海洋自然保护区还可以成为珍稀濒危动植物的“避难所”，是天然物种的“贮存库”和“遗传基因库”。例如，栖息和生长在我国海域和沿岸的文昌鱼、江豚、鲸类、海龟、儒艮、中华鲟、海豹、海狗、玳瑁、丹顶鹤、白尾海雕、彩鹩等动物以及柽柳、坡垒、麒麟菜、普陀鹅耳枥等植物目前都已成为珍稀物种，如果不采取保护措施，就会很快消失或绝灭。许多物种的价值甚至在被人类认识之前就已丧失，而海洋自然保护区能为大量物种提供栖息、生存、保护、进化的条件，从而为人类永续利用。
自然保护区又是科学研究的天然实验室和活的自然博物馆。在自然保护区里，保存有完整的生态系统、丰富多样的生物物种以及它们赖以生存的环境条件。这些宝贵的物质材料，对于生物学、生态学、海洋学、地学、仿生学等自然科学研究提供了良好的条件和场所。
同时，自然保护区这个最实际、最丰富、最生动、最活泼的自然博物馆，是人类认识自然、了解历史、增加知识的天然课堂；其海水碧蓝透明、空气新鲜的自然环境，珍贵的奇花异草和飞禽走兽以及各种奇特的地貌、景观都会使人赏心悦目、心旷神怡，是人们学习、休憩、娱乐、旅游的胜地，是建设人类精神文明的宝贵资源。
综上所述，建立和建设好自然保护区，对于保护和改善人类的生存环境，维护自然界的生态平衡，保护自然资源永续利用和遗传的多样性，促进各个产业之间的协调发展，增进人们自然环境保护的意识和海洋意识，都具有不可估量的意义和作用。
世界海洋自然保护区
自然保护区的创建已有100多年的历史。19世纪初，随着工业革命的进步，人类征服自然的步伐加快，从而打破了自然界维系了亿万年的平衡状态，使自然环境和生态系统遭到了污染与破坏，许多野生动物遭到了人们野蛮的捕杀，面临绝灭的危险。在这种情况下，德国植物学家汉伯特首先倡导建立天然纪念馆，以保护和保存自然生态的繁衍和生存，这也可以算作是建立自然保护区的最初设想。
作为科学的自然保护区的建设，应首推1872年美国建立的黄石国家公园。目前美国已有300多处国家公园和400多个保护区，合计面积9360多万公顷，占美国国土总面积的10%。世界第二个国家公园是位于澳大利亚悉尼附近的皇家国家公园。目前澳大利亚全国有国家公园618处，自然保护区1014处，其他类型的保护区270处，总面积达1670多万公顷。
从20世纪20年代开始，世界其他国家纷纷效仿，也都相继建立国家公园和保护区。例如，英国、日本、德国、新西兰等国家，保护区面积都占国土总面积的10%以上；独联体国家现有各种类型的自然保护区达2000多万公顷；非洲许多国家对自然保护区也很重视，博茨瓦纳的保护区面积占国土总面积的20%，坦桑尼亚达15%。
据“世界资源报告”统计，截至1986年，全世界已建有1000公顷以上的自然保护区4190个，面积达583万平方千米，加上1000公顷以下的和近年来新发展的保护区，其总面积达到了世界陆地总面积的6%左右。
与此同时，海洋自然保护区的建设也得到了迅速发展。据不完全统计，1972年沿海国家和地区建立的海洋自然保护区为292处，1982年剧增到709处，保护区面积达到1.52亿公顷。另外，266处人与生物圈保留地中也有一部分是海洋类型的。
1972年，美国国会经过反复讨论和辩论，批准了建立海洋自然保护区，并通过了《海洋自然保护区法》。该法认为：“海洋自然保护区是将海洋环境中那些在资源保护、娱乐、生态、历史、科研、教育或美学价值方面具有特殊国家意义的某些海域选划出来，加以专门的综合管理和保护，进行科学研究和宣传教育的区域。”
美国现有7个国家级的海洋自然保护区，分别分布在美国的东西沿岸海域和墨西哥湾北部海域以及太平洋中的某些岛屿附近。其中4个是珊瑚礁生态保护区，两个是综合生态保护区，另一个是沉船保护区。
