第一件大事是，首先是他按照儒家传统的治国之道的要求进陈了“三言”、“五规”。他的“三言”是指关系国家盛衰的君道、官吏、军队三大关键问题如何改进。他把三个问题分别称之“陈三德”、“言御臣”、“言练兵”。关于君道问题他提出了仁君大德有三，曰仁，曰明，曰武。其大意是作为一个好的君主，必须搞好自己的修养，提出人君的标准之一是“仁”，主要是“兴教化，修政治，养百姓，利万物”；标准之二是“明”，主要是“知道义，识安危，别贤愚，辨是非”，第三是“武”，是要做到“唯道所在，断之不疑，奸不能惑，佞不能疑。”他认为，上述三条是人君治好国家的根本条件，因为在他看来，国家之盛衰系于人君一身。他把国家命运完全寄托于皇帝。所谓“御臣”，主要讲的是对官吏的选拔和赏罚，他说：“臣闻致治之道无他在，三而已。一曰任官，二曰信赏，三曰必罚。”在“言练兵”一条中，他提出了整顿军队的意见，主张精简军队，提高战斗素质。关于“正规”之谏，是在“陈三德”的基础上进行规劝人君治理好国家，提出的一些补充意见。所谓“五规”，第一规谓之“保业”，劝诫皇帝要“夙兴夜寐，兢兢业业”地求治，说明国家政权“得之至艰，守之至难”的道理。第二规谓之“惜时”，就是要求皇帝不失时机“立纲布纪，定万世之业”，他把皇帝基业比做一座巨室，要求守巨室将以传其子孙的皇帝“实其基堂，壮其柱石，强其栋梁，高其垣塘，严其关键。”巨室筑成之后，要求做到使其“亘千万年无颓坏。”他说：“夫君者国之堂基也；礼法者，柱石也；公卿者，栋梁也；百吏者，茨盖也；将帅者，垣塘也；甲兵者，关键也。是六者不可不朝念而夕思也。”这段话表明了司马光治国思想的基本观点，完全是一派封建贤臣的金玉良言。第三规谓之“远谋”，劝皇帝要有深谋远虑，“制治于未乱，保邦于未危。”第四规谓之“重微”，劝皇帝时时警惕，做到防微杜渐，“销恶于未萌，弭祸于未形。”第五规谓之“务实”，强调“为国家者必先实而后文”，凡一切政教设施，必须讲求实际，做到“拨去浮文，悉敦本实。”以上五规均以“保业”为目的，其余四规都是为实现这一目的的具体途径。“三言”，“五规”的提出，构成了司马光治国之道的方案，也是他的政论思想之纲目和明确的施政纲领。这些建议虽不曾被最高统治者所采用，但却在统治者集团内部产生了较好的影响。
第二件大事是继续恳请建储。这是司马光为谏官之后所关注的第二件大事。作谏官之前，他曾接连三次上疏，力陈早日建储的必要性和迫切性。任谏官后的第一次面见仁宗皇帝，就当面提醒他说：“臣昔通判并州，所上三章，愿陛下果断力行。”（顾栋高《司马温公年谱》卷2）仁宗帝也当面赞扬了他的上疏是“忠臣之言”。后来仁宗得病，皇位继承人还没确定下来。因为怕提起即位的事会触犯正在病中的皇上的忌讳，群巨都缄口不言。司马光此前在并州任通判时就三次上奏提及此事，这次又当面跟仁宗说起。仁宗没有批评他，但还是迟迟不下诏书。司马光沉不住气，又一次上书说：“我从前上呈给您的建议，马上应实行，现在寂无声息，不见动静，这一定是有小人说陛下正当壮年，何必马上做这种不吉利的事。那些小人们都没远见，只想在匆忙的时候，拥立一个和他们关系好的王子当继承人，像‘定策国老’、‘门生天子’这样大权旁落的灾祸，真是说都说不完。”仁宗看后大为感动，终于下了决心，把他的奏章发送中书省会议定实行。事隔不久，仁宗将其堂兄濮安懿王赵永让的第十三子赵曙立为皇太子。两年以后，仁宗就死了，遗诏命赵曙即位，他就是宋英宗。这个关系到统治核心是否稳固的大问题，在司马光的努力下，终于得到了解决。
