开国大将汤和无疑是比较识实务的，他知道权力本应该是属于皇帝，虽然由于战争的原因，这些权力被分散到他们各个将领们手中，但是战争一旦结束，就应该解甲归田，把这些权力再还回皇帝的手中。所以当汤和向朱元璋提出辞呈时，朱元璋显得很高兴，给汤和盖了一座大府院，还给他很多的赏赐作为慰劳。这里，朱元璋似乎是给大臣们传达了一个信息，只要你们能快快把手中的权力交出来，就可以得到相应回报。朱元璋这时还比较有人情味，对于这些开国功臣们还可以给一些恩赐。免得被天下人笑话，说他只能共患难，不能共富贵，做人没有气量。然而，并不是所有的大臣都明白这个道理，他们出于种种原因，不仅不愿交出手中的权力，反而还想得到更多更大的权力，他们往往这样想：自己辛辛苦苦打下的江山，理应享得这份容华富贵，现在你朱元璋做了皇帝，就不想要我们了，我们可不吃卸磨杀驴、过河拆桥这一套。其中有些人慢慢地开始作威作福、欺行霸市。这些人的一系列举动令朱元璋极为不满，这不又成了元朝政府的那种昏庸无道了吗？因此，当朱元璋发现大臣们对自己的“仁慈”置之不理的时候，便硬下心肠，开始对大臣们实行清洗。李善长乃开国第一功臣，曾被朱元璋比作萧何。这个老资格的谋臣兼后方调度总管，城府深，德高望重，但是绝无反叛之心。但是朱元璋嫌他与淮西武人集团有着太深的关系。李善长以文人长者和军师身份活动于朱元璋的大军之中，且善于协调诸将，这让朱元璋感到担心。况且他是开国勋臣之首，地位甚至在大将徐达、常遇春之上，这样一个危险的人物，自己怎么能够容忍他呢？考虑到他潜在的势力与威胁，朱元璋决定一点一点地削弱他的势力，免得打草惊蛇，坏了自己的“大事”。于是，他先罢了李善长的相位，在安抚和震慑的交相作用下，只是给他一个空有其名的虚位，然后让他打理一些琐碎低级之事。李善长因此而抑郁怨愤，他也明白朱元璋这样做的用意，所以办事尽量做到小心谨慎，可最终，还是被朱元璋抓到了把柄给杀掉了。朱元璋对功臣并非一味狂杀，而是讲究有步骤、有顺序地进行。一个个被推上断头台，但台上、台下的人都不敢也无力对抗，只能等死。明朝开国时，朱元璋实行文武并贵的策略，甚至文人做大官的更多，这是因为草创制度更依赖文臣。武将们自然不满。但不久，他们发现，皇帝的政策暗中做了调整，变成了佑武轻文。每当处理大狱时，皇帝总是性情狂暴。但这个时候，他又表现出少有的冷静。总是步骤清晰，层次分明，能断能忍。武将们发现在胡惟庸一案中，凡是牵涉中书省及各部院衙门的，都被他一概杀戮，而凡是涉及武将谋反的，他不管信与不信，却一概宽宥了。很快地，攀咬武人的口供越来越少了，武将们紧张的情绪渐渐平定下来。朱元璋此时要解决的首要问题是中书省和中书丞相的问题。其间的一切布置都紧紧围绕这个中心。当中书省和丞相的问题解决后，武将就被放在案板上了。武将因掌握兵权，更受疑忌，不是不杀，而是时辰未到。朱元璋就是凭着权变的手腕统御部下的，打击了敌人，保全了自己。中书左丞相胡惟庸一案，受株连而被杀的达三万多人，甚至连77岁的老太师李善长全家也被杀害。又如洪武二十六年(1393年)二月，大将军蓝玉因为功大自傲被杀，不仅被抄斩三族，而且株连15000人被害，最后军中的骁勇将领差不多被杀干净了。谋士刘基是辅佐朱元璋成就大业的重要人物之一，有不赏之功。明朝建立后，他为了不受人猜忌，又远权避谤。但在朱元璋眼里，刘基是一个神秘人物。他既然能以这种神妙的术数辅佐我朱元璋，那为什么不可以为自己着想呢?俗话说“人不为己，天诛地灭”，还是灭之以绝后患吧！当时年过花甲的刘基老态龙钟，疾病缠身，与刘基有过节的宰相胡惟庸假意前去探望，朱元璋知道后，就命胡惟庸携御医前去治疗。可是当刘基吃了御医的药后，顿时觉得腹中不适，心下疑惑，后来他把这个情况告诉了朱元璋，说：“自从上回经过胡丞相的御医治疗后，臣如今肚内乃有一块硬结，我隐然感觉身体有些问题，掂量着不好。”意思无非是说胡惟庸可能在药里下了毒，请皇上明察，可是朱元璋却并不理会，一副心不在焉的样子。三个月后，刘基的病还没有好，朱元璋这才派人前去探问，后来听到回报说刘基没有好转的迹象，于是修书一封，叫他回家养病。结果，刘基于洪武八年(1375年)三月抵家，四月十六日因慢性中毒而死，享年65岁。