除国家级海洋自然保护区外，美国还在沿岸海域设立了众多的国家公园和河口自然保护区。全国含有海域部分的国家公园有17个，其中6个完全在海上，如比斯坎湾、海峡群岛、冰川湾、维尔京群岛等；8个在海滨，还有3个延伸到低潮线以下。河口自然保护区目前已有15个。一般来说，美国的海洋自然保护区以保护自然环境和自然资源为主，供科学研究和宣传教育，除个别珊瑚礁自然保护区外，很少有旅游设施。例如，在海峡群岛自然保护区，明令禁止以下活动：油气开采，污染物排放，改变海底状态或在海底建筑，在海岛附近1海里内通航商船，干扰海洋哺乳动物或海鸟，移动或破坏历史或文化资源等。
国家海洋自然保护区由美国国家海洋大气局管理。国家公园以旅游和保护为双重目的，以旅游为主，由国家公园局管理。而河口自然保护区则用作天然的野外实验室，进行长期的科学研究和教学、保护河口生物，特别是濒危物种，为制定沿岸管理决策提供依据。它们由各州政府管理。
目前世界上最大的海洋自然保护区是澳大利亚的大堡礁自然保护区，面积达20.7万平方千米，相当于英格兰和苏格兰国土面积之和。这片世界上最大的珊瑚岛群是由无数的珊瑚虫在亿万年间堆砌而成的，集飞禽走兽、鱼虾、贝藻、奇花异草和星罗棋布的岛屿为一体。大堡礁自然保护区共分7个管理区，并分别制定了详细的管理办法，实施严格的管理。
世界许多沿海国家都十分重视海洋自然保护区的建设，其面积一般占本国管辖海域的5%以上。根据保护区的作用和目标，海洋自然保护区大致可分为以下几类：
（1）原生态保护区。这是一种在不受人类干扰的状态下保护天然环境以及自然群落和物种的保护区。它能够保全自然变化的全过程，以便得到典型的自然环境样板，为认识海洋，评价人类活动的影响，管理海洋提供比照的标准。
（2）野生动物禁猎区或资源管理保护区。这类保护区采取保护和管理措施保护海洋生物的繁殖、生长，保全珍贵、稀有、濒危动植物物种和它们的生存环境，达到资源合理和永续利用的目的。
（3）资源保护区。指的是对还没有确定最佳利用方式的滩涂、海域、岛屿等加以设区保护，其目的是为防止盲目开发利用。
（4）多种用途资源保护区。这类保护区的建设目的是通过适当的管理来保护自然环境和资源，避免破坏性的使用，使其提供一系列产品的永续利用和多种服务，支持多项经济活动功能。比如在可以提供土地、芦苇、海藻、鱼、贝等多种资源，同时具有涵养水源，护岸和保护环境功能的沿海湿地就适宜建设这类保护区。
（5）国家海洋公园。这类保护区的主要任务是保护具有典型意义的自然环境、生物群落、遗传资源等，用于娱乐、科研、教育和资源养护。
（6）自然景观和风景保护区。对由自然与文化特征构成的具有特色的景观和风景加以保护，维持其正常的生活方式和经济活动，以防止受到社会经济发展的威胁。
我国海洋自然保护区
我国古代就有了朴素的保护自然和保护自然资源的思想，意识到保护和利用自然资源与人类生存的密切关系。许多朝代都曾设立专门的官职主管土地的合理利用，山林、沼泽、河流、渔业和动植物资源的开发和保护，甚至颁布过若干有关的规定和禁令。历代帝王的禁猎区、园囿、庙宇、园林等，虽然主要是为少数统治者享受和为宗教服务的，但客观上也起到了自然保护区的某些作用，保护了一部分天然环境，保存了许多物种。
新中国成立后，党和政府对自然保护事业给予了应有的重视，实行了“封海养鱼”“封山育林”的保护政策。1950年，政务院就对沿海古炮台、要塞发布了保护的通告。1955年，国务院《关于渤海、黄海及东海机轮拖网禁渔区的命令》明确指出“保护我国的沿海水产资源”。1956年，第一届全国人民代表大会第三次全体会议上，科学家提出我国自然和自然资源急需加强保护并需建立自然保护区的提案。同年，在全国科技规划中，把自然保护和自然保护区的建立及研究列为基本理论研究之一。从1959年开始，我国已有6个省相继划出了本省的自然保护区。到1961年，全国已有70多处自然保护区和禁猎区。
20世纪70年代，我国的自然保护工作加快了发展的步伐。1973年，林业部提出了《自然保护暂行条例（草案）》，1977年国务院对自然保护区的划定和管理作了详细规定。据统计，1978年前，我国已有15个省、市先后划出了以保护典型自然综合体、热带和亚热带森林生态系统、珍稀野生动植物以及特殊自然景观等的自然保护区57个，总面积156万公顷，占中国国土总面积的0.17%。