第三件大事是调解英宗和皇太后的皇室内部矛盾。宋仁宗于嘉祐八年（1063）三月病故，赵曙于四月一日正式即皇位，几天之后生了重病，不能亲政，由皇太后曹氏垂帘，代管军国大事。当时北宋统治表面平静，实际上是内外矛盾尖锐，处在危机四伏之中。司马光等人为此忧心忡忡，深怕不是亲生母子的曹太后同英宗皇帝不和，造成统治核心的分裂。情况确实如此，英宗多病，同母太后的关系时好时坏，在病重时对母后“时有不逊语”，加上有人从中离间，弄得太后大不高兴，一些曾反对立英宗为太子的大臣就“乘机言进废立之说”（朱熹《三朝名臣言行录》卷一）。在这种情况下，使得两宫的矛盾日益加深，司马光绞尽脑汁，一再上疏调和两宫的关系，重点是明陈两宫不和的危害性，苦口婆心地劝导英宗孝谨太后，在他的调停下终于收到很好的效果，从而巩固了统治核心的内部团结，避免了一场危机的发生。后来，太后终于还政于英宗，而母子和好的情况继续加强。
第四件大事是在任谏官期间，本着“安国家，利百姓”的原则为民请命。司马光有较长时期在地方做官，对老百姓的困苦有所了解，他有一首名为《道傍田家》（《皇朝文鉴》卷二一）的诗，道出了农民的艰苦情况：
田家翁妪俱垂白，败屋萧条无壮息。
翁携镰索枢携箕，自向薄田收黍稷。
静夜偷春避债家，比明门外已如麻。
筋疲力敝不入腹，未议县官租税促。
这首诗的内容表明司马光对下层农民的疾苦是很关心的，他对城市贫民也很同情，在另一首诗中写道：
因思闻井民，糊仰执薄技。
束手已连旬，妻儿日憔悴。
囊钱与盎米，薪木同时匾。
败衣不足准，搏手坐相视。
（《传家集》卷三，《八月十七夜省·纪事呈同舍》）
鉴于这种情况，司马光想到自己负有解救斯民之责，深深感到有愧于心，认为必须设法富民，使之能得到温饱，于是又写道：“一夫有不获，伊尹深为羞。何当富斯民，比屋困仓稠。”（《传家集》卷三二，《言蓄积札子》）很想在这方面实现他的愿望。他在谏官任上，除了关注于巩固国家基业的大事之外，也本着“国以民为本”的原则，进谏了一些要求关心人民疾苦，减轻人民负担的意见，其主要内容是根据孔子“节用而爱民”的思想，请求统治者带头崇尚节俭紧缩财政开支，禁止乱摊乱派和惩治横征暴敛之官，同时还要求统治者爱惜民力，不要滥征百姓当兵。遗憾的是他的这一番苦心献策，却未得到采纳。以上谏议，虽然是本着忠君、利国、养民的儒家政治原则，为统治阶段的根本利益着想，但比起当时多数昏庸腐败贪婪的统治者成员来，算得上是一位为民请命的正直、清明的好官。
2.用人先德
北宋时期在用人方面存在着相当多的弊端，这也是宋代历来积贫积弱的一个主要原因。司马光针对弊端提出过不少好的见解和主张。首先，他认为用人当以“德”为先。熙宁元年（1068），司马光向神宗荐举谏官时就根据这个原则提出三个具体的条件：一是“不爱富贵”，二是“顾惜名节”，三是“晓知治体”，前两条是德，后一条是才。他也反对近世以来，专尚文辞，以文辞代百能的取士方法，他认为，文辞，只能是艺能的人一个方面，不足以穷尽天下士之百能。司马光还主张选才用人应破除论资排辈、重门第的陈腐观念，治平四年（1067）五月，司马光上疏神宗，指出如果按照国家原先选御史官的资历范围规定，不但选中者不多，而且弊端不少。对于以门第高低来选择官员，司马光更是深恶痛绝，他提出只要有贤才就应推举，对于魏晋以来历代相因的“选举之法，先门第而后贤才”的严重弊端，认为一个人的德才，不在于世禄与贫贱，不能以门第划分，他主张建立和健全选人、用人制度；改革科举制度，设十科举士；改进延访荐举和按察制度。司马光重视推荐人才，荐举过苏武、刘恕等。当然，司马光也错举过人，他曾为此上书自责晚年做宰相时，也信任过蔡京这样的人。
