同治皇帝，是叶赫那拉氏（慈禧）在咸丰六年所生。同治六岁时登基称帝，十二年亲政，但却于同治十三年十二月初五日病逝，此时距其亲政日期不到两年。对于同治的死因，朝野上下说法各异，至今仍然是一个谜。
有的人说同治是死于天花。翁同龢是同治授读师傅，曾多次奉两宫太后之命前往探视。他在日记中记录下了亲眼目睹的同治帝的病情：“十一月初二日，入至内务府大臣处……见御医李德立、庄守和脉按言：天花三日……”又记：“初八日，伏见天颜……花极稠密，目光微露。”就在同治帝病逝当月，慈安太后之女也因患天花而死于宫中，说明当时宫内确是流行天花病毒，同治帝不幸感染，不治身亡。近来，学者在清代档案中发现了属于清代皇帝脉案档簿的《万岁爷进药用药底簿》，查阅了自同治发病以来，召御医李德立、庄守和入宫请脉的脉案、处方及服药记录，肯定同治帝是死于天花无疑。
然而，这些记载只是宫廷里的片面记载，民间的大多数传闻却说同治帝是死于梅毒。在一些正规学术著作里都记载着同治帝微服出宫，嬉戏游乐，甚至出入烟馆妓院的故事，如萧一山所著《清代通史》中就有同治因出游而患梅毒终致死亡的记载。
据记载，同治帝十分敬爱端庄娴静的阿鲁特氏皇后，但慈禧太后不喜欢阿鲁特氏。皇后多次受到责怪，依旧我行我素，慈禧便觉得皇后故意不给她面子。而皇后对同治帝则是笑脸相迎，慈禧更认为她狐媚惑主，于是限制同治帝宠爱皇后。加之慈禧特别喜欢侍郎凤秀的女儿，强迫同治宠爱她，想册立其为皇后。可是，凤秀的女儿人虽漂亮，举止却特别轻佻，同治帝并不喜欢。在生母慈禧的干预下，婚姻不幸福的同治与太监佞臣常常微服外出寻花问柳。但同治怕臣下看见，不敢去京中较大的妓院名楼，专门找隐蔽的小妓院、暗娼等处。起初，人们对他的身份毫无所知，后来知道了也佯装不知。一些王公大臣注意到同治帝的这种行为，屡次劝谏却毫无成效。
同治染上梅毒后，开始时毫无察觉，后来脸面、背部显出斑点，才召太医诊治。御医一见大惊，不知如何是好。慈禧却传旨，向外界宣布说皇上只是染上天花。御医们畏惧慈禧，于是按照出痘的医法开药，没有效果。皇帝龙颜大怒，问道：“为何不按我的病医治我？”太医回奏：“太后命之。”而且，《翁同龢日记》中记载说：“风声过大，且非两宫圣意。”同治愤恨不已。梅毒在当时是绝症，以天花治之，显然是为了掩盖丑闻，以免丢皇家脸面。所以，同治后来就日益病重，下部溃烂而死。
虽然这些传闻的真实性还有待考证，但这些传闻传扬甚广，而同治帝又死得可疑，许多人怀疑他死于梅毒也就不奇怪了。
同治究竟是死于天花还是死于梅毒？上文的两种说法各有各的来源、各有各的道理，让人难以辨别是非真假，遂成清宫又一疑案。