以后秦桧的目标就是图谋相位，保证其议和投降阴谋的落实。当时的宰相范宗尹，秦桧表面上虽尊重他，暗地里却想方设法排挤他下台。范宗尹原来的宰相位缺空了一段时间，秦桧憋不住了，到处放出风声说：“我有二条计策，可以轰动天下。”别人问他为何不讲，他露骨地回答说现在没有合适的宰相，因此无法实行。后来他干脆对高宗说：“如果用我当宰相，我有耸动天下事。”秦桧所谓的两条妙计，其实就是南北的士大夫互相联系和将原来山东、河北的人送回北方，实际就是“南自南，北自北”投降方针的具体实施。宋高宗为早日达成和议，遂在绍兴元年（1131）八月任秦桧为右仆射同中书门下平章事，兼知枢密院事，也就是将国家军政大权全部交给了他。
秦桧上台以后，为了加强自己的地位，一方面设法把左宰相吕颐浩排到镇江去建立起都督府，专学军事，一面设置了“修政局”，自任提举，收罗党羽，安插其中，逐步培植自己的力量。秦桧刚担任宰相的时候，凭借过去所谓“存忠赵氏”的经历，欺世盗名，的确迷惑了不少人，人们以为他一定能够完成拯扶宋室的重任。然而，一年下来，秦桧除了一些行政事务以外，主要是不遗余力地独断专行，任人唯亲，排斥异己。他的所作所为激起朝官士人的强烈抨击，所谓二策也招致了广大军民的纷纷反对，连宋高宗也因和议并未迅速达成而对秦桧表示不满。于是，在吕颐浩的反击和御使黄龟年的弹劾之下，宋高宗迫于舆论，在绍兴二年（1132）八月罢免了秦桧的宰相职位，把他贬为观文殿学士，负责江州的太平观里的事务。
秦桧被罢相位之后，人虽赋闲，但贼心不死，时刻图谋东山再起。绍兴二年之后，金兵在陕西中原战场上打了败仗，局势向有利于南宋的方向发展，金朝被迫又重弹和议老调，这也正中一向期望和议的宋高宗的下怀，在他目中，秦桧始终是他“诚实可倚”的得力助手，于是秦桧又被重新重用，绍兴七年（1137）正月，拜秦桧为枢密使，又有了相当宰相的权力。
秦桧的再次出山，得益于右相张浚的牵引，但身为宰相又是抗金派的张浚自然又成了对秦桧的绊脚石，秦桧再次暗中捣鬼，使张浚因委任将帅措置失当引咎辞职。张浚原先对秦桧评价很高，认为他在靖康中建议立赵氏，忠诚可靠，有办事能力，可与共天下事。但经过几个月的共事使他看清了秦桧奸诈阴险的嘴脸。这时候高宗有意立秦桧为宰相，却又怕群臣反对，便试探地问张浚的意见，张浚直言不讳地回答说：“我与他在一起共事，始知秦桧的阴暗。”高宗只好改任赵鼎为相。张浚的态度更激起了秦桧的忌恨，当张浚被流放岭南时，赵鼎等人奋力营救，秦桧非但默不作声，反而以造谣诬陷的手法离间原本亲密的张赵关系，他对赵鼎说：“皇帝召见你为相，但张浚却从中进行阻挠。”一句话即使赵鼎不满于张浚，又改变了他素来讨厌秦桧为人的看法，收得一箭双雕之效。此后，秦桧表面上极力奉承赵鼎，一切都按赵的意思办理，骗取了赵鼎的进一步信任，在起点支持下，绍兴八年（1138）三月，秦桧再次被宋高宗任命为右相。几个月后奏桧就设法将赵鼎排挤出朝，这样朝政大权也就完全落入了秦桧手中，晚年赵鼎和张浚在福建相遇，谈及此事时，二人才知道当时他俩被秦桧出卖了。
三、残害忠良惨杀岳飞
秦桧从再次任相到绍兴二十五年（1155）死去时为止，一直窃居相位达十八年之久，能够如此久居相位，最主要的原因，就是他能够迎合高宗苟且偷安的心理，坚决贯彻宋高宗一贯奉行的和议投降国策，倡行和议，卖国投降，并因此得到金朝主子的支持。
