审计机关必须按照法律规定的程序，进行审计监督。法律规定的审计程序，是审计工作的操作规程。审计机关严格按规定的程序，有利于客观、公正、准确地查明事实真相，有利于及时、有效地完成审计任务，有利于取得被审计单位的支持和配合，同时也有利于维护被审计单位的合法权益。审计机关必须遵循的审计程序的主要内容有：确立审计事项，事先送达审计通知书，对资料和实物检查以及向单位和个人调查，审计组向审计机关提出审计报告，报告提出前应征求被审计单位的意见，审计机关出具审计报告、出具审计决定书或出具审计移送处理书。
（二）独立审计
《审计法》第5条规定：“审计机关依照法律规定独立行使监督权，不受其他行政机关、社会团体或个人的干涉。”审计监督权是国家的一项经济监督权，由审计机关依法独立行使。确立独立审计的原则，对于保障审计机关依法实施审计监督权，客观公正、实事求是地评价、揭露和处理问题，维护社会主义法制是十分必要的。
独立审计的原则是宪法确立的。为确保这一原则的贯彻执行，审计法进一步对审计机关的组织、审计人员、审计经费等做了明确规定。《审计法》按照宪法规定，国务院设立的审计机关由国务院总理领导，县级以上的地方各级人民政府的审计机关受本级政府行政首长和上一级审计机关的领导。为了保护审计人员，《审计法》第15条规定，审计机关负责人依照法定程序任免；审计机关负责人没有违法失职或者其他不符合任职条件的情况的，不得随意撤换。《审计法》
第15条和有关条文规定了不得打击报复审计人员及相应的制裁措施。为了保障审计机关的经费，《审计法》第11条规定：审计机关履行职责所必需的经费，应当列入财政预算，由本级人民政府予以保证。
审计机关是国家的经济监督的专门机构，担负了特殊的职能，如果不具有必要的独立地位，依附于其他的组织，势必会受到这些组织的控制和影响，难以独立地行使审计监督权；如果所依附的组织本身就属于审计机关审计监督的对象，那么对其审计完全是流于形式。如果审计机关不能依法独立行使职权，就会受到其他组织和个人的干涉，审计机关对审计事项就无法做出实事求是的评价，无法客观、公正地提出审计报告和出具审计决定书。因此，许多国家都在宪法和审计法律中，对审计机关组织的独立性、审计长和其他审计人员的独立性、审计机关经费的独立性做出了明确的规定。
最高审计机关国际组织1997年第九届代表大会通过的《审计规则指南》（利马宣言）中也提出，审计机关“必须独立于受审计单位之外，并不受任何外来影响，才能客观而有效地完成其工作任务”；审计机关“必须具有完成其任务所需的职能和组织上的独立性”。该指南还指出，国家审计机关“是国家机构整体的一部分，因此，它不可能是绝对的独立”。由此可见，审计机关的独立性不是绝对的，而是相对的，例如我国审计机关设在政府内部，是政府中的一个独立部门，但是受政府主要负责人的领导。我国审计机关依法独立行使审计监督职能权，主要体现在以下几个方面：
（1）在领导关系上，审计署直接接受国务院总理领导，对总理负责；地方各级审计机关受本级政府“一把手”和上一级审计机关的双重领导，在审计业务上以上级审计机关领导为主，政府的其他领导人不应干涉审计机关独立行使审计监督职权。
（2）审计机关可以自行安排审计工作计划，部署审计监督工作。
（3）审计机关可以自行安排执行各项审计任务的人员，并严格执行回避的规定；任何单位和个人不得干涉对审计人员的安排，审计人员只服从所在的审计机关的领导，对所在审计机关负责并报告工作。
（4）审计机关根据审计结果，独立地进行审计事项评价和以自己的名义出具审计报告，向本级政府和上一级审计机关提出审计结果报告。
（5）在属于审计机关处理、处罚的范围，审计机关对查出的违反国家规定的财政、财务收支的行为，可依照法律、法规的规定，自行做出处理、处罚的决定，出具审计决定书。
其他行政机关、社会团体的个人，不得利用本部门的特殊地位、条件或个人的职权，干涉审计机关依法履行审计监督职权，应当支持配合审计机关工作。审计机关和审计人员，也应敢于坚持原则，依法独立行使审计监督职权。
（第二节）内部审计机构
《审计法》规定：“国务院各部门和地方人民政府各部门、国有和国有资产占控股地位的企业和金融机构、有国有资产的事业组织，应当按照国家有关规定建立健全内部审计制度。”内部审计制度，是部门、单位健全内部控制，审查财政、财务收支、改善经营管理，提高资金使用效果，提高经济效益或者工作绩效的一项重要的管理控制制度。内部审计机构和内部审计人员可以加入内部审计行业自律组织。国家审计机关对内部审计工作和内部审计行业自律组织的活动进行指导和监督。
