第二天，当太阳刚刚升起时，不花刺人打开了城门，表示他们已自愿停止抵抗，教长、学者等到陛下处屈膝请降。成吉思汗骑马巡视了城堡以后，进入城内。他纵马进人大清真寺，停留在祭坛前，这是伊斯兰教首领举行祈祷，并于祈祷后宣布某人为主君的特殊场所。随后拖雷也赶来了，登上了清真寺进行说教的讲坛。成吉思汗问道：“这里是算端的宫院吗？”有人对他说：“这是主的庙宇！”这时，成吉思汗跳下马来，踏上讲坛的两三级，向围观的城民们说道：“原野上没有草了，将我们的马喂肥吧！”不花剌人打开了城内仓库的门，把谷物搬取出来，装《古兰经》册的箱子变成了养马槽，古兰经被扔得遍地都是。随后，蒙古人又命令把盛酒的袋子堆在清真寺里，他们传杯递盏，开怀痛饮，还把城中歌姬强拉了来，命她们唱歌跳舞。蒙军将士们欣喜若狂，放声用蒙古语歌唱。而那些伊斯兰教首领、博士、学者，则替蒙古人看守马厩中的战马，执行总管的命令。过了，一个时辰，成吉思汗才动身回营，聚集在那里的人群开始离开，古兰经的书页在他们的足下和马蹄下被踩成了烂泥。一位以虔诚和苦行闻名的河中地区的宗教首领实在不能忍受这种侮辱，向“世界最优秀的一名学者”问道：“这成何体统？天啊，眼前的事，我在梦中看见，还是在清醒时看见？”那位“世界最优秀的学者”则说：“别出声，这正是真主吹动的万能之风，而我们无权发言。”
接着，成吉思汗从城里出来了。他把全体居民召集到城外举行公共祈祷的广场上，登上讲坛发表讲话，谴责算端的背信弃义，他说：“大家该知道，你们犯下了大罪，你们的大臣都是罪魁。在我面前颤抖吧。我凭什么这样说呢？因为我是代表上帝来惩罚你们的。如果你们没有犯下大罪，伟大的主决不会让我来惩罚你们的！”这就是成吉思汗向不花剌的百姓和教徒们所宣布的理论，这是一种征服者的理论，但当地的教长和绅士们居然认为“这正是真主吹动的万能之风”，默认了这种理论。
当成吉思汗讲话结束后，他召见了城中的财主富翁们，要求他们献出自己的财产。他共召见270人，其中有本城财主190人，其余为外地人。他说：“不必说出你们在地面上的财物；把埋在地里的东西告诉我，”为此，他让人们把那些富人的管家叫来，让他们带着蒙古人去搜查那些富人的财物。只要他们交出金钱就不施苦刑来折磨他们。从此，每天，当太阳升起时，卫士都要把一群名绅带到世界皇帝的朝见殿。
内堡的反抗被肃清后，成吉思汗下令把城墙和外垒荡为平川，所有的居民都被集中到郊外的平原上，除随身衣物外，不许携带其他任何物品。然后他放蒙古军再次入城，搜集、抢劫一切有用的财物。成吉思汗免他们不死；但适于服役的青壮年和成年人被强征人军，随同蒙军去进攻撒麻耳干和其他城市。
当时，有一个人在不花剌陷落后逃到了呼罗珊，人们向他打听不花剌的命运，他说：“他们到来，他们破坏，他们焚烧，他们杀戮，他们抢劫，然后他们离去。”这就是蒙古军队攻占不花刺的基本情况。
后来，成吉思汗委派塔兀沙担任八思哈（镇守官），负责治理不花刺。经过若干年的努力，不花剌才逐步恢复了昔日的繁荣。
四、攻克新都
撒麻耳干，现属乌兹别克斯坦，汉文译作撒马尔罕。因它建立在札拉扶桑河（泽拉夫善河）南岸，又被称为河中府。西辽建立后，原以虎思斡鲁朵为都城，后来又以寻思干为都城，建立东西二都。屈出律伙同花刺子模推翻西辽后，河中府一带即属花刺子模所有，摩诃末于是将首都从玉龙杰赤迁徙到撒麻耳干。志费尼曾这样描写这座城市：“论幅员，它是算端诸州中最大的一个，论土地，它又是诸郡中最肥沃的一个，而且，众所公认，在四个伊甸园中，它是人世间最美的天堂。”
