盟军总司令部从一开始就采取了消灭神道教的措施。1945年12月15日，神道教作为国教被废除了。约8000座神教纪念碑被推倒，天皇的画像被从学校摘走了。1946年1月1日，裕仁天皇以新年诏书的方式发表了“凡人宣言”：“朕站在人民一边，总是希望能与人民同甘共苦的。朕与人民之间的关系，是建立在互相信任和互相爱护的基础之上的，这种关系并非简单地依靠神话和传说。不要因为把天皇奉为神明，而产生大和民族优于其他民族，并注定要统治世界的错误观念。”
为了使他本人“更像一个凡人”，麦克阿瑟鼓励天皇像欧洲君主那样巡视日本，观看体育运动会，出席音乐会及其他公众集会。就这样，天皇成了一名较为普通的君主。
日本的警察部队是一个全国性组织，由东京的官僚们控制。战争期间，它变得酷似纳粹的盖世太保。它被用来镇压人民，煽动战争情绪。在占领初期，麦克阿瑟下令将警察部队分散，每个超过5000人口的城镇都有权保留其当地警察部队，这些警察部队仅向当地政府负责。这一措施有效地摧毁了令人憎恨的全国统一指挥的警察部队，但也产生了许多问题。有些地方没有足够的警察维持治安，而且职业警察的素质也急剧下降，以致普遍发生警察腐败现象。占领结束后，日本人重建了全国警察部队，实施了更为有效的控制。
在实施日本非军事化的同时，麦克阿瑟还积极地推行他制订的日本民主化计划。日本的民主化思潮在战前就已产生，许多日本人对民主制度持欢迎态度。盟军总司令部利用了人民的民主化倾向，加快了日本的民主化进程。
修改宪法工作是从1945年10月开始的，1946年2月3日，麦克阿瑟提出了修改宪法的三个原则：1.天皇处于国家元首的地位，皇位世袭；天皇根据宪法行使职能。2.日本要废止运用国家权力发动战争，放弃以战争手段作为解决争端的手段；日本不得拥有军队。3.废除日本的封建制度。
这部宪法经日本临时议会审议通过，于1946年11月3日颁布，于1947年5月3日起施行。这部宪法保障了日本向现代资本主义民主制度的平稳过渡，对战后日本经济的复兴起了重大作用。宪法的改革精神深入到日本社会生活的各个方面。麦克阿瑟后来得意地谈到：“这部宪法也许是占领军当局惟一最重要的成就，因为它给日本人民带来了前所未有的自由与权利。”
1946年4月10日，就在新宪法草案出台不久，根据新的选举法，1300多万妇女首次获得了选举权。在战后举行的第一次国会选举中，有466人当选为议员，其中有39名女议员。公布选举结果后的第二天，有位日本立法界人士去见麦克阿瑟，心神不安地对他说：“我很遗憾地告诉您，选举中发生了一件意想不到的事情。”麦克阿瑟有点奇怪，忙问是什么事。那个人说：“有一个妓女被选进了众议院。”麦克阿瑟又问：“她得了多少选票？”那人叹口气说：“25.6万张。”麦克阿瑟郑重地对那个人说：“我可以说，这么多选票恐怕不全是靠她那不光彩的职业得来的吧。”
妇女解放，常常是麦克阿瑟最津津乐道的事。他后来在回忆录中写道：“我们在日本完成的一切改革事业中，我感到最满意的无过于妇女的地位提高了。”
1946年年初，由于日本全国粮食短缺，引起政局动荡。日本全国可耕地只占国土面积的16%，粮食不能自给，主要靠进口。战争期间可以到国外掠夺，战败后既无资金进口粮食，也没有物资同外国交易，更没有运输货物的船队。供应居民的粮食每天只有200克，时常还不能保证，一些人只好靠野菜充饥。
当时麦克阿瑟公开表示：“只要我当盟军总司令，就不会让一个日本人饿死。”与此同时，麦克阿瑟向华盛顿要求调运美军的库存粮食到日本来救急。美国众议院拨款委员会不同意用军粮援助不久以前的敌国。麦克阿瑟再次申诉了自己的理由，报告的最后一句话是：“情况就是这样，给我面包或是给我子弹！”最后他终于得到了面包（从美国运进350万吨食品），实现了自己的诺言，同时也赢得了日本人民的敬佩和信任。
麦克阿瑟在日本推行的土地改革也取得了巨大的成就。战前，日本的耕地有一半掌握在地主手中，这些地主靠收取佃农的高额地租生活。这种制度造成生产力水平低下，农民生活极为困苦。麦克阿瑟制订了解放农民的方针，1946年6月提出了土改方案，政府征购了约3000万亩农田，然后以分期付款的方式转卖给佃农。到1950年，日本85%的可耕土地到了自耕农手中。麦克阿瑟后来称这一改革是“有史以来最成功的一次，是占领军当局所取得的最有深远意义的成就之一”。
