盟军原计划于12月5日开始进攻民都洛岛，于12月20日开始进攻吕宋岛。后因担心不能掌握制空权，又缺乏舰船，再加上莱特岛战役进展不利，便把进攻时间分别推迟到12月15日和1月9日。
进攻吕宋岛是第二次世界大战中，麦克阿瑟指挥的最大最复杂的一个战役，这一仗是从民都洛岛开始打起的。进攻吕宋岛的作战计划是麦克阿瑟主持制订的，他把指挥民都洛岛作战的任务交给了部下，自己则在莱特岛督战。
为了进攻民都洛岛，金凯德派去一个执行掩护和轰炸任务的分舰队，这个分舰队由6艘小型航空母舰、3艘战列舰、3艘重巡洋舰和8艘驱逐舰组成。登陆部队共3万人，将分乘135艘舰船、23艘鱼雷快艇和其他舰船登陆。这些部队分别从莱特湾和帛琉出发。
12月13日，进攻部队在驶往民都洛岛的途中，被一架日军飞机发现。在这一天及以后的几天里，这支奔向进攻目标的舰队受到“神风队”的猛烈攻击。旗舰“纳什维尔”号和一艘驱逐舰受到重伤，不得不返回莱特湾。12月15日，已到达民都洛岛海滩附近的分舰队，受到多批“神风队”飞机的攻击，舰船以密集的防空火力击毁许多架“自杀飞机”，从莱特岛飞来的肯尼的飞机也击落许多架“自杀飞机”。但是，有些“神风队”的飞机还是突破了防空火力网，彻底击毁了2艘登陆舰。
登陆部队未遇到什么抵抗。民都洛岛上只有500名守军，他们在盟军登陆后，惊恐地逃到山里去了。中午时，盟军占领了所有的目标。天黑时工兵部队已开始修建两个简易机场。5天以后，肯尼就把战斗机转移到了民都洛岛。
为了支援民都洛岛登陆，哈尔西的13艘快速航空母舰于12月14日至16日，出动飞机1671架次，重点是袭击吕宋岛上的机场。它们在那里不间断地巡逻，这就使日军完全失去了从吕宋岛向民都洛岛派出飞机或“神风队”的可能性。在空袭行动中，哈尔西声称摧毁了270架日军飞机，其中大约208架被摧毁在地面上。
后来，在12月18日，哈尔西的舰队受到了大自然的致命打击。由于气象预报员未能发现的台风突然袭来，3艘驱逐舰倾覆沉没，另外7艘受重伤，约有186架飞机被大风卷下甲板成为一堆废物。有800名官兵丧生。台风给舰队造成的损失不小于一场大海战。4天后哈尔西返回乌里西基地。
日军知道失去民都洛岛后会有怎样的严重后果，所以在海军元气大伤，士气低落的情况下，仍派出一支分舰队去攻击在民都洛岛登陆的盟军。这支由1艘重巡洋舰、1艘轻巡洋舰和6艘驱逐舰组成的舰队，于圣诞节前夜，从法属印度支那的金兰湾出发，向民都洛岛驶去。在恶劣天气的掩护下，在距民都洛岛320公里时，这支分舰队才被一架美国海军飞机发现，飞机发出了警报，但飞行员把重型巡洋舰误认为是“大和”号超级战列舰了。
这时金凯德为准备吕宋战役，已撤回了支援舰队的主力，在民都洛岛海域只留下20多艘鱼雷艇，如果“大和”号闯进来，那后果就不堪设想了。接到报告后，麦克阿瑟立即命令金凯德派4艘小型航空母舰和8艘驱逐舰前去增援。
26日深夜，日舰对岛上的机场进行了短时间的炮轰。当盟军的鱼雷艇出海反击时，肯尼在民都洛岛的100多架飞机已经升空。日舰很快就被赶跑了，一艘鱼雷艇击沉了一艘日军驱逐舰。
在这期间，进攻吕宋岛的盟军主力部队已在各港口集结。克鲁格指挥的地面部队有20万人，另外还有8万人的预备队，准备晚些时候再登陆。第6集团军的第1军和第14军承担突击任务。参战的舰船在1000艘以上。这次登陆战，是太平洋战争中到那时为止最大的战役。
