圣塔马里亚索普拉明纳瓦的圣多明我修罗院是神圣罗马与全世界裁判所处理信仰不忠者的地方。宗教裁判所是1542年由教皇保罗三世创立的，目的是要阻止宗教改革流潮的蔓延，尤其是要“反对弥漫于整个基督教世界的异端邪说式的堕落”。1571年之后，它还被授予判定著述教义的权力，并编纂了“禁书索引”。审判的程序非常严格。1588年，这些审判规则得到了正式化，当然，这些条款都不是一个法庭应该具备的。囚犯没有起诉罪名的文书，也没有证方的文件，他没有任何人可以求助。
伽利略的审判当中有10名裁判官：全部都是红衣主教，所有人都是多明我派的神父。其中一位是教皇的兄弟，另一位是教皇的侄子。审判由宗教裁判所的总代表主持。伽利略接受审判的会议厅现在是罗马邮政局的一部分，但是我们知道1633年当时曾是什么样子的：那是一个绅士俱乐部里面供开会用的一间可怕的房间。
我们还准确地知道伽利略经过这一关时必须经过的步骤。最初是从新教皇于1624年修建的花园中的小路开始。很明显，救皇不让哥白尼的说教得到公开的承认。但是，还有另外一个办法，伽利略在意大利接着写下去的另一著作就是《大世界系统论》，在这篇著作当中，一位讲演人提出对这一学说的反对意见，另外两位讲演人就回答他的提问，这两个人当然是十分聪明的。
当然，因为哥白尼的学说并不能不证自明。当时不清楚，地球如何围绕太阳一年转动一周，也不明白为什么它自己每天转动一次，但我们自身却不会飞出去。也不清楚一个重物从高塔上掉下来，但又垂直落在旋转的地球上。这些反对意见是伽利略回答了的，当时他是替哥白尼回答这些问题，而哥白尼在那个时侯早已经死掉了。我们不能够忘记，伽利略在1616年和1633年藐视神圣的权威，而为不是他本人而是一个死人的一项学说辩护，这是因为他相信那个学说是真实的。
但是，从他本人来说，伽利略在自己的书中表达出这么一个意思，即是他所有的科学从他作为一名比萨的年轻人第一次把着自己的脉搏看钟摆时就给我们的那种感觉。就是说，人间的法则会到达宇宙，并直接进入晶体的球体。天空的力量跟人间的力量是一样的，这就是伽利略要强调的东西；这样一来，我们在这里进行的机械实验就会使我们得刊一些关于星星的信息。把自己的望远镜对准月球、术星和太阳黑斑之后，他就使传统的信仰结束了，即是说，过去认为天体是完美的，不变的，只有地球才会适用这样的变化法则。
这本书于1630年完成，伽利略发现不容易找到出版许可证。检查官持同情态度，但是，后来很快便发现，针对这本书有很大一股反对势力：但是，伽利略最后得到了不下四种许可，并在1632年早期在佛罗伦萨出版该书。那本书是极大的成功，但对伽利略来说却是极大的一场灾难。雷霆之声几乎立即从罗马传出：他的年龄（差不多70岁了）、他的疾病（是真有病）和塔斯坎大公爵的保护都不行。他必须到达罗马。
很明显，教皇本人对那本书的出版很是不快。他发现至少有一个段落是他强调过的，而在书中，却是以一个看上去多半是个傻子的样子说出来的。审判的预备委员会亲口说出了这样的话：我引述的附带条件对于教皇非常重要，结果却成了一个传统的护卫者，伽利略本人称他为“头脑简单的人”。也有可能是这样的：教皇感觉“头脑简单的人”是他自己的缩影。很显然，他感觉自己受到了侮辱。他相信伽利略本人欺骗了他，而他自己的检查官也跟着哄骗他。
因此。1633年4月12日，伽利略被带到这间屋子里，坐在桌子边上，回答了审判者提出的一些问题。向题是在学术气氛当中相当客气地向他提出来的，这在当时的裁判所是相当流行的，也就是说，是用拉丁语，而且是以第三人称提出来的。他是如何到达罗马的？这是他的书吗？他如何写完此书？他的书中讲些什么？所有这些问题伽利略事先都想到了，他指望为自己的著作辩护。但是，接着就出现了他没有料到的一个问题。
裁判所：他1616年是专程到罗马来的吗？
伽利略：1616年我到罗马来，是因为听说针对尼古拉斯·哥白尼的看法有一些疑虑，因此就想来看看应该采取什么样的立场。
裁判所：请他说一说当时知道的立场和决定。
