富兰克林被指控为以色列间谍后，很多人表示震惊。一位富兰克林的同事告诉记者说：“所有认识他的人都很震惊，因为他是一个相当尽职的情报官，一个很有节制的专家，从来没有人怀疑他会有什么阴谋诡计。”
关于富兰克林是以色列间谍一说，以色列政府更是大喊冤枉，他们声称自己国家的情报机构根本不可能在美国活动。
美国的专家们认为对美国实施间谍行动的国家中，俄国、韩国、以色列的间谍威胁最大。而美国国务院的一名前官员则说：“据我驻以色列期间所知，我们会对任何一名到访的政府官员提出警告：小心以色列的间谍！”
据外媒报道，美国当局早在一年前就开始对富兰克林展开调查。但以色列政府对此事坚决予以否认，称有关指控完全是错误的。据一些分析家分析，伊拉克萨达姆政权垮台后，伊朗成为了以色列面临的最大威胁。而美国政府对伊朗的态度，则成为以色列情报机构最想获取的机密之一。那么，在这种情况下，美国专家向以色列提供美国伊朗政策情报的消息也就不足为奇了。
4．波拉德间谍案
多年来，以色列政府和民间组织曾多次呼吁美国释放波拉德，但均被美国政府拒绝。
波拉德，1954年出生于得克萨斯州犹太家庭，父亲是纽约圣母大学微生物教授。1976年他毕业于斯坦福大学、特夫茨大学的弗莱切法律和外交学院研究生。波拉德是美籍犹太人，理想是为情报机关服务。1977年，他曾申请加入中央情报局，但未通过测谎检测。然而他并没有死心，1979年申请加入不需测谎检查的海军监视与情报中心，通过安全考核后，于1980年调入海军情报和支援中心，于1984年6月进入“反恐主义警备中心”。在那里，波拉德能接触到高层绝密文件，甚至可以借阅多个情报机构的绝密文件。同年，他结识了来纽约大学进修的空军上校塞勒，主动要求为以色列情报机构服务。
以色列开始以为这是一个圈套，但很快发现波拉德提供的材料很有价值。每次接头时，波拉德都会为以色列一方带去很多绝密文件。在案发前的18个月间谍生涯中，波拉德窃取的文件达50万页，其中包括阿拉伯国家军事部署、伊朗重建核反应堆、苏联对中东导弹和军火的出售、美军密码、美国在中东间谍名单等等。波拉德提供的卫星图片，使得以色列成功突袭了位于突尼斯的巴勒斯坦解放总部，炸死多名巴勒斯坦高官，阿拉法特也差点因此遇难。
波拉德在海军情报局工作时，总是最先到，最晚离开，很受上司的喜欢和信赖。上司准备提拔他任中东处长，甚至还想让他接班，但波拉德却在不久后露出了马脚。尽管他越来越忙，可是工作上的业绩却越来越差，经常调阅一些与自己职责无关的绝密文件，而且还将大批文件带回家。1985年10月，联邦调查局和海军调查局开始对他进行调查，在他的办公室中安放了微型摄像头。11月18日，他带着文件走出办公楼时被截查，最后他供认自己向以色列提供了大批文件。21日早晨，波拉德逃脱监视，开车闯进了以色列驻美使馆要求政治避难。几分钟后，联邦调查局的10多辆汽车赶来，以色列只好把他交出去。几个小时后，波拉德的接头人，两位以色列驻美科技参赞逃回了自己的国家。
美国和以色列是密切的盟友关系，但犹太人在美国的间谍活动猖獗，他们搜集的主要文件是中东、美国决策及科技等情报。其实，这些都是公开的秘密，只要不过分，双方也就睁一只眼闭一只眼。况且，犹太社团在美国的势力也很强大，谁都不愿得罪。
摩萨德（即以色列情报和特殊使命局）于1995年曾和中央情报局签订协议，前提是以色列不能在美国进行任何间谍活动。而波拉德竟然公开违约，让美国上下震惊、尴尬沮丧，最终导致外交风波。美国时任总统里根、国防部长温伯格都对此事给予了严厉斥责。同时，波拉德间谍案也让中情局蒙受了奇耻大辱，宣布与摩萨德终止合作，要求按叛国重罪对波拉德判处死刑。这起案件还牵扯了多个阿拉伯盟国，阿盟抨击美国将阿拉伯国家的情报出卖给以色列，损害了阿拉伯国家和美国之间的防务合作，危害美国在中东的战略利益。许多美籍犹太人也纷纷表达了自己的态度，认为“首先是美国人，然后才是犹太人”。波拉德间谍案，让美国对犹太“间谍”增加了更多的防范。
