杨涟、周朝瑞、左光斗等人就这样被莫名其妙地下狱，直到第一次过堂后，才知道被诬受赃。左光斗与杨涟等人商量，决定先招供，然后在移送法司后再翻供。
于是在第二次过堂就都承认了。没想到承认后没有被移交法司议罪，反而是更加残酷地拷打，逼着吐出赃银。
这些东林官僚平时都是极清廉的，哪有几万两现银，于是更是打得残酷，三日一堂、五日一堂，压杠子、夹脑袋、带枷锁镣、烙、刺、夹、棍一齐上，旧创未复，又加新伤，几个大臣的家人在京城东奔西走，筹措银两赎人，但京城是魏家的天下，谁敢借给他们银两。杨涟等人无医无食，屡受重刑，很快就濒于死亡边缘。第一个死去的是杨涟，抬尸的人发现杨涟体无完肤，面部被打的血肉模糊，爬满了蛆虫。尸体上有一个土袋子压着，两个耳朵都钉进了铁钉。第二个死去的是魏大中，大中家徒四壁，异常贫寒，死后六七天不让抬出，结果尸体腐烂。左光斗死后，其两腿已被打断，仅有一筋相连，肌肉已烂掉，只剩下白骨。蛆虫满身，面目不能分辨。顾大章也是血肉模糊、惨不忍睹。
魏忠贤把持的东厂成为最恐怖的特务机关，东厂番役到处横行，京城内外人们对东厂畏之如虎，一次，两个人在酒馆喝酒。其中一个喝醉了，大骂魏忠贤，另一个就怕他得祸，劝他别说。这时门外进来一个人，故意挑逗那个醉者，那醉者乘着酒劲说：“他能奈何得我？能剥了我的皮吗？”那人冷笑一声，亮出了东厂番役的身份，将那醉者绑去，活活剥了皮。
魏忠贤在宫外大肆屠杀，客氏便在宫内残害光宗的嫔妃和朱由校的嫔妃。朱由校的裕妃张氏怀孕，过期未生，客氏就在朱由校面前说她是妖精，将其关在一个死胡同内，不给吃、不给喝，偶尔天下大雨，张氏爬在地下喝屋檐下滴下的雨水，最终被折磨而死。冯贵人尝劝朱由校罢内操，客氏大怒，将其赐死。朱由校所宠爱的成妃李氏曾借机会在由校面前为冯贵人辩解，被客氏知道后矫旨革其封号，也像对张氏一般对付她，谁知李氏预先在各个墙角、壁缝间藏下食物，因此得以不死。
依靠高压和滥杀，魏忠贤俨然成了明王朝的“皇帝”
党羽众多，内廷有宦官，外有文臣“五虎”、武臣“五彪”
以及“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”等，自内阁六部以至于四方总督、封疆大吏，全是魏忠贤党羽和客魏两家的亲属。这些党羽们献媚取宠，无所不能，还为他歌功颂德，浙江巡抚潘汝帧上疏，请建魏忠贤生祠后。生祠很快在美丽的西子湖建立起来，坐落在关公与岳飞庙之间，有一位提学副使黄汝亨从门前经过，微微叹息一声，结果被守祠的太监当场打死，地方不敢过问。自此以后，各地生祠林立，规模也越来越大，越来越华丽。每一个生祠都请皇上命名，全是些“广恩”，“崇德”、“仰德”、“旌功”、“德芳”、“威仁”、“嘉猷”、“隆勋”、“报功”、“感恩”、“存仁”之类的玩意。
但魏忠贤的好日子也没有持续多长时间，身体非常强健的朱由校自公元1626年春划船落水以后，身体便日渐虚弱，竟然一病不起了。自从生病之后，朱由校再也无法玩乐，时间长了，也就慢慢开始反思起自己来。
终于是良知有所发现，开始注意他周围的人，对自己的张皇后也逐渐注意起来。