再说徐达，徐达是武将中功勋最高、声名最为显赫的一位人物。曾是朱元璋儿时一起割草放牛的小伙伴，年龄比朱元璋小3岁，一直是他的弟兄和心腹。徐达为人庄重沉稳，凡有大事必和朱元璋商量，立下大功而从不敢骄横。朱元璋曾称他“昭明乎日月，惟大将军一人而已”。明朝建国后，徐达在朝中一向谨慎小心行事。但是他的妻子张氏却桀骜不驯，一日在诰命夫人宴上，顶撞了马皇后，后来被朱元璋知道了。他觉得像徐达这种人物更具危险性。为了将其震慑住，第二天晚上专门安排了一桌酒宴，招待群臣。酒席间，朱元璋持杯来到徐达面前，说道：“牝鸡司晨，家之不祥。现在卿家可以免除赤族之祸了。朕特来向你祝贺。”徐达丈二和尚，摸不着头脑，可是还是赶紧跪下喝了朱元璋手中的酒。宴会结束后，他回到家中一看，张氏已被朱元璋派来的武士杀死了。徐达并没有因为这件事跟朱元璋闹翻，而是忍气吞声默默地承受了下来。可是朱元璋心想，这回徐达肯定把他恨透了，“是可忍，孰不可忍”，徐达连杀妻这种事都能忍得，肯定是有什么不可告人的目的。洪武十七年(1384年)，徐达生大病，后背长了一个大疮，到了第二年开始慢慢有了好转的迹象。朱元璋表面上很高兴，实际上则是怀恨在心。一天，他把御医叫来，问道：“像魏国公这种病最忌什么口？”御医实话实说：“忌食蒸鹅。”几天之后，朱元璋便派人给徐达送去了一盒御赐膳食。徐达打开一看，食盒中竟是一只大大的蒸鹅。他知道朱元璋这是想要自己的命，想不到这一天终于到来了，于是二话没说，当着太监的面，把整个蒸鹅全吃了。君叫臣死，臣不得不死。不久，徐达伤口发炎，病重身亡了。功臣中死得最为惨烈的就要属傅友德了。傅友德早年投奔朱元璋，因其打仗勇猛，深谙兵法，立了不少大的战功，也是第一代封公晋爵之人。在除掉了徐达之后，身边的功臣已经所剩无几了，朱元璋的目光这回投向了傅友德。傅友德有二子，个个英武精明，于是朱元璋就决定先拿他们开刀。洪武二十七年(1494年)十一月二十九日，朱元璋在一个宴会中，指责傅友德的儿子傅让，执行守卫任务时没有按照规定佩带剑囊，于是便生气地说傅让傲慢无礼，于是叫傅友德把两个儿子叫来问罪。傅友德无奈之下，只得战战兢兢地离开座席，准备去叫家中的二子，可当他走到大殿门口时，卫士们又传旨：“请傅大人带二子的首级来见圣上。”当傅友德提着二子的人头回到酒席间时，朱元璋笑着问道：“你现在是不是很恨我？”谁的人心不是肉长的，傅友德再也控制不住自己，对着朱元璋大喊道：“你不就是要我父子的人头吗？我这样做，不正遂了你的心愿了吗!”说罢拔剑自刎而死。在朱元璋眼里，最重要的就是权力和利益，谁要是损害或威胁到了这些，他就会把这些人视为敌人，无论他们是功臣还是亲属。朱元璋的外甥李文忠，自母亲去世后，就投奔了朱元璋。想当初，年幼的李文忠见朱元璋身着华丽的衣服时，还拉着他的衣襟玩耍，朱元璋看着这苦命的孩子，还曾哽咽地说道：“外甥见舅如见娘啊！”李文忠在军中英勇而多谋，颇有大将风度，为朱元璋立下了赫赫战功。洪武三年(1370年)，大封功臣，李文忠被封为曹国公，是开国六公爵之一，同时出任大都督府左都督。按说这本是好事，可是由于朱元璋的儿子们都能力平平，没有一个能赶上这个外甥的，这对于朱元璋来说，常常使他感到忧心忡忡。后来，因为朱元璋知道了李文忠曾隐瞒过一段欲投降张士诚的历史，对他也起了斩杀之心。真是事事难预料啊，在李文忠孤幼平凡时，朱元璋扶持他，照顾他，在他飞黄腾达之后，又开始猜疑他，排挤他。
