采用新战法后，叶飞兵团的推进情况得到改善，每天可向前推进5~6里，伤亡也得以减少。
眼见吴淞吃紧，汤恩伯不得不采用拆东墙补西墙的办法，从市区调出3个军到外围进行增援。
吸引汤集团在上海郊区作战，符合粟裕原来的意图，但吴淞一带正面狭窄，河流纵横，兵力铺展不开，而且每天逐段、逐点推进的方式，也意味着投入兵力再多都没有用。
由此带来的后果是，战役时间可能拖长，部队的伤亡消耗也会随之不断增加。
得再想别的办法了。
约法三章
汤恩伯从市区调兵，倾巢出援，原本兵力就不足的市区已近乎真空状态，何不就这时候乘虚而入？
现在粟裕唯一顾虑的，就是接管准备有没有完成，要不然，冒冒失失闯进去，接管工作又跟不上，就可能发生各种意想不到的问题。
1949年5月18日，粟裕向总前委征询意见。总前委当天复示：各项准备已初步完成，攻占上海的时间不受限制。
粟裕随后增调两个军和特纵炮兵大部，分别加强和配属叶飞、宋时轮两兵团，做好了发动总攻的准备。
5月22日，经侦察得知，汤恩伯已把司令部搬上军舰，苏州河以北的敌军正向吴淞收缩，苏州河以南只剩下5个交警总队。粟裕判断汤恩伯将从上海撤退，于是决定提前发起总攻。
5月23日夜，三野各部从四面八方发起总攻。第二天，在发现敌军全面退却后，粟裕下令迅速展开追击，楔入敌军纵深。
5月25日，解放军分别攻进上海市区，占领苏州河以南，并乘势向苏州河以北进击，战斗进入关键时刻。
苏州河以北的敌军依托高大建筑物，用火力严密封锁苏州河面，将宋时轮兵团阻隔在南岸，而宋兵团却不能还以重炮。
这是确保尽量完整地接管上海的需要。陈毅为此打了个很形象的比方，说进上海，就像是瓷器店里捉老鼠，要捉住老鼠，但又不能撞坏一件瓷器。
在敌军火力网的拦阻下，解放军一波波冲上去，又一批批倒下，有的部队按捺不住，向指挥部打来电话，要求解除不准使用重炮轰击的禁令。
粟裕坚持不能松这个口。部队另谋他策，用迂回侧后攻击的办法，突破了苏州河正面阵地。
5月26日，叶飞兵团攻克吴淞，汤恩伯率五十二军等部由海上逃往台湾、定海等地。
5月27日，粟裕进入上海市区，在圣约翰大学开设指挥所，继续指挥市内的战斗。当天下午，残留在苏州河北的数万敌军放下武器投降，至此，上海获得完全解放。
当前总委及军管会进入上海时，大小汽车正一辆接一辆地在街上穿行，两旁店铺照常开门营业，人流熙熙攘攘，一派太平景象。整个上海市区，除了少数解放军押俘虏通过外，一点战争痕迹都看不到，粟裕和他的部队实现了预期的最佳结局。
上海战役结束当天，粟裕下令，叶飞兵团全部进行入闽准备。
进军福建的战役由叶飞独立指挥。这主要是因为叶飞曾在闽东坚持过三年游击战争，对福建的情况很熟悉，同时逃到福建的国民党军也多为残兵败将，野司方面预料不会有大的战斗。
叶飞兵团入闽后势如破竹，很快就解放了福建全省的大部分地区。1949年10月7日，他将同时攻占金门、厦门的方案（“金厦并取”案）上报野司。
此时粟裕正在北京出席开国大典。收到电报后，他感到叶飞等前线将领有轻敌情绪，用于攻取金门的兵力不足，于是在复电中明确指示“首求攻歼厦门之敌”。
叶飞据此改变了“金厦并取”案，决定先攻厦门再攻金门。
解放厦门一战很顺利，叶飞甚至差点儿就活捉了汤恩伯。当时汤恩伯见大势已去，急忙呼叫军舰放小艇接应，但适值涨潮，小艇难以靠岸，急得汤恩伯在海滩上团团乱转。
