朱元璋以一介布衣身份，投身于反抗元朝的红巾军洪流之中，百战功成，建立大明王朝。
国家固然建立了，可是，这片辽阔的土地上毕竟刚刚经历了长达二十余年的战乱破坏，朱元璋面对的是一个千疮百孔、百废待兴的乱摊子：土地大量荒芜，经济形势严峻，国民人心散乱，边疆外患未除，政权机构内部矛盾重重——一些元朝降官心思故主，消极怠政；那些跟随朱元璋打天下的起义军将领，原本就不具备高尚情操，一旦华丽转身，成为新帝国的勋臣，便迅速蜕变，不仅在物质方面贪得无厌，而且在政治方面相互倾轧，勾心斗角；地方政府的各级官吏及豪族地主，更是趁乱鱼肉百姓，巧取豪夺，反过来又激起了百姓的反抗……
面对这种混乱局面，朱元璋“忧虑积心”，不得不决定在这非常时期采取非常措施，以铁腕辣手来治理国家。
§§§第一节 改革政体，巩固皇权
众所周知，在“家天下”的封建时代，皇权是否巩固，对国家的最高统治者皇帝而言，是攸关江山社稷乃至身家性命的头等大事。朱元璋白手创业，历经百战创下这份偌大家业，更是切身体会到这个成果的来之不易。为了朱明江山的永固不移，他殚思竭虑，想尽各种办法，制定了完备的规章制度，其中，一个重要的手段就是改革国家政权体制，强化中央集权制度，扩大皇权范围。
废除丞相制度。中国封建时代，宰（丞）相制度一直是皇（王）权政体中的一项重要设置。“宰”乃控制、掌握之意，“相”有辅佐之意。商朝时期称管理王室家务及奴隶之官为宰，到了周朝，宰成为一切官的通称，如协助国王执掌国政的官称太宰，掌管贵族家务之事的官为称家宰，执掌一邑之政的地方官称邑宰。“宰”与“相”合称，始于春秋时代，当时名相如云，如齐国的管仲、晏婴，都是历史上的杰出宰相。秦始皇改宰相为丞相，李斯、吕不韦皆为秦朝名相。汉高规承袭秦制，设置丞相，萧何最为知名。汉哀帝时期，改丞相为大司徒。到了东汉，则由司徒、司空和太尉等“三公”共同执政。汉献帝十三年（208年），复置丞相，曹操担任此职。南北朝时期，宰相名称繁多：中书监、中书令、侍中、尚书令、仆射，皆掌宰相事。隋朝实行三省制，内史省长官内史令、门下省长官纳言、尚书省长官尚书令，皆是宰相。唐朝改内史省为中书省，其长官相应改为中书令，仍是多人掌宰相事。宋朝时期，以“同平章事”为宰相正式官名，以“参知政事”为副。到了元朝，以中书省为国家政务中枢，其主官中书令常由皇太子兼任，下设右左丞相，再下为平章政事，副职为右、左丞和参知政事。
明朝建立以后，洪武初年的政体基本承袭元朝：以左右丞相为国家最高行政长官，以平章政事、左丞、右丞、参知政事为副相；地方设行中书省，其建制与中书省相仿，基本上是中书省设立的官职，行中书省也同样都有，军政、民政、财政统管，是谓“外政府”，职权极重。举个例子：朱元璋本人就是由宋政权的江南等处行中书省丞相起家的，当年，江南行省的军政、民政、财政等等所有大权全由朱元璋一人独揽，仅是檄用宋的年号而已，俨然一个独立王国。故当朱元璋称帝以后，鉴于自己的切身体验，他便萌生了改革这一政体制度的念头。
朱元璋首次流露出这种意愿是在洪武三年（1370年）十二月。当时，有个叫严礼的儒生上书谈治国办法，提出一个“臣民不得隔越中书省向皇帝奏事”的观点，朱元璋当即向身旁的侍者评点此人是“未达时务者”，他愤慨地指出：“元氏之有天下，固由世祖之雄武；而其亡也，由委任权臣，上下蒙蔽故也。今礼所言，不得隔越中书奏事，此正元之大弊。人君不能躬览庶政，故大臣得以专权自恣。今创业之初，正当使下情通达于上，而犹欲效之，可乎？！”在朱元璋看来，皇帝“躬览庶政”乃是实现天下大治的一个前提条件，若凡事皆从中书省那里过滤一遍，久而久之，皇帝就会闭目塞聪，成为一个摆设。