3.高谋远略
司马光经常上书陈述自己的治国主张，大致是以人才、礼治、仁政、信义作为安邦治国的根本措施。他曾说修心有三条要旨：仁义，明智，武略；治国也有三要旨：善于用人，有功必赏，有罪必罚。司马光的这一主张很完备，在当时有一定积极意义。
朝廷下诏在陕西征兵二十万，民心大乱。司马光认为此举不妥当，便向掌管军事的韩琦询问。
韩琦说想用突然增兵二十万来吓唬敌人。司马光认为这只能欺骗一时，而且庆历年间征兵戍守边地，已经把老百姓吓怕了。韩琦说他不会用老百姓戍边，司马光表示不信。不出十年，事情果然如司马光所料。
还有一件事表明司马光是很有军事眼光的。
西戎部将嵬名山打算帮助朝廷捉住敌人谅祚。司马光上书反对，他认为：嵬名山的兵力不足，未必能胜谅祚。即使侥幸得胜，治标不治本，以后还会产生另一个谅祚。而且嵬名山如果失败后来投奔我们，不被接纳的话，穷途末路，就会突然占据边城来活命，成为我们的祸患。
皇帝没有听从他的意见，从此西边狼烟四起。
4.保守固执
治平四年（1097）英宗去世，神宗即位。这位年仅20岁、风华正茂的皇帝很想有所作为。他欣赏王安石的变法主张，熙宁二年（1069）起用王安石为参知政事，主持变法、王安石在种宗的支持下提出一套急进、大胆的改革方案，成为变法的领袖，北宋很快掀起了一阵变法的浪潮，史称为“王安石变法”。
面对着北宋王朝内忧外患的腐败局面，面对着千疮百孔的社会现实，司马光和王安石都从维持封建王朝的统治出发，都尽力想去“补天”，都想改革，但涉及到改革的内容、改革的方法，两人就势同水火，存在着极为严重的分歧了。
司马光与王安石是老相识而且是好朋友，嘉祐年间在朝中同修起居注，神宗即位后二人又同居翰林学士之职，当时人们所称的“嘉祐四友”，就是他们俩外加吕公著和韩维。两人同为州牧判官的时候一天被包拯请到家里饮酒赏牡丹。当包拯亲自举杯劝酒时，司马光虽然平素不爱喝酒，但碍于情面，不得不勉强喝了一点，而王安石却能够坚持“终席不饮”，这种自制力使司马光后来谈起来还很佩服。司马光与王安石最大的分歧是在理财方面。
北宋中期，尽管税收比开国之初增加了几倍，但由于冗兵、冗费和冗官等庞大开支，造成了国库空虚、入不出敷的严重局面。神宗即位后首先遇到就是财政上的巨大亏缺。他向司马光、王安石等征询解决财政困难的办法。司马光主张从节约入手，他认为首先应该节省朝廷开支，注意节流，例如减少对于皇亲大臣的大量赐物等。司马光不同意这种看法，他提出节省开支不能解决根本问题，而应该从理财上着眼。两人在神宗面前曾经有过一次激烈的争论。当时河朔旱灾，国用不足，神宗下诏让司马光与王安石一同进见，商量应对办法，司马光说：“救灾节用，宜‘才近臣开始。’王安石反对说：“唐代常哀请免去政事堂宰相日常办事时饮食供应，时人认为常衮如果自觉不称职，应该辞去宰相的职位，不宜辞免禄食一况且府库空虚、国用不足，不是当世急务，所以造成不足的，是没有得到一位善于理财的人。”司马光说：“善于理财的，也不过赋税苛重而已。”王安石说：“并不如此，善于理财者，不加赋税而可以使国用充裕。”
