3月7日，“横滨丸”抵香港。香港巡捕立即登船严加搜查。所幸的是梁启超起草的《广西独立宣言》、《广西讨袁檄文》及康有为致陆荣廷书密藏于一个小包中未被搜走，然后兵分两路，汤觉顿等5人由香港经梧州先期赴广西，并带去梁启超起草的一系列通电文件。
梁启超由黄溯初陪同，偷渡海防再去广西。
梁启超谓黄溯初：“我这一辈子，几时可不作偷渡客？”
黄溯初笑答：“弟跟着梁先生也算是偷渡一回了。”
载着这两个偷渡客的是一只运煤船“妙义山丸”号，满船都是煤，梁启超与黄溯初相对无言时，眼睛里却都要冒出火来。蔡锷在前线军情火急，陆荣廷枯坐而待，因为是偷渡，又急不得，越南的法国当局在接到袁世凯的通报后，正严密捉拿梁启超，实在无奈时梁启超便自言自语：“听天由命吧。”
黄溯初是乐天派，因为责任不一样，他自然没有梁启超的焦虑与沉重，“天亡袁世凯，才是天理。任公，咱们到海防喝椰汁去。”
渴！梁启超想着高高的椰子树。
1916年3月16日晚8时，梁启超在海防附近白龙湾登陆，17日清晨，梁启超义被送到帽溪山下的帽溪牧场。
白龙湾，水碧沙白，各种形状的石岛峙立海水间，怪石上有奇花开放，嶙峋中有异草生根，直到在帽溪牧场的一间小屋里安顿下来，梁启超仍然为白龙湾感叹：“生平从未见过如此美景。”但，帽溪牧场的10天却也是梁启超一生之中最为艰辛的，被褥污秽，跳蚤横行，不敢躺下又不能不躺下，提心吊胆，昼夜难眠。如此景况，那就在一灯如豆下读书写字吧，又偏偏碰上烟吸尽、纸写尽、书读尽。在几十张信笺上写极小的字完成了《国民浅训》一文，然后在小屋里四处寻找自己扔下的烟屁股，再吸，味极佳，连烟屁股也吸尽了，终于茫然若失。
帽溪山下烈日如炙。主人曾一再告诫梁启超，出门时务必以一块黑布裹头，梁启超忽略了，被烈日灼脑，当时便得了当地一种可怕的热病，多亏当地人以草药救治，两天后退热，如再拖延一天，“亦无救矣！”
病中的梁启超恍恍惚惚，总是想着椰子树以及椰汁的清凉，呼唤爱女令娴的名字，也曾梦见夏穗卿，瘦瘦的夏穗卿对梁启超说：“任公，这地方连我都不敢涉足，你去干什么？”梁启超只是问夏穗卿要纸烟，大红门、强盗牌都行，夏穗卿却掏出来一壶绍兴“女儿红”……“身在荒山中，不特无一家人且无一国人，灯火尽熄，茶水俱绝”。
1916年3月26日，广西陆荣廷的专使抵达海防，梁启超方始离开帽溪牧场，跋涉两天一夜，进镇南关。梁启超仰天长叹：“此乃国门也！”关上彩旗猎猎，兵士列队欢迎簇拥梁启超人关，离沪南下一个月风餐露宿、贫病交加、衣冠不整，梁启超此时此刻倍觉精神抖擞，山川、树木、太阳和风还有期待的目光，那都是中国啊！水深火热之中的当地百姓、士绅等待梁启超多日了，知道梁启超冒死南下，为之鼓舞，“悬旗燃爆，父老相携，迎送十里外”。抵达龙州时，“全城爆竹声，喧天沸地，父老儿童皆感极而泣”。“我怎能不爱国，怎能不护国？”梁启超在当地的演讲会上说。
黄溯初为梁启超感叹说：“只身孤行，奔走万里，任公之大勇，于此可见矣。”
万里奔波，或蛰伏、或偷渡、或昼夜兼程，只要稍得空闲，梁启超便握笔为文，云南、两广之独立，护国军重大决策的宣布等等，无不出自梁启超的手笔，除此之外，仍有回顾与指导反袁斗争的多种著作问世。
这一特殊的时期，使书生的梁启超、使多变的梁启超、使激情洋溢的梁启超得以沉淀自己，当命运把他推上护国战争首要人物的位置时，他不畏强权，：运筹自如，号令三军，游刃有余，显示了作为政治家梁启超从未有过的旷达、高远、成熟的风采。
