“三武一宗”的毁佛法难历来是中国佛教史的研究重点，其中唐武宗李炎在会昌五年（845）的灭佛运动对佛教的打击最为沉重。会昌法难中，全国拆毁大寺四千六百余所，小寺四万余所，僧尼被迫还俗达二十六万余人，寺院田产数千万顷被没收。根据会昌五年七月武宗所下诏令“上都（长安）、东都（洛阳）左右两街各留寺两所，天下州郡各留一寺，余寺立即拆毁”的内容来看，翠微寺也在拆除的范围之内。然而，翠微寺的前身是翠微宫，这里曾经是李世民处理朝政、会见群臣、避暑赏景的行宫，同时也是太宗驾崩、高宗登基的地方，何况寺内还供奉着高祖李渊的等身像，将其完全拆毁似乎不在情理之中。据此，笔者推断，会昌年间的翠微寺虽然被迫停止了宗教活动，却并没有拆毁。另外，由于翠微寺处于终南山深处，恰恰成为一些不愿还俗的僧人易服逃难的场所。这样一来，翠微寺便在会昌法难后得以迅速复兴。
痴迷道教的武宗一直妄想取得道士所炼仙丹妙药好实现成仙之梦，反而使自己的身体受到了极大的创伤。道士赵归真曾开出了一个“李子衣十斤、桃毛十斤、生鸡膜十斤、龟毛十斤、兔角十斤”的药引子，而武宗却为了这个可笑至极的药方下令各地求购。道士们告诉武宗，生病的原因并非误食仙丹，而是因为他的名字“□”从“水”，与唐朝之崇尚土德的精神不合，所以不利，应该改名为“炎”，炎从“火”，与土德相合，可以消除灾祸。然而，改名并未给他带来鸿运，会昌六年三月二十三日，即改名之后的十二天，宫中就传出了武宗驾崩的消息。
武宗崩后，曾为武宗所忌而避祸于佛寺的宣宗李忱即位，恢复、重倡佛教。据《资治通鉴》卷二百四十八：
（大中元年，847）闰三月，敕：“应会昌五年所废寺，有僧能营葺者，听自居之，有司毋得禁止，”是时君，相务反会昌之政，故僧、尼之弊皆复其旧。
如诏令所言，会昌年间所废寺院如果有僧人能自发营建修葺的话，政府不能再干涉，但是已经充公的佛寺财产并没有归还。许多佛寺在会昌法难中受到重创，虽然这一诏令让即将灭亡的佛教看到一丝曙光，而拮据的经济情况使得大部分寺院已无法进行全面的恢复重建。只有那些在会昌法难期间没有被毁坏的极少数寺院，才能在短时间内恢复正常的佛事活动，翠微寺便是其一。
从龙田寺时期的护法僧法琳、大和寺时期的译经僧玄奘、翠微寺初期的天台宗僧人楚金以及空上人、道朗等诸位大德的事迹来看，初唐的翠微寺一直是薪火相续、高僧辈出。如上文所述，由于地理环境的因素，翠微寺虽然身为皇家功德寺，其弘教的盛况却一直无法与长安城内的几大译场媲美。这些高僧之所以选择在翠微寺居住，多是因为这里环境清幽、山径险隘，不为外界所扰，如法琳法师就是因为“性欣幽静，就而住之”。翠微寺僧众的修行功课也多是像空上人的“闭关”或者是楚金国师的“诵经”。恰恰是这一原因，使得翠微寺成了修行圣地而非弘教道场。汉传佛教的八大宗派，虽然已在唐代中期得以完备盛传，却仅有天台宗的教法曾在楚金国师的推动下在翠微寺弘传过一段时期，但也只是昙花一现而已。
唐代末期，无学禅师驻锡翠微寺弘宗演教，打破了这一僵局，四方禅子纷沓而至，使得翠微寺成为了名副其实的禅宗道场。翠微无学禅师为六祖慧能下第五世，早年于各处丛林参学，后至南阳丹霞山参访丹霞天然禅师，《景德传灯录》与《五灯会元》均有其语录记载。无学禅师于丹霞处得法后，住终南山翠微寺传法授徒，弘扬青原系禅法。法嗣中较为著名的有清平令遵、投子大同、道场如讷、白云约等禅师，云居道膺、龙牙居遁、伏牛山之通等禅师也曾慕名参谒过翠微法席。其中，与赵州从谂齐名的投子大同禅师，将其禅法继承发扬，嗣法者多人。