麦克阿瑟重新夺取吕宋岛的作战计划和三年前日军攻占吕宋岛的作战行动有惊人的相似之处。主攻部队第1军和第14军将在林加延湾海岸登陆，沿宽广开阔的平原向马尼拉进军。少量部队在苏比克海湾西北的海岸和马尼拉湾南面的纳苏格布海岸登陆，他们的任务是封锁巴丹半岛和科雷吉多尔岛（这样日军就不能像当年麦克阿瑟那样撤退了），并准备从马尼拉的后方或南面以闪电攻势夺取马尼拉。这次战役的主要目的是，歼灭日本的有生力量；另一个重要目的是，在盟军战俘被日军屠杀前就把他们救出来。
这些情况，日军最高统帅部已经准确地预料到了，连发起进攻的时间都预料到了。由山下奉文上将指挥的日军守卫部队有27.5万人，本来是可以进行滩头防御的，但因缺少空中支援，后勤补给困难，他们已无心在滩头打一场决一雌雄的硬仗。他们现在的策略是：不指望打胜，只要能缠住麦克阿瑟，尽量推迟盟军对日本本土的进攻就行。他们曾考虑过像麦克阿瑟当年那样，固守巴丹半岛，但后来考虑到巴丹太小，容不下27万人，又否定了这个计划。后来他们决定把部队分成3个集团，进行纵深防御：尚武集团15.5万人部署在吕宋北部，由山下指挥；振武集团9万人部署在吕宋东部，由横山静雄指挥；建武集团3万人部署在克拉克西部以保卫机场，由冢田理喜智指挥。
作为总攻的前奏，哈尔西的舰队于12月30日离开乌里西，向北方的台湾驶去，他要袭击那里的日军基地，以阻止日军从台湾派飞机支援吕宋岛。同时，盟军的空军飞机频频出击，不断轰炸吕宋岛上的日军空军基地。从马里亚纳群岛起飞的B—29“超级堡垒”式轰炸机攻击了台湾、琉球群岛和日本南部的空军基地。连续不断的空袭摧毁了许多日军飞机，有效地阻止了日军对吕宋岛的空中支援。
1945年1月2日，执行支援登陆部队任务的金凯德的舰队，向林加延湾驶去。这是一支由164艘军舰组成的强大舰队——12艘小型航空母舰、6艘战列舰、6艘巡洋舰、39艘驱逐舰和护卫驱逐舰，以及其它舰船。
在途中，这支舰队遭到日军“神风队”飞机的多次袭击，有1艘小型航空母舰和2艘驱逐舰被击沉，有3艘巡洋舰、2艘战列舰和多艘驱逐舰受重创，有300多名官兵阵亡。尽管如此，这支舰队仍按计划驶抵林加延湾，对海滩附近的日军阵地进行了长达3天的炮击，并为登陆部队扫清了航道。
1月4日，麦克阿瑟登上“博伊斯”号巡洋舰，开始率登陆部队北上。当庞大的舰队接近吕宋岛时，麦克阿瑟手拿玉米棒芯烟斗站在巡洋舰的舰桥上，目不转睛地凝视着他熟悉的景物。后来他写道：“周围只能听到发动机有节奏的声响和海浪拍击船体发出的声音，气氛看来平静又显得紧张，大家都在严阵以待。我想起三年前那个漆黑的夜晚，当时我是怀着一定要打回来的决心，驶过也是这样浪涛翻滚的海面。在赌场上，赌徒们有一句名言：一去不复返。但是，当我给自己常用的烟斗里加烟丝时，心里感到一阵温暖。我想到，那些小赌徒们也许说得不对，并非都是一去不复返的！”