叶飞监听到这一情况后，赶紧命令追击部队活捉汤恩伯。可惜的是，追击部队光惦记追敌，不注意同后方的通讯联络，叶飞用报话机呼叫数次都叫不通，结果让汤恩伯跑掉了。
厦门之后是金门。粟裕这时已经意识到，金门与厦门不同，需要渡海进行两栖作战，但在两栖作战方面，解放军还缺乏相关训练和经验，因此他对攻占金门持谨慎态度。
在收到解放金门的作战计划后，粟裕与叶飞约法三章，强调“三不打”——以金门守军的现有兵力计算，只要再增加1个团就不打；准备一次性载运6个团的船只，船不够不打；从苏北或山东沿海挑选6000名有经验的船工，船工不到不打。
厦门的速战速决，让前线指挥员不可避免地又一次产生了骄傲轻敌的思想。叶飞把主要精力放在了厦门的接管上，没能像过去那样亲自对战役进行分析和准备，具体部署完全交由第二十八军执行。
第二十八军的军长和政委因病正在福州治疗休养，相关事宜又只能交由副军长肖锋负责。当有人对此提出疑问时，叶飞不以为然：“厦门有汤伯恩据守，尚被我攻克，金门岛不过弹丸之地，又没有什么坚固工事，守军名义上是一个兵团（李良荣兵团），实际上不过是2万名残兵败将。”
叶飞断言：“没有必要再改变部署，我还是那句话，此役必胜！”
但是准备工作一启动，很快就出现了许多困难。
国民党军从大陆沿海撤退时，对船只进行了破坏和抢夺，所剩渔船寥寥无几，这使肖锋很难搜集到渡海船只。直到10月24日，所集中船只仅够一次性载运3个团。
在实在无法筹措到足够船只的情况下，肖锋做出了一个过于理想化的预想，即把部队分为两个梯队，第一梯队渡完3个团，再返回接第二梯队的3个团。
第二十八军原定于10月20日对金门发起总攻，为了搜集船只，行动已整整推迟了4天，从苏北或山东挑选船工的事也就无法落实，“三不打”再次被打折扣。
1949年10月24日中午，肖锋电告叶飞，准备于当晚向金门发动进攻。
接到电报后，叶飞马上召集兵团作战处长、情报处长等相关幕僚开会，对金门之战做最后定夺。
时间紧迫，船只、船工似乎只能这样权宜从事了，叶飞关心的最后一个问题——胡琏兵团会不会登陆金门。
情报显示胡琏兵团已乘船离开原驻地潮汕，去向不明。所谓的胡琏兵团当然也是重建部队，但三野上下长期跟胡琏打交道，深知此人擅长练兵和作战，如果他参与金门的防守，胜负就很难说了。
叶飞问参谋人员，胡琏兵团是否已到达金门，对方根据情报回答，胡琏兵团尚在海上徘徊，尚未到达金门。
就在叶飞犹疑不定之时，机要部门截获并破译了一份电报，就是这份电报决定了金门之战的未来命运。
善之善者
电报是胡琏发给蒋介石的，他在电报中请求撤回台湾。
现在胡琏兵团的去向无非两种可能，一是增援金门；一是撤回台湾。叶飞将电报与侦察情报联系起来一分析，最可能出现的情况是，蒋介石命令胡琏增援金门，但胡琏不愿意，打电报给蒋介石要求撤回台湾，所以现在还在海上徘徊。
反复考虑之后，叶飞批准第二十八军准时出击，以便趁胡琏尚未到达之际，抢先夺取金门。
10月24日黄昏，第二十八军发起战斗。至10月25日凌晨2点，第一梯队顺利登陆，夺取了古宁头滩头阵地。
叶飞依据的还是渡江作战时的经验，认为“登陆就是胜利”，接到部队登陆的报告后他放心了。