麦克阿瑟所推行的改革，对战后日本的历史产生了深远的影响。在1951年4月他离职时，日本首相吉田茂在广播讲话中动情地说：“麦克阿瑟将军为我国所做的贡献是历史上的一个奇迹。是他把我国从投降后的混乱衰落境地中拯救出来，并把它引上了恢复和重建的道路，是他使民主精神在我国社会生活的各个方面牢牢扎根。”
3反共急先锋
多年来，麦克阿瑟一直是个强硬的反共份子。早在1932年7月，担任陆军参谋长期间，在没有任何证据的情况下，他就把为要求补发退休金而集合起来的退伍军人，说成是由共产党领导的暴乱分子，说这些饥肠辘辘的退伍军人举行的集会，很可能酿成一场推翻政府的革命。于是由他亲自率领军队，使用催泪瓦斯，把昔日与他并肩作战的老兵驱散。
第二次世界大战结束后，世界的政治格局发生了深刻的变化，美苏之间的对立日益尖锐。苏联要扩大共产主义的影响，美国要遏制“共产主义威胁”。在美苏的较量中，麦克阿瑟扮演了一个反共急先锋的角色。
战后，苏联占领了库页岛、南萨哈林，向南直到三八线的朝鲜北半部，以及中国东北的部分地区。苏联还想扩大他们在日本的影响。苏联驻日本联络官库兹马·杰列维扬科中将曾提出要求，由苏军占领日本的北海道，这些部队将不受麦克阿瑟指挥。这个要求被麦克阿瑟断然拒绝了。
在1945年12月举行的莫斯科外长会议上，美国迫于苏、英两国的压力，同意在华盛顿和东京分别成立远东委员会和盟国对日理事会。远东委员会由曾与日本交战的11国代表组成，该委员会负责制订对日政策，在必要时有权重新审查盟军总司令部的指令，是盟国有关日本问题的最高决策机关。但因美、中、苏、英四大国均有否决权，所以很难做出一致的决定，就是做出了决定，也得麦克阿瑟去执行，主动权仍在美国人手中。盟国对日理事会只是个咨询机构，并没有什么实权。麦克阿瑟认为设立这两个机构是想监督他，是美国政府在苏联的压力下做出的让步，他感到十分气愤。在东京，麦克阿瑟向新闻界发表了一份声明，说他对莫斯科会议“不负任何责任”，而且关于他不反对这一计划的说法是“不正确的”。
虽然远东委员会和盟国对日理事会这两个机构徒具虚名，但是苏联还是经常在远东委员会上批评麦克阿瑟的占领政策，而美国方面一般不反驳。麦克阿瑟认为美国政府对共产主义态度软弱，非常不满。后来惠特尼写道：“在我们这些参谋人员看来，在日本发生的每一次同共产党人的交锋中，华盛顿都不支持我们，这似乎反映出他们的冷漠态度。我们不断接到报告说，有人在暗中反对麦克阿瑟和他的占领政策，而这些持反对意见的人似乎都集中在国务院，他对华盛顿有人阴谋反对他感到难以置信。”
1945年秋，在中国，国民党军队在美国支持下向共产党的解放区发动了大规模进攻，遭到共产党军队的迎头痛击。在这种情况下，杜鲁门总统于12月发表了对华声明，表示赞成中国“召开全国主要政党参加的会议，以谋求早日解决目前的内争”，并派乔治·马歇尔到中国去“调停内战”。麦克阿瑟对美国这一种面对现实的立场感到不可理解，为什么在蒋介石得势的时候，美国政府“不但不帮助蒋委员长去夺取胜利，反倒安排一次内战调停”。当蒋介石于1946年6月撕毁停战协定，悍然发动全国内战后，麦克阿瑟又抱怨美国政府未能及时大力援助蒋介石，并认为这是美国历史上所犯的最大错误之一。
在日本，1947年初，全国工会会员已达500万人。为谋求生存权利，工会向政府提出了以提高工资为主的一些要求。日本政府持强硬态度，不但不解决问题，还影射工会领袖实际上是共产党人。工会方面对政府的敌视态度十分气愤，宣布2月1日举行全国总罢工，直到达到提高工资和打倒吉田内阁等目的为止。
在形势一触即发之际，麦克阿瑟向吉田茂保证：如果发生总罢工，盟军总司令部将进行镇压。后来他写道：“我不愿做那些妨碍工人维护自己权利的事，但我也决不允许少数共产党领导人，利用罢工作为政治武器来破坏经济发展。”因此，他在1月31日发布命令，禁止举行总罢工。
日本工会领导人在占领军当局的强大压力下，被迫屈服了。
在这期间，杜鲁门在美国参众两院发表了总统咨文，系统地阐述了向“抵抗共产主义势力扩张”的非共产党国家提供援助的意义和具体安排，后来人们称之为“杜鲁门主义”。这个咨文发表后，国际反共势力气焰更加嚣张起来。