在我国实行内部审计制度，有利于企业通过内部审计来检查和评价内部各单位履行经济责任的状况，加强内部管理和控制，挖掘内部潜力，提高经济效益，增强竞争能力，维护自身的合法权益；有利于占有和使用国有资产的部门和单位，通过内部审计来保障国有资产的安全完整，提高国有资产利用效果和效率；有利于国家通过内部审计促使各部门、各单位加强对国有资产的经营或管理，以巩固和发展国有经济。
我国内部审计机构，是指在部门、单位内部从事组织和办理审计业务的专门组织。它是我国审计主体的重要组成部分。早在审计署正式成立以后，我国就提出了实行内部审计制度，并根据国务院的要求，许多部门和单位相继建立了内部审计机构。在《国务院关于审计工作的暂行规定》中，进一步规定了内部审计机构的设置、领导关系、审计任务等问题。在《审计条例》中，对内部审计机构又做了进一步的规范。1994年颁布的《审计法》中确立了内部制度的法律地位和明确了审计机关与内部审计的法律关系。1995年颁布的《审计署关于内部审计工作的规定》更全面地规范了内部审计机构的设置、领导关系、审计范围、主要权限、工作程序、内部管理及与审计机关的关系等。2003年3月中华人民共和国审计署发布命令，又重新颁布了《审计署关于内部审计工作的规定》。
一、内部审计机构的设置
根据内部审计工作的规定：国家机关、金融机构、企业事业组织、社会团体以及其他单位，应当按照国家规定建立健全内部审计制度。
（1）法律、行政法规规定设立内部审计机构的单位，必须设立独立的内部审计机构。
（2）法律、行政法规没有明确规定设立内部审计机构的单位，可以根据需要建立内部审计机构，配备内部审计人员。
（3）有内部审计工作需要且不具有独立的内部审计机构条件和人员编制的国家机关，可以授权本单位内设机构履行内部审计职责。
（4）设立内部审计机构的单位，可以根据需要设立审计委员会，配备总审计师。
根据相关规定，下列单位应设立独立的内部审计机构：
（1）审计机关未设派出机构，财政、财务收支金额较大或者所属单位较多的政府部门；（2）县级以上国有金融机构；（3）国有大中型企业；（4）国有资产占控股地位或者主导地位的大中型企业；（5）国家大型建设项目的建设单位；（6）财政、财务收支金额较大或者所属单位较多的国家事业单位；（7）其他需要设立内部审计机构的单位。
根据内部审计机构设置的范围，我国内部审计机构包括部门内部审计机构和单位内部审计机构。部门内部审计机构，是指国务院和县以上地方各级政府按行业划分的业务主管部门设置的专门审计机构。单位内部审计机构，是指企业事业等单位设置的专门机构。
我国内部审计机构在本单位主要负责人或者权力机构的领导下开展工作。
依照国家法律、法规和政策，以及本部门、本单位的规章制度，对本单位及所属单位的财政、财务收支及其经济效益进行内部审计监督，独立行使内部审计监督权。关于企业内部审计机构的领导体制，国内外基本有三种类型：一是受本单位总会计师或主管财务的副总经理领导；二是受本单位总经理（厂长）或总裁领导；三是受本单位董事会或其下属审计委员会领导。事业单位及行政机关的内审机构则由最高管理者领导或其他副职领导。
国资委在《中央企业内部审计管理暂行办法》中规定：企业应当按照国家有关规定，建立相对的内部审计机构，配备相应的专职工作人员，建立健全内部审计工作规章制度，有效开展内部审计工作，强化企业内部监督和风险控制。
国有控股公司和国有独资公司，应当依据完善公司治理结构和完备内部控制机制的要求，在董事会下设立独立的审计委员会。企业审计委员会成员应当由熟悉企业财务、会计和审计等方面专业知识并具备相应业务能力的董事组成，其中主任委员应当由外部董事担任。
企业审计委员会应当履行以下主要职责：
（1）审议企业年度内部审计工作计划；（2）监督企业内部审计质量与财务信息披露；（3）监督企业内部审计机构负责人的任免，提出有关意见；（4）监督企业社会中介审计等机构的聘用、更换和报酬支付；（5）审查企业内部控制程序的有效性，并接受有关方面的投诉；（6）其他重要审计事项。
未建立董事会的国有独资公司及国有独资企业，应当按照加强财务监督和完善内部控制机制的要求，依据国家有关规定，加强内部审计工作的组织领导，明确工作责任，强化企业内部审计工作，做好内部审计机构与内部监察（纪检）、财务、人事等有关部门的协调工作。