复相不久，秦桧看到宋金形势在不断地向有利于自己推行乞和求降政策的方向发展，认为此其机也。于是在宋金谈判前夕，以女真贵族代理人的威势，一而再、再而三地对赵构进行反复试探和考察，增强其求和信心，坚定其投降立场。南宋大臣在朝见赵构之后，只有秦桧留下面奏。秦桧说：“臣僚们对议和畏首畏尾，首鼠两端，这就不能够决断大事。如果陛下决心想讲和，请专与我讨论，不要允许群臣干预。”赵构说：“我只委派你主持。”秦桧说：“我恐怕有不方便之处，希望陛下认真考虑三天，容许我向您另作报告。”过了三天，秦桧又留在赵构身边奏事，赵构想讲和的思想已经很坚定了，但秦桧还以为没有达到火候，他说：“我恐怕别的方面还有不方便，想请陛下再认真考虑三天，容我向您另作报告。”赵构说：“好吧！”又过三天，秦桧就像当初一样，独自留在赵构身边奏事。他清楚地掌握了赵构确实坚定不移地要讲和了，于是拿出早已草拟好的向金求和书，声称不许群臣干预。
绍兴八年（1138）十月，张通古、萧哲等使臣携带金熙宗的诏书来南宋议和。他们不仅要求沿途南宋的州县守臣对金朝的诏书以臣子的礼节来迎接他们，到了临安那天，而且要求宋高宗也要像金朝臣子一样“再拜亲爱之”。这遭到了南宋广大爱国臣民的强烈反对。秦桧生怕得罪金人，要求宋高宗同意行跪拜礼。消息一传出，京城内外民众群情激愤，军士甚至要兵变，夜间街头上贴出指责秦桧为金间谍的传单。迫于南宋军民的压力，金使也不得已接受了高宗、秦桧的变通办法，由秦桧代理家宰接受金朝的国书。秦桧便在三省、枢密院官员的陪同下，来到金人下榻的馆驿，跪拜在金使脚下叩头，接受了金朝诏书。这次宋金议和达成的条款规定：宋对金称臣，每年向金纳银、绢各五十万两、匹；金则归还河南、陕西之地。根据这个和约，南宋实际变成了金的属国，宋高宗也做了金的儿皇帝。南宋军民遭此奇耻大辱，无不痛心疾首、义愤填膺，但高宗和秦桧却大庆其功，命令百官进表称贺，大赦天下。
在南宋朝廷庆祝和约的欢呼声还未停歇的时候，金朝内部主战派首领兀术等人重掌实权，在绍兴十年（1140）五月，他们撕毁了墨迹未干的和约，兵分四路，大举南侵。金兵的进攻很快遭到了南宋著名爱国将领岳飞、刘财、韩世忠等的猛烈还击，宋军在正面战场上连连得胜，而此时在北方敌后的义军也掀起了汹涌澎湃的抗金斗争；两者相互配合，形成了对南侵金兵的内外大包围，兀术惶惶不可终日准备撤兵北归了，抗金形势一派大好。
然而，抗金仅是高宗的权宜之计，当金南犯、对其统治构成威胁时，他就不得已而支持抗金；而当军民将士的浴血奋战维护了他的统治之后，他又担心这种抗金力量的壮大会使将领们功高盖主，尾大不掉，对他形成另一种威胁，因而他时刻提心吊胆，加以限制。高宗的做法成了秦桧破坏抗金、迫害忠良的保护伞；随着抗金斗争的发展，秦桧的捣鬼也就更为惨酷、不择手段了。
抗金战场上战斗力最强、最勇猛、战功最为卓著的是岳飞率领的“岳家军”，秦桧捣鬼的主要目标自然也就对准了岳飞。为削弱岳家军的力量，秦桧施出极为阴险毒辣的手法，首先唆使高宗下诏，命本来与岳飞协同作战的刘财、张浚部调回淮南，使岳飞陷于孤军深入的境地，这是借刀杀人、假金兵之手消灭岳家军的阴险一着。岳飞的雄才大略未使这一阴谋得逞，即便是孤军奋战，岳家依然取得了即城、颍昌大捷。秦桧一计不成又施一计，让高宗连降十二道金牌，强令岳飞班师南撤，使岳飞抗金的十年之功，毁于一旦。
