初期的黑人法典后来逐渐演变成臭名昭着的吉姆·克劳法。吉姆·克劳原本是美国剧作家T·D赖斯在1828年创作的一个剧目里的黑人角色，后来逐渐成为贬抑黑人和黑人遭受种族隔离的代名词。因此吉姆·克劳法通常被意译为种族隔离法，泛指1876——1965年间美国南部各州对有色人种，主要是黑人，实行种族隔离的一系列法律和政策。
这些法律把种族隔离和种族歧视渗透到了经济，教育等各个方面，细化到了诸如电话亭，饮水处之类的场所，例如，佛罗里达州规定“白人小孩与黑人小孩的学习应该分开经营”，奥克拉何马州规定：“白人与有色人种应该有分离的电话亭”。他们表面上宣称是对不同人种实行分开的“同等保护”，但实际上白人受到的待遇要好得多，这些差异造成了黑人在经济、政治和社会中的弱势地位。
南方各州在制定“黑人法典”的同时，还纵容白人种族主义者建立各种恐怖组织，其中势力范围最广，手段最残酷、社会危害最大的是三k党。三k党是奉行白人至上主义的暴力组织，也是美国种族主义的代表性组织。它的标志性服装是白色长袍和只露出眼睛的尖头帽。它始创于1866年的田纳西州普拉斯基，由六名原来服役南方军队的退伍军官共同建立。
当时南北战争结束不久，南方的黑奴得到解放，南方各州在社会经济各方面都经历着剧烈的变革。很多南方白人，特别是代表种植园利益的南方民主党，认为这是对白人优势地位和种植园经济的巨大威胁。三k党是民主党所支持的半军事组织，它的建立就是为了消除这种威胁。在发展初期，三k党的主要目标是恢复美国南方民主党的势力，反对黑人获得平等地位。由于三k党的骨干分子大多是前南方同盟的官兵，所以他们往往通过暴力来实现其目标。
三k党建立后，得到诸多白人种族主义者的响应，不断发展壮大，势力扩展到其他州，并很快发展成一个全国性的组织。1867年，三k党在纳什维尔召开大会，发表了由前南方军队的乔治·高登起草的组织章程。几周以后，前联邦军队将军弗雷斯被推选为首任全国领袖。弗雷斯非常支持这个组织，但奇怪的是，弗雷斯却对外自己宣称不属于这个组织。但有人认为这是弗雷斯特逃避法律制裁的方法。
至于这个组织的规模，弗雷斯在一次报纸采访中提到，三k党在全国拥有55万男性成员，他能够在五天内召集四万名三k党党员。但必须注意到的是，三k党虽然有统一的章程和全国领袖，但各组织之间缺乏可信的交流渠道，它分散在各地的成员却有很强的自治性，所以当1869年，弗雷斯特对外宣称，该组织的活动已经超出控制，变成危害公众安全的犯罪行为，下令解散三k党时，三k党依然活跃如初。
三k党的迫害对象主要是黑人，他们妄图通过暴力，威逼恐吓黑人，迫使他们遵从新订立的黑人法典，乖乖地回到种植园。他们破坏黑人的祈祷活动，袭击黑人的居民区，抢劫黑人的财物，屠戮黑人的生命。最糟糕的是约翰逊政府对此放任不管，南方频频发生残杀黑人的流血事件。
1866年四月，孟菲斯的黑人与当地警察发生冲突。三k党以此为借口，疯狂袭击黑人居民区，在那里持续进行了长达三天的烧杀抢掠，46名黑人丧命，80多名黑人受伤，多处住房和学校被毁。同年七月，发生了一起更骇人听闻的事件，新奥尔良的黑人和激进派举行反对黑人法典的集会，三k党突然袭击，与会人员“像猎物一样遭到屠杀”。但三k党的暴行还不止于此，内战结束后迁居到南方的北方人和南方的共和党白人也是他们的目标。其中部分战前积极的废奴论者，更是遭到了三k党的杀害。