以色列时任总理佩雷斯虽然开始也否认对美间谍活动，但后来也不得不承认波拉德是以色列间谍，但他强调说这只是孤立事件，是不负责任的机构在没经过政府的允许下的个人行为。佩雷斯向美国道歉，交还了部分文件，并表示欢迎美国调查组到以色列询查涉案人员，关闭了直接领导波拉德的驻美科学联络处，试图尽快平息这场风波。
1987年3月，美国地方法院叛处波拉德终身监禁，他的妻子入狱5年。这一判决让波拉德和美国上下都深感意外，波拉德辩称自己是爱国者，目的不是伤害美国，而是帮助盟友。以色列各界要求追查失误责任，为此，政府差点分裂倒台。
以色列上下及美国的犹太组织都觉得“愧对”波拉德，对他进行积极营救。以色列和美国领导人的每次会晤，释放波拉德一事几乎是必然谈论的话题，甚至一度成为和谈的筹码。美国的不少官员也呼吁对他从轻发落，但遭到中情局局长特内特的强烈反对，称如果释放波拉德或者为他减刑，将立刻辞职。美国情报司法机构称，波拉德窃取的情报有些落入了苏联手中，他还曾和巴基斯坦、南非等愿意以高价购买情报的国家进行过接触。
根据波拉德的要求，以色列于1996年授予他国籍，而且以色列的高官和民众也常去监狱里探望他。1998年5月，以色列内阁秘书纳韦获准探视，并带来了内塔尼亚胡总理的手书“你不孤独”。纳韦的一声问候，让波拉德泪流满面。
多年以来，以色列一直没有放弃解救波拉德的任何机会，以色列至今也没有把此案的所有细节告诉美国，他为以色列提供过数千份文件，但以色列退给美国的文件不足两百份。
5．沙特恐怖袭击案
1996年对克林顿总统来说，可谓是流年不利，除了莱温斯基事件，还有更让他麻烦的事情，那就是沙特恐怖袭击案。当时，在沙特，一辆满载着炸药的卡车径直朝着位于宰赫兰美军军事基地的大门方向开去，而美军士兵对这一突如其来的举动根本没有任何反应，眼睁睁地看着那辆卡车爆炸，顷刻间19名美军士兵丧命，另外还有400多人受伤。这一事件，使得在海外的美国士兵因非战争因素死亡的人数达到最多。
这一恐怖袭击的恶性事件，震惊了整个美国。联邦调查局迅速派出了100多名精锐办案人员前往沙特捕捉实施这一爆炸的罪犯。可是让调查局局长路易斯·弗里不解的是，如此大的爆炸案，他的特工们就是找不到任何蛛丝马迹，无法立即将罪犯抓获，这些人仿佛不在地球上生活，只来到地球一次就为了实施那次爆炸事件。
但是，俗话说：要想人不知，除非己莫为。这个世界没有不透风的墙，更何况联邦调查局是训练有素的一支精锐人马。经过一段时间的调查后，他们开始把目光转向了沙特高层。果然不出所料，在经过一番缜密的调查后，联邦调查局掌握了一定的证据，抓捕了几名犯罪嫌疑人。但此事毕竟涉外，联邦调查局必须要征得沙特的同意才能审问那几名嫌疑犯。只是这一报告呈送给白宫后，克林顿竟然拒绝要求沙特皇储阿卜杜拉王子允许联邦调查局审问关押在沙特的爆炸案嫌疑犯，可是，对于联邦调查局而言，这是他们追查此事的唯一途径！路易斯·弗里在后来撰写的书中曾愤怒地说道：“克林顿与阿卜杜拉王子谈到这一问题时只是说他理解沙特不愿意配合的原因，然后他就要求阿卜杜拉王子为其总统图书馆捐款，对爆炸袭击恐怖事件只字未提。我所说的都是事实。”弗里认为克林顿对这一恐怖袭击事件采取了极其不负责任的态度，他辜负了美国人民和袭击事件中遇难的家属。