香港至海防的“妙义山丸”上，梁启超写了《在军中敬告国人》。这是一个很有意思的题目，文人梁启超已经把自己置于“军中”了，行伍之一员了。蔡锷兵起之前，梁启超决策乎先；蔡锷兵起之后，梁启超遥执军政。可以想见，对于护国一役，梁启超是九死而无悔的。《在军中敬告国人》则恰恰是此种心迹的披露，表明了与袁世凯联手而后不得不“相见于疆场”的心路历程。他追记说：
当元二年之交，国论纷孥，启超惧邦本之屡摇，忧民力之徒耗，颇思
竭其驽骀，翼赞前大总统袁公，亟图建设，以为以袁公之才而居其位，我
行草偃，势最顺而效最捷。
梁启超为此付出的代价是迁就、退让，甚至一度被指为“帮凶”，但袁世凯愈走愈远，梁启超也终于看出了此一时期袁氏的真正面目：
处今日文明之世，而行中古权谲残刻之政，外袭众建之名，内蹈专欲之实，黜全国之智，箝全国之力，涸全国之资财，摧全国之廉耻，而以资一时便安之计，成一姓篡窃之谋。生于其心，害于其政，取子毁室，率兽食人。循此迁流，更阅年载，则人道且将灭绝于中国，而中国更何自由存于世界者。
梁启超对袁世凯的揭露可谓一针见血，然而梁启超之不同于其他痛恨袁世凯称帝的人，却是暂罢书生论道，纸上谈兵，发动并参与指挥了护国之役。
梁启超坦露心迹道：虽然“夙耽溺于平和之梦”，因而“几经踌躇审顾，惩前毖后，不得毅然决然，挥泪沥血，从诸贤之后，以与袁公相见于疆场”。
为什么“挥泪沥血”呢？梁启超毕生惧怕革命，不主张暴力，何况曾与袁世凯相知？决然奋起，谈何容易！而这非同寻常的时刻，却又与梁启超对自己的检讨密切不可分割：“痛念频年以来，颇不免缘党派偏见，误断事理，间接以酿国家隐患。中间又尝以悲观弛惰，自荒匹夫之责，致国民活力，生一部分之损耗。今以国脉安危，迫于眉睫，不敢不沉痛忏恨，请献此身，以图自赎。微诚所贯，舍命不渝。功不敢承，罪不敢避。”
光明磊落的胸怀，在这些文字中历历可见。而“功不敢承，罪不敢避”这样的金石之言，无论岁月怎样流转，都不会淹没其真正的稀声大音的。
梁启超策动的广西独立对整个战局产生了重大影响，四川前线，蔡锷统率的护国军重新发起攻击，重创张敬尧所部北洋军。从此，川、滇、黔、桂联成一气，北洋军已溃不成军，在这胜败立判的时刻，早已受梁启超影响的冯国璋联合江西将军李纯、浙江将军朱瑞、山东将军靳云鹏、湖南将军汤乡铭致电袁世凯要求取消帝制，惩办元凶。
袁世凯看着冯国璋的电报，长叹一声，跌坐在沙发上：“大势已去！”
1916年3月22日，袁世凯发布申令：取消帝制，取消洪宪年号。护国战争在艰难困苦中取得了胜利。消息传来，蔡锷、李烈钧等护国军将领及前线将士无不雀跃，枪炮一阵阵对空鸣放，欢呼声响彻云天，谁愿意打仗？谁不希望安居乐业？与之对垒的北洋军的战士也从战壕里爬出来，把帽子把步枪抛向空中。
不再厮杀的时候，面对面一瞧不都是中国人吗？“袁皇帝下台了！我们不打仗了！”双方士卒都这样呼喊着，曾经流血，现在流泪。
相传，1916年的春天，云贵川十万大山中杜鹃开得火一样鲜红，那是IIiL染的土地，所有掩埋于黄土中的尸骨都在祷祝中国和平。
1916年5月1日．两广护国军都司令部在广东肇庆宣告成立，这是梁启超关于护围战争的第二步计划，统一军政，组织临时政府，拥戴黎元洪为总统。