直到1871年，尤利西斯·格兰特总统签发了《三k党和执行法案》，宣布三k党为非法组织，授权政府强行取缔该组织的活动，数百名三k党成员锒铛入狱。这项举措取得了明显的成效，三k党在南卡罗来纳几乎销声匿迹。1882年，关于三k党的这项法案才被判为违宪行为。但为时已晚，此时的三k党大势已去，威风不再了。
激进派借机起势
南部社会政治出现的混乱局面让人们不得不重新审视约翰逊的重建政策，此时国会共和党人中关于重建的态度分成了三个派别：保守派、温和派、激进派。保守派的代表主要是那些商业金融资产阶级，他们与南部种植园经济有着千丝万缕的联系。他们主张和南部的种植园主进行和解，完全支持约翰逊的南部重建计划，因为他们担心民主运动的深入发展会给他们在南方的利益蒙受损失。
温和派是当时国会当中最大的一个派别，他们的主张比较折中、调和的立场，一方面他们不愿意和约翰逊总统的关系搞得很僵，另一方面他们又担心北方的民主党人和南方的民主党人进行联合，从而获得国会当中的大多数席位。而国会中一些决议的通过，温和派有着十分重要的作用。
激进派是以北方的新兴工业资产阶级为代表，在政治上他们要求保证共和党在国会当中的优势地位。在经济上他们主张贸易保护政策和货币紧缩政策，保护制造商和公债持有者的利益。激进派清醒地认识到，只有获得南方黑人的支持，才能使共和党获得大多数选票，从而削弱民主党在国会当中的地位，更好的保证共和党能够行使联邦权力为工业资产阶级牟利。
激进派非常重视黑人的选举权问题，他们认为没有黑人的选举，南部将会实行低关税的政策，这对北方工业资产阶级来说是十分不利的。黑人是推进激进派政策最有力的保证，要充分利用黑人。虽然激进派主张黑人的权力，但是他们的出发点不是保护黑人本身，也不是出于民主的信念，而是源自对自身利益的考虑。
在约翰逊刚刚开始推动重建政策的时候，激进派的力量还非常薄弱，大多数的共和党人对总统约翰逊还抱有幻想，在激进派和总统进行斗争的时候，他们持观望的态度。
为了缓和激进派和总统约翰逊的矛盾，温和派领袖卡尔·舒尔茨在劝诫激进派人士不要和总统决裂的同时，又建议约翰逊认同黑人的选举权利。连激进派内部的约翰·福布斯也表示出要相信总统约翰逊，认为约翰逊是反对寡头政治的人，并且仇恨奴隶主的贵族统治。来自俄亥俄的共和党议员核心小组主张总统和国会双方均放弃自己的极端主张，双方经过协商制定出一个温和的、能够长期有效地重建措施。
以上问题说明这一时期，国会内部共和党的激进派力量还很有限，对于重建问题的干预，还没有起到他们希望的效果。这种状况一直持续到了1866年2月，约翰逊否决了关于延长自由民局存在期限的法案时，国会的内部还不能取得三分之二的多数票来驳回总统的议案。
但是，约翰逊的重建计划改变了南方的政治形势，例如“黑人法典”的制定、三K党活动的猖獗和否决宪法第十三条修正案，这些恶性事件的出现让国会内部的一些人对约翰逊失去了信任，纷纷开始向激进派进行靠拢，国会力量对比开始发生了变化。
这些改变立场的人认识到南部各州新组建的州政府和之前并无二样，这些民主党州政府根本就不承认战争的结果和黑人的解放。与此同时，约翰逊的重建纲领具有很明显的妥协性，它助长了南部形势的恶化，进而导致了民主党人重新在联邦内获得了优势。就约翰逊本人而言，他的刚愎自用，听不进别人看法的性格也招致了温和派的反感，政策上狭隘短视也让一些温和派内比较有影响力的人认为约翰逊背叛了他们。