1月15日下午，日军好像知道麦克阿瑟在哪艘舰上似的，几艘小型潜艇攻击了“博伊斯”号，“博伊斯”号在“凤凰座”号的提醒下，采取了规避动作，暂时躲开了鱼雷攻击……1月9日拂晓，登陆部队到达林加延湾，海上的景象极为壮观，放眼望去，到处是舰船。这时，“神风队”又来攻击，有1艘战列舰、2艘巡洋舰和1艘驱逐舰被击中。但登陆行动未受影响，9点30分，登陆部队分乘几百艘登陆艇向岸上冲去，部队未遇到多少抵抗就登上了海滩。麦克阿瑟在军舰上看到这壮观的场面，感到“热血沸腾，无限欣慰”。
部队登陆后，第1军和第14军的士兵迅速向内地推进，扩大了滩头阵地。约5个小时后，麦克阿瑟、萨瑟兰和其他参谋人员乘登陆艇上岸。虽然这时海军修建大队已修好了靠船用的临时码头，麦克阿瑟却不使用码头，像在莱特岛战役中一样涉水上岸。后来有人评论道：“他在莱特岛涉水上岸是无意的，但这一次却是故意做给别人看的。”
那天晚上，为防止日军舰队袭扰登陆部队，哈尔西率第3舰队大胆地驶入南中国海这片敌人控制的水域，并在那里逗留了11天。他没有遇到日本海军主力，就派飞机袭击了印度支那沿岸香港和台湾等地的日军，击沉日军舰船44艘，击毁飞机100多架。从此，南中国海的制海权已掌握在盟军手中。
11夺回马尼拉
1945年1月13日，吕宋岛登陆后的第4天，麦克阿瑟离开了“博伊斯”号，把司令部搬到达古潘镇。在莱特战役中，他多半在幕后指挥，而这次他却出现在前台，完全像个战场指挥官了。他不怕把自己暴露在敌人狙击手的面前，乘坐敞篷吉普车深入到前线各个角落，鼓励士兵，亲自去抓那些战术细节。
一天深夜，肯尼到司令部来向麦克阿瑟汇报工作。半夜12点，他才乘吉普车回来。肯尼见他面对丰盛的晚餐却没有一点食欲，就担心地问他：“您不舒服吗？”他说：“乔治，我太累了，吃不下去。”肯尼第二天清晨动身前，去向麦克阿瑟告别时，值班军官告诉他说：“总司令两个小时前就上前线了。”“什么？”肯尼叫道：“这家伙准是疯了，这样干不了多久，人就要吃不消了。”
克鲁格的部队，左翼第1军和右翼第14军在几乎没遭到抵抗的情况下，4天只向前推进16公里，麦克阿瑟很不满意。登陆前他曾向华盛顿保证，登陆后两周内就能解放马尼拉。马尼拉远在180多公里以外，按照现在这个速度前进，攻到马尼拉时，日军早就把战俘杀光了。要求加快推进速度的另一个原因是，尼米兹要求，他借给金凯德的舰只一个月后要送还，他要用来进攻硫磺岛。因此，为了对付日本海军的威胁，尽快夺取克拉克机场供肯尼的飞机使用，是非常必要的。
克鲁格是个小心谨慎的将领，他担心躲藏在山里的大批日军（他的情报处长说有12.5万人）会发动全面进攻，切断他与林加延湾供应基地的联系。克鲁格还争辩说，他没有足够的浮桥来代替被日军破坏的桥梁，也没有足够的交通工具，所以他推进的速度才这么慢。
情报部门提供给麦克阿瑟的情报却是：躲藏在山里的日军只有7.5万人，所以麦克阿瑟态度非常坚决地要求克鲁格必须立即加快推进的速度。后来克鲁格写道：“麦克阿瑟将军好像一点也听不进我的话。当我们向南推进时，敌人很可能利用我们的战线拉得太长的弱点进攻我们的侧翼。这种危险性似乎并未引起他的重视。”
事后有可靠人士说，麦克阿瑟曾派萨瑟兰去告诉克鲁格，要是麦克阿瑟不得不亲自来催促克鲁格的话，“肯定他会发脾气的，并将解除老同事的职务……”
