中国物流业发展中存在的问题主要表现在以下几个方面：（1）我国物流业尚存在“三高一低”的问题，与发达国家差距较大。
“三高”之一是物流总费用与GDP的比率高。2007年中国为18.4％，而发达国家一般为8％～10％。说明我国物流成本较高，这与产业结构有关，但从另一方面也说明物流发展的空间很大。
“三高”之二是库存水平高。中国历年库存占当年GDP的20％左右，而发达国家一般在3％左右，库存过高，占用资金多，资金周转速度慢，加大了生产与经营成本，降低了市场竞争力。
“三高”之三是管理费用高。我国物流管理费用占GDP的比重2007年为2.3％，而美国、日本均只有0.4％，这一问题反映我国物流的体制性和机制性约束，部门分割、地区封锁的现象依然存在，尚未建立公正、公平、公开的物流竞争市场。
“一低”即物流总体水平偏低，包括物流基础设施、物流标准化、物流信息化、物流人才、物流科技、物流企业等方面，我国物流业还处于初级阶段，与发达国家差距较大。
（2）有效物流需求与有效物流供给双不足。由于我国企业习惯于“大而全”、“小而全”的运作模式，物流外包速度较慢，要外包的大量是运输与仓储，物流的高端服务少，物流企业一般承接销售物流，很难进入供应物流与生产物流，使物流企业都挤在运输与仓储环节，恶性竞争。
（3）在管理方面，有关部门并没有完全形成合力，管理费用较高，市场化不足，体制性约束仍较普遍。由于物流业刚兴起，物流企业是企业大家族中新的成员，如何管理这一产业，如何管理这种企业，正处于摸索阶段，在这一阶段，不同的部门如何分工并形成合力是一个重要问题。
（4）目前我国物流业注意力主要集中在工业物流以及相关联的商贸物流，而对农业物流、再生资源物流缺乏必要的关注。城乡一体化物流，不仅是把工业品送到农村，更重要的是如何实现农产品物流的现代化，在这方面，有些发达国家的经验是值得借鉴的。至于再生资源，我国可回收的品种多，数量大，如废钢铁、废纸、废塑料、废玻璃、废汽车、废家电等，这个领域空间很大，但需要工程物流的支撑，也需要财力支持。