1945年4月12日，对于联邦调查局来说，绝对算不上是个好日子，因为那一天，罗斯福总统突发脑溢血不治身亡，这个消息对联邦调查局而言，无异于晴天霹雳。因为无论是对埃德加·胡佛本人来讲，还是对联邦调查局的快速发展来说，罗斯福总统都是十分重要的人物。可以说，没有罗斯福，也就不会有联邦调查局的辉煌。罗斯福去世后，按照美国宪法的规定，副总统哈里·S·杜鲁门宣誓就职，继任美国新一届的总统。而随着杜鲁门担任总统，联邦调查局也步入了自成立以来最黯然的时刻。
杜鲁门在还没有成为美国的副总统时，就已经听说了一些关于胡佛和联邦调查局的负面言论，比如，联邦调查局特工安装窃听器的丑闻，就让杜鲁门深恶痛绝，甚至无法理解政绩卓然的罗斯福总统为什么会对一个小小的联邦调查局那样纵容。因此，当他继任美国总统后，下定决心冷落联邦调查局，不与胡佛为伍。为了确保自己的权势，胡佛也拿出了自己的本事，与这位总统展开了一番“智斗”。
1．杜鲁门上台后，FBI的黯然时刻
1945年4月12日，美国总统罗斯福去世。按着美国法律规定，副总统哈里·S·杜鲁门成为美国总统。而这一天，对联邦调查局而言却不是一个好日子。胡佛在一段时间内，对调查局的前途很是忧虑，他认为，罗斯福总统是把联邦调查局提升到一个层次的人，并且对联邦调查局的事业一直尽心尽力，但杜鲁门却未必，因为他和罗斯福完全是两种类型的人。
杜鲁门出身低微，曾做过银行职员、农场主、炮兵上尉、杂货商、县督学、参议员。他身材不高，戴着一副高度近视眼镜，不过他的经历和才干却让人刮目相看。杜鲁门是一个说话少，办事多的人。他在主持参议院战争调查委员会时，既为国家节省了15亿美元，又获得了秉公办事的好名声，使自己的威信大增，更获得了罗斯福的信任，在1944年总统大选时，成为罗斯福选择的最佳伙伴。
上任之后的杜鲁门，第一件事就是听取了陆军部长史汀生关于原子弹研究工作的报告，然后参加了波茨坦会议。之后参与了联合国的组建，并为庆祝二战胜利举行庆典活动。之后，杜鲁门好像迫不及待地将自己的精力投到了联邦调查局上。
1945年5月12日，杜鲁门总统在他的备忘录中这样写道：“我们不需要盖世太保或者秘密警察。联邦调查局正在向这个方向蜕变。他们的职责本应该是打击犯罪分子，但现在他们却热衷于搜集名人丑闻，并以此为把柄进行讹诈，而且其对地方执行官员的藐视已经达到令人无法容忍的地步。可以说，联邦调查局的性质已经沦为了法西斯特务组织。”
杜鲁门总统不但这样说，也这样做了，他故意把消息传播开来，以获得广泛支持。他的这段见解对联邦调查局而言简直就是一颗定时炸弹，虽然当时并没有发生任何事情，但谁都知道，早晚会有事情发生的。而事实上，杜鲁门对联邦调查局的见解确实有些偏激。当时的联邦调查局虽然存在着许多问题，但绝没有沦为法西斯特务组织。而那时的胡佛也被人称为“司法界的罗伯斯庇尔”。每一位联邦调查局的成员更为自己是一名联邦特工而自豪。但是，总统的见解没有对与错，只有是与非。当时的胡佛承受着巨大压力，他当时考虑的已经不再是如何扩充自己的势力，而是怎样能够求得生存了。
杜鲁门总统在之后的多次讲话中都明白地提到联邦调查局，他认为，在美国这样的民主国家，有这样的机构存在实在是对民主的一种挑衅。而包括总统在内的美国上层是不允许存在这样的挑衅的。杜鲁门的态度，对联邦调查局的生存已经构成了巨大威胁。为了自保，胡佛决定先从杜鲁门身上找到突破口，因为只有杜鲁门才是能让他们生存下去的唯一的人。
胡佛的努力没有白费，终于在联邦调查局里找到了一个与杜鲁门相熟的人，这个人名叫马里恩·齐恩斯，是杜鲁门的同乡。他的父亲曾是杜鲁门幼时的玩伴，齐恩斯小时候见过杜鲁门。胡佛希望齐恩斯能以后辈的身份去拜访杜鲁门，说明调查局对总统是一片忠心。接到局长下达的任务后，齐恩斯找了一个机会，到白宫去拜访父亲昔日的好友——总统杜鲁门。在与总统的交谈中，他把胡佛的意思转达给了杜鲁门，他说：“胡佛先生希望让您知道，他和调查局完全听从您的支配，随时听从您的召唤。”
杜鲁门听了这些话后微微一笑，他刚上任，还不知道联邦调查局到底有多大的本事，或者说，他认为联邦调查局就算有这个忠心，但是未必能把这个忠心转化为成果，这都无法确定。罗斯福总统在位的时候，从来没跟他讲过联邦调查局在对付政敌时所发挥的重大作用，所以，他收敛笑容后，冷冷地说：“如果我真的需要联邦调查局做什么的话，我自会通过司法部部长提出要求的。”
