书院起源于官府和民间，历代皆有官办和民办的书院，但官办书院不等同于官学，民办书院也不等同私学。官学是古代中央和地方政府创办并管辖的学校，其管理者由政府委派，经费由政府提供，教学内容由政府规定，完全服从国家需要，纳入统一的国家学制系统。书院是中国士人为了满足自身日益增长的文化教育需求，在新的历史条件之下，整合传统的官学、私学以及佛道宗教教育制度的长处之后，创造并日渐完善的一种全新的学校制度，它既与官学、私学相联系，又独立于官学和私学。而书院的官学化，就是书院朝向官学变化，失去其独立性，亦即将书院变成官学的问题。
1、书院由私学滑向官学
书院是宋代的地方教育组织。书院之名始见于唐代，但发展于宋代。最初，古代书院大多为民办的学馆，主导还是一种弘扬私学的机构。原由富室、学者自行筹款，于山林僻静之处建学舍，通过学田来充实经费。当时，著名的书院有江西庐山的白鹿洞书院、湖南长沙的岳麓书院、河南商丘的应天府书院、湖南衡阳石鼓山的石鼓书院、河南登封太室山的嵩阳书院等。
后由朝廷赐敕额、书籍，并委派教官、调拨田亩和经费等，逐步变为半民半官性质的地方教育组织。仁宗庆历年间，各地州府皆建官学，甚至一些书院与官学合并。神宗时，朝廷将书院的钱、粮一律拨归州学，书院一度衰落。书院的生存和发展，离不开从学田而来的经费。书院兴起之初，私人筹措办院经费，主要也是靠私人的田产或别人捐赠的田产来供给。然而，仅仅靠捐赠，是不能满足书院需要的。因此，当官府开始给书院划拨田产时，书院没有理由不接受。除了经济上的控制，南宋中后期以来，书院的实际负责人山长，也渐渐由朝廷吏部差授。在民办书院急剧缩减的同时，越来越多的书院归到官府手中。
2、元代书院明显的官学化
书院的官学化问题突显于元代，但其端倪则始见于南宋，其主要表现有几个方面。
一是州府教官兼任山长的情况时有所见，早期如岳麓书院淳熙年间的山长由潭州州学教授顾杞兼任，其任命多出自地方行政长官，后来渐由中央政府的吏部差授。
二是以地方行政官员兼任书院的领导之职。郡守作为行政长官兼任洞主，居山长之上全面领导书院，这是一种情况。另一种有官吏兼任、充任山长，还有以教授权充山长的。
这些都反映出中央与地方政府任命山长为职官的实际情况，说明官府可以在一定程度上操控书院山长的任免权，从而把握书院的发展方向。到元代，那些在宋代偶一为之或虽有诏令但并未最终成为定制的行为，通过政府条例、律令等形式固定下来，于是书院的官学化成为一种普遍的趋势。
三是元代书院的官学化是政府采取一些重要措施而逐步实现的。严格报批手续，以申报制度控制书院的创建与兴办，是官学化的重要措施之一。元初，为了争取宋遗民，政府曾倡导、鼓励创建书院，有力之家，好事之人，都可以兴修书院。士民建院之后，政府例多设官赐额，以为拉拢。但到至元后期，这种情况有所改变，并不是想建书院就让其创建。兴建书院需要上报官府、有司会议、中书省批准、行省设官等等一定的程序，已经不能由个人意志随兴而建了。一般来讲，书院兴办前要层层申报，待批准之后才能动工，建成后还得报官，请设山长等教官管理。这个申请报告的内容有些程式化。首先，是为当时的朝廷政权歌功颂德，对官学之外还大力发展书院，大加赞叹。其次，结合具体情况，对先贤、先儒生平事迹、道德学问简要介绍，即提出设置祠堂或者创建书院的理由，强调在其地为其人创建书院的合理性。最后是申述创建书院的必要性。
3、明清私学不衰，书院官学化更加严重明清私学继宋元之后仍盛而不衰，按其程度，大致可分为两类：一类是低级阶段的蒙养教育，另一类为高级阶段的书院。低级阶段的蒙养教育多称私塾，一般有三种形式：一是“门馆”、“家塾”，即“塾师在自己家里，或借祠堂、庙宇，或租借他人房屋设馆招收附近学童就读”；二是“村塾”、“族塾”，由“一族一村延师择址建馆课其子弟”；三是“坐馆”、“教馆”，“由富裕人家独自一家聘请教师在家设馆，专教自家子弟及亲友子弟”。
清朝初年，统治者惟恐私学的讲学活动会导致反清复明，故不予提倡，反而予以抑制。后来清朝统治者看到私学屡禁不止，为笼络人心便改变了政策，提倡兴办私学及各种书院。清政府在提倡书院的同时，通过掌握书院的经费、控制书院山长的聘用以及书院的招生、学生的考核等措施加强了对书院的控制，从而使书院官学化倾向更趋严重。
在清代，书院的常年经费由官府一次性拨给。享受政府拨款的书院，花起钱来也大手大脚。例如，为参加正式科举考试的生员提供一定数量的经费。考生如果科举得中，更有丰厚奖赏，数目可达50两银子。不仅考中的生徒有奖，书院的老师也跟着有奖。如此一来，虽然书院的办学经费不愁了，然而，书院不可避免地逐渐沦为科举的附庸。尽管还有一些理想主义的书院在苦苦支撑，然而，书院没落的历史已经无可挽回 。同治、光绪年间，随着科举制度的废除，已经与科举合为一体的书院，也一并成为历史。书院毕竟与官学不同，它最大的区别是书院有自身的品格和学术追求；与此相联系，独特的教学方法即自学与读书，鼓励学生自学，指导学生读书成为书院的教学原则。书院还可以因人、因地、因时而设，比官学更具灵活性。
书院的创立对科举而言，不仅是培养目标和培养方式上的不同，更重要的是给了文人士子一个说话的空间，一个播撒文化与思想的载体。也使千百位希望接受教育的市井中人能在书院聆听著名学者的谈经说文，从而激发自己的智慧，升华人格，成为一个于民族于社会有贡献有价值的人。对立而存始终是书院教育游离于科举或与科举异曲同唱的一大特征。对官府而言，书院的出现既满足了读书人的需求，又能够为统治者培养大量治国人才，但是书院师生动辄聚集千人不得不引起重视，所以心态始终是矛盾的。
书院教育可以为国家社稷培养大批有识之士和栋梁之才，但也可能给政权造就不少思想激进的危险人物。纵观历史，朝廷时而真心诚意褒奖、赏赐、题匾，时而又怀疑这一事业中是否有智力过高的知识分子“学术偏颇，志行邪伪”而构成其政治上的隐患，因此历史上就不止一次地出现朝廷明令“毁天下书院”的悲剧。风波总会过去，教育不会灭亡，同科举制度一样，中国的书院教育也延续了近千年。
简单说，私学与官学是相对而言的，书院是私学的高级形态，都是中国古代的教育方式和人才培训选拔之所，我国源远流长的私人讲学传统对书院的兴盛起了极大的作用。