面对不利的局面，约翰逊不但没有进行反思，反而开始向激进派进行了猖狂地“进攻”，结果却没有为他挽回颓势，约翰逊渐渐处在了孤立无援的境地。1866年的选举中，激进派终于取得了决定性的胜利，获得了参众两院三分之二的多数票。
激进派的重建纲领
在激进派获得了大多数席位后，其领袖T·史蒂文斯在1876年2月组建了一个“重建委员会”，并借此提出了一个新的激进派改革方案。这个提案一经推出便获得了众议院的通过，但是参议院的保守派对此表示强烈反对。后来，激进派做出了一定的让步，议案才得以在3月从参议院通过。
该项重建方案的内容为：除了田纳西州之外，其他南部各州成立的州政府均为非法；南部十个州的将分为五个军区，每个州在合法州政府成立之前有军区司令执行行政权和司法权；南方参与叛乱的人士一律不得享受选举权，也不得参政；不受种族、肤色、先前的社会地位影响，选民公平的选举出制宪代表大会，以联邦宪法为依据制定和修改各个州的宪法；各个州根据新的宪法产生议会和州政府；州议会批准第十四条宪法修正案，在新的州宪法在国会当中通过之后，各州便可以派代表出席参众两院，军管宣告结束。
与此同时，国会还通过了两项法案：官职任期法案和军队指挥法案。这两项法案的最大目的旨在削减总统的权力、保障激进派的重建方案能够顺利进行。官职任期法案规定：未经参议院同意，总统没有权力罢免已经经过参议院认同的人事任命，包括内阁成员等政府文职人员，也不能擅自任命新的官员，否则总统将会被认定犯有“重罪”。
在此之前，总统有任免官员的权力，宪法也没有规定任免官员的具体权限。激进派之所以提出这项议案，是为了保障自己的重建计划会受到来自总统的阻挠，也是为了保护内阁中唯一一位支持激进派重建方案的官员陆军部长埃德温·斯坦顿。
军队指挥权法案的内容是：总统无权擅自罢免陆军上将的权力，如果没有经过陆军上将统一，总统也无权对军队做出指示或发布命令。这两项法案实际上是架空了总统的权力，使其失去了作为陆海军队指挥的权力，同时这也与激进派重建方案相配套，为实现南方的军管做好了充分准备。
作为激进派在南部进行民主重建的纲领性文件，第一重建法案非常严格地限制了南方叛乱者的参政权和选举权，同时也确立了黑人的合法政治地位，所以这个方案一经提出获得了广大黑人的强烈支持。而约翰逊这时候对重建方案的否决和国会以三分之二的多数推翻了约翰逊的否决案，从这看出了激进派与总统之间的矛盾不可调和。
因为第一个重建法案内容不够全面，缺少具体的实施方法，所以在1867年，国会又接连通过了三个重建法案，作为补充说明。3月颁布的第二重建法案规定军管当局首先要进行选民登记和宣誓，在获得了大多数选民赞同的前提下，才能够召开制宪大会，制定出新的州宪法。7月提出的第三个重建法案规定选民登记官要严格审查和确定选民资格，要服从军管当局和国会的最高权威；军区司令有权罢免不效忠联邦的州级官员。次年3月的第四个重建法案规定，南方各个州的新宪法只要获得了实际投票人数的多数票即可通过。以上这些补充法案再一次遭到了总统约翰逊的否决，而国会也再一次以多数票否定了约翰逊的否决议案。
1867和1868这两年间所颁布的激进派重建法案和一系列补充法案，确定了激进派共和党人的重建纲领和具体计划，在和总统约翰逊的斗争中，激进派取得了完胜。与此同时，这也说明了北方工业资产阶级的力量已经非常强大，南方的小农势力还非常薄弱，而在战争中受到打压的种植园主也没有东山再起的实力。因此联邦的建设权掌握在了激进派手中，他们的重建法案也得以在全国范围内迅速展开。