然尽想追随上去，但是却无从追得上！”达巷党（五百家为党）的人说：“孔子真是伟大啊！他博学道艺，却不专一名家。”孔子听了这话说道：“我要专于什么呢？专着驾车，还是专着射箭？我看是专着驾车罢！”琴牢说：“老师说过‘我没能为世所用，所以才学会了这许多艺能’。”
鲁哀公十四年的春天里，在大野（今山东钜野县北）地方狩猎。叔孙氏的车夫鉏商猎获了一只少见的野兽，他们认为是不吉利的事，孔子看了说：“这是一只麒麟。”于是他们就把它运了回去。孔子说：“黄河上再不见神龙负图出现，洛水中也不见背上有文字的灵龟浮出。圣王不再，我想行道救世，怕是没有希望了罢！”颜渊死了，孔子伤痛地说：“是老天要亡我了吧！”等他见了在曲阜西边猎获的麒麟，说道：“我行道的希望是完了！”孔子很感慨地说：“没有人能了解我了！”子贡说：“怎么没有人能了解老师呢？”孔子说：“我不抱怨天，也不怪罪人；只顾从切近的人事上学起，再日求精进而上达天理，能知道我的，只有上天了吧！”
孔子说：“不使自己的志气受到屈降，不使自己的身体受到玷辱，只有伯夷、叔齐两人了吧！”评论柳下惠、少连：“志气降屈了，身子也玷辱了。”评论虞仲、夷逸：“隐居在野，不言世务，行事合乎清高纯洁，自废免祸也权衡得宜。”又说：“我就跟他们的做法不一样。我不偏执一端，一切依情理行事，所以没有绝对的可以，也没有绝对的不可以。”
孔子说：“不成，不成！君子最遗憾的就是死后没有留下好声名。我的救世理想已经无法达成了，我要用什么来贡献社会留名后世呢？”于是根据鲁国的史记作了《春秋》一书：上起鲁隐公元年，下至鲁哀公十四年，前后一共包括了十二位国君。以鲁国为记述的中心，尊封周王为正统，参酌了殷朝的旧制，推而上承三代的道统。文辞精简而旨意深广。所以，吴、楚君自称为王的，《春秋》就依据当初周王册封时的等级，降称他们为“子”爵；晋文公召集的践土会盟（事在鲁僖公二十八年），实际上是周襄王应召前去与会的，《春秋》以为这事不合法统而避开它，改写成：“周天子巡狩到了河阳”。推展这类的事例原则，作为衡断当时人行事违背礼法与否的标准。这种贬抑责备的大义，后代如有英明的君王加以倡导推广，使《春秋》的义法得以通行天下，那窃位盗名为非作歹的人，就会有所警惕惧怕了。
孔子过去任官审案时，文辞上如有需要与人共同商量斟酌的，他是不肯擅做决断的。到他写《春秋》时就不同了，认为该记录的就振笔直录，该删削的就断然删削，就连子夏这些长于文学的弟子，一句话都参酌不上。弟子们接受了《春秋》之后，孔子说：“后世的人知道我是在扬圣王之道的，只有靠这部《春秋》；而怪罪我以布衣借褒贬来行王者赏罚的，也是因为这部《春秋》了。”
第二年，子路死在卫国（蒯聩夺位之乱）。孔子病了，子贡前来谒见，孔子正拄着手杖在门口慢步排遣，一见就说：“赐啊！你怎么来得这么迟呢？”孔子随即叹了一声，口里哼道：“泰山就这样崩坏吗？梁柱就这样摧折吗？哲人就这样凋谢吗？”哼完不禁淌了眼泪。稍后对子贡说：“天下失去常道已经很久了，世人都不能遵循我的平治理想。夏人死了停棺在东阶，周人是在西阶，殷人则在两柱之间。昨天夜里我梦见自己坐定在两柱之间，我原本就是殷人啊！”过了七天就死了。
孔子享年七十三岁，死在鲁哀公十六年（纪元前479年）四月的己丑日。鲁哀公对他悼辞说：“老天爷不仁慈，不肯留下这一位老人，使他抛开了我，害我孤零零的在位，我是既忧思又伤痛。唉，真伤心啊！尼父，我不再自拘礼法了！”事后子贡批评道：“鲁公难道要不能终老于鲁国吗？老师的话说：‘礼法丧失了就会昏乱，名分丧失了就有过愆。一个人丧失志气便是昏乱，失去所宜就是过愆。’人活着时不能用他，死了才来悼念他，这是不合礼的。诸侯自称‘余一人’，是不合名分的。”
孔子死后葬在鲁城北面的泗水边上。弟子们都在心里为老师服丧三年，三年的心丧服完，大家在道别离去时，都相对而哭，每人还是很哀痛，有的就又留下来。子赣甚至在墓旁搭了房子住下，守墓一共守了六年才离开。弟子以及鲁国的其他人，相率到墓旁定居的有一百多家，因而管那个地方叫“孔里”。鲁国世代相传每年都定时到孔子墓前祭拜，而儒者们讲习礼仪，乡学结业考校的饮酒礼，以及鲁君祭祀时的比射仪式，也都在孔子墓场（一云“冢”字当做家）举行。孔子的墓地有一顷大。孔子故居的堂屋以及弟子所住的房室，后来就地改成庙，收藏了孔子生前的衣服、冠帽、琴、车子、书籍。直到汉朝，二百多年来都没有废弃。高皇帝刘邦路过鲁地，用了太牢（牛羊猪三牲俱备）之礼祭拜孔子。诸侯卿相一到任，常是先到庙里祭拜之后才正式就职视事。
孔子生了鲤，字叫伯鱼。伯鱼享年五十岁，比孔子早死。
伯鱼生了汲，字子思，享年六十二岁。曾经受困于宋国。子思作了《中庸》。
子思生了白，字叫子上，享年四十七岁。子上生了求，字叫子家，享年四十五岁。子家生了箕，字叫子京，享年四十六岁。子京生了穿，字叫子高，享年五十一岁。子高生了子慎（子慎名或作斌，或作顺，或作傲，或作谦，疑莫能定，故史缺而不书），享年五十七岁，曾经做过魏国的相。
子慎生了鲋，鲋年五十七岁。做了陈王涉（即陈胜，秦末与吴广首义抗秦）的博士，死在陈这个地方。
鲋的弟弟子襄（梁玉绳云名腾），享年五十七岁。做过汉孝惠皇帝的博士，后来改任长沙王太傅（长沙太守，钱大昕云：惠帝时，长沙为王国，不得有太守，《汉书》云太傅是也）身高九尺六寸。
子襄生了忠，享年五十七岁。忠生了武，武生了延年和安国。安国做了孝武皇帝博士，又做到临淮郡太守，早年死了。安国生了卬，卬生了驩。
太史公说：《诗》上有言道：“像高山一般令人瞻仰，像大道一般让人遵循。”虽然我达不到这个境地，但心中总是向往着他。我读了孔子的遗书，想见得到他为人的伟大。到鲁去的时候，参观了仲尼的庙堂，以及他遗留下来的车、服、礼器；那些读书的学生，都还按时到孔子的旧家来演习礼仪。我一时由衷敬仰，徘徊留恋地不肯离去。自古以来，天下的君王贤人也算得多了，当活着时都很荣耀，到他一死就什么也没有了。孔子仅是一个平民，他的道统家世至今传了十几代，学者们都崇仰他。从天子王侯以下，凡是中国研讨六经道艺的人，都以孔夫子的话来做最高的衡断标准，真可说是一位圣明到极点的人了！