司马光说：“天下哪里会有这个道理？天地生产的财货百物，不在于民间，就在于官府，如夺民所有，充实官府，造成的祸患比增加赋役还要大。这是桑弘羊欺骗汉武帝刘彻的话，太史公司马迁将它写在《史记》上，是要证明桑弘羊不明事理，”二人真是唇枪剑舌，互不相让。对于市易法与均输法司马光认为是与商人争利，不利于商品流通，对于保甲法，司马光认为实行下去会使农民不安心种地。司马光对解决宋的财政危机，主张持重缓进，与王安石大刀阔斧的做法明显不同，他们二人曾有过形象的比喻，司马光说：“治天下有如处理房屋，破了则要修理，除了坏得很厉害是不重建的。而且重建非得要好的工匠和材料，如今两样都没有，我怕连风雨都不能挡蔽。”而王安石则认为：“治天下有如医生用药，要知道虚实热寒，当用治虚寒的方子时，纯用乌头附子也不嫌过热。”针对当时社会的严重病症，他们都开出了自己的医症药方，他们都是站在维护封建统治的立场上，为北宋王朝的长治久安而出谋划策。正如司马光对王安石说的：“我和你趋向虽然不同，但大的目标是一样的。”王安石也说，自己与司马光“商议事情时常有分歧，是因为各人的方法不同”，可见他们的分歧，最初是源于解决问题的思想方法不同，司马光思想倾向沉稳持重，虑事缜密，但传统保守是很明显的；王安石则思想活跃激进、勇于标新立异，而慎重不足，在变法中有时操之过急，出现了一些失误，同时也用人不当，如对吕惠卿这样的人就缺乏全面了解、考验司马光在反对王安石推行的一系列新法时，持全盘否定的态度，这是很不对的，他在反对王安石变法中出现的某些消极的方面的同时，也反对了王安石的积极方面，这就导致了他们成为政敌的原因。而司马光在给王安石的三封长信中反复说明自己的观点，王安石却拒不接受一点，这种刚愎自用的态度也不对，两位本来在政治上都想有所作为的政治家都固执偏拗，使北宋的改革蒙受很大损失。
以后变法派与反对派已经势同水火，许多反对新法的辅仍大臣都被王安石赶出朝廷或主动提出辞职请求外任。司马光也被罢了翰林学士等职，又一次离开朝廷，于熙宁三年（1070）到永兴军（今陕西西安）任地方官去了。
司马光的主张虽然偏于保守，但实际上是一种在“宋常”基础上的改革方略。王安石变法中出现的偏差和用人不当等情况，从侧面证明司马光在政治上还是老练稳健的。
三、退而立言编写“通鉴”
著史，也是司马光从政治国的一种方式。1071年，王安石为相，在政见不同、难于合作的情况下，司马光请求担任西京留守御史台这个闲差，退居洛阳，专门研究历史，希望通过编写史著，从历史的兴衰成败中提取治国的经验。
早在仁宗嘉祐年间（1056~1063），司马光担任天章阁待制兼侍讲官时，看到几间屋子都是史书，浩如烟海的史籍，即使一个人穷其一生也是看不过来的。于是他逐渐产生了一个编写一本既系统又简明扼要的通史的想法，使人读了之后能了解几千年历史的兴衰得失。他的想法得了好友--历史学家刘恕的赞同和支持。
宋英宗治平元年（1064），司马光把自己创作的史书《历年图》二十五卷呈献给英宗，过了两年又呈上《通志》八卷本。英宗看后，非常满意，要他继续写下去，并下诏设置书局，供给费用，增补人员，专门进行编写工作。司马光深受鼓舞，召集了当时著名的历史学家，共同讨论书的宗旨、提纲，并分工由刘班撰写两汉部分、刘恕撰写魏晋南北朝部分、范祖禹撰写隋唐五代部分，最后由司马光总成其书，由其子司马康担任校对。