张皇后喜静厌游、通达事理、深明大义.对国事家事都有一定的看法。这就与朱由校的性格水火不容。张皇后看到客氏、魏忠贤横行霸道，乱国乱政，心中十分气愤。有一次，张皇后在读《史记》，朱由校玩得满脸是汗跑进来了，问张氏读的是什么。张氏说是《赵高传》。
“赵高？谁是赵高？”朱由校问。张皇后气愤地说：“大奸似忠，毒如蛇蝎，指鹿为马，颠倒黑白，坏秦朝天下的小人！”生性不爱读书的朱由校根本不知道赵高是谁，也不管他是何方神圣，似懂非懂地朝张氏一笑，又玩他的去了。
张皇后陪着生病的朱由校，聊得也很是投机，但朱由校的重病使张皇后忧心忡忡。而朱由校这几年只顾着玩，竟然没有留下一个于嗣，因此张皇后最担心的是皇位的嗣继问题：朱由校同父异母的弟弟信王朱由检是朱由校唯一的弟弟，又沉毅冷静、通达情理、深明大义、素有贤名，因此，张皇后看中了朱由检。于是把信王推荐给病重的朱由校，朱由校表示同意，于是大位就传给了他这个弟弟。公元1627年，这个历史上最能玩，最能折腾的皇帝终于撒手西去，年仅23岁。
思宗朱由检
（公元1611年～公元1644年）
在位时间：公元1627年～公元1644年
曾用年号：崇祯
谥号：烈皇帝
庙号：思宗
安葬地：思陵
公元1611年，明光宗的儿子朱由检出生。
公元1627年，朱由检的哥哥朱由校病死，朱由检即位，是为明思宗。
公元1627年，明末农民起义爆发。
公元1643年，起义军首领李自成率军攻占西安，建立大顺政权。
公元1644年，李自成率军从西安出发，攻讨北京，不久便攻占北京，思宗朱由检在北京煤山（今景山）吊死，明朝灭亡。
朱由检是个有远大抱负的皇帝，如果不是生在明朝末年，如果不是明王朝的最后一个皇帝，朱由检也许能做出一番功绩来，最不济也是个后人称颂的守成皇帝，可命运偏偏捉弄了他。再加上自己虽有雄心，但无能力，为人又疑心过重，在清太宗皇太极使出的离间计面前，轻率地杀掉了明朝最后一个长城～～名将袁崇焕，最后只得在李自成大军的兵临北京城下时，用三尺白绫吊死在北京煤山上。可惜！
公元1627年，朱由检从哥哥朱由校接过了皇位，开始了他作为明朝最后一个皇帝的苦命生涯。当时的明王朝，已经在朱由校和客魏奸党的折腾下，犹如一个垂死的老人四肢麻痹、行动不便、指挥失灵，再加上长城以北迅速崛起的满族政权不断南下冲击，弄得明王朝更是入不敷出、行将就木。
朱由检并没有先动罪大恶极的魏忠贤，因为当时的朝廷中，都是魏忠贤的人，操之过急只能逼魏忠贤孤注一掷、狗急跳墙。因此朱由检先把全部精力投入到治理国政中去，魏忠贤的事，也只能先放一放。
面对逐渐恶化的形势，朱由检登基后，夜以继日地工作，企图使明帝国起死回生。他先罢除了为皇室服务的织造、烧造、采办等一切不急之役，与民休息。停止了皇宫的一切土木营造，削减自己和后妃们的吃用开支。
撤回了天下镇守太监，严禁宦官干政。严禁官僚结交太监。向边镇发去银两，安定军心，戒谕官僚结党，建立完备的监察制度。明令提高政府的工作效率。下诏免除了许多受灾地方的赋税。
在皇位初步巩固后，朱由检开始集中精力对付客魏集团。客氏和魏忠贤也在处于观望中，为了试探这个新君，魏忠贤提出辞去东厂职务，朱由检没有批准。而客氏提出出宫，朱由检则马上同意。魏忠贤的主要爪牙王体乾、李永贞照样得到朱由检的信任，这就暂时稳住了魏忠贤及其党羽。