为了支援美军的登陆行动，哈尔西指挥的舰队于9月11日到达菲律宾海域，准备对莫罗太和帛琉进行空中攻击。9月12日和13日两天，他出动飞机2400架次，对菲律宾中部的日军机场进行轰炸。他的飞机击落173架日军飞机，在地面上又摧毁305架。所受的抵抗小得令人难以置信，哈尔西只损失8架飞机和10名飞行员。他写道：“我们发现菲律宾中部的防守薄弱、缺乏防御设施。”发现这一情况后，哈尔西立即向尼米兹建议：取消进攻帛琉，麦克阿瑟取消进攻塔劳和棉兰老岛，把尼米兹进攻帛琉的部队交给麦克阿瑟，“尽快”攻取莱特岛。尼米兹看到这个建议后瞠目结舌，他不同意取消进攻帛琉的建议，但同意其他的各项建议（包括把他的部队交给麦克阿瑟指挥），并立即把哈尔西的建议向金海军上将作了汇报，当时金正在魁北克同罗斯福、丘吉尔在一起开会。
这对于参谋长联席会议来说，是个令人兴奋的好消息，是加快太平洋战争进程的一个好办法。当时马歇尔也在魁北克，他立即把这个建议转给麦克阿瑟。当时麦克阿瑟正在金凯德的旗舰“纳什维尔”号上指挥在莫罗太岛的登陆行动。因为“纳什维尔”号在实施无线电静默，无法与他联络。萨瑟兰同肯尼（他早就建议绕过塔劳直取莱特）及总司令部其他人磋商后，以麦克阿瑟名义发电报给马歇尔，说哈尔西的建议是完全可行的。
萨瑟兰的电报中午到达魁北克，这一天是9月15日，正是应该在莫罗太和帛琉登陆的日子。参谋长联席会议经过90分钟的讨论后，给麦克阿瑟和尼米兹下达了取消进攻雅浦、塔劳和棉兰老岛的命令，同时命令10月20日进攻莱特，这比原计划提前了两个月。这样绕过菲律宾进攻台湾的方案，就变成了仅仅是绕过吕宋岛夺取台湾的问题了。
同意进攻莱特的决定使麦克阿瑟感到振奋，在菲律宾有了莱特这个小小的立足点以后，将使他有可能实现返回菲律宾的历史性诺言。他打电报给参谋长联席会议，说这样安排将使他能提前两个月，于12月20日在吕宋岛登陆。虽然当时还没有同意进攻吕宋，但这个新计划和时间安排是很吸引人的。慢慢地，参谋长联席会议中，阿诺德和莱尼都站到麦克阿瑟一边来了，只剩下金上将还顽固地坚持要先夺取台湾。到了9月底，从一开始就对进攻台湾不热心的尼米兹，也同意先进攻吕宋了。
10月3日，参谋长联席会议发布了指导太平洋战争的新战略的指令。麦克阿瑟要在12月20日占领吕宋，在此之前，于12月5日在民都洛登陆并在那里建立空军基地。
这样，麦克阿瑟的主张终于被采纳了。他的“我会回来！”的著名诺言很快就要实现了。
8杀回菲律宾后的大海战
9月15日麦克阿瑟在“纳什维尔”号军舰上观看他的“白杨树”部队冲上了莫罗太岛海滩，约500名日军纷纷逃窜，美军未费吹灰之力就占领了那里。部队登陆两小时后，麦克阿瑟上岸仔细巡视了3个多小时，然后返回设在荷兰蒂亚的总司令部。
同一天，尼米兹的部队在帛琉群岛登陆，那里可就是另一番景象了。在帕莱利岛上，有1万名训练有素的日军在那里挖壕固守，如同在布纳岛上的情况一样，他们巧妙地利用复杂的地形和几百个自然山洞，构筑了坚不可摧的防御工事。美军用了几个星期才把日军主力消灭，又过了几个星期才肃清零散的日军，而美军也遭到重大伤亡，阵亡2000人，8000人受伤。
