8月30日，天气开始晴朗起来。艾克尔伯格于早上6点30分乘飞机离开冲绳。他后来说，一路上他心里忐忑不安，麦克阿瑟就在后面不远的地方，在厚木的美军人数还不多，什么事情都是可能发生的。艾克尔伯格的责任是确保这一喜气洋洋的时刻不会变成一场悲剧。
不久，麦克阿瑟和他的总司令部随员们就乘“巴丹”号飞机出发了。在飞往日本本土的途中，看来他心情很激动，他手中拿着烟斗在机舱过道里踱来踱去，同惠特尼谈到日本的未来。他谈到：首先要摧毁日本的军事力量，要利用日本政府这个工具来实行占领，……当时，人们都还不知道，他是否能成功地占领日本这个被征服的国家。
飞机开始降低飞行高度，准备在厚木机场降落。从空中可以看到数不清的防空炮位，惠特尼联想到日军在战争中的所作所为，联想到他们经常给敌人布下种种可怕的陷阱，不觉越发担心起来，飞机飞得这样低，高射炮是不可能打不中目标的。惠特尼后来写道：“难道‘死亡’这个在战场上横行的怪物，不知多少次放过了麦克阿瑟，只是为了到最后胜利的时刻才杀伤他吗？我屏住了呼吸，注视着这里的一切。”
看来惠特尼完全不必这样担心，心情紧张而谨小慎微的艾克尔伯格控制了那里的一切。第11空降师的约500名官兵已先期进占那里，他们保持着高度的警惕以防发生意外。在厚木机场，每3分钟就有一架C-54降落，有更多的美军到达。当麦克阿瑟的飞机于下午两点降落时，在乐队演奏声中，艾克尔伯格和几名官员走上舷梯迎接他们的上司，并向他敬军礼。在和艾克尔伯格握手时，麦克阿瑟用平静的语气低声说道：“噢！鲍勃，墨尔本到东京真是路途遥远啊，看来这条路终于走到了尽头。”
日本人安排一支由老式破旧汽车组成的车队接他们去横滨，麦克阿瑟乘坐的是一辆“搞不清是哪个年代”的“林肯大陆牌”汽车。这时，肯尼和他的高级参谋人员已乘另一架飞机赶到了，然后随麦克阿瑟一起进城。肯尼等人像往常一样佩带着手枪。肯尼回忆当时的情景时说，麦克阿瑟命令他们把枪收起来放在飞机上。肯尼认为这是一个好主意，“这将给日本人留下深刻的印象……对他们来说，一切都很明白，他们已经彻底失败了。”尽管如此，还是有全副武装的“20名高大英俊的美国士兵”爬进一辆卡车，加入车队，负责麦克阿瑟的保卫工作。
从厚木机场到横滨市区只有32公里的路程，路两旁站着3万多名全副武装的日军警卫队，他们全都背朝着车队，有人说他们是按着警卫天皇的规格来向美军表示敬意的，也有人说是为了防止发生射击事件。大家一路上提心吊胆地注视着他们，生怕发生意外。
车行两个小时才到新大饭店，日本人安排麦克阿瑟一行在那里下榻。车队到达后，艾克尔伯格在饭店周围布设了一道“环形防线”，由第11空降师的“500多名老兵守卫”，没有发生不愉快的事件。当天晚上，麦克阿瑟对他的助手们说：“弟兄们，我们这次是军事史上最大一次冒险。我们现在踏上了敌人的国土，只带那么一点军队，却要看管住19个全副武装的师。只要走错一步，阿拉摩的悲剧就会重演。”
在其后的两天中，麦克阿瑟一直在新大饭店中避而不出。美国步兵和陆战队乘飞机和舰船大批开进日本。
当时在日本本岛约有35万名盟军战俘，许多人被释放后，在各地流浪。美军进占日本后，用大约两周时间，把他们找回来，办完手续后，陆续被送回国。
战俘中职务最高和最有名的是两名将军，一名美国人，一名英国人。这两个人是放弃科雷吉多尔而投降的乔纳森·温赖特和在新加坡投降的阿瑟·珀西瓦尔。他们被监禁在我国沈阳市。他们二人应麦克阿瑟的特别邀请绕道重庆抵东京，他打算让他们参加9月2日在“密苏里”号上举行的投降仪式。
当天晚上，麦克阿瑟的副官跑进办公室告诉他，温赖特将军到了，他马上起身去迎接。记者威廉·邓恩写到当时的情景：“麦克阿瑟将军冲出他的办公室，穿过大厅，去迎接向他走来的面色焦黄、骨瘦如柴的温赖特。不等进行诸如敬礼这样正式的礼节，麦克阿瑟一把抓住他的手，半拥半抱地搂住他的肩膀……，我从未见过麦克阿瑟将军表现出这样的激情。”