有了改革的主观愿望，朱元璋便开始悉心研究加强君主专制、扩大皇权的途径和办法。数年之后，时机成熟，他决定先从地方行政机构入手，对国家政体进行大刀阔斧的改革。
洪武九年（1376年）六月，朱元璋下诏，改各地的行中书省为“承宣布政使司”，废除行省平章政事、左丞、右丞等职位，改参知政事体为布政使，“掌一省之政”，官秩正二品。布政使，顾名思义便可知是指皇帝派遣到地方的使臣，朝廷的政策、法令以及其他任务，皆由布政使下达给府、县（州）等地方长官执行。
承宣布政使司，简称布政司，其管辖区域大致等同于原来的行中书省，但不包括散入其中的卫地。布政司的职权和性质都较以前的行中书省有很大的缩小和变化：行中书省是中央政府分权于地方的一级政府，而布政司更多程度上则是一个地域范畴的划分，其长官乃是皇帝派驻地方的使臣，负有上传下达之职和监督举报之责，是地方集权于中央的一种手段。
当时，除首都应天（南京）为中央直辖区以外，地方共划分浙江、江西、福建、湖广、山东、北平、河南、广东、广西、陕西、山西、四川等十二布政司，洪武十五年（1382年）增设云南布政司，全国共有十三个布政司。由于行省的名称已经被叫习惯，故朝廷和民间仍管布政司叫行省，简称省。
行中书省被改作布政司，各行省原设立的提刑按察使司（简称按察司）和都指挥使司（简称都司）却予以保留，这是它们的职责使然。按察司“掌一省刑名按劾之事”，也就是一省的司法和检察机构，其长官为按察使，官秩正三品。都司“掌一方之军政”，管辖它所属的卫地，不过，在东北和西南的边疆地区，由于少数民族杂居，战乱不断，故朝廷不设布政司，只设都司，由其实行军政和民政二合一的统治。
布政司、按察司和都司，皆为朝廷设在地方的派出机构，合称“三司”，它们互不统辖，均听命于皇帝。省里每遇重大政事，皆需召开三司会议，上报给中央相关部、院，然后由皇帝裁决。如此一来，既能令地方各机构职权专一，提高办事效能，又能使其彼此牵制，便于中央掌控。
地方行政机构实行改革之后，各布政司的行政、财政和司法均直接受中央领导，丞相的职权相应增大，和皇权的冲突日益增加。朱元璋实行改革的目的就是为了强化皇权，对此现象岂能容忍？《高皇帝御制文集·敕问文学之士》如是记载了朱元璋对丞相制度的批判：“昔秦王去封建，异三公，以天下诸国合为郡县，朝廷设上、次二相，出纳君命，总理百僚。当是时，设法制度，皆非先圣先贤之道。为此，设相之后，臣张君之威福，乱自秦起。宰相权重，指鹿为马。自秦以下，人人君天下者，皆不鉴秦设相之患，相继而命之，往往病及于君国者。”这番话可以视为朱元璋废除丞相制度的心理基础，他在等待时机。
这个机会终于来了：洪武十三年（1380年）正月，朱元璋先是以“窃持国柄”、“谋危社稷”等罪名，捕杀了时任左丞相之职的胡惟庸（详情以后再讲），接着乘机下诏废除中书省及其相关的丞相制度，然后仿照周朝六卿执政之制，把中书省的职权分解给吏、户、礼、兵、刑、工六部，同时将各部尚书由以前的正三品提升为正二品，各部侍郎由正四品提升为正三品，尚书、侍郎皆为“堂上官”。各部下属有郎中（即正郎）和员外郎（即副郎），他们皆为“司官”，或称“属官”。此外，各配另配有司务，称作“首领官”。