为了保卫首都，花刺子模沙摩诃末派了十一万人驻守撒麻耳干，其中六万是突厥人，由算端宫中的大臣、权贵率领，其首领是秃孩汗（塔海汗），他是秃儿罕哈敦的弟弟；五万是大食人（这是突厥人对伊朗人的称呼，不是指阿拉伯人）。这些人都是算端精选的英雄，是当时的精锐之师。另外，还配备了二十头躯干健全，貌似凶神的大象，这大象扭弯圆柱，和蛇作耍，披着五颜六色的铁甲，企图以此“作为国王的马步兵在战场上的防护，好使他们不在进攻和袭击中回头。除此之外，城中还有无法计数的城民。他们与守军一起加固城防，为了支持战争，摩诃末还下令预征了三年的赋税。”
从一个城市的防守来看，撒麻耳干可以说是固若金汤、兵多将广。但从整个战略部署和抗战的决心来看，摩诃末却犯了致命的错误。花刺子模政出多门，母后、诸子及诸将分地而治，再加上花剌子模母族的将领杀人越货，抢劫商队，处于理亏的一面，其他不少将领并不愿为此卖力作战。尽管也曾有人向摩诃末建议，集中全国主力于锡尔河沿岸，以逸待劳，与蒙古军决战，但摩诃末却不敢集中全国军队进行野战。尤其是当他在边疆地带与蒙古军亲自较量之后，他亲眼看到敌人的强大威力，正是在这种情况下，摩诃末采取了分兵把守城堡的战略方针，任凭各个城市各自为战。这种消极防御的方针使蒙古军可以对各个城市分割包围，各个击破，摩诃末一开始就摆出了一副被动挨打的架势。在蒙古军进攻撒麻耳干之前，摩诃末就丧失了胜利的信心，有一天他去巡视撒麻耳干改修城壕的工地，见壕与河水相接，他却以为毫无用处，说：“前来进攻我们的军队，只要每个人扔下自己的鞭子，这条壕沟一下子就被填平了！”他这种长敌人志气，灭自已威风的言谈自然会影响军民的情绪，当蒙古军进入河中地区的消息传到撒麻耳干后，摩诃末竟变得六神无主，坐卧不安，内心充满了混乱和疑惧。他不是率领军民坚守首都，而是慌慌张张地离开撒麻耳干，带领一部分军队逃跑了。国王带头逃跑，军心自然动摇。战斗还没有开始，撒麻耳干的命运已经基本确定了。
更令人不可理解的是，摩诃末一路逃跑，还一路散布失败主义情绪。不管走到哪里，他到处都说：“你们自谋活命之计吧，蒙古军队是无法抵抗的！”他派人到花刺子模（指玉龙杰赤城）去让他的嫔妃和母亲秃儿罕哈敦前来。他不管走到哪里，都要问一问每个大臣，有什么办法能对这次灾难有所帮助？每时每刻都有传播到城中的可怕消息传来，事情越来越乱。摩诃末及其大臣都一筹莫展。作为一个国家的最高统治者和军队的最高统帅，摩诃末不是身先士卒、坚决抗战，而是畏敌如虎、带头逃跑；不是鼓舞军民奋起抵抗，而是号召人们各奔前程，乃至屈膝投降。这种怯懦的行为、失败主义的论调怎能不大大影响各地军民呢？
与花剌子模国王摩诃末相反，成吉思汗则是充满了必胜的信心，并在战术上采取了稳扎稳打、力求必胜的措施。当成吉思汗进抵讹答剌时，关于撒麻耳干守军众多，城堡不可攻破的消息早已传遍四方。大家都认为，将撒麻耳干城攻下来需要好多年，因为这是怎么样的一座城堡呀！成吉思汗预先估计到这个情况，认为首先必须将四周地区扫清。因此，他先向不花刺进军，占领了那里，从不花剌将哈沙儿队全部驱到了撒麻耳干。在沿途所过的地方，他丝毫没有侵扰向他屈服的城市，至于撒里普勒、答不思等进行抵抗的城市，则留下军队进行围攻。当他到达撒麻耳干时，被派到讹答剌及其他地区的皇子与异密们已结束了那些地方的战事，带着从攻占的城市驱来的哈沙儿队来到了。成吉思汗利用几个月时间成功地实现了剪其羽翼、扫清外围的战略目的，不仅集中了蒙军的全部兵力，而且利用了花剌子模的人力、物力成功地采用了“因粮于敌”、“借兵于敌”的策略方针。各地的俘虏所组成的军队，每队十人，一队打着一面旗帜，诸队来到城下，战旗铺天盖地，人马如潮如海，其人数超过沙粒和雨滴。他们把城池团团包围，故意让撒麻耳干守军看到蒙古军人多马壮，起到了一个先声夺人的威慑作用。