一次，李文忠向朱元璋进谏，有些言语冒犯了朱元璋。于是，朱元璋把他的全家和幕僚全给捉去杀了。洪武十六年(1383年)十二月，李文忠身患大病。到了第二年初，朱元璋去他家里看望他，李文忠想要向朱元璋坦白那段受降的历史，却被朱元璋制止住了。谁知三天后，这位战功累累的大将便撒手人寰了。消息一传出，举国震惊，原因就是谁也不知道他为什么猝死。正在大家猜测之际，给李文忠看病的医生及其家属一百余口又统统被朱元璋处死了。最后，朱元璋小时候放牛的伙伴周德兴也被赐死了。随着功臣冯胜、傅友德、廖永忠、朱亮祖等先后被害。朱元璋这种兔死狗烹、鸟尽弓藏的做法，搞得人人自危。在当时甚至出现了这样一种尴尬情形，京官每天早朝之前，先与妻儿诀别，交代后事，傍晚时如能安全归来，便是合家庆幸，庆幸自己又多活了一天。为了控制和确保皇权掌握在自己的子孙手中，使朱氏的江山不变颜色，在洪武二十五年(1392年)太子朱标病死后，朱元璋立长孙朱允为皇太孙，为了保护小皇孙，朱元璋控制皇权的心理显得更加地迫切了。他不但先后对李善长、刘基这些文武大臣们动手，就是对自己的嫔妃们也不放心。洪武三十年(1397年)，由于长期的劳累，积劳成疾，朱元璋于这一年十二月一病不起了，他看到自己的身体状况越来越差，现在唯一担心的就是汉朝刘邦死后吕后专权的一幕在自己的后宫里上演。他尤其担心的是后宫里那个非常精明，且做事颇有心计的李淑妃，必须把她除掉才能保我朱家的江山社稷啊。于是，在拿定主意后，朱元璋便在宫殿里摆了一桌宴席，还派人把李淑妃的两个哥哥找来，当李淑妃来到时，朱元璋拉着她的手说道：“你跟随我有十二年了，这些年来也吃不了少苦，你与你的哥哥也很长时间没有见面了，现在你的两个哥哥来了，你快去和他们见见面吧，也算尽骨肉之情。”李淑妃果然聪明异常，一听便知道自己的死期到了，对朱元璋跪拜后，说道：“陛下的意思，我明白了，死就死吧，还叫我见什么兄长，徒增伤心。”回到宫里后，李淑妃就上吊自杀了。李淑妃是皇长孙的亲祖母，太子朱标的亲生母亲，曾经是朱元璋最宠爱的人之一。对于这样的人，朱元璋都能下此毒手，就更别说那些外姓的大臣了。朱元璋借助这些手段，基本上已经把对皇权构成威胁的人全部清除了，这当中有自己的旧部，也有一些在夺取了江南之后来投的江南文人，当然也包括自己身边的一些嫔妃。尽管如此，朱元璋还是对权力的集中强化控制感到不放心。为此，洪武三十一年(1398年)，朱元璋再次下令，命：凡是自己的嫔妃要一律为自己殉葬，只留下张美人抚养4岁的小公主。朱元璋的这种举动无疑揭示了封建专制集权制度草菅人命的本质，一个个功臣在一场权力斗争中最终成为了君权为重的牺牲品。尽管朱元璋一心想为自己的后人留下一个比较容易控制的局面，为他所钦定的接班人交递一个容易拿起来的“荆棘”时，他却犯了一个致命的错误，那就是：在消灭和抑制一个集团的同时，又造就了另外一个集团——藩王，并且这个集团比起他所诛杀的集团来讲，更有分散皇权的危险。朱元璋为了使江山永固，恢复了周代的分封制度，将自己的儿子分封到全国各地，并且统领军队，以北方的九个边塞藩王统兵最多，朱棣即为其一。朱元璋晚年时，诸王的兵权也越来越大，尤以燕王朱棣、宁王朱权为最。皇太孙朱允曾经忧虑，一旦祖父驾崩，自己如何来制约这些手握重兵的叔叔。明太祖死后只有四年，朱允政权就被四叔朱棣推翻，而且朱棣一上台，就消除了藩王的兵权，藩王们“一旦盗起，无以御侮，徒手就戮”。这是朱元璋分封之初所未能料到的。
朱元璋戎马倥偬半生，从贫穷和苦难中投身军营，通过军功建立起自己的国家。朱元璋力敌南方起义军在先，灭元朝于后，力挽狂澜于乱世，体现了他强大的军事指挥能力。他在遗嘱中说：“朕膺天命三十一年，忧危积心，日勤不怠，务有益于民。奈起自寒微，无古人之博知，好善恶恶，不及远矣。”“忧危积心，日勤不怠”8个字写出了他辛勤的一生，也写出了他在统治阶级内部激烈斗争中的心境。朱元璋诛杀功臣、提防嫔妃等措施未能起到长治久安的目的，他分封在各地的藩王为皇位的传承埋下了隐患。洪武三十一年（1398年）朱元璋病逝，朱标之子朱允继皇帝位，称建文皇帝。建文四年（1401年）六月，燕王朱棣进入京城，即皇帝位，史称明成祖，年号永乐。