伽利略：1616年2月，贝拉明红衣主教对我说，把哥白尼的学识看成是一项经过检验的事实而坚持，有连干《圣经》的经文。因此，这样的观点既不能够持有，也不能够辩护；但是，那个观点可以作为一项假设而予以采纳和使用。为了证实这一点，我拿到了贝拉明缸衣主教的一份证明文件，是1616年5月26日给我的。
裁判所：此时，还有没有别的什么人给了他别的什么文件？
伽利略：我不记得还对我说过或指示过别的任何东西。
裁判所：如果有人对他说，当着证人的面，有人指示他不得保持所说的观点，也不得为其辩护，或者以别的任何方式告知他不得如此，请他现在说说他是否记得这是否属实。
伽利略：我记得当时给我的指示是，我既不能持有，也不能辩护所说的观点。至于另外两点，即是说不要教授，也不要以别的任何方式考虑所说的观点，在给我的证明文件当中并没有提及。
裁判所：根据所说的文件，他是事先得到撰写此书的许可？
伽利略：我没有申请撰写此书的许可，因为我觉得自己并没有违反我得到的指示。
裁判所：当他请求得到此书的出版许可时，他是否透露过我们所说的圣公会的命令？
伽利略：当我申请出版许可时，我没有说任何话，因为在书中既没有持有，也没有辩护那个学说。
伽利略手上有一份签过名的文件，说只禁止他保持哥白尼的学说，禁止他为这个学说进行辩护，这意味着好像这是一项既定事实一样。这是对当时所有天主教徒的禁令。裁判所声称，有一份文件禁止伽利略，也仅仅禁止伽利略以任何方式讲授这种学说，也就是说，哪怕通过讨论、猜测或作为一种假说也不行。裁判所并不需要提供这份文件。这不是程序规则当中的一部分。但是，我们拥有这份文件，这份文件就在机密档案里面，而且这份文件明显是伪造的，或者说，以最仁慈的形式说，它也是所说的一些被拒绝的会面记录。贝拉明红衣主教并未在上面签字。也没有证人签字。更没有公证机关的签字。伽利略本人也没有签字说明自己看到过它。
裁判所是否真的必须经由司法上的伪造程序才能够在“持有或辩护”以及“以任何方式讲授”之间保持一个合适的说法？他们面对的是从来没有在任何一个法庭上出示过的文件。是的，的确需要。没有别的什么事情好做。这本书已经发表了，数名检查员也看过了。教皇可以对检查员发脾气，他破坏了自己的机关，因为他帮助了伽利略。但是，必须做出一些惊人的公开展示才能够显示，这本书是应该受到谴责的（这本书在200多年时间里一直列在禁书目录上），因为伽利略在里面做了假。这就是审判避免任何实质性内容的原因，即避开书中的实质，也避开哥白尼理论中的实质，并篡改公式和文件的原因。伽利略看上去有意欺骗了检查官，因此不仅仅有藐视教廷的意思，而且还有不诚实的一面。
教廷再没有召开会议，审判就此结束，这是让我们大吃一惊的事情。这也就是说，伽利略又有两次被带到这里来，允许他自己证实自己，但小再有人向他发问了。最后的判决是在由教皇亲自主持的一次圣公会大会上作出的，落实了接下去要做的事情。这位叛逆科学家将受到羞辱，权威不仅仅要从行动上大大张扬，而且还要从意图上大加寅传。伽利略必颓收回成见，他必须看到刑具，就好像要对他使用这些刑具一样。
对于一位从当医生开始生活的人来说，这一切意味着什么，我们可以从同时代的一个人的证词当中有所了解，这个人实际受过拷问，而且活了下来。此人就是威廉·利特哥，是一位英国人，他于1620年被西班牙的裁判所实施拷问。
我被拖上拷问架，然后给绑在上面了。我的腿被牵引到了共有三层的拷问架当中。有一条绳索绑在我的脚踝上。杠杆向前弯的时候，我的膝盖对着两层板子的主要力量在我大腿的肌肉当中爆发出来，我的膝盖顶被压碎了。我的眼睛开始鼓起来，嘴里冒出泡沫，牙齿如同鼓手的鼓点一样来回敲击。我的嘴唇开始发抖，发出痛苦的呻吟了，血从双臂上流出来，肌腱、手与膝盖都开始断裂。从这些给我巨痛的刑架上下来以后，我被捆着双手扔到地上，嘴里大叫着“我招，我招！”
伽利略并没有受刑。他只是受到了拷问的威胁。一共有两次。他的想像力完成了余下的一切。这就是审判的目的，要让有想像力的人知道，他们并不能够免除原始和动物的恐惧，而且是不可逆转的。于是，他同意放弃了。