麦克阿瑟回到荷兰蒂亚后，在山坡上的新住所里，聚精会神地考虑即将进行的莱特岛战役，他已预见到这将是一场苦战。情报部门估计，莱特岛上有2.2万名日军，其中包括曾在巴丹半岛上作过战，战斗力很强的第16师，而且日本舰队的主力舰只都集结在离莱特岛不远的新加坡和婆罗洲。这支包括“大和”号和“武藏”号两艘超级战列舰在内的舰队，肯定会攻击在莱特岛登陆的美军部队。
麦克阿瑟在荷兰蒂亚逗留两天后，返回布里斯班。他于9月21日签发了进攻莱特岛的作战计划。
莱特战役是迄今为止太平洋战争中最大，也是最复杂的一次战役。克鲁格的第6集团军担负这一作战任务，参战部队有4个突击师，总共有20万人。为把克鲁格的部队运送到莱特岛并提供海上掩护，金凯德海军上将集结了由700多艘舰只组成的庞大舰队。其中有18艘小型航空母舰，6艘老式战列舰、11艘巡洋舰和86艘驱逐舰。
完成这个计划的关键是尼米兹的快速航空母舰要给予大力支持。哈尔西指挥的第3舰队有105艘舰只，以18艘快速航空母舰为核心，组成4个分舰队。在编制上，哈尔西直接隶属于尼米兹，而不由麦克阿瑟指挥。但哈尔西与麦克阿瑟的海军司令金凯德建立了密切联系。哈尔西的主要任务是掩护麦克阿瑟的部队登陆。在给他的书面作战命令中，还有另一项指令即：“如有机会或能创造机会消灭敌舰主力，那么消灭敌舰队主力就是首要任务。”
作为进攻前准备，第3舰队不停地在海上游弋，控制制海权，并用舰炮连续轰击日军机场。9月21日和22日两天，哈尔西派出飞机轰炸马尼拉，摧毁了405架日军飞机和一些舰船。后来他又袭击科龙湾，摧毁了10多艘舰船。10月10日至14日哈尔西袭击冲绳和台湾，又摧毁520架日军飞机，但从台湾起飞的日军飞机用鱼雷重创了“休斯敦”号和“堪培拉”号2艘巡洋舰，以后哈尔西的舰载机反复轰炸了吕宋岛和马尼拉等目标。
肯尼的陆基飞机从新几内亚、比阿克和莫罗太岛上的机场起飞，袭击了日军在棉兰老岛上的各个空军基地，甚至还轰炸了远在婆罗洲的炼油厂。哈尔西和肯尼的空袭使日军飞机受到了严重的损失。
与此同时，金凯德强大的两栖部队在马努斯岛和荷兰蒂亚集结，于10月10日起锚出海。10月14日，麦克阿瑟和琼告别时说：“我一时不会回来了”。她明白他的意思，在攻占吕宋以前，他将一直在前线作战。她说：“一旦你认为我回马尼拉安全没有问题时，就马上派人来接我。”麦克阿瑟飞到荷兰蒂亚，在那里逗留4天，然后登上金凯德的“纳什维尔”号旗舰。萨瑟兰、肯尼、惠特尼和参谋人员同麦克阿瑟一起上舰。奎松于1944年8月1日去世，菲律宾流亡政府总统由奥斯默纳继任。
在两天的航行中，麦克阿瑟心情激动，一直难以平静下来。31个月前，他乘鱼雷快艇侥幸逃出了日军的包围圈，现在他终于回来了，而且还率领着由800多艘舰船组成的庞大舰队，这又怎能不使他感慨万千呢！
10月19日夜，在漆黑的夜幕遮掩下，庞大的美国舰队驶近了莱特湾。副官惠特尼问麦克阿瑟：“将军，有这么强大的舰队归你指挥，您一定会有大权在握之感吧！”麦克阿瑟回答说：“不，不是这样，我想到的是，许多美国的好子弟，明天一早就要死在海滩上了。”说完，他回到舱内，翻开“圣经”念道：“仁慈的上帝啊，保佑这里的每一个人都平安无事吧。”
10月20日黎明，金凯德舰上的大炮怒吼着向岸上轰击，炮声震耳欲聋。上午10点，克鲁格4个师的突击队在杜拉格和塔克洛班登陆。日军一反常态，未在滩头抵抗。他们让美军上岸，然后用迫击炮和大炮一齐开火。冒着敌人密集的炮火，登陆艇一批接一批地冲向岸边，把成千上万的部队运送上岸。