成吉思汗亲自围绕城墙和堡前斜坡巡视了两三天，考虑攻城和夺取城门的计划。这时，他免除士卒们的战斗，让他们得到充分的休息。直到第三天早晨，他才下令发动总攻。无法计算的蒙古军队和哈沙儿队围住了撒麻耳干城墙，从不同方向向城市猛冲。城里的守将阿勒巴儿汗等，冲到城外，与蒙古军对阵，箭如雨下，双方都伤亡很重。那一天，算端的突厥军队不断与蒙古兵交锋，他们杀死了一些蒙古兵，也俘获了一些人，把俘虏带进城内，同时他们自己也有一千多人丧身沙场。当太阳落山时，他们才各自返回自己的营房。
第四天天刚亮，成吉思汗亲自上马，挥师包围城池。城里城外的军队均集合起来，准备战斗；他们紧束战袍，杀到晚祷时刻。射石机和弓弩齐发，矢石横飞。蒙军堵住了撒麻耳干的各个城门，阻止花刺子模军冲到战场上。城内的军队多次发起冲击，希望能冲开一条血路；城外的军队一批接一批地补充，宁愿战死也不肯后退一步。双方在交战的棋盘上难解难分，邯英勇的骑士再也不能纵马驰骋于原野了。
第六天早晨，蒙古兵大队大队地开进城内，城里的男女居民，以一百人为一群，由蒙古人监视，给赶到城外。只有那些去晋见成吉思汗的伊斯兰教首领以及受他们庇护、与他们有些瓜葛的人，才免于出城。获得这种保护的有五万多人。然后蒙古人通过传令官宣布了一道命令：“匿藏者格杀勿论。”蒙军将士开始进行抢掠，很多躲到地窖、地洞里的人，被发现以后部遭到了杀害。
象夫带着大象去见成吉思汗，请求发给大象食物。成吉思汗问他大象靠什么为生？象夫回答说：“原野上的草。”成吉思汗下令放掉大象，让它们自己到原野上去吃草。曾经抵抗过蒙军的二十头大象破格得到赦免，但最后却在荒野中饿死了。
当天夜里，蒙古人离开市镇。退守内堡的花刺子模守军早已被吓得心胆俱裂，既不敢挺身抵抗，又不能转身逃跑。只有“勇敢的人”阿勒巴儿汗表现出英勇无畏的气概，他率领一千决死之士冲出内堡，从蒙古军中杀出条血路，前去与算端会合。
第七天黎明，蒙古军又围住了城堡，双方矢石齐发。城墙和堡前斜坡被毁坏了，到了晚上，蒙古人夺下城门，进了城。有一千多名平民和勇敢的战士避人大清真寺内。他们用箭和石油同蒙古人展开激战；蒙古人也喷射石油，纵火焚烧清真寺及寺内所有的人，大清真寺被焚烧一空。最后，他们将剩下的居民和城堡守军驱赶到城外，将突厥人和大食人分开，全部分编为十人队和百人队。他们按照蒙古习惯将突厥人召集起来结发为辫，为的是安定他们，打消他们的恐惧。但是，就在当天晚上，共计有三万多突厥、康里人被杀，他们的统帅是巴力失马思汗，突厥语意为“不寻求和平的人”；塔海汗（秃孩汗）意为“舅父”，他是花剌子模的国舅；撒儿昔黑汗，意为“坚硬的”、“粗糙的”可汗，估计是一位勇敢、鲁莽的将领，类似于一位草莽英雄；兀刺黑汗，意为“驿马”。另外还有算端的著名大臣二十余人，他们的名字详细记载在成吉思汗颁发给也里迦儿忒朝始祖鲁克那丁·迦儿忒的诏书（札儿黑）中。同时，还有许多花刺子模大臣、士兵和居民悲愤地自杀而死，以身殉国。