另外，左宗棠在陕甘地区筹兵、整军、筹饷、筹粮、筹转运过程中，不仅形成了一套行之有效、独具特色的方法，而且也渗透、贯穿着他的民本主义思想。比如，在治军方面，他不仅一贯坚持“精兵”的原则，大力裁汰疲弱，杜绝虚冒，而且反复强调各军必须“恤民”、“爱民”。他在所颁《楚军营制》中对军纪作了具体规定，如不准搬民家门片板料，取用蔬菜、家具平买平卖，不准抢掳民船和践踏百姓禾菜等，还经常申令各军不准强取民粮、擅入民房等等。他在陕甘解决粮饷的过程中，不仅从军事角度，而且从政治角度考虑问题，注意协调军队、地方官府和人民三方面矛盾。他在竭尽心力“裕军食”的同时，反复强调要适当保护农业经营者（包括农民和地主）的利益，使其有余力从事再生产活动。为此，他免除以前强加给人民的一些不合理负担。如派其学生周开锡去甘南，免除粮捐、面捐、草捐等苛杂捐税，地丁钱粮亦由过去折价（随意规定折价而苛征巨款）而改收本色（粮食），并且改定了当、契等税，使以前无法存活的人民能得以喘息，因此“民情大悦”，在政治上收到较好效果。左宗棠在饬令州县官吏代办军粮时规定，地方有向过往军队提供粮食的责任，但这些粮食，州县官吏可以用本应上解省库的地丁正款“照时价采买”，同时又规定，“发粮以后，各军如有现银可领，即领取归款，如无现银发给者，即取该军印资司（藩司）核扣，断不使该州县丝毫赔累”。他还嘱咐下属说：“官与民交涉，总须官肯吃亏，但不可太亏耳”，如若“民情不便，事多窒碍”那就不应施行。由于左宗棠比较注意协调官、军、民三方面的利益，所以这些政策实行起来比较顺利，得以解决前任没有解决的种种难题。
因为陕甘大部分地区不通水运，旱地又“砂迹荒远”，加以人畜稀少，一经兵祸，丧亡流徙，劳力更为缺乏，所以，在转运方面的困难是非常大的。“驮则骡马难供，夫则雇觅不出。”而需要运送的饷银、粮秣和其他各种军需却长年不断，而且数量很大。雍正时，内地往陕甘运送军粮，每石耗运费达30两，十数倍于粮价。同治年间，军队粮饷都欠缺很多，所以官府和各军均用强拉民夫、强征民间车马的办法以解燃眉之急，遂使大批民夫倒毙道途，牲畜亦多被军队扣夺。左宗棠批评这种“倒行逆施”的筹运方法，说它既不合人情，亦悖逆“物理”，必须改弦更张。
为了解决这个问题，左宗棠下令改革陕甘的徭役办法。以前，各州县为支应各种差务，如兵差、粮差、流差等，均强派民间供应车马民夫，名为照粮出车，按亩出费，实则随意苛征强派，军队、地方官和衙门胥吏借此残酷地盘剥人民（包括中小地主），甚至强夺车马，以致“民皆逃役”，更加剧了转运的困难。于是，州县官吏便先期将人民拘禁，届时强令出差，更加闹得天怒人怨。左宗棠遂通令取消流差，将差务限于专运粮、饷、军火、军装四种，并取消了按亩出费的旧规，变通车马征用方法，由营务处统一经营，定明某县、某庄车马若干，拨归某营、某旗，在规定的站段役用，一律“用民价雇办”，而且须在送到规定站段后“照数给还”，如果牲口受伤了，要按规定赔偿费用，如果死了，则要对使用人处以三倍的罚款，强制超过规定路程的，要加罚五倍。这样的措施，使得艰难困苦中的人民少受虐使和损失，愿意留在家园而不再流亡，粮械也能按时运到指定地点。
在这里，左宗棠在关心民众疾苦，爱惜民力，注意恢复发展生产的同时，又残酷地对待敢于起义造反的各族人民，这种矛盾现象深深地植根于中国传统的民本主义思想的两重性之中。民本主义虽是我国传统文化的精华所在，但从秦汉以后，随着我国中央集权、君主专制制度的建立和发展，民本主义被纳入替皇权服务的轨道。这样，爱护“良民”和镇压“乱民”，便构成左宗棠民本主义思想的基本特征。