秦桧深知，要想从根本上清除投降议和的障碍，必须除掉手握兵权的岳飞等抗金将领，绍兴十年（1140）四月，秦桧秘密奏请高宗把韩世忠、张浚、岳飞三人召到临安，名义上是认功行赏，分别授予三人枢密依、副使的职位，实际上是剥夺了他们的军权。这三个人当中，抗金最奋力而且反对投降最坚决的是岳飞，岳飞自小献身抗金，驰骋半生，戎马倥偬，为抗金大业立下了汗马功劳，他自然成了秦桧的眼中钉、肉中刺。秦桧认为岳飞不死，终将阻碍和议，对自己不利，必须杀之以后快。他首先指使党羽对岳飞进行造谣中伤，说他屡次违抗诏旨、沮丧士气、妄自尊大，迫使岳飞上章辞职。紧接着又唆使张浚诬陷岳飞的旧将张宪谋反，并用极其卑劣的手段收买了张宪的部将王俊，伪造张宪谋反的证据，最后将所谓“十恶不赦”的罪名硬加在岳飞头上，在绍兴十一年（1141）十月将岳飞和他的儿子岳云逮捕，下到大理专狱中，刑讯逼供，百般折磨。最后终于在当年十二月将岳飞以“莫须有”的罪名杀害在狱中，岳云和张宪也被杀于都市。岳飞被害的噩耗一传出，天下人无不认为这是奇冤，为之痛哭流涕。
四、诛杀无辜肆虐放纵
秦桧为巩固自己的权势，进一步控制南宋朝政，迫害异己，消灭政敌，就是他任相以后的主要目的。凡是不逢迎他，或对其职位构成威胁的人，都成为他打击陷害的对象。张浚被秦桧排挤出朝廷以后，依然挂念国事，上疏揭露秦桧的阴谋伎俩，秦桧因此更为耿耿于怀，遂即免去张浚节度使的闲职，把他贬到连州（广东连县），又贬到永州（湖南零陵），此后一再加以迫害。赵鼎被贬之后，秦桧始终不放过他，找不到新罪状，就翻捡出赵鼎当年曾反对和议的旧账，让高宗降了让赵鼎永世不得翻身的旨意，不久又将赵鼎流放吉阳。秦桧还嫌不够，下令当地官吏每月报告一次赵鼎的一举一动，赵鼎被逼不过，绝食而死，当时在朝廷，人们那怕只言片语得罪了秦桧，秦桧就绝不轻饶，加以迫害。右武大夫白鳄被刺配充军、胡舜陡被下狱致死、张九成的被贬等都是因不小心，话语之中得罪了秦桧。
秦桧诬陷的手法极其阴柔险恶，他有时通过自己操纵的台谏弹劾政敌，而证据不过“曰谤讪，日指斥、曰怨望、曰立党沽名，甚则曰无有君心”，罪名是可以随心所欲捏造的。有时他还亲自书写奏疏交给爪牙出面代奏，人们一看便知这是秦桧的笔法。秦桧居心叵测，凡是和朝臣在高宗面前发生争执时，他往往并不极为辩解，而是最后以只言片语把对方一棍子打死。有一次，秦桧和李光有争持，李光说了许多针对秦桧的意见，秦桧沉默不语，等李光说完后，他才慢悠悠地摔出了一句“李光没有人臣之礼”，言外之意是不尊重皇帝。就这一句话使高宗对李光大为不满。秦桧还大搞恐怖政治，他的走卒布满京城，官吏百姓稍微说几句不满的话就有可能立即锒铛入狱。
在排斥异己钳制舆论的同时，秦桧还竭力培植党羽，搜罗亲信，凡是依附自己的人立即予以任用，即使是品德下流的不肖之徒，一言契合，立刻授予高官巨职。朝散郎王扬英会迎合秦桧的旨意上书举荐秦桧的儿子秦嬉为相，秦桧就“报以桃李”，推荐王扬英知泰州。其他像孙近、詹大方等人都因卖身投靠而相继跻身政要。顺我者昌、逆我者亡，是秦桧处世的哲学。即便对于其亲信爪牙，也是生杀予夺，随心所欲，用得着时甜言蜜语，收买拢络，用不着或稍有猜忌时，狠下毒手，六亲不认。