翠微无学禅师的生卒年代已不可考，驻锡翠微寺的具体时间也没有明确记载，我们只能从一些佛教典籍中大概了解一下。据《景德传灯录》记载，翠微无学于丹霞天然处“领旨”后，并未放任周游，而是直接来到终南山翠微寺居住。而据笔者考证，丹霞天然于唐穆宗长庆四年（824）圆寂之后，无学禅师首先继任丹霞寺住持，至会昌时期才移居终南山。并且，无学禅师初至翠微，并没有急于弘法，真正的阐教授徒是在唐武宗灭佛运动之后的唐懿宗咸通年间（860—873）至唐僖宗中和年间（881—885）。这在本书的第四章中将会详细记述。
据《祖堂集》卷五记载：
翠微和尚嗣丹霞，在西京，师讳无学，僖宗皇帝诏入内，大敷玄教，帝情大悦，赐紫，法号广照大师，自余未睹行录，不决化缘终始。
翠微无学禅师不仅受到四方禅子的仰慕，还曾受唐僖宗之请入皇宫内弘扬禅法，并被赐授紫衣、敕谥广照大师。这一史实，恰好影射出此时翠微寺禅学盛行的状况。
会昌法难过后，翠微寺在无学禅师的带领下立即着手恢复佛事活动，广阐佛法，云水之侣竞相奔赴。唐懿宗咸通七年（866），翠微寺已无法容纳逐渐增多的僧人，便在终南山太和峪口建造一座下院以扩充僧寮，这标志着翠微寺已步入全盛时期。
早在唐高祖李渊建立太和宫之时，终南山太和峪口以外的山林和田地就已悉数化为皇帝禁苑。后来，唐太宗李世民在太和宫遗址上建立翠微宫，同时又在山下皇帝禁苑处构建了翠微宫下苑。
据王作兆先生所著《长安史迹纪略》记载：
内苑的酒务头村（酒务指北宋时酒税收征机构），该村原属翠微宫下院一部分，名翠微堡，宋后改名酒务头。
看来，翠微宫下苑的建立确为事实，所在地便是今天的长安区内苑村。再到后来，唐高宗李治又将翠微宫舍为翠微寺，翠微宫下苑也随之废除，群众开始聚居此处建立村庄，但是此地依然与山上翠微寺保持着千丝万缕的联系。而无学禅师所建“翠微寺下院”，其地正是在翠微宫下苑处。
此“翠微下院”，便是今日严福寺的前身。
六、五代时期的没落
唐末的黄巢起义历经十年之久，最终虽被剿灭，但唐王朝却逐渐崩溃、无力回天。天佑元年（904），朱温胁迫昭宗迁都洛阳，派张廷范为御营使，拆毁长安的大量宫殿寺观，将木料顺渭水运往汴梁以营造新都，长安终成废墟，昔日繁华顷刻凋零，寺院也所剩无几。
据《资治通鉴》卷二百六十四载：
（唐昭宗天佑元年，904）戊午，驱徙士民，号哭满路，骂曰：“贼臣崔胤召朱温来倾覆社稷，使我曹流离至此！一老幼繦属，月余不绝，壬戊，车驾发长安，全忠以其将张廷范为御营使，毁长安宫室百司及民间庐舍，取其材，浮渭河而下，长安自此遂丘墟矣。
翠微寺最初是由规模宏大的翠微宫舍之而成，有诗曰“翠微寺本翠微宫，楼阁亭台数十重”，看来，翠微寺虽没有进行过大规模的整修，却也基本保持了原貌，朱温等人自然会考虑毁损此处。然而翠微寺地处深山，其破坏程度亦未可知。仅从“朱温墟长安”的角度来看，翠微寺即便未遭破坏，其僧众的日常生活也是无法保障的。公元907年，朱温夺取了唐政权建立后梁，中国历史步入了五代十国时期。在此期间，变乱频仍，战争浩繁，佛教内只有禅宗的弘传比较活跃，但也仅限于相对稳定的南方地区。显德二年（955），后周世宗采取禁佛政策，使国境内寺院废除过半，并熔佛像铸钱以充实国家经济，这对于翠微寺来说无异于雪上加霜。此时的翠微寺可以说是断壁残垣、僧众凋零，其情其景，可想而知。