兵燹之后，左宗棠对甘肃的治理与开发，既是其巩固西北的国防战略的体现，也是其善后政策的延伸。左宗棠深知陕甘问题的复杂性与特殊性，他决计要为西北筹“长治久安”之策：“臣之立意仿汉赵充国，议开屯以省转馈，抚辑以业灾民，且防且剿，且战且耕，不专恃军威为戡定之计。”他以为镇压回民起义与剿办太平军、捻军等“群寇”不同，“陕甘事势与各省情形各别，将欲奠此一方，永弭后患，则固不敢急旦夕之效，而忘远大之规也”。左宗棠的“远大之规”，在眼前而言，就是要搞好善后，虽含有镇压回民起义、镇压回族反抗的意图，但也明白宣示了恢复甘肃社会秩序、发展西北经济、改善各族人民的生产和生存环境的思想；从长远来说，他也试图通过加强对西北的治理与开发，调整好民族关系、巩固西北边防、维持清王朝在西北的统治。左宗棠自出山以来表现出了卓越的政治、军事才干，不怕担风险的无畏精神以及运筹帷幄和统观全局的雄才大略，决胜千里的坚定意志和吃苦耐劳、踏踏实实的实干作风。这一切都表明了，在当时清朝腐败的统治集团中，这个年逾花甲的地主阶级军事家、政治家左宗棠，是在国家多事之秋和危难之时，缓和社会危机、稳定封建统治秩序的不可多得的干练之才。
兴修水利解民忧
青年时代的左宗棠就非常重视农田水利事业，认为“王道之始，必致力于农田，而岁功之成，尤资夫水利”。到西北以后，他清楚地看到，“西北地多高仰，土性善渗，需水尤殷”。没有水源或不兴修水利，就无法发展农业生产。特别是沙漠戈壁地区，无水草、无人民、无牲畜，其生态环境尤其恶劣，更需兴修水利。因此，在西北十余年当中，他特别重视水利建设，把兴修水利作为恢复和发展当地社会经济的头等大事。
左宗棠认为，治西北者，宜先水利。他分别从几个角度分析了兴修水利的重要性。
第一，从水利与屯田的关系上看，他认为“开屯之要，首在水利”，即水利是推行屯田的基础。
左宗棠收复失地以后，恢复和发展当地生产，解决军粮和老百姓口粮的首要措施就是屯田，而且“历代之论边防，莫不以开屯为首务”。据载，左宗棠在甘肃，“一路进兵，一路屯田，便从泾州一直到了敦煌”。其部将刘锦棠、张曜等人也在新疆大规模推行屯田。而屯田政策要取得成功，最基本的条件就是要解决水源和水利灌溉的问题。为此，他认为“水利为屯政要务”。他把兴修水利作为屯田垦荒、安民政策的重中之重。这主要有三层含意：一、解决水源或兴修水利是搞好屯田的基础，这是由西北农业发展的特性决定的。二、选择靠近水源或便于灌溉的地方屯田垦荒，集中在屯田面积成片的地带兴修水利，“新增屯垦均在新开渠工两岸”。三、水之多少决定地之肥瘠和发展生产之潜力。他说：“水足者地价倍昂，以产粮多也；水歉少收，价亦随减。将欲测壤成赋，必先计水分之充绌，定地方之瘠饶，科粮赋之轻重。”以水利是否便利来判定当地发展农业生产的效益和潜力。
第二，从水利对西北开发和发展的影响来看，左宗棠认为“水利兴废，关系民生国计”，若“不得水之利”，“则旱潦相寻，民生日蹙，其患将有不可胜言者”。
他指出：“甘肃治法，以兴水利为首务。”“治西北者，宜先水利”，即把水利作为振兴经济的关键。把兴修水利作为开发西北优先发展的要政，表现了左宗棠与众不同的眼光和超越其他官僚的才干。光绪四年，他给坐镇新疆的刘锦棠写了一封长信，信中就西北兴修水利的重要性系统地阐述了自己的看法。他说：“西北素缺雨泽荫溉，禾、稼、蔬、棉专赖渠水，渠水之来源唯恃积雪所化及泉流而已，治西北者，宜先水利，兴水利者，宜先沟洫，不易之理。唯修浚沟洫宜分次第，先干而后支，先总而后散，然后条理秩如，事不劳而利易见。此在勤民之官自为之，令各知其意，不必多加督责，王道只在眼前，纲张斯目举矣。其要只在得人，勤恳而耐劳苦者，上选也。”信中包含了他对西北兴修水利的重要性、步骤、方法等问题的认识，具有很强的指导性。
后来，他总结治水经验说：“治水之要，须源流并治。下游宜令深广，以资吐纳；上游宜多开沟洫，以利灌溉。”这些思想，对其在西北大兴水利，整体推进开发西北的各项事业产生了重要影响。
第三，从水利与养民、安民的关系来看，左宗棠认为：“水利所以养民，先务之急，以此为最。”即把水利作为养民、安民的根本。他之所以特别重视水利，除他一贯的重农思想外，主要出自重民思想。在他看来，既要维护国家利益，就要重视赖以维持这个国家存在的民众。在这样的思想基础上，他深谋远虑，提出了“保民”、“养民”、“爱民”和“民可近不可狎”的一系列正确观点，认为“保民之道，必以养民为先”，“诚心爱民，其为民谋也”。对于在西北治理旱灾，他坚持“若从养民之义设想”，非兴修水利不可的主张。左宗棠心系于民，得到了人民的支持和拥护，这是他兴办西北水利取得成绩的先决条件。