齐恩斯把杜鲁门这句并不友好的话转达给胡佛后，胡佛局长大为恼火。显然，杜鲁门总统还是没有明白联邦调查局是美国总统的一个秘密武器。现在这位总统竟然将这样一个锐利的武器束之高阁，或者说他认为联邦调查局就是司法部下面的一个普通部门而已。胡佛觉得自己必须要有所行动，才可以让总统对他们改变看法。在胡佛的策划下，一份份关于罗斯福时代联邦调查局的电话窃听档案材料送到杜鲁门的办公桌上。当杜鲁门看到从罗斯福阵营中走出的政客汤姆·科科伦的窃听材料时，开始还义正词严地说：“这是什么东西？不要再这样搞了。告诉胡佛，我可没有时间看这些东西。”然而，当他把这份材料看完后，竟浑身冒汗。这时，他才意识到，罗斯福之所以能在总统任期内击败所有的政敌，联邦调查局可以说是立下了汗马功劳。这使得处在当时情势下的杜鲁门马上对联邦调查局有了新的认识。
2．杜鲁门设中央情报局
众所周知，杜鲁门不是通过竞选坐上总统宝座的，而是由于总统突然身亡由副总统继任为总统的，所以，杜鲁门这个总统的权力基础很薄弱，到底有多少人在暗中反对他，或者说有多少人想找机会把他从总统的位置上推下来，他毫不清楚。所以，对杜鲁门而言，他急需寻找一个武器，对这些反对自己的势力进行了解或者打击。那么眼下，联邦调查局无疑是一个可以拿过来便用的武器。杜鲁门向联邦调查局招手，胡佛局长当然十分高兴，杜鲁门授权联邦调查局可以对一些目标人物进行监听，这样一来，联邦调查局表面上再次受到了总统的重视。联邦调查局自然不会放过这样的表现机会，除了电话窃听之外，联邦调查局还向总统送去了大量的政治情报。尽管联邦调查局对总统尽心尽力，但杜鲁门始终避免与联邦调查局直接进行接触，而是通过司法部部长来下达任务，这与罗斯福担任总统时期，胡佛甚至可以左右司法部部长的人选形成很大反差。这令胡佛心里很不痛快。
1945年6月27日，杜鲁门将司法部部长一职交给了汤姆·C·克拉克，在受到杜鲁门的冷遇后，胡佛将目标转向这位新上任的司法部部长，他希望司法部部长能够做一个他与杜鲁门之间的传话筒。按胡佛的做事风格，摆平这样一位司法部部长还算不上棘手的问题，但刚刚换了总统，在还没有和总统在政治上达成“一致”的情况下，胡佛没有轻举妄动。
其实，美国政客之间的争斗，和两军对垒一样，一方采取被动，另一方则自然就变得很主动，甚至会很嚣张，特别是像汤姆·C·克拉克这样的一位人物，既是总统的政治助手，又是胡佛的顶头上司，让他去向下属作出让步的举动，很难。而汤姆·C·克拉克似乎忘记了一件事，那就是胡佛虽然仅仅是司法部下属的联邦调查局局长，但是他已经执掌了联邦调查局20多年，到杜鲁门为止，历经了四位美国总统，尤其是上任的罗斯福总统，在他执政的十几年间，连副总统都换过，却唯独没有换过联邦调查局局长。所以说，联邦调查局和胡佛之所以能够生存到现在，必然有其存在的道理。
司法部部长对联邦调查局的挑刺态度，让胡佛实在忍无可忍了。于是，他安排联邦调查局的几名特工，对司法部部长采取了特别行动。在其他人看来，胡佛不过是和下属在自己的办公室聊了几句，但不久之后，司法部部长的态度却完全转变了。
汤姆·C·克拉克部长在一次回家的途中，突然有一只手雷朝着他的汽车前窗投掷过来，手雷打破了玻璃，他立刻报了警。回到家之后，他发现几名特工在自己的院子里转来转去，好像在寻找什么，克拉克立刻紧张起来，但之后他马上恢复了镇定，因为眼前的几名特工，在见到他之后，就表明了自己的身份是联邦调查局的特工。于是，他以司法部部长的身份命令这些特工回去，然而，他们就像没听到他的话一样，依然做着自己的工作，这令他十分愤怒。就在这时，他家的车库里传来了巨大的声响，克拉克刹那之间被震惊了，居然有人在司法部部长的家中安装了定时炸弹。但这并不算完事，在他家的客厅、卧室里，联邦调查局的特工在他亲眼目睹下排查出了三个定时炸弹，并且还从他家的电话里找到了一款最新式的仅限于军方和特工使用的窃听器。
那么，到底是谁这样大胆敢在司法部部长家作这些手脚呢？联邦调查局经过调查，一直没有一个确定的结果，只是根据自己掌握的材料作出判断：第一，是共产分子搞的恐怖事件；第二，是政敌势力为了监视部长而安装的窃听器。虽然这个分析判断中还有许多疑团，但从此以后，这位部长再也不敢挑联邦调查局的刺了。