1948年1月，美国陆军部长罗雅尔在旧金山发表了“要使日本成为抵挡共产主义洪流的堤坝”的著名演说，主张“不仅要使日本独立，而且面对远东存在的新的极权主义战争威胁，日本应以强大而稳定的民主政治为基础去完成防御任务”。罗雅尔的演说标志着美国对日本占领政策的改变，美国要开始利用日本的军事潜力为其亚洲战略方针服务了。
1948年4月，美国国务院官员乔治·凯南在视察日本后，向马歇尔报告说：“如果确实不能取得盟国的赞同召开媾和会议，我国应在日本单独采取行动，要把日本经济重建到能够自立的程度，这样就能防止共产主义的入侵。这一点，我和麦克阿瑟将军的意见完全一致。而且鉴于美苏关系在世界范围内正在恶化，把日本作为亚洲防共堤坝，在军事上更具有重要意义。”从1948年6月起，美国向日本提供了总额多达20亿美元的援助和贷款。麦克阿瑟是美国“防共堤坝”政策的忠实执行者。
到了1948年，麦克阿瑟早已剥下了天皇的神圣外衣，但他现在却取代天皇成了日本的绝对统治者，摆出了他自己似乎就是上帝一样的架势。他深居简出，不参加社交活动，过着修道院一般的生活。除了惠特尼之外，很少有人能见到他。他拒绝举行记者招待会，常常诘难那些批评盟军总司令部某项政策的美国或外国记者，或把他们从日本驱逐出去。助手们对麦克阿瑟充满敬畏，对他们来说，麦克阿瑟是“在世的最伟大的人”，是有史以来最伟大的将军。麦克阿瑟自己也说过：“我现在只看得起两个人——乔治·华盛顿和亚伯拉罕·林肯。”
在这种不正常的心态下，再加上一些热心的助手和国内支持者的鼓动，麦克阿瑟决定参加1948年总统竞选。这次他不再扭扭捏捏了。他以东京“一号大楼”简朴的办公室为基地，在不超过现役军官必须遵守的法律界限内，公开进行寻求得到提名的活动。
麦克阿瑟之所以再次参加总统竞选，原因是多方面的。首先，他在日本的成功实践及得到的普遍赞誉，使他觉得自己有能力治理好国家；其次，他对华盛顿的当权派不满，希望“有朝一日把国务院搅个天翻地覆”；他还想利用他的声望捞取一些政治资本。
在威斯康星州，麦克阿瑟的威望很高，而且拥护他的人大都是有钱的人，有足够的竞选经费。因此，人们预料他会大获全胜。在竞选中，威斯康星州的参议员乔·麦卡锡支持候选人哈罗德·史塔生。因此，他对麦克阿瑟发起了无情的攻击，将他同两名“体力虚弱的总统”威尔逊和罗斯福相提并论，并不断提到他的离婚。麦克阿瑟的反对者们还提出了对密尔沃基的英雄比利·米切尔的军事法庭审判一事，指责麦克阿瑟对他的定罪投了赞成票。
好像命运在故意捉弄人一样，预选结果史塔生获19票，麦克阿瑟只得了8票。本来在威斯康星州预选失败就意味着麦克阿瑟竞选结束了，可是到了6月下旬，共和党在费城召开全国代表大会时，有人又把麦克阿瑟列在提名人选之中。结果在第一轮投票中，麦克阿瑟获得了1094票中的11票，在第二轮投票中得了7票，在第三轮投票时就一票都没有了。汤姆·杜威在第三轮投票中以全票当选为共和党的总统候选人。
这最后的结局，对爱面子的麦克阿瑟来说是个沉重的打击。当惠特尼向麦克阿瑟报告这一消息时，将军“心情十分沉重地垂下了头”。这使琼也感到十分失望，本来她对这次竞选抱有很大的希望，她还指望丈夫当选后，他们一家人能回到美国去，年已10岁的儿子小阿瑟还未见过美国是什么样呢。
1948年美国总统竞选，最后以杜鲁门击败汤姆·杜威告终。麦克阿瑟事后说，他的支持者的一些言行激怒了杜鲁门。麦克阿瑟后来在回忆录里以自我解嘲的口吻写道：“我一点儿也没有要当国家元首的愿望，因为在治理日本期间，我已干够了这种事情。我所犯下的最大错误，是没有更坚决地拒绝置身于政治舞台，像事先预料到的那样，这一企图没成功，而惟一可以看见的效果就是那个执政的民主党对我进行了大量的政治诽谤……，从那时起，报复何时落到我的头上就只是个时间问题了。”
1948年10月，日本芦田内阁垮台了，麦克阿瑟再次把保守的反共份子吉田茂扶上台。此时在通货膨胀严重的情况下冻结了工资，许多中小企业破产，失业者激增，引起广大劳动人民的强烈不满，在这种形势下，工人运动再次蓬勃开展起来，共产党的影响也再次扩大。在1949年1月举行的大选中，共产党的得票增加了近200万张，在议会中的议席由4个增加到35个。