整个上午，麦克阿瑟一直站在“纳什维尔”号的舰桥上，注视登陆战进展情况。午饭后，麦克阿瑟、萨瑟兰、肯尼、惠特尼等人以及新闻界代表，乘坐一艘小型登陆艇驶向刚刚被美军占领的雷德海滩。麦克阿瑟坐在船舱里，他身穿新卡其布军装，戴着墨镜，头上戴着人人都熟悉的战斗帽。他口袋里装着他父亲的小手枪，这样就可以“保证我永远不会被敌人活捉”。他们快靠岸时，麦克阿瑟对萨瑟兰说：“啊，不管别人信不信，反正我们到了这里。”
在离岸还有几十米远的地方，登陆艇在没膝深的水里搁浅了。麦克阿瑟跳到水里，涉水上岸。肯尼后来回忆说，他们上岸时，经过被日军炮火击中的4艘大型登陆艇的旁边时，有一艘还在燃烧，“而且，好像有许多日军狙击手就在附近射击，从步枪劈劈叭叭的响声来判断，他们离我们不超过100米。”
这样出人意料的涉水上岸，以及麦克阿瑟戏剧性地打回到菲律宾，是第二次世界大战中最令人难忘的情景之一。
从登陆艇到岸边虽然只有几十米的距离，但在麦克阿瑟看来，“这几十步却是我有生以来意味最深长的几十步。当我走完这几十步，站在沙滩上时，我知道我确实回来了，回来消灭巴丹的死敌来了。在那些日军的尸体上，还闪跃着本田将军的王牌第16师的徽章。”
麦克阿瑟和奥斯默纳总统跟随部队登陆，主要是为了发表无线电广播讲话，以鼓励菲律宾人民和游击队奋起抗日。哥伦比亚广播公司的邓恩主持这一活动，他带来一台无线电发射机，并与“纳什维尔”号上的大功率主发射机相连，用几个频率同时进行广播。
下午2时许，麦克阿瑟站在蒙蒙细雨中发表了令人难以忘怀的讲话，他的语调充满了激情：“菲律宾人民，我回来了！托上帝的福，我们的部队又踏上了菲律宾这块洒着我们两国人民鲜血的土地上了。……当战线推进到你们那里时，你们要挺身出来战斗，利用一切机会去打击敌人。为了你们的故乡和家园，要去战斗！为了你们的子孙后代，要去战斗！为了那些神圣的死难者，要去战斗！不要害怕，你们都是坚强如钢的人。去争取正义的胜利，就是万能的上帝为我们指明的道路。”
随后奥斯默纳总统也讲了话，他号召菲律宾人民与美军通力合作。
登陆比预想的要顺利，到傍晚，已有6万人的部队和10余万吨装备、物资上了岸。美军已在两个登陆场向岛内推进1.6公里，塔克洛班机场已攻下来。
麦克阿瑟回到“纳什维尔”号战舰上，向罗斯福报告了顺利登陆的消息。第二天，总统发来贺电：“举国上下都感激你，全国都在为你和你的部下成功地反攻回去而祈祷。”
其后两天，麦克阿瑟的部队继续向前推进，并完全控制了塔克洛班。10月23日，麦克阿瑟和奥斯默纳参加了在塔克洛班省议会大厦前举行的菲律宾文官政府复位仪式。麦克阿瑟向聚集在那里的人们宣布，以奥斯默纳为首的菲律宾国民政府重新建立起来了。他的讲话很短，语气平静，但人们却为他讲的每一句话欢呼。随后，军号吹响，美菲两国国旗同时缓缓升起。麦克阿瑟转身同奥斯默纳握手，并说道：“现在，我和我的同事们要告辞了。”
东京的战略家们在莱特战役打响以前就决定，要在菲律宾与美军决一死战。如果失掉了菲律宾，日本通向南方的生命线，就被切断了，就意味着打输了这场战争。于是，日军最高统帅部发布了大规模增援马尼拉的命令。许多运输增援人员和物资的舰船，在途中遭到了美军潜艇的拦击（1944年9月至11月，共击沉204艘日军舰船），但是大多数舰船还是突破了拦截到达了目的地。