护国军都司令部由岑春煊任都司令，梁启超任都参谋，章士钊为秘书长。其时，广东都督龙济光虽已宣布独立，其部下大都拥护袁世凯，经常与护国军发生冲突。5月5日，梁启超亲赴广州，在观音山与龙济光商谈十多个小时。次日晚，龙济光设宴，梁启超走进宴会厅，只见龙的几十名部将佩枪端坐，这是鸿门宴无疑了。
酒过三巡，龙济光的部将胡令萱先是出言不逊继之破口大骂护国军，还不时手摸枪柄凶相毕露。
梁启超是有备而来的，半个多月前，为商讨两广独立善后事宜，各方代表在广州海珠岛水上警署举行联席会议时，龙济光的部将颜启汉突然开枪，当场击毙了梁启超的代表汤觉顿等多人，史称“海珠惨案”。
梁启超痛失好友，拍案而起手指龙济光道：“龙都督，我昨夜和你讲的什么话，你到底跟他们说过没有？我所为何来？我在海珠事变发生过后来，并不是不知道你这里会杀人。我单枪匹马手无寸铁跑到你千军万马里头，我并不打算带命回去。我一来为中华民国前途来求你们的帮忙，二来也因为我是广东人，不愿意广东糜烂，所以我拼着命来换广州城里几十万人的安宁，来争全国四万万人的人格。既已到这里，自然是随你们要怎样便怎样。”
梁启超一边说一边拍桌子，玻璃杯东倒两歪叮当乱响，浩然正气镇住了龙部悍将的凶焰。回到住所又是另一番景象，几百士兵团团包围，喧嚣叫骂，声言要杀梁启超。半夜里溜出广州城，同行者说：“羊城虎狼地也。”梁启超虽然吃惊不小，但成立军务院的想法已为龙济光接受，也算不虚此行。
1916年5月8日，军务院在肇庆宣告成立，唐继尧任抚军长，岑春煊副之，梁启超为政务委员长，蔡锷、李烈钧、陆荣廷、龙济光等任抚军。
军务院成立后，发布了梁启超起草的一系列宣言。第一号宣言宣布：袁世凯“紊乱国宪，公然倡乱，自居皇帝”，应受弹劾裁判。因裁判机关不能行使职权，故由军政府督率大军，围捕该犯，待日后召集国会，实行判决。宣言尤其指出，袁世凯称帝后，其大总统资格已不复存在。
第二号宣言宣布：前大总统袁世凯犯罪缺位，照宪法应由副总统黎元洪补缺。
第三号宣言宣布：军务院直接隶属大总统，代行国务院职权，指挥全国军事，筹办善后庶政。
梁启超还起草了一系列布告致各国公使，争取外交上的主动。
与此同时，军务院督率大军，分湘、赣、闽三路，对袁世凯进行北伐。
梁启超在这一时期的作用仍然是举足轻重的，他是实际上的军务院的首脑或核心，他的政治、外交的才干，使得军务院有理有利、生机勃勃、步步主动；在政治上，以《约法》为依据，否定了袁世凯统治的合法性；军事上，统率西南，始终保持了对北洋军的压力；外交上则因为梁启超通晓国际各项惯例，再加上笔下有事实有条理之分析、综论，争取了一些国家对护国战争的理解，以至迟迟不承认袁世凯的洪宪帝制，在撤销帝制后仍观望委蛇，这一切都使袁世凯不得不得出一个结论：完了！
军务院的成立，使护国战争达到了一个新的高潮，即这一功垂青史的运动，在梁启超的直接领导下，在军事的对抗取得初步胜利后，适时地转化成了根据《约法》的政治的较量，从而使中国坚持进步反对倒退的力量有了可以凭借的舞台，所谓挽狂澜于既倒，舍梁启超其谁？
梁启超个人的力量当然有限，但梁启超投入护国战争的是他一生的政治资本、斗争经历，并且以不怕死的无所畏惧使南方将领无不心服。正是梁启超的远见卓识、政治韬略，才使那些一方霸主的都督们围绕在他的周围，而没有使这一战争成为攻城掠地的军阀之战。
“功莫大焉！梁任公！”时人纷纷感叹。