另外弗里在退休后，还向美国《纽约人》杂志透露，当年沙特恐怖袭击事件，主持者中就有伊朗的高级官员。他说，当年伊朗政府官员参与策划了这一行动，同时为实施者提供了重要的经费和便利，这些人的目的就是为了打击美军在中东的影响。弗里的这些话，让全世界都为之震惊。
其实，当初弗里就已经拿到了这份名单，那他为什么没能在当时将这份名单交给克林顿呢？弗里的解释是，他不相信克林顿。联邦调查局特工当年在爆炸发生后，对这一事件进行了缜密调查，已经掌握了弗里所说的那份名单，而特工们也将参与这起爆炸案的幕后人物名单交给了他，这份名单中就有伊朗政界的人物。路易斯·弗里看了这份名单后，经过几天的思考，最终将这份名单压了下来，没有交给白宫。正如他对《纽约人》杂志说的，压下这份名单，是因为对克林顿总统一直缺乏信心，特别是对打击恐怖分子的信心和决心。他甚至认为，克林顿一直想和伊朗缓和关系，对调查这一事件缺乏应有的热情。如果这个时候将这份名单呈给总统将很不合时宜，会惹怒克林顿。
美国布什总统执政期间，宰赫兰美军军事基地爆炸案的两名嫌疑犯被起诉，他们是2003年的沙特国防部长苏尔坦和前任沙特情报部长、现任沙特驻英国大使阿尔·费萨尔。起诉书认为，这两个人很可能资助了实施那次恐怖袭击的罪犯。联邦调查局的情报证实，在那次恐怖袭击事件后，苏尔坦和阿尔·费萨尔曾主动联系了“基地”，并且提供了大量现金，要求这个恐怖组织不要将沙特列为恐怖袭击的目标。根据路易斯·弗里所说，克林顿执政期间，这两个人就在那份名单上。
然而，路易斯·弗里披露的伊朗官员问题却让美国和伊朗方面都很愤怒。曾在克林顿政府时期担任国家安全顾问的官员们立即发表公开声明，对弗里这一披露进行了强烈的抨击和指责，他们一致认为弗里是疯了，说他才是不负责任的人，所说的话简直就是无稽之谈。克林顿的发言人杰伊·卡尔逊也出面对路易斯·弗里进行了抨击，说弗里所说的一切都是他编造的。卡尔逊在声明中这样说：“所有的一切都不像路易斯·弗里说的那样，在沙特那次恐怖袭击事件的问题上，克林顿总统曾不止一次向沙特王室施加压力，而且他的努力也让这一事件得到了圆满的解决。民众看到了一切，所以不会被别有用心之人所蛊惑。”不过卡尔逊并没有就这一事件进行过多的解释。他对路易斯·弗里出书一事却这样说，路易斯·弗里之所以要出书，并不是为了让民众了解他和前总统克林顿的关系，只是为了赚取高额利润。路易斯·弗里所写的东西，任何一个喜欢编故事的人都能写得出来，这没什么难度。只要一个人把自己的名誉都抛之脑后，就什么都干得出来了。
当时的布什政府对路易斯·弗里的那本书和发表在《纽约人》杂志上的文章并没有发表任何说法。美国国家安全顾问赖斯曾在一次公开讲话中说，自己无法对正在调查之中的法律问题发表意见。但她又说，伊朗在世界各地从事恐怖活动，是恐怖分子最为猖獗的国家之一。
这也只是美国布什政府对这件事情的一点话语，但这一席话也不知是否支持了路易斯·弗里的说法。
而伊朗政府却认为，路易斯·弗里这样说只是想掩盖他在任期间工作无能的表现。因此伊朗方面认为，路易斯·弗里选择在布什刚上台时发表这样的报告，纯属居心叵测。
路易斯·弗里所说的一切是否属实，现在还不得而知，也许多年以后此事依然不能明晰。但沙特恐怖袭击事件直到现在也没有得到官方最直接的答案。而这位号称胡佛第二的局长弗里，与胡佛相比似乎还有一些差距。
若真如弗里所讲，那么FBI特工对这起恶性事件的调查，也算是尽心尽力了。FBI毕竟担负着保卫国家安全的责任，反间谍、反恐怖、反破坏是它的职责所在，尽管今日的FBI早已失去了昔日的光环，但毕竟也是有着光辉历史的一支队伍，美国民众对它还是有所期待的。