西北地区土地广袤、气候干燥、地形复杂、水资源的分布极度不均。水源紧缺是西北干旱的主要症结。因此，河流、水泉、地下水、雪水就成了西北水利工程赖以兴建的基础。左宗棠根据不同地区可资利用的水源地的差异，因地制宜兴修不同种类的水利工程，主要可分为三种类型。
（1）沿河开渠灌溉型
西北地区除新疆外，甘、宁、青诸省区的水系多属黄河流域。所谓沿河开渠灌溉型主要是指在靠近黄河及其支流的一些地方开渠引灌。
左宗棠到西北后，首先进行治理和开发的是贯穿宁、甘、陕三省的泾水。在洮河流域，兴修沫邦河水利工程。在宁夏，左宗棠支持宁夏道陶斯咏修复汉渠。金积堡收复之后，左宗棠拨马化龙缴出的部分余款，整理各渠，主要是唐、清、汉三渠，因为避险省工，新修不久又出事，左宗棠十分不满。
同治九年（1870年），宁夏道陶斯咏要求拨款万两修复汉、唐、清旧渠时，左宗棠正处于“饷项万分支绌”的困境，但他认为“事关水利农田，未便任令荒弃”。因而，“于无可设想之中筹备湘银三千两”，并指示陶斯咏用“照引水灌田之户计亩摊捐”的办法，将官办改为官助民办，“令附渠各庄堡回、汉绅民以公拟议，开造某户应摊银数，悬榜通衢，限日呈缴”。这项工程进展很快。但在完工后就发现渗漏，野狐坝外堤坍塌，需载石修复，左宗棠对此“殊深系念”，要陶斯咏“赶紧设法修筑，务期坚实耐久，毋许草率贻误”。光绪元年，左宗棠拨银一万两，兴办宁夏垦务，又以半数银两整治境内渠道。
大约光绪五年，固原州代理知州廖溥明向左宗棠“禀办固原海城水利”，得到了左宗棠的肯定。可见，左宗棠在宁夏兴办水利的工作从未间断过。在西宁湟水流域，左宗棠于同治十一年冬命各厅县详细调查境内荒废的古代渠道，并于来年修复。以上所引，均为投工、投料较多、影响较大的引河开渠灌溉工程，小规模的水利工程尚未计算在内。
（2）川塬凿井灌溉型
西北多数地方降雨稀少，极易发生旱灾。大旱之年，河水干涸，无水可资灌溉，何况还有许多本无河流的旱塬就只能靠掘井汲水灌田。
光绪三年，针对这种情况，左宗棠在陕甘两省受旱灾影响严重的地方，总结前人掘井灌田的经验，推广掘井方法，掀起了一个掘井运动。查阅左宗棠这一时期与同僚下属的来往函件，多涉及这个问题。在给陕西巡抚谭钟麟的信中说：“民间开井，可以工代赈，不必另为筹给。”对赴工之人，“则宜察酌情形，于赈粮之外，议加给银钱，每井一眼，给银一两或钱一千数百文，验其深浅大小以增减之。俾精壮之农得优沾实惠，而目前之救奇荒，异时之成永利，均在于此。计开数万井，所费不过数万金。如经费难敷，弟当独任之，以成其美”。陕西平川较多，凿井历史悠久，适宜大规模掘井，他把陕西作为凿井的重点区域。而甘肃只有陇东的部分地区适宜掘井，对此他也大加督责，作了不少安排。他说：“甘肃各州县，除滨河及高原各地方向有河流、泉水足资灌润外，唯现办赈之庆阳、宁州、正宁等处川地较多，尤宜凿井。兹已将成法刻本，会列台衔，札发司道转饬各州县仿照陕西开井加赈办法，迅即遵办，计富者出资，贫者出力，两得其益，民当乐从。”他认为如能抓紧抓好，乘现在“正当农隙之时，地方尚无饥馁之苦”的有利条件，“赶速图之”，甘肃“当较陕西尤易集事”，取得成效。而且他还大力推广区种法。具体做法是将地亩划片作成小畦，谷物种在一行行沟内；灌水时由渠内引水入沟，好处是“捷便省水”。他认为推行凿井灌田之法，必须与推广区种法同时并举，才能收到实效。因为“开井、区种两法本是一事。非凿井从何得水？非区种何能省水？但言开井不言区种，仍是无益”。
（3）河西井渠灌溉型
甘肃祁连山麓连绵千里的河西走廊，自古号称戈壁瀚海，气候干燥，环境艰苦。但凡能汲引由雪山融水形成的内陆河水和凿井开渠、导引丰富的地下水灌溉的地方，往往成为当地发展农业生产的膏腴之区。自汉代经营西域以来，历代在西北均有屯垦之举，兴建了一些水利设施。这些水利工程可称为河西井渠灌溉型。即开渠导引由雪山融水形成的河水灌溉或充分利用地形，开渠导引由雪水形成的地下水入田灌溉。左宗棠到河西走廊以后，先安抚百姓，使之就地生产，不再流徙。对最穷荒的安西、敦煌、玉门三州县，拨给赈灾银两万两，寒衣一万套，拨专款兴办军屯、民屯，整治河渠。张掖、肃州旧有的水利设施得以修复，农业生产逐渐恢复起来。