经过这番改革，中国历史上延续了两千多年的丞（宰）相制度被一朝废除，丞相之职实质上开始由皇帝兼任，皇权得到空前加强。与此同时，六部的职权大大加强，成为总理全国政务的最高一级行政机构，其长官品秩也提升许多，可谓有人欢喜有人忧。
大家知道，丞相乃是皇帝的主要助手和辅臣，堪称股肱。对皇帝而言，废除丞相制度最大的一个好处就是加强了皇权，可是同时也有一个弊端，那就是皇帝的工作量空前加大。尽管朱元璋堪称中国历史上最勤勉的皇帝，每天起早贪黑地工作，克勤不怠，但是，由于全国的重大事务最后都归结于皇帝面前，由他亲自拍板处理，如此一来，朱元璋便忙得不可开交，并且，每遇重大问题，也无人商量。于是，他令翰林院、詹事府等文职部门的儒臣替他“详看诸司奏启，兼司平驳”，也就是说，让这些人事前阅读各地、各部门的奏章，然后写出各自的看法和意见，以供皇帝参考。朱元璋用这种权宜之法来减轻工作量，提高裁决效率。
洪武十三年（1380年）九月，朱元璋开始设立四辅官，其办法是从乡间找一些淳朴敦厚的老儒放在身边，他们的职责是为皇帝讲论治道、与部院长官共同处理某些重大事务。四辅官兼任太子宾客，“位列公侯、都督之次”，官名以四季为号，分别叫做春官、夏官、秋官和冬官，先后有王本、杜佑、龚敩、杜敩、赵民望、吴源、安然、李干、何显周等人担任此职。
由于四辅官的职务仅是顾问角色，并且这些老儒以道德见长而专才平庸，对皇帝的帮助不大，两年之后，朱元璋便废除了四辅官这一设置。取消四辅官以后，老问题又呈现了。洪武十五年（1382年）十一月，朱元璋仿效宋制设置殿阁大学士，令礼部尚书刘仲质兼任华盖殿大学士、翰林学士宋讷升任文渊阁大学士、翰林检讨吴伯英升任武英殿大学士、左春坊左中允全思诚升任文华殿大学士、翰林典籍吴沉升任东阁大学士。殿阁大学士设立之初，品秩不高，仅正五品；职责也不大，“特侍左右，备顾问而已”，于国家大事“鲜所参决”。后来，经过建文、永乐、洪熙等数朝的发展，其职权才日益扩大，品秩也不断提高。到明代中期以后，殿阁大学士已经成为独具明朝特色的内阁制度。
中书省被废除的同时，朱元璋又将总领全国军事的大都督府废除，将其分解为前、后、左、右、中五军都督府，每府以左、右都督为正副长官，秩正一品，分领所属都司及卫所的军队，用以分散中央军事机构的权力。不仅如此，朱元璋还以兵部来掣肘五军都督府，规定：兵部掌军官铨选和军令，但无直接指挥军队之权；五军都督府掌管兵籍和军政，但无调动军队之权。如此一来，兵部与五军都督府“合之则呼吸相通，分之则犬牙相制”，每有战争，则由皇帝挑选将军做总兵官，统帅相关卫所的军队出征，完成任务之后，将军交回统兵佩印，而军队则各自回到卫所。采用这种办法，不言而喻，军权完全被皇帝抓在手中。
随着中书省、大都督被废除，中央的三大权力机构被取消了两个。数月以后的洪武十三年（1380年）五月，朱元璋下诏废除御史台以及各道按察司。在监察机构空置两年之后，才于洪武十五年（1382年）十月重新设置，新的中央监察机构叫做都察院，其长官为监察都御史，首批由秀才李原明、詹徽等八人平级担任此职，秩正七品，品秩低得可怜。考虑到这个机构群龙无首，诸事多有不便，次年又改设左、右都御史为正副长官，秩正四品，来年再升为正二品，方与六部尚书品秩相同。都察院在全国分设十三道监察御史，每布政司设置一道，每道有御史七至十一人，共计一百一十人，其品秩最初为正九品，后来又升至正七品。