企业内部审计机构依据国家有关规定开展内部审计工作，直接对企业董事会（或主要负责人）负责；设立审计委员会的企业，内部审计机构应当接受审计委员会的监督和指导。
企业所属子企业应当按照有关规定设立相应的内部审计机构；尚不具备条件的，应当设立专职审计人员。
内部审计机构能否有效地进行审计监督，与内部审计机构在组织中的地位、权力、责任及其人员与管理能力等方面条件总是相关的。独立性是借助其在组织中的地位和客观性实现的。内部审计机构在组织中的地位，应足以保证其履行审计职责。内部审计机构在组织中的地位，以及管理部门对它的支持，是内部审计活动受到重视的决定性因素。西方国家多数大中型企业中内部审计机构权限大、地位高、独立性强。其原因是：企业管理者希望企业的内部审计能够在政府审计和外部审计检查之前发现问题，解决问题，以免触犯法律受到政府制裁。
此外，内部审计人员要广泛接触资料（包括保密资料）和资产；要与高级管理人员经常接触，汇报工作，参与决策；要与中层管理人员沟通信息，调查了解情况，贯彻审计意见等，级别太低不利于开展审计工作。
内部审计机构除了应具有必要的独立性以外，在业务工作上还应得到必要的指导和监督。
二、内部审计机构的职责
现代内部审计是为了防范和减少组织风险，增加管理价值，帮助管理者履行职责，以实现组织整体目标。按照COSO报告的观点和国际内部审计师协会实务标准的规定，现代内部审计应具有广泛的工作范围，必须包括对该组织的内部控制系统恰当性和有效性评价，及其完成所指定的职责对其实施效果进行的检查和评价。具体包括以下几个方面：
（1）内部控制系统恰当性与有效性检查与评价；（2）资料确实性与完整性检查；（3）业务经营合理性与有效性检查；（4）资产安全管理与实际存在检查；（5）资源有效取得与合理利用检查；（6）实际完成和目标一致性检查。
按照我国内部审计工作规定，内部审计机构按照本单位主要负责人或者权力机构的要求，履行下列职责：
（1）对单位财政收支、财务收支及其有关经济活动进行审计；（2）对单位预算内、预算外资金的管理和使用情况进行审计；（3）对本单位内设机构及所属单位领导人员的任期经济责任进行审计；（4）对单位固定资产投资项目进行审计；（5）对单位内部控制制度的健全性和有效性以及风险管理进行评审；（6）对单位经济管理和效益情况进行审计；（7）法律、法规规定和本单位主要负责人或者权力机构要求办理的其他审计事项。
规定还指出，内部审计机构每年应当向本单位主要负责人或者权力机构提出内部审计工作报告。
国资委在《中央企业内部审计管理暂行办法》中更加具体地规定了企业内部审计机构应当履行的主要职责有：
（1）制定内部审计工作制度和编制内部审计计划；（2）按单位内部分工组织或参与组织单位财务决算审计工作，并对财务决算的审计质量进行监督；（3）对国家法律法规规定不适宜或者未规定必须由社会中介机构进行财务决算审计的有关内容组织审计；（4）对本企业及其子企业的财务收支、财务预算、财务决算、资产质量、经营绩效以及其他有关经济活动进行审计监督；（5）组织对企业主要业务部门负责人和子企业的负责人进行任期或定期经济责任审计；（6）组织对发生重大财务异常情况的子企业进行专项经济责任审计工作；（7）对本企业及其子企业的基建工程和重大技术改造、大修等的事项、概（预）算、决算和竣工交付使用进行审计监督；（8）对本企业及其子企业的物资（劳务）采购、产品销售、工程招标、对外投资及风险控制等经济活动和重要的经济合同等进行审计监督；（9）对本企业及其子企业内部控制系统的健全性、合理性和有效性进行检查评价，对有关业务的经营风险进行评估；（10）对本企业及其子企业的经营绩效及有关经济活动进行监督与评价；（11）对本企业年度工资总额来源、使用和结算情况进行检查；（12）其他事项。
此外，还强调了以下三个方面的职责：
（1）企业内部审计机构应按照国资委相关工作要求，对下列特殊情况的子企业组织进行定期内部审计工作：(1)按照国家有关规定，涉及国家安全不适宜社会中介机构审计的特殊企业；(2)依据所在国家及地区法律制度，在境外进行审计的境外子企业；(3)国家法律、法规未规定必须委托社会中介机构审计的企业内部有关单位。
（2）企业内部审计应当加强对社会中介机构审计质量、聘用、更换和报酬支付的监督。
（3）企业内部审计应当搞好与外部审计的沟通与协调，并按规定提供资料和予以支持。