§§§第二节 从宋初的更名到民国时期的衰亡
一、宋金时期薪火犹续
北宋建隆元年（960）正月，赵匡胤发动陈桥兵变登基，是为宋太祖。宋政权建立以后，一反前代北周的禁佛政策，给佛教以适当保护。建隆元年二月，太祖下诏以自己的生日二月十六日为长春节，赐百官宴于相国寺，并普度童行八千人：六月下诏诸路寺院，“经显德二年当废未毁者听存，其已毁寺所有佛像许移置存留”。继而多次亲临相国寺开坛求雨，并派沙门行勤等一百五十七人去印度求法。开宝二年（969）长春节，诏天下沙门殿试经律论义十条，全中者赐紫衣。开宝四年（971），内官张从信往益州（今成都）雕刻大藏经，前后费时十二年，共收录佛经六百五十三部，计六千六百二十余卷。因刻于开宝年间，故称为《开宝藏》，又因在四川，也称《蜀版大藏》。这是我国历史上第一次雕版刊印《大藏经》，自此各大寺院建筑藏经楼，以珍藏《大藏经》为镇寺之宝。太平兴国元年（976），太宗赵匡义下诏普度天下童行17万人，又于五年（980）设立国家译经院，召中印度僧人法天、天息灾、施护等法师翻译梵文经典，恢复了自唐代元和六年（811）起中断170年之久的佛经翻译工作，并亲自题写了《新译三藏圣教序》。为培养翻译人才，译经院又改为传法院，同时设立印经院，管理流通大藏经的出版工作。这些措施对促使北宋佛教的逐渐恢复和发展起到了很大的推动作用。
五代时期的翠微寺已成抱残守缺之势，宋朝初年的崇佛政策则给它的复兴带来了一线希望。北宋太平兴国三年（978），翠微寺更名为永庆寺，位于太和峪口的翠微下院被命名为严福寺。法事得以重兴，土地田产也得以归还。而翠微更名之事，虽为事实，但因它在唐代的声名，后人习惯上往往将“翠微”与“永庆”二名并用。
宋代佛教是转折与深入的时期，与唐代佛教之“八宗鼎盛”的辉煌场景相比，虽然稍显逊色，却为中国佛教史揭开了新的篇章。日本学者镰田茂雄说：“以往唐代集六朝之大成，而宋代却是面向将来，一直朝着新方向前进的近代史的开端。”由于过去从印度、西域传入经典带来的刺激逐渐消失，以及历次法难和五代战乱致使诸宗的典籍章疏散失殆尽等等因素，使得中国化佛教禅宗在宋代得以兴旺发达。著名佛教学者周叔迦先生将宋代佛教称之为“流派蔓延时期”，事实也正是如此。天台宗与净土宗的中兴、华严宗和律宗的承传远不如禅宗的蕃衍所带来的文化冲击。禅宗五家中曹洞与云门的承传，以及临济分支杨岐、黄龙的确立，标志着北宋禅风的盛行普遍。而早在唐末便以弘扬青原系禅法闻名于世的翠微寺，则成为终南山的佛教重镇。
自佛教传入中国后，寺院一直是人们赖以学习佛教文化、张扬佛教思想、进行佛事活动的重要场所。北宋时由于贵族的没落，倡言宗教文化的主角也由新兴的知识分子即士大夫取而代之，寺院成了文人士大夫们游幸访僧、居停习静的所在，也成为民众集会和游艺的场所。
正如北宋文人钱易在《南部新书》中记述说：
长安戏场，多集于慈恩，小者在青龙，其次荐福、永寿。
诸如此类的“庙会”、“戏场”，虽然使得佛教寺院在民间经济与文化的发展中起到了更为突出的作用，但也间接影响了内明的传播与教义的发展。唐代以降，随着佛教彻底的“中国化”，更加深了她的“世俗化”，而地处终南山的永庆寺与严福寺则一直是保持着修禅习静、农禅并重的风气，这与其他长安大寺相比，更多地保留了佛法修持的本怀。