也许是传过去的话起了作用，克鲁格于1月18日勉强下达了新的作战命令：第14军要向前推进，夺取克拉克机场，第1军保护它的后方和左翼。到1月21日，克鲁格的部队攻占了林加延湾以南80公里处的打拉。到1月24日，又前进了16公里到达班班河，克拉克机场就在眼前了。在这里，由于遇到日军越来越顽强的抵抗，克鲁格命令暂时停止前进，以便补足给养，部队进行整编。
与此同时，第1军继续向东和东南方向推进，狙击隐藏在山区的日军，以保障后方安全。日军凭借洞穴和埋入地下的坦克负隅顽抗。“他们没有投降的”，麦克阿瑟后来写道，“每一个日本兵都坚持战斗到死。你必须砸碎他的脑袋，或用刺刀捅他个透亮。”日军在圣曼努埃尔发动了一次规模不大却很激烈的反击。“我们的战线动摇了。”麦克阿瑟写道，“我十分担心敌人突入防线，就亲自赶到那里去了。”麦克阿瑟还写道，这一地区的步兵指挥官小詹姆斯·多尔顿上校“是我们最杰出的战地指挥官之一，我和他一起把部队稳住。敌人终于被打退了。”麦克阿瑟由于在这次战斗中表现出勇敢无畏，被授予第三枚“服务优异十字勋章”。麦克阿瑟建议提升多尔顿为准将，华盛顿很快就批准了。可惜，不久多尔顿就在战斗中阵亡了。
经过短暂的休整后，克鲁格的第14军向克拉克机场发起了进攻。在这次激烈的战斗中，第40师在进攻中首当其冲，任务十分艰巨，每前进一步都要付出巨大的代价。到了第4天，终于攻占了克拉克机场。在麦克阿瑟斩钉截铁的命令下，第14军的其他部队又向南推进了40公里，于1月30日到达距马尼拉郊区大约40公里的卡隆比特。就这样，在12天的时间里，麦克阿瑟亲自督战，第6集团军距它的最终目标——马尼拉不远了。
当时，由于第14军在马尼拉周围做好了进攻准备，按原订作战计划，在苏比克湾西北和马尼拉南面的纳苏格布登陆的时机已经成熟。第8集团军司令艾克尔伯格将军被从莱特岛召来，麦克阿瑟要他率第11军和第11空降师来完成这次登陆任务，以实现对马尼拉的最后合围。
1月29日，艾克尔伯格指挥的第11军3万人在圣安东尼奥附近上岸，它的背后就是布置在三描礼示山上的日军阵地。他们的主要任务是向东猛攻猛打，阻止三描礼示山上的日军向巴丹半岛逃窜，并夺取圣马塞利诺机场。这支部队很快夺取了苏比克湾北岸的奥隆阿波（战前那里是美国海军基地），但1月31日在巴丹半岛北部的齐格扎格隘口遇到了日军的顽强抵抗。日军的抵抗很快被粉碎了，第11军快速向南推进，与第14军胜利会师后，该军便划归克鲁格指挥了。
1月31日，第11空降师由艾克尔伯格将军率领，在纳苏格布登陆。麦克阿瑟有意安排艾克尔伯格去执行一项特殊任务——率领这支小部队向马尼拉“冲刺”。艾克尔伯格在肃清莱特岛“残敌”的战斗中吃尽了苦头，这次能有机会去完成解放马尼拉的光荣任务，这对他是很有吸引力的。
艾克尔伯格的第11空降师未遇到什么抵抗就顺利登陆了。上午9点45分，纳苏格布已被他们占领。他们在菲律宾人民的欢呼声中迅速前进。他们推进速度是如此之快，以致惊慌失措的日军来不及破坏桥梁。他们一路上还虚张声势，力图使日军相信（正像公开宣布的那样）整个美军第8集团军都登陆了。当他们在海拔720米的塔盖泰山上受到日军顽强阻击时，肯尼的飞机于2月3日从民都洛岛把伞兵空运来。在增援部队的支援下，经过激烈战斗，他们终于攻上了山顶，站在山上已可以看到“马尼拉市的房屋在阳光下闪着白光”，这里离马尼拉只有40公里了。