由于不需医师处方就可随时买到眼药水，所以许多人都忽视了眼药水的合理使用方法。
事实上，那些在药房可以买到的眼药水仍然含有药性，使用这类眼药水必须遵照包装说明书的指示，因为非处方眼药水也可能引起过敏反应。
如“人工泪液”是一种润滑剂，可以减少眼睛的刺激感。此类眼药水对常人来说可一再使用，用药次数不受限制。但有过敏反应的病患，则需买未含防腐剂的眼药水来滴用。还有一些眼药水，点用次数太频繁，可能会使眼睛变得更红更容易受刺激。
此外，若错误地使用眼药水，不但对病情无所帮助，甚至会带来许多后患。如有人在出现眼疾后，一次点数滴眼药水，认为加大药量，疾病会早日痊愈，其实药水一次点一滴就够了。一滴眼药水约有30微升，而结膜囊内可贮存的容量平常只有7微升，点药水时最多也只能增加至30微升。太过频繁的点用，药水内的防腐剂会对眼球表面造成伤害。
还有一点就是，不同种类的眼药水也不要同时点入，因为眼泪循环会在5分钟内将点入的眼药水排泄掉，所以一种药水点完5分钟后再点入另一种，才不会把先点入的眼药水给稀释掉。以悬浮液剂型制成的眼药水，使用前应摇晃均匀。有些眼药水在固定的时间点用才能发挥最大的作用，因此，应该在什么时候点眼药水，最好询问一下医生。