都察院的御史，其工作职责是“职专纠劾百司，辨明冤枉，提督各道”，亦即代表皇帝对国家的行政乃至军事系统进行监督、考察和评判，包括“大臣奸邪，小人构党，作威福乱政者”、“学术不正，上书陈言变乱成宪，希进用者”、“百官猥葺贪冒，坏官纪者”等等，可谓无所不管，无所不纠，并且皇帝准许他们“或露章面劾，或封章奏劾”， 察纠方式极其灵活。他们平时的工作，在京则巡视京营、仓场、内库、皇城、会试、武举，在外则巡盐、巡漕、巡茶马、提督学校和清军，出征则监军纪功，有时甚至巡按四方——即“代天子巡守”，“所按藩服大臣，府、州、县官诸考察，举劾尤专，大事奏裁，小事立断”。御史们品秩不高，但是他们无所不管，甚至被赋予有规谏监督皇权的权力，可谓威权赫赫！
都察院从职责上讲是监察机构，作为配套，洪武十四年（1381年）十一月，朱元璋又下诏设置了大理寺，用以“掌审谳平反刑狱之政令”，是国家最高审判机构，“凡狱具，未经本寺评允，诸司毋得发发遣”，也就是说，凡刑部、都察院、五军断事官等部门所查办的案件，均需交由大理寺做最后终审。大理寺的长官是大理寺卿，秩正三品，这个机构与刑部、都察院，合称“三法司”。
除了“三法司”之外，洪武十五年（1382年）四月，朱元璋又设置了名曰“锦衣卫”的特务机构，以加强对臣属的监控。锦衣卫由朱元璋的亲兵卫队演化而来，这一机构最初叫做拱卫指挥使司，洪武二年（1369年）被改为亲军都尉府，辖有仪鸾司和前、后、左、右、中五卫亲军。洪武十五年（1382年）四月，亲军都尉府改为锦衣卫之后，便撤销了仪鸾司，其机构编制也作了相应调整，以指挥司使为长官，官秩从三品（两年后升为正三品），下设大汉将军、力士、校尉、经历、镇抚司等部门。大汉将军、力士、校尉等部分系皇帝的亲兵卫队，其中，仅大汉将军就有一千五百余人，是一支严格挑选、精心训练的高素质部队。
中国历史上原有诏狱这一设置，主要职责乃是奉皇帝之诏囚禁和审叛九卿、郡守以上级别的高官，而朱元璋所创立的锦衣卫，其职责要比古代诏狱的范围要宽广许多，不仅仅局限于高官，而且包括普通百姓，凡有影响和威胁到皇权统治的人和事，皆是锦衣卫打击和镇压的对象。这一机构不受任何法律法规的约束，仅只听命于皇帝，所谓“盗贼奸宄，街涂沟洫，密缉而时审之”——简而言之，它的职责就是替皇帝去实现“普天之下，莫非王土；率土之滨，莫非王臣”这句古话的全部内涵。
在对国家政权机构作大幅度改革和调整的同时，朱元璋又加大力度实施亲王分封制度。这个方面，朱元璋采用的办法简单而实惠——多生儿子，然后将他们封为藩王分镇各地，以此夹辅皇室。自洪武三年（1370年）始，朱元璋在实质上共分册封了二十四个儿子和一个从孙，合计二十五位亲王。
为了使这些亲王真正能够起到镇抚地方、屏藩王室的作用，朱元璋授予他们很大的军事权力。最初时期，藩王手下的军队并不多，其军队的职能也仅局限于侍从护卫而已。后来，随着朱元璋与诸功臣元勋的冲突日益增多，抱着“上阵父子兵”想法的朱皇帝开始扩充诸王的军队，每个王府均设置三个护卫，士卒编制却因亲王封地的地理位置而异，一般而言，封地处于内地的亲王，其护卫军队的人数相对较少，如青州的齐王、充州的鲁王、武昌的楚王、长沙的潭王、开封的周王、成都的蜀王，他们军队的配备是“护卫精卒万六千余人”，封地处在边境的亲王——譬如宁王，他“带甲八万，革车六千”；而秦王、晋王、燕王，他们手中掌握的军队兵力则更加雄厚。