军政院成立之后南北对峙的焦点是：袁世凯是否下台？梁启超力主“国事至今日舍项城退外，更无弭兵之望”。对袁世凯自称不做洪宪皇帝退下来仍是大总统的说法，梁启超讥讽道：
“再醮之妇，更求归奉宗祧，不徒悖于大礼，且亦难以为情。”同时梁启超又推重段祺瑞、冯国璋，但前提是袁世凯必须下台，“项城不退，虽公不能挽今日之局”--梁启超在致段祺瑞的电报中说。
1916年6月6日，袁世凯在众叛亲离的举国声讨中忧惧而死，直到最后一刻自知回生乏术之后，袁世凯长叹一声道：“总统应该就是黎元洪的，我就是好了，也要回洹上养老了。”
袁世凯至死不说一个“死”字。
洹上风光，太行迤逦，这是袁世凯最后的眷恋吗？而在前一天，稍稍清醒时，他望着爱子袁克文：“你还做诗吗。？”袁克文满心悲怆无言以对，就是为了那首劝他父亲不要做皇帝的诗，他被软禁在中南海的。袁世凯回光反照，神情亢奋：“你念给我听听。”
袁克文：“父亲安心养病，那是儿子胡诌的，你不要再操心了。”
袁世凯：“念！”袁克文轻声念道：
乍着微棉强自胜，阴晴向晚未分明。
南回寒雁掩孤月，东去骄风动九城。
驹隙留身争一瞬，蛩声催梦欲三更。
绝怜高处多风雨，莫到琼楼最上层。
袁世凯听罢闭目，喃喃说：“好！写得好！”稍顿，还想张嘴说什么时，却又昏迷了。
袁世凯死后，护国战争的军事活动完全停止。袁世凯死了，袁世凯死后中国又会怎么样呢？
梁启超是5月底得到其父不幸病逝的消息的，多少年漂泊流亡，近年又忙于军中护国，几与家人断绝音信，不能侍奉老父病榻之前，心中悲苦顿时成为两行热泪。
梁启超不假思索，辞去军务院本兼各职，闭门居丧，声称不忍复与闻国事。
袁世凯去世的消息传来，梁启超先是一惊，实在出乎意料，这些日子从两广跑到上海反复动员冯国璋，为的就是逼袁退位，哪知道袁世凯生不退死退，一退到底了。
“死了？”梁启超环顾左右。
“死了！”梁启超的左右告诉他。
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1916年6月7日，梁启超无法再闭门居丧了，政治，像海里的浪涛一样永远消失不掉的政治，或者推着你向前运动，或者把你沉没，有时使你直上巅峰，有时却又将你扔向谷底，若生若灭。若进若退，若高若低，若毁若成的政治冲浪，再一次把梁启超卷入其中了。
虽然，那不是刀枪相对的战争，可是就其复杂的程度而言。又岂是战场可比？南北对峙、派系纷争依然激烈，南方要求北洋军北撤，并恢复孙中山先生的《临时约法》；而以段祺瑞为总理的北京政府却坚持武装统一，主张恢复袁世凯的民国三年的约法，段祺瑞居国务卿的有利地位，得陇望蜀已经觊觎大总统的宝座了。北洋系的另一实力人物便是坐镇东南扼守长江之险的冯国璋，他拥兵自重，因为和梁启超的私谊，因而主张对护国军多作一点让步。
而当时的副总统黎元洪，则比较倾向于南方的护国军，因为只要恢复《临时约法》，那么大总统的位置便非他莫属。
梁启超面对的是真正的错综复杂，纵横交错。但，从指导思想而言，梁启超主张尽早罢息干戈，南北统一，稳定全局，恢复国会，实行资产阶级立宪政治。
无论如何，护国之役是结束了。
你方唱罢他登场，社会大舞台不就是梨园小戏台的加宽放大吗？
作为护国战争的主帅、是次南北统一的力倡者，梁启超自然声誉日隆，并为黎元洪总统电邀进京，作总统府秘书长，称梁启超为“泰山北斗”、“模楷人伦”。梁启超婉辞了：“自审才器所宜。觉今后报国之途，与其用所短以劳形于政治，毋宁用所长以献身于教育。”