麦克阿瑟马上邀请温赖特与他共进晚餐。他后来回忆说：“他面容憔悴而苍老。他瘦骨嶙峋，身上穿的军服满是褶子。他拄着一根手杖，步履艰难地行走着，他眼窝深陷，脸颊凹进，头发雪白。皮肤看起来像旧皮鞋面。我拥抱他时，他尽力做出微笑的样子，但当他试图说话时，他的声音哽咽了。三年来，他一直为放弃科雷吉多尔而感到耻辱。他认为再也不会让他指挥军队了。这使我大为震动。‘怎么，吉姆’我说。‘只要你愿意，你原来的军队还是你的。’”
9月2日是星期天，天空阴云密布，凉气袭人。这天早上，出席投降仪式的盟军官员们，包括温赖特和珀西瓦尔，陆续来到停泊在东京湾内的“密苏里”号战舰上，尼米兹和随员于8点5分到达；麦克阿瑟和随员于8点43分到达。甲板上和舰桥上挤满了前来观看的官兵。
8点56分，日本代表团乘美国的“兰斯多思”号驱逐舰到达，其中有外交部长重光癸（他装有一条假腿），陆军参谋总长梅津美治郎以及其他9名外务省和陆、海军的官员。文职官员们穿长礼服，戴大礼帽，军人穿着“不合身的”军服。日本人站得笔直，一言不发，表情阴沉。他们被领到二号炮塔附近的一块空甲板处。那里站着数十名盟军高级军官，他们根据军衔高低站成里外三排，中间摆着一张水兵的餐桌，上面铺着一张绿色桌布。桌上放着文件和一个笔架。
具有历史意义的时刻来到了。9时许，扩音器里传出一位牧师的祈祷声和美国国歌“星条旗永不落”。在乐声中，麦克阿瑟、尼米兹、哈尔西、温赖特和珀西瓦尔从舰舱中走上甲板。麦克阿瑟表情严肃，直接走到桌子边的一小排扩音器前，宣布仪式开始。温赖特和珀西瓦尔站在他身后的显要位置上。麦克阿瑟首先致辞说：
……在这个庄严的时刻，我们将告别充满血腥屠杀的旧世界，迎来一个十分美好的新世界。在这个新世界中，我们将致力于维护人类的尊严，实现人类追求自由、宽容和正义的美好愿望。这是我真诚的希望，我相信这也是全人类的希望。
然后麦克阿瑟要求日本代表在投降书上签字。外交大臣重光癸第一个走过来，他慌慌张张地摘下帽子、手套，放下手杖，似乎不知该在哪里签名。麦克阿瑟转过身去说道：“萨瑟兰，告诉他在哪里签名。”在萨瑟兰的指点下，重光癸代表天皇和日本政府在投降书上签了字。战争至此正式结束了。在他之后签名的是梅津美治郎将军，然后是麦克阿瑟签字，随后美国、中国、英国、苏联、澳大利亚、加拿大、法国、荷兰和新西兰等国的代表，也先后签了字。待有关的人签完字以后，麦克阿瑟最后说道：“现在，世界已恢复了和平，让我们为上帝保佑和平永存而祈祷吧。仪式到此结束。”整个仪式只用了十多分钟的时间。
日本代表拿到一份日文文件副本，呆板地鞠了一躬。在他们离开“密苏里”号时，他们受到例行的礼遇，以表明他们现在已不是敌人了。这时乌云散开，太阳露了出来，约有2000架盟军的飞机以密集的队形，从东京湾上空飞过。当轰鸣声消失后，麦克阿瑟走到另一个扩音器前，向全世界发表了意味深长的演讲。
此后不久，杜鲁门总统向马歇尔将军建议说，他应该邀请麦克阿瑟回国，这样全国可以举行盛大游行或类似的活动以表达人民的感激之情。邀请于9月17日发出，但麦克阿瑟以日本的“形势复杂而困难”为由拒绝了邀请。杜鲁门很生气，于10月19日又发出邀请，这次是以“总统要求你……”的字样开头。麦克阿瑟以日本的“局势非常危险，大有一触即发之势”为由，再次拒绝了。杜鲁门更加生气了，总统的建议实际上就是命令。尽管麦克阿瑟并没有违抗命令，但他的答复起码是不恭敬的。他还于9月17日，在未征得华盛顿同意的情况下，在东京宣布，40万名占领军将削减一半，这进一步激怒了杜鲁门。这样，本来还算友好的杜鲁门同麦克阿瑟之间的关系，很快开始变得紧张起来。