郑刚中曾因对秦桧歌功颂德被提拔为监察御史，后出任四月宣抚副使，只因处理一件事情未请示秦桧就直奏高宗，惹恼了秦桧，把郑刚中一贬再贬，最后凌虐而死。一些亲信党羽为秦桧出谋划策，跑腿出力，被授予高官之后，在秦桧的威慑下，都不敢说话，成为秦桧的陪衬。即使这样，秦桧仍然不会让他们久在其位。在秦桧独相期间，先后用过二十八个执政副职，还企图让其子子孙孙永保富贵。绍兴十二年（1142），他指令科举考官将其儿子秦嬉录取为状元，及后秦嬉步步高升，不出三年就当上了知枢密院事。秦桧还想让孙子秦观也当状元，绍兴二十四年（1154），将其亲信魏师逊、汤思退任为主考官，这些人一看到秦观的试卷就得意地说：“这一下我们可以富贵了！”于是共同作弊，将秦观定为第一名，只是到殿试时由于高宗看到秦观答问试卷上的话语都是秦桧和秦嬉的语言，才将他降为第三名。秦桧奸党的干儿子周青，沈兴杰也都在这次考试中得进士头衔。秦桧另外的几个孙子，大的不过九岁，小的尚襁褓之中，也被赐为“三品服”。秦桧父子亲党就这样布满了朝廷，成为显要人物。
秦桧替金朝作内奸，实现了金人“以和议佐攻战”的目的，金人因此也十分感激他。绍兴十一年签订和约时，金朝坚持要在盟书中写上“勿得擅易大臣”的条款，肆无忌惮地要求南宋王朝永远保住秦桧的地位。秦桧于是“外有女真以为援引，内有群奸以为佐命”，像只蜘蛛一样在朝野上下到处结满了他的专政之网。他暗中结纳了宫廷内侍以及医师王继先等，让他们留意和观察宋高宗的动静，将高宗置于自己的控制之下。他要求天下郡县所上的奏章必须先由他处理，没有一件能直接送到皇帝面前。有一次，高宗觉着不对头，就问秦桧：“最近国中难道什么事情都没有？”秦桧说：“从您面前的奏章可以看到。”其实高宗面前已经见不到多少奏章了。高宗也慢慢地看出了秦桧欺君罔上的行为，他曾对人说过秦桧任意所为，不想让自己知道天下事，但明知被架空，高宗此时也只能作无可奈何之状了。当时符州爆发了俞八领导的农民起义，秦桧没有报告高宗，而是擅自派兵前去镇压，高宗的儿子晋安郡王（即后来的宋孝宗）把这件事情告诉了高宗，高宗大惊，质问秦桧，秦桧回答说是这件事不足给皇帝添麻烦，等平以后会再报告。退朝后秦桧马上追查消息来源，知道是告密后，竟以居丧期不应当发给俸禄为由，用每月扣除赵昚二百钱的薪俸的办法来对其示威，高宗也没办法，只好用内空进行补贴。一个宗室亲王尚且如此受到秦桧的威逼，一般人就更不敢轻议其非了。因而一时间献言者不是称颂秦桧的功德，就是攻击秦桧的政敌。即使有所建议，也唯恐触犯秦桧的忌讳，畏言国事，只能说些不痛不痒的话语了。
绍兴和议签订后，宋高宗和秦桧把向金朝贡纳银、绢各五十万两、匹的负担全部强加到了南宋人民头上。秦桧的政敌在各地增加了名目繁多的苛捐杂税，如两浙州县百姓要缴绵、绸、税捐、茶捐、杂钱、白米等杂税，有的一亩地要缴纳到四五斗；湖南有土户钱、醋息钱、曲引线等，各色不一。秦桧当相之后，又秘密要求各地暗增民税近一倍，南宋的老百姓真是生活在水深火热之中。
宋高宗实现了苟且偷安、偏安一隅的夙愿，为了表彰秦桧，对他步步加封。绍兴十一年六月，拜左相、封庆国公；次年九月加太师，进封魏国公。同年十月，又进封秦。魏两国公，只因秦桧觉着这两个封号与蔡京、童贯相同，不太光彩，就请改封其母为秦、魏国夫人。高宗对秦桧的物质赏赐更为优厚，金银财宝不可胜计，后来还把占田三顷，年收租三万石的永封圩赐给了他。