本人，伽利略·加利雷，是已经过世的文森佐·加利雷的儿子，佛罗伦萨人，现年70岁，接受本教廷传讯，并跪在诸位尊敬的红表主教面前，跪在全体基督教世界反异端邪说和堕落行为的总审判长面前，而且面对和手摸着圣《福音》书，在此发誓：我过去，现在和将来都将相信神圣天主教和使徒罗马教会所持有、教训和教导的一切。同时。我还必须在本圣公会通过司法程序强制教育下，完全放弃错误的说教，不能认为太阳是世界的中心，不能认为太阳不能移动，不能认为地球不是世界的中心，不能认为地球能够移动，而且我不能够持有、辩护或以任何书面或口头的形式教授所说的言论，而且，因为已经告知本人，所说的言论有悖于《圣经》条文。我还写作和印刷了一本书，并在其中讨论已经受到谴责的说教，并在不提供很多解决办法的情况下，引证大量证据为此说教进行辩护。因为这些理由，我已经被圣公会宣布为有严重异端行为的人，也就是说，曾持有并相信太阳是世界的中心，而且不能够移动，还说地球不是中心，而且能够移动。
因此，为了让各位以及所有忠实的基督徒解除对我的深深的怀疑，并无不公的怀疑，我本着诚实和不做假的忠实心情公开放弃、谴责和咒骂上述错误和异端邪说，并放弃与神圣教廷相矛盾的所有类似邪说，而且，我还发誓，在未来，我再也不会说或强调任何有可能使自己再遭怀疑的言论，不管是以书面的还是口头的形式。而且，如果我得知有任何邪说，或者认识有传播邪说嫌疑的人，将会向神圣套会举报这样的人和事，或者向所在地的裁判所或忏悔牧师报告。另外，我发誓并保证完成和执行本圣工会已经或将要施加于我头上的所有惩罚。而且，如果出现本人违反（上帝不容！）上述任何一种承诺的情形，我将自行接受所有针对这类叛逆者而设的所有神圣教规与其他专有和通用的痛苦和惩罚。因此，请上帝原谅我，也让我亲手触摸的圣《福音》宽恕我。
本人。伽利略·加利雷已经在此会开起誓，发愿，保证自己遵守上述内容，并以我的这份工开宣称的当前签字文本作为见证者，在罗马的明纳瓦修道院适字逐句地起誓，立誓日期：1633年6月21日。
我，伽利略·加利雷，亲手签订上述誓言。
伽利略的余生局限在离佛罗伦萨有一段距离的阿塞特里庄园内，有严格的软禁条件。教皇毫无放缓的余地。他的任何文字皆不得出版。被禁止的说教不得进行讨论。伽利略甚至都不能跟新教徒讲话。结果是，从那个时候起，所有天主教科学家都噤若寒蝉。伽利略最伟大的同时代人热内·笛卡尔在法国也不再发表任何作品，最后去了瑞典。
伽利略下定决心做一件事情。他准备写完被审判中断的一本书：论新科学的著作，他所说的新科学是指物理学，而不是星星，但所涉及的事物关系到地上的物质。他于1636年完成了此书，也就是说，在审判之后的三年内完成，而且在72岁的高龄。当然，他的书无法出版，直到两年之后才由荷兰莱登的一些清教徒出版。此时，伽利略已经完全成了盲人，他是这么描写他自己的：
啊，枷利略，你自己忠实的朋友与仆人，他已经在一个月的时间内完全和不可救药地瞎了，因此，这个天堂，这个地球，这个宇宙现在已经在我面前完全萎缩了，变成了一个狭小的罗盘，就好像被我自己身体的感觉所填满，而曾几何时，由于我惊人的观察和明确的演示，我已经放大了100倍，不，是1000倍，超过了以前所有年代的学者们能够接受的局限。
有很多人到阿塞特里看望伽利略，其中有一位年轻诗人，叫约翰·弥尔顿，是英国人，他正准备写作他终生的著作，是一部史诗，早已经准备好了的。可笑的是，到弥尔顿准备写这首长诗的时候，也就是30年后，他自己也完全瞎了，他依靠自己的学生帮助他完成作品。
弥尔顿在生命的晚年将自己与参孙·阿贡尼斯相比，就是菲律士丁人当中的参孙：
瞎着眼在加沙，跟奴隶们一起钻进磨坊，他在自己死亡的那一刻摧毁了菲律士丁人的帝国。
这也正是伽利略所做的事情，是与他本人的意愿相违的一件事。审判和囚禁的结果是使地中海的科学传统完全中断。从现在起，科学革命转移到了北欧。伽利略于1642年去世，死时仍然是一个囚徒。同年圣诞节，艾萨克·牛顿在英国诞生。