北宋建都汴粱（今河南省开封市），政治中心随之东移，故都长安的佛教文化气息也平淡了许多。唐代的翠微寺，墨客游人络绎不绝，而宋代却鲜为人至。北宋文人晁补之、梅尧臣、李觏等在其诗作中虽有述及翠微宫，却仅仅是表露了怀古之情。晁补之所著《游栖岩寺呈提刑学士毅夫兄》一诗中“翠微宫里亦如此，依然古殿对乔松”的名句，描写的是宋代翠微上院之永庆寺的落寞寂寥，却更多地勾起了读者对盛唐时期翠微宫辉煌情景的遐想。
宣义梦英法师为宋初著名书法家，晚年曾应宋太宗之召，至都城汴梁面询佛法，因应对称旨，得赐紫袈裟，当世名人纷纷以诗赠之，后复游终南山。宋真宗时翰林学士杨徽之曾有《送梦英大师》诗一首：
独携瓶锡欲春残，深入终南路屈盘。
万象幽玄吟里见，一心圆寂定中观。
翠微寺在杉松老，紫阁峰高水石寒。
莫凭危栏临北望，满城烟草是长安。
从诗文内容来看，宣义梦英法师在旅居终南山时是来过翠微寺的。
靖康二年（1127年），金兵攻占汴京，占据北方，宋室南迁，北宋遂亡。金国是由女真族领袖完颜阿骨打建立，而女真族早在开国之前，就已受到从高丽、渤海等邻国传入的佛教信仰的冲击。后来，金国以武力灭辽，又继承了辽代社会盛行信仰佛教的风习，继而南进，攻略黄河流域以至淮水以北的北宋地区，更受到了宋地佛教的影响。因此，在金代帝室的崇拜和支持下，佛教有了长足的进步发展。大部分寺院都继承辽代旧习，拥有广大的土地和殷富的资财。教学方面，如禅、净、密、律、华严各宗都有相当的发展，其中禅宗尤为盛行，可以说完全是受了北宋佛教的影响。金代名僧圆悟克勤、灵岩净如、万松行秀等禅师引领了北方禅宗的修学，作为禅宗道场的永庆寺与严福寺此时也得到稳定发展，保持宗风，继续扮演着终南山佛教传灯续焰的角色。
金代文人赵秉文曾登临永庆寺，并有《翠微寺》诗二首流传于世：
其一
南山常爱退之诗，未说云烟润色之。
要见山光如泼黛，更须留待雨晴时。
其二
南山深锁翠微宫，寺有山南十里东。
只怪朝来衫袖湿，不知身在翠微中。
赵秉文“历五朝，官六卿”，著述等身，喜好禅学，曾为佛教经典《般若波罗密多心经》注释，且兼善诗文书画，其诗作多描写自然景物。2003年7月河南省邓州市东城区古城路（原邓州城墙南门西侧），发现石刻赵秉文手书《般若波罗密多心经》，距今已有六百多年。身为佛教居士的赵秉文此次翠微寺（永庆寺）之行应该带有访僧问道或是朝拜《心经》翻译故地的目的，而所著《翠微寺诗二首》的内容，却是写景寓意、寄情山水，这或许与他本人的诗作风格有关，遗憾的是没有留下有关翠微寺具体情况的描述。
二、日僧住持 改宗临济
宋宁宗开禧二年（1206），铁木真建立蒙古国，号成吉思汗，历经四世征战，先后吞并统一了西辽、西夏、金。至元八年（1271），忽必烈改国号为元，至元十六年（1279）灭南宋，定都于大都（北京），中国历史进入了元代。
元朝的统治者对于佛教的信奉尤甚于前朝帝室。自十三世纪初叶，元太祖成吉思汗就曾命其后裔给各种宗教以平等待遇。元世祖忽必烈即位前，曾邀请藏传佛教萨迦派领袖八思巴东来，即位后，奉八思巴为帝师，位列百官之首，掌理全国佛教，兼领藏族地区的政教。终元之世，均以藏传佛教为国教，每帝必先就帝师受戒，然后登位，这种“帝师制度”是元代佛教的一大特色。同时，汉族僧众与河西回鹘僧也受到相当的礼遇。
由于帝室的尊崇，佛教信仰在元代空前高涨，各种佛事活动盛行朝野，寺院经济也迅速膨胀起来。据《元史·祭祀志》：
道释祷祠荐禳之盛，竭生民之力以营寺宇者，前代所未有。