日本海军当局仍然希望能一举歼灭美国太平洋舰队，取得干净利落的胜利。他们估计盟军下一步会大举进攻菲律宾（他们估计是先进攻棉兰老岛，而不是莱特岛）。于是，他们制定了一个计划，即有名的“奏捷—1”计划来与美军对抗。这个计划要摧毁哈尔西和金凯德的海军力量，并把麦克阿瑟赶出滩头。然而，这是一个垂死挣扎的计划。他们要投入一切可以集中起来的力量，同盟军决一死战。日军还采用了两种自杀式的武器：“神风队”的“自杀飞机”和潜艇发射的有人驾驶的鱼雷，即人们所说的“自杀艇”。
为了与盟军决战，日本联合舰队总司令丰田副武把他的舰队分成5个分舰队。战役开始时，由栗田健男中将和西村祥治中将等人指挥的3个分舰队部署在新加坡；一个部署在琉球群岛的天见（位于冲绳以北），由志摩清英中将指挥；另一个在日本内海，由小泽治三郎中将指挥。新加坡的分舰队承担主攻任务。小泽的舰队以4艘航空母舰为核心，将明目张胆地驶出大海，这是个诱饵，其目的是要把哈尔西的第3舰队诱出莱特湾，从而使它无法掩护美军滩头阵地。如果得手，以战列舰为核心的栗田和西村的分舰队便进攻莱特湾，然后派在新加坡的另一支以巡洋舰为核心的分舰队，护送运兵船从马尼拉向棉兰老岛运兵。在莱特岛的背后登陆增援。
10月17日和18日两天，当克鲁格的先头部队在莱特岛外围的岛屿登陆时，日军已在实施“奏捷—1”作战计划。在天见的志摩舰队，也准备加入进攻金凯德的那两个分舰队一起行动。这些舰只驶离新加坡，都到文莱湾加油。日本内海的“诱饵”舰队也起航出海。志摩的舰队包括2艘重巡洋舰、1艘轻巡洋舰和4艘驱逐舰，它照直向南驶向苏禄海。
日军为运兵船护航的重巡洋舰“青叶”号和轻巡洋舰“鬼怒”号，于10月22日夜首先离开文莱湾。那时，美军已在护航舰队的航线上埋伏了6艘潜艇。“青叶”号在途中被美军潜艇“鲷鱼”号发射的2发鱼雷击中，因破坏严重，不得不由“鬼怒”号拖到马尼拉。
两支主攻舰队也于10月22日离开文莱湾。栗田指挥的分舰队，美国人称之为中央舰队，包括超级战列舰“大和”号和“武藏”号、3艘老式战列舰、10艘重巡洋舰、2艘轻巡洋舰和15艘驱逐舰。它的使命是穿过吕宋岛南面的锡布扬海，进入圣贝纳迪诺海峡，然后掉头向南，于10月25日拂晓抵达莱特湾。西村指挥的分舰队，被称为南方舰队，包括2艘老式战列舰，1艘重巡洋舰和4艘驱逐舰。它的任务是出苏禄海，通过苏里高海峡，从南面进攻莱特湾。
23日晨，美军两艘潜艇发现了栗田的中央舰队，并立即向敌舰发起攻击。栗田的旗舰“爱岩”号被4枚鱼雷击中，18分钟后沉入海底，栗田落海后被己方的驱逐舰救起。另一艘重巡洋舰“摩耶”号也被鱼雷击中，引起弹药舱爆炸而沉没。重巡洋舰“高雄”号受到重创，被迫返航。
在日本内海的“诱饵”舰队，被称为北方舰队，于10月20日起锚出海。它包括重航空母舰“瑞鹤”号；3艘轻航空母舰“瑞凤”号、“千岁”号和“千代田”号；2艘战列舰“日向”号和“伊势”号；3艘轻巡洋舰和8艘驱逐舰。美军的3艘潜艇监视着日本内海的出口，但它们未能发现北部舰队出海。如果日军知道这个舰队未被发现，他们定会大失所望，